심판청구번호 국심2005서 2895(2005.10.17)
1. 처분개요
청구법인은 2003.12.31현재 최저한세를 적용한 결과 이월되어 남아 있는 연구 및 인력개발비 세액공제액 161,783,664원(“쟁점이월공제액”이라 한다)을 2004.1.1∼2004.12.31사업연도 법인세를 신고하면서, 당초에는 쟁점이월공제액에 대하여 최저한세를 적용하여 동 범위내인 25,790,463원만을 세액공제하고, 당해연도에 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제액 13,463,457원은 최저한세 적용대상에서 배제하여 전부를 세액공제를 하였다가, 2005.5.18 처분청에 쟁점이월공제액 모두를 최저한세 적용을 받지 않고 공제받을 수 있는 것으로 하여 64,187,880원의 세액을 환급신청하는 내용의 2004.1.1∼2004.12.31사업연도 법인세 경정청구서를 제출한 바, 처분청은 쟁점이월공제액은 최저한세 배제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2005.7.7 청구법인에게 경정거부통지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2005. 7. 26 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제액 중 최저한세 규정으로 2003.12.31 현재 공제받지 못한 쟁점이월공제액이 있었고, 2004년도 발생한 연구 및 인력개발비는 13,463천원이 있었는 바, 처분청은 개정된 조세특례제한법 제132조의 개정규정을 적용함에 있어 2004.1.1이후 발생한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액에 한하여 최저한세 규정을 배제한다는 취지로 쟁점이월공제액에 대하여는 최저한세 적용대상에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 조세특례제한법 제132조의 개정규정은 연구 및 인력개발비 세액공제액은 최저한세 규정을 배제하도록 규정하고 있을 뿐 2004.1.1이후 발생한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액에 한하여 동 규정을 적용한다는 규정을 두지 아니하였기 때문에 이월된 공제액이라 하여 최저한세 적용배제 규정을 적용하지 못할 이유가 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
조세특례제한법 제132조에서 종소기업의 경우 연구 및 인력개발비 세액공제는 2004.1.1.이후 최저한세 규정을 배제하도록 규정하고 있고, 국세청예규(서면2팀-2546, 2004.12.6)에서도 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호의 개정규정에 의한 최저한세 적용의 배제는 2004.1.1.이후 개시하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용하는 것이므로 2003.12.31현재 이월공제액에 대하여는 최저한세를 적용한 이 건 경정거부처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
중소기업의 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대한 최저한세 적용배제와 관련한 2003.12.30 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정을 적용함에 있어 2004.1.1이후 발생된 연구 및 인력개발비세액공제액에 대하여만 최저한세 적용을 배제할 것인지, 아니면 이월공제액에 대하여도 모두 최저한세 적용을 배제하여 공제할 것인지를 가리는 데 있다.
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법(2003.12.30 법률 제7003호로 개정된 것)
제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 (2002. 12. 11 제목개정) ① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. (2003. 12. 30. 개정)
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2002. 12. 11 개정)
제132조 【최저한세】 ① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)
1. 제4조, 제8조의 2, 제9조, 제17조，제28조, 제30조, 제55조, 제55조의 2 제1항, 제75조，제104조의 3, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금 (2003. 12. 30. 개정)
2. 제13조, 제14조，제49조, 제55조, 제55조의 2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항，제63조의 2 제5항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제15조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제3항의 규정에 의한 소득공제금액·익금불산입금액 및 비과세금액 (2001. 12. 29 개정)
3. 제5조, 제7조의 2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의 2，제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조 제6항, 제32조 제4항，제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액 (2003. 12. 30. 개정)
4. 제6조, 제7조, 제12조 제1항，제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제64조，제68조, 제102조, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 및 제16조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제35조의 개정규정에 한한다)·제4항의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면 (2002. 12. 11 개정)
개정법률(2003.12.30 법률 제7003호로 개정된 것) 부칙
제1조 【시행일】 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제33조 【최저한세에 관한 적용례】 제132조 제1항 제1호 및 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의 3의 규정에 의한 기한후 신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제42조 【세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 종전의 제144조 제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
(2) 조세특례제한법(2003.12.30 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)
제132조 【최저한세】 ① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지등 양도소득에 대한 법인세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 12)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다. (2001. 12. 29 개정)
3. 제5조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제62조，제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액 (2001. 12. 29 개정)
제144조 【세액공제액의 이월공제】 ① 제5조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항·제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항 (종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2001. 12. 29 개정)
(3) 조세특례제한법시행령
제126조 【최저한세】③ 법 제132조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액" 이라 함은 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구 및 인력개발비 중 석사 및 박사의 소득세법 제20조 제2항의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2003. 12. 30. 신설)
다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구법인은 중소기업으로서 2003.12.31현재 최저한세가 적용되어 공제받지 못하고 이월되어 있는 연구 및 인력개발비 세액공제액이 161,783천원(쟁점이월공제액)이며, 2004.1.1이후에 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제액은 13,463천원인 것으로 확인되고, 청구법인은 당초 2004.1.1∼2004.12.31사업연도 법인세 신고시 쟁점이월공제액은 최저한세를 적용하여 동 범위내에서 25,790천원을 공제하고, 당해연도 발생분 13,463천원은 최저한세 적용을 배제하여 전액을 세액공제하였다가 쟁점이월공제액 전액을 최저한세 적용배제 대상으로 법인세 신고서를 경정하고 기납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구서를 처분청에 제출한 사실이 확인되며, 처분청은 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대하여 최저한세 적용을 배제하는 것은 2004.1.1이후 발생분에 한하는 것이고 그 이전에 발생되어 최저한세가 적용된 결과 이월되어 있는 세액공제액은 종전의 규정과 같이 최저한세가 적용되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
(2) 이에 대하여 청구법인은 개정법률의 규정상 2004.1.1이후 발생된 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대하여만 최저한세 적용을 배제한다는 내용이 없으므로 쟁점이월공제액에 대하여도 전액 최저한세 적용을 배제하여야 한다는 주장이다.
(3) 2003.12.30 법률 제7003호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제132조의 규정에 의하면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액에 대하여 최저한세를 적용하였다가, 2003.12.30 연구 및 인력개발 분야의 지속적인 투자를 지원하기 위하여 중소기업의 연구 및 인력개발비에 대하여는 전액 최저한세의 적용을 배제하는 것으로 동 규정을 개정한 바 있으나, 개정법률의 부칙 제1조에 의하면 개정법률의 규정은 2004.1.1부터 시행하도록 하면서, 부칙 제42조에서 개정법률의 시행당시 종전의 제144조(세액공제액의 이월공제) 제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 종전의 제144조에서 연구 및 인력개발비의 세액공제의 경우 7년간의 이월공제기간을 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 최저한세의 적용배제는 2004.1.1이후 개시하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용하는 것이며, 전기에 이월된 최저한세 대상 공제액을 최저한세 범위내에서 먼저 공제하고 당기에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월될 세액공제액을 계산하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.