심판청구번호 국심 2005서 3767(2006. 4. 3.)
주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1998 및 1999사업연도에 재무구조개선계획에 따라 부동산을 매각하고 구 조세감면규제법 제40조의 3(1998사업연도분) 및 조세특례제한법 제37조(1999사업연도분) 규정에 의거 474,869,767원 및 7,497,530,944원 합계 7,972,400,711원의 특별부가세를 감면받은 후, 동 금액에 상당하는 기업합리화적립금을 감면받은 당해 사업연도 및 2000사업연도에는 처분가능이익이 발생하지않아 적립하지 못하다가 2001사업연도에 처분가능이익이 발생하였으나 당해 사업연도 이익금처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니하고 2003사업연도 이익금처분(2004.8.9.임시주주총회)시 적립하였다.
나. 처분청은 청구법인이 세액감면 후 2001사업연도에 최초 처분가능이익이 발생하였으므로 감면세액상당액을 2002.3월까지 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 이를 적립하지 아니하였다하여 2004.12.14. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 12,594,424,010원을 경정 고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.2.28. 이의신청을 거쳐 2005.9.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
조세특례제한법(이하“조특법”이라 한다) 제145조 제1항 및 제2항에서 「감면 등을 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고 당해 사업연도에 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 처분가능이익이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 적립할 수 있다」고 규정하고 있는데, 이 규정이 처분청의 주장대로 적용될 수 있으려면 “당해 사업연도의 이익금처분에 있어서”라는 문구 중 ‘당해 사업연도’라는 단어는 감면받은 사업연도(1998년 및 1999년)를 뜻한다고 보아야 할 것이다.
그러나 결손법인은 감면받은 사업연도에 ‘이익금처분’이라는 법률행위가 원천적으로 불가능하므로 당해 사업연도라는 문구와 이익금처분이라는 문구가 병립할 수 없게 되는 문제가 있다. 그러므로 감면연도에 결손인 법인의 경우 조특법 제145조 제1항 및 제2항의 ‘당해 사업연도’를 ‘감면받은 연도(1998 및 1999년)’가 아니라 ‘이익처분이 가능한 사업연도(2001년)’로 해석하고 기업합리화적립금의 적립의무는 감면후 처분가능이익이 최초로 발생한 사업연도(2001년)부터 시작하여 그 이후에 처분가능이익이 있는 연도(2002년)에 걸쳐 2차례의 적립기회가 부여되는 것으로 해석하여야 문언상의 상충이 없게 되어 순조로운 해석이 된다.
또한, 감면연도에 결손인 법인은 착오로 적립금의 적립의무를 간과할 가능성이 더 큰데도 불구하고 적립기회를 1회만 허용하는 것으로 본다면 오히려 더 불리한 취급을 받게 되는 결과에 이르므로 처분가능이익이 발생한 연도부터 2회의 적립기회가 허용되는 것으로 해석하여야 공평과세원칙에 부합하게 된다. 또 이렇게 해석하면 감면은 허용하되 지연적립시 가산세를 부과한다는 1997.12.13. 법개정취지에도 부합하게 된다.
따라서 감면연도(1998년 및 1999년)에 결손인 법인이 기업합리화적립금을 적립하지 못하였을 경우 가산세부과만을 면제하는 부득이한 경우로 볼 것이 아니라(조특법 제145조 제3항 단서 및 동 시행령 제137조 제3항) 적립금 적립의무 대상에서 제외하여야 할 것이며, 기업합리화적립금의 적립의무는 감면후 처분가능이익이 최초로 발생한 사업연도(2001년)부터 시작하여 그 이후에 처분가능이익이 있는 연도(2002년)에 걸쳐 2차례의 적립기회가 부여되는 것으로 해석하여 2003.3월에 적립하였어야 하나 2002.12.11. 조특법 제146조(감면세액 추징) 폐지시 부칙 제25조 제2항에서 “2002.12.11.이후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다”고 규정하는 관계로 2003.3월에 적립하지 않았으며, 따라서 2003.3월에 감면세액의 추징사유가 발생한 것으로 보아 감면세액을 추징할 수 없는 것이다.
나. 처분청 의견
재무구조개선계획에 따라 부동산을 매각하고 구 조세감면규제법(이하“구 조감법”이라 한다) 제40조의 3 규정에 의거 특별부가세에 상당하는 세액을 면제받은 법인은 같은 법 제123조 제1항에 따라 감면받은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 감면세액 상당액을 기업합리화적립금을 적립하여야 하고 이를 적립하지 않는 경우 같은 조 제2항에 따라 감면받은 사업연도 후 최초로 처분가능이익금이 발생하는 사업연도의 이익금 처분시까지 적립하여야 하며, 적립하지 아니하는 경우 세액감면을 적용하지 않는다고 같은 조 제4항에서 규정하고 있다.
청구법인이 1998 및 1999사업연도에 부동산을 양도하고 특별부가세 7,972,400,711원을 면제받은 후, 2001사업연도에 최초 처분가능이익이 발생하여 이를 처분하는 시기인 2002.3월까지 기업합리화적립금을 반드시 적립하여야 함에도 기업합리화적립금의 적립제도가 폐지(2003년)된 후의 임시주주총회(2004.8.9)를 통하여 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하였으므로 이는 구 조감법 제124조 및 조특법 제146조 규정에 의거 감면세액 추징사유에 해당된다.
따라서 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 법 소정의 적립시기 이후에 기업합리화적립금을 적립한 경우 감면규정의 적용을 배제하고 이자상당액을 가산하여 면제받은 세액을 추징한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
재무구조개선을 위하여 1998 및 1999사업연도에 부동산을 양도하고 특별부가세를 감면받았으나, 감면받은 사업연도에 결손이 발생하여 기업합리화적립금을 적립하지 못하다가 2001사업연도에 최초로 처분가능이익이 발생하였음에도 기업합리화적립금을 적립하지 않고 2003사업연도의 이익금처분(2004.8.9. 임시주주총회)시 적립하였다하여 감면세액을 추징한 처분의 당부
나. 관련법령
1) 구 조세감면규제법
제40조의 3【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】(1997.12.13. 법률 제5417호로 신설)
① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.
1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 양도할 것
2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것
3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것
〈1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 법률〉
제123조 【기업합리화적립금의 적립등】
① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제40조의 3·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다(1997.12.13. 신설).
③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (1997.12.13. 신설).
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다.
제124조 【감면세액의 추징】
제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다.
1. 제123조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 법인이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 때 (1997. 12. 13 신설)
구 조세감면규제법시행령
〈1997.12.31.대통령령 제15562호로 개정된 시행령〉
제108조 【기업합리화적립금의 적립등】
② 법 제123조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
③ 법 제123조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다
1. 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 내국법인이 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항의 결산확정일을 말한다. 이하 같다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우
2) 조세특례제한법
〈1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 법률〉
제37조 【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】
① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(제45조 제1항의 규정에 의한 기업개선계획을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조와 제39조 내지 제42조·제44조 및 제45조에서 “금융기관”이라 한다)이 저당권실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 기타 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.
1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것. 다만, 제41조의 규정에 의하여 증여받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.
〈2002.12.11 법률제6762호로 개정전 법률〉
제145조 【기업합리화적립금의 적립】
※ 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 삭제되어 2002.12.11.이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적립의무가 없음(부칙 제25조 제1항)
① 제5조 내지 제7조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조，제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
〈2002.12.11 법률제6762호로 개정전 법률〉
제146조 【감면세액의 추징】
※ 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 삭제되면서 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터는 추징할 수 없음(부칙 제25조 제2항).
제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 법인이 동조 제2항 및 제6항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우 : 감면세액상당액중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액
부칙(2002. 12. 11. 법률제6762호)
제25조 【기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례】
① 제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.
② 제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
조세특례제한법시행령(1998.12.31.대통령령 제15976호 개정분)
제137조 【기업합리화적립금의 적립 등】
② 법 제145조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
③ 법 제145조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제145조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 적용받은 법인이 당해 과세연도에 대한 결산확정일 이후 과세표준확정신고 또는 국세기본법에 의한 수정신고시에 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우(재정경제부령이 정하는 한도내의 금액이 있는 경우에 한한다)
다. 사실관계 및 판단
1) 청구법인은 1998 및 1999사업연도에 재무구조개선계획에 따라 소유부동산을 양도하고 구 조감법 제40조의 3 및 조특법 제37조 규정에 의하여 양도차익에 대한 특별부가세 474,869,767원(1998년) 및 7,497,530,944원(1999년)을 감면받고 1998∼2000사업연도까지는 처분가능이익이 발생하지 않아 기업합리화적립금을 적립하지 못하고 2001사업연도에 최초로 2,434억원의 처분전이익잉여금이 발생하였으나 기업합리화적립금을 적립하지 않고 2003사업연도의 2004.8.9. 임시주주총회에 의한 이익금처분시 80억원의 기업합리화적립금을 적립한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.
2) 구 조감법 제123조, 같은 법시행령 108조 및 조특법 제145조 및 같은 법시행령 제137조에서 구 조감법 제40조의 3 및 조특법 제37조 규정에 의한 세액감면을 적용받고자 하는 내국법인(2001.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받는 것부터 중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하“감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는 바, 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 최초로 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익잉여금 처분시까지 적립할 수 있고, 이 경우 감면세액을 추징하지 아니하되 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있다.
다만, 세액감면을 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우와 세액감면을 적용받은 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
따라서 1998 및 1999사업연도에 특별부가세 감면을 받았으나 당해 사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 청구법인은 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금처분시까지 기업합리화적립금을 적립할 수 있고, 그 적립금의 100분의 20에 상당하는 금액도 징수하지 아니한다.
3) 구 조감법 제124조 및 2002.12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 조특법 제146조는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하도록 규정하고 있으며, 동 적립의무 및 감면세액 추징규정 등의 사후관리제도는 2002.12.11. 폐지되었는 바, 2002.12.11. 개정된 조특법부칙 제25조는 적립의무에 대한 개정규정(제1항)의 경우 2002.12.11. 이 속하는 과세연도에 감면받는 분부터 적용되고, 감면세액 추징에 대한 개정규정(제2항)의 경우는 2002.12.11. 이후에 추징사유가 발생하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있다.
4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 특별부가세를 감면받은 1998 및 1999사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 청구법인은 당해 사업연도 후, 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립하여야 하고, 동 적립의무 위반으로 인하여 감면세액에 대한 추징사유가 발생하였으며, 2002.12.11. 폐지된 감면세액에 대한 추징제도는 2002.12.11. 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용되므로 그 이전에 추징사유가 발생한 이 건에 대하여 처분청이 감면세액을 추징한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.