주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분개요
주식회사○○○이 청구법인에 합병(2003사업연도)되기 이전인 1998.2.13.부터 1998.10.29.까지 소유부동산을 양도하고 조세감면규제법 제40조의 3 규정에 따라 특별부가세 감면을 신청하여 630,395,610원을 감면 받았으며, 1998사업연도부터 2000사업연도까지 당기순손실이 발생하다가 2001사업연도에 비로소 당기순이익이 발생하였으나 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다. 처분청은 주식회사○○○이 처분가능이익이 발생한 2001사업연도 이익금처분시까지 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다 하여 감면세액 추징사유가 발생한 것으로 보아 조세특례제한법 제146조에 의하여 감면세액에 이자상당액을 가산하여 2004.9.15. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 1,213,783,370원을 추징하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2004.12.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장과 처분청 의견
가. 청구법인 주장
조세감면규제법 제123조에서 감면 받은 법인세상당액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 규정한 취지는 기업합리화적립금의 용도를 제한하고 있는 조세감면규제법 제123조 제6항에서 알 수 있듯이 감면세액 상당액을 이익배당 등의 형태로 사외유출 시키지 말고, 결손금보전 또는 자본전입에 사용하여 기업의 재무구조를 개선하도록 하는 것이다. 청구법인(주식회사○○○)은 1998사업연도에 양도한 부동산으로부터 발생한 양도차익 및 감면 받은 특별부가세를 당기순손실 및 이월결손금보전에 사용하였고, 현재까지 감면세액상당액이 이익배당 등으로 사외유출된 사실이 없는 바, 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다하더라도 감면 받은 세액상당액이 이월결손금보전 또는 자본전입에 사용되어 제도의 취지는 충족되었고, 2002.12.11. 적립의무 및 추징규정이 폐지된 기업합리화적립금의 적립이 없다는 사유만으로 감면세액을 추징하는 것은 부당하다.
또한, 감면 받은 사업연도에 처분가능이익이 있으나 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우 가산세를 부담하는 대신 지연적립을 허용한 것처럼 감면 받은 사업연도에 처분가능이익이 없는 경우에도 지연적립을 허용하는 것이 입법취지에 합당하다.
나. 처분청 의견
조세감면규제법 제123조에 의하면 세액감면을 받은 법인은 처분가능이익이 발생하면 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 세액감면을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 바, 이는 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 기업합리화적립금으로 적립하였다가 이월결손금 보전에 사용하거나 자본전입을 통하여 기업의 재무구조를 개선하고자 한 것이고, 기업합리화적립금 적립시기를 명백히 규정하고 있으며, 단순히 이익잉여금이 배당 등으로 사외유출되지 않았다는 것만으로 기업합리화적립금으로 적립된 것과 같은 효과를 갖는다고 볼 수 없으므로 감면세액을 추징한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
재무구조개선을 위하여 1998사업연도에 부동산을 양도하고 특별부가세 감면을 받으며, 감면받은 사업연도에 결손이 발생하여 기업합리화적립금을 적립하지 못하다가 2001사업연도에 최초로 처분가능이익이 발생하였음에도 불구하고 기업합리화 적립금을 적립하지 아니하여 감면세액을 추징한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 조세감면규제법 제40조의 3【법인의재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조와 제40조의 5 내지 제40조의 7 및 제40조의 9에서 “금융기관”이라 한다)이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.(97.12.13. 신설)
1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것. 다만, 제40조의 7의 규정에 의하여 증여 받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것
3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것
<1997.12.13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 법률>
(2) 조세감면규제법 제123조【기업합리화적립금의 적립등】① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제20조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
<1997.12.31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 영>
(3)조세감면규제법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립등】 ① 법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.
1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우
② 제1항 제1호에서 처분가능이익이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다.
③ 제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
<1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 법률>
(4) 조세감면규제법 제123조【기업합리화적립금의 적립등】① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제40조의 3·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하“처분가능이익”이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다. (1997.12.13 신설)
③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(1997.12.13. 신설)
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다.
⑤ 제1항 및 제2항에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.
1. 이월결손금의 보전
2. 자본에의 전입
⑥ 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 소득세상당액)에서 당해 공제 받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.
<1997.12.31. 대통령령 제15562호로 개정된 영>
(5) 조세감면규제법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립등】 ① 법 제123조 제2항에서 “대통령령이 정하는 이익”이라 함은 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하고 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액(이하 “처분가능이익”이라 한다)을 말한다.
② 법 제123조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
③ 법 제123조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 내국법인이 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항의 결산확정일을 말한다. 이하 같다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우
(6) 조세감면규제법 제124조【감면세액의 추징】제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다.
1. 제123조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 법인이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 때
<2002.12.11. 법률 제6762호에 의거 삭제되기 전의 법률>
(7) 조세특례제한법 제145조 【기업합리화적립금의 적립】 ① 제5조 내지 제7조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조，제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.
1. 이월결손금의 보전
2. 자본에의 전입
<2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 법>
(8) 조세특례제한법 제146조【감면세액의 추징】제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우 : 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액
<2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 법>
(9) 조세특례제한법 제146조【감면세액의 추징】제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항·제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제 받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며，대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
<2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 법>
(10) 조세특례제한법 부 칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의 2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의 3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.
<2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 법>
(11) 조세특례제한법 부 칙 제25조【기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례】 ① 제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.
② 제146조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 조세감면규제법 제40조의 3 규정에 따라 1998.2.13. ∼1998.10.29. 기간 중 사업용부동산을 양도하고 양도차익에 대한 특별부가세 630,395,610원을 감면 받았고, 1998∼2000사업연도까지는 당기순손실이 발생하여 기업합리화적립금을 적립하거나 배당 등 사외유출이 없었으며, 2001사업연도에 당기순이익이 비로소 발생하였으나 이익금처분시 위 감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.
(2) 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 조세감면규제법 제123조 및 1997.12.29. 대통령령 제155562호로 개정된 조세감면규제법시행령 제108조에 의하면, 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받고자 하는 세액에서 공제 받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하“감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는 바, 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있고, 동 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있다. 다만, 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우와 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 따라서 1998사업연도에 특별부가세 감면을 받았으나 당해 사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 청구법인은 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금처분시까지 기업합리화 적립금을 적립할 수 있고, 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액도 징수하지 아니한다.
(3) 구조세감면규제법 제124조 및 2002.12.11. 법률 제67625호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제146조는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하도록 규정하고 있으며, 동 적립의무 및 감면세액 추징규정 등의 사후관리제도는 2002.12.11. 폐지되었는 바, 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제25조는 적립의무에 대한 개정규정은 2002.12.11.이 속하는 과세연도에 감면 받는 분부터 적용되고, 감면세액 추징에 대한 개정규정은 2002.12.11. 이후에 추징사유가 발생하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 특별부가세를 감면 받은 1998사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 청구법인은 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립하여야 하고, 동 적립의무 위반으로 인하여 감면세액에 대한 추징사유가 발생하였으며, 2002.12.11. 폐지된 감면세액에 대한 추징제도는 2002.12.11. 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용되므로 그 이전에 추징사유가 발생한 이 건에 대하여 처분청이 감면세액을 추징한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.