주 문

○○○세무서장이 2005.7.9 청구인에게 한 2003년 귀속분 양도소득세 51,057,340원의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 2003.10.2 ○○○시 ○○○ 소재 ○○○아파트 ○동 ○호(이하 "쟁점아파트"라 한다)를 720백만원에 양도하고 2003.11.27 양도소득세 예정신고를 하고 51,057,340원을 납부하였다.

청구인은 쟁점아파트 양도가 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이하 "개정 조세특례제한법"이라 한다) 부칙 제29조 제2항 및 2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 "종전 조세특례제한법"이라 한다) 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 2005.5.10 처분청에 위 양도소득세 51,057,340원의 감면을 경정청구하였다.

처분청은 쟁점아파트가 양도가액이 6억원을 초과하므로 2002.12.11 법률 제6782호로 개정된 소득세법(이하 "개정 소득세법"이라 한다) 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 제1항의 고가주택에 해당되고, 쟁점아파트가 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 같은법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정하는 지역에 소재하고 있다 하여 개정 조제특례제한법 부칙 제29조, 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상이 아니라고 보아 2005.7.9 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.7.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트는 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10 사용승인을 받았으므로 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며(국심 2004서3079, 2005.4.18 참조), 2001.12.31 이전 결성된 조합원으로부터 지위를 승계한 조합원은 2001.12.31까지 승계한 경우에 한하여 감면혜택을 주도록 개정 조세특례제한법시행령 부칙 제11조(대통령령 제17458호)에서 규정하고 있어 청구인은 전 조합원인 권○○○로부터 신축전 아파트를 1999.12.7 취득하여 같은 날에 조합원 지위를 승계하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였음에도 동 감면을 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점아파트는 양도가액이 6억원을 초과하므로 개정 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 제1항의 고가주택에 해당되고, 쟁점아파트가 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 개정 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 지역에 소재하고 있어 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 자기가 건설한 신축주택에 해당될 여지가 없으므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항을 적용할 이유가 없고, 또한 쟁점아파트는 개정 조세특례제한법 제99조의 3 시행전인 2002.12.31까지 취득(사용검사 등)한 사실이 없으므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정이 적용될 여지도 없으므로 쟁점아파트가 개정 조세특례제한법 부칙 제29조가 적용되는 신축주택이라고 전제한 청구주장은 이유없으므로 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트의 양도소득이 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 본문의 규정에 의한 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 종전 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

개정 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

개정 조세특례제한법시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.(2002.12.30 신설)

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.(2001.12.31 신설)

개정 조세특례제한법시행령 부칙(2001.12.31 대통령령 제17458호)

제11조 【양도소득세가 감면되는 조합원의 범위에 관한 적용례】 제99조의 3 제3항 제2호 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조합원의 지위를 취득하는 분부터 적용한다.

개정 조세특례제한법 부칙(2002.12.11 법률 제6762호)

제1조【시행일】이 법은 2003.1.1부터 시행한다

제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(2) 종전 소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

개정 소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

종전 소득세법시행령 제156조【고급주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상일 것

개정 소득세법시행령 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.12.7 ○○○시 ○○○ 소재 ○○○아파트 ○동 ○호(이하 "○○○아파트"라 한다)를 매입하여 ○○○아파트재건축조합의 조합원의 지위를 취득하였고, 동 재건축조합은 1999.6.3 ○○○구청장으로부터 주택건설촉진법에 의한 재건축사업계획승인을 받아 2000.3.16 재건축공사를 시작하여 2003.5.10 재건축이 완료되어 사용승인을 받았으며, 청구인은 전용면적이 111.32㎡인 쟁점아파트를 받은 사실이 ○○○아파트 및 쟁점아파트의 등기부등본, 집합건축물대장, 부동산매매계약서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 2003.10.2 쟁점아파트를 박○○○에게 720백만원에 양도하고 2003.11.27 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 51,057,340원을 자진납부하였으나, 쟁점아파트는 2003.1.1 이후 양도한 것이므로 2002.12.30 소득세법시행령 제156조의 개정으로 양도당시 고가주택에는 해당되나 개정이전의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니하며, 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 해당하는 신축주택으로 신축주택기간(2001.5.23∼2003.6.30) 내인 2003.5.10 사용승인을 받았으므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정을 근거로 2005.5.10 처분청에 양도소득세 51,057,340원의 감면을 경정청구하였으나, 처분청은 쟁점아파트는 고가주택에 해당하고 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 개정 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제1항에 규정된 지역에 소재하고 있어 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 자기가 건설한 신축주택에 해당되지 아니하여 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정이 적용될 이유가 없음은 물론 개정 조세특례제한법 제99조의 3 시행전인 2002.12.31까지 취득(사용검사 등)한 사실이 없으므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정도 적용될 이유가 없으므로 감면대상이 아니라고 보아 2005.7.9 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 양도소득세 예정신고서, 경정청구서, 경정청구에 대한 통지서 등에 의하여 확인된다

(3) 쟁점아파트가 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10 사용승인을 받았고, 고가주택이라는 점만 제외하고는 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며, 동 부칙 제29조 제2항에서 '(중략) 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다'고 규정하고 있어 여기서 종전의 규정이라 함은 2002.12.11 개정이전의 조세특례제한법 제99조의 3을 의미하고 단서의 양도소득세의 감면대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18 개정전의 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 '고급주택'이지 양도가액 6억원을 초과하는 '고가주택'이라 하여 감면대상에서 제외되는 것은 아니라고 청구인은 주장하고 있다.

(4) 이 건의 경우, 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은법 부칙 제29조 제2항의 규정을 모아보면, 쟁점아파트와 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 개정이전의 같은법의 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 그 단서규정에 따라 양도소득세의 감면적용대상에서 제외는 주택은 2002.12.18 개정전의 소득세법 제89조 제3호에서 정한 '고급주택'에 한하는 것으로 봄이 타당하고, 설령 위 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 조문이 같은조 제1항과는 달리 '사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택기준을 적용한다'는 단서 조항을 가지고 있지 아니하므로 이를 달리 해석하여야 한다는 것으로 유추할 수도 있겠으나, 위 감면규정은 법 시행당시 감면요건을 확정적으로 규정한 것이고, 이러한 감면혜택을 일부 납세자에게 소급하여 배제하고자 하는 입법취지라면 이를 명시적으로 규정하여야 하므로 그러한 해석은 조세법률주의의 원칙에 부합되지 아니한다고 보여진다(국심2004서1785, 2005.3.31 같은 뜻).

또한, 청구인은 재건축사업계획승인일(1999.6.3) 이후인 1999.12.7 ○○○아파트를 취득하기는 하였으나, 2001.12.31 이전에 결정된 조합원으로부터 그 지위를 승계한 경우에는 2001.12.31까지 승계한 경우에 한하여 감면혜택을 부여하도록 2001.12.31 개정(대통령령 제17458호)된 조세특례제한법시행령 부칙 제11조에서 규정하고 있으므로 이 건의 경우도 감면대상에 해당된다고 보여진다.

따라서, 처분청에서 쟁점아파트의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.