주 문

○○○세무서장이 2005.10.21 청구법인에게 한 부가가치세 2000년 2기 84,620원, 2001년 1기 494,060원, 2001년 2기 1,248,840원, 2002년 1기 843,460원 합계 2,670,980원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

2004.6월 ○○○국세청장은 ○○○ 사업자 이○○○가 2000년 2기부터 2002년 1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인으로부터 공급대가 합계 16,227,000원의 약품을 세금계산서를 교부받지 아니하고 매입(이하 "무자료매입"이라 한다)하였다는 내용으로 처분청에 과세자료를 통보하였다.

이에 따라, 처분청은 위 금액을 청구법인의 매출누락분으로 보아 2005.10.21 부가가치세 2000년 2기 84,620원, 2001년 1기 494,060원, 2001년 2기 1,248,840원, 2002년 1기 843,460원 합계 2,670,980원을 각 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.1.17 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

과세자료통보서에 기재된 무자료매입 목록은 청구법인과의 거래내용을 기록한 것이 아니라, 이○○○에게 청구법인이 제조한 의약품을 공급하는 다른 회사의 거래내용이 포함된 것이 확인됨에도 청구법인에게 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다.

청구법인은 2001.5월까지만 영업사원을 두고 직접 약품을 공급하였고, 그 이후부터는 도매상인 주식회사 ○○○이 ○○○지역 약국에 약품을 공급하였으며, 청구법인은 외국계 ○○○ 회사의 계열사로 윤리경영을 추구하고 있는데, 지방약국을 상대로 소액의 무자료매출을 할 동기가 전혀 없음에도 제3자의 확인서에만 근거해 부가가치세를 부과한 본건 처분은 근거과세의 원칙에 위배되는 위법한 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 청구법인이 제조한 약품을 판매하는 다른 회사의 거래내역에 근거한 과세라고 주장하나, 이를 뒷받침할 증거가 없고, 이○○○의 원시장부에 청구법인으로부터 무자료매입한 내역이 소상히 기록되어 있는 바, 청구법인의 매출누락으로 본 본건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 세금계산서를 교부하지 아니하고 약품을 매출한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조 【경 정】 ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. (단서 생략)

(2) 국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) ○○○ 사업자인 이○○○의 확인서에 의하면, 이○○○는 2004.5월 사업자등록번호 및 주민등록번호 등을 기재하고 2000년부터 2003년까지 공급대가 815,267,783원의 약품을 무자료매입하여 부가가치세 신고를 누락하였음을 확인·서명하였으며, 확인서에는 청구법인을 포함한 거래처별 매입누락 명세가 첨부되어 있다.

(2) 이○○○의 수기장부에 의하면, 2000.9.5 ○○○ 100정 640,000원, 같은 해 9.26 ○○○ 397,600원, 2001.1.11 ○○○10정 372,000원, 같은 해 2.5 ○○○ 2정 162,560원 등 2001년부터 2002년까지의 약품거래기록이 기재되어 있다.

(3) 청구법인과 주식회사 ○○○약품간의 거래약정서(2001.5.7 및 2002.6.2)에 의하면, 청구법인이 제조한 약품을 도매상인 주식회사 ○○○을 통해 유통하기 위하여 필요한 약정내용(거래품목, 지급방법, 거래중단사유 등)이 기재되어 있으며, 그 중 청구법인의 영업사원의 업무수행 범위는 주문수령, 배달, 수금에 한정한다는 내용이 포함되어 있다.

(4) 주식회사 ○○○의 매출처별세금계산서합계표에 의하면, 주식회사 ○○○의 이○○○에 대한 부가가치세 과세기간별 매출액은 2001년 1기 공급가액 1,957,300원(공급대가 2,153,030원), 2001년 2기 공급가액 6,415,840원(공급대가 7,057,424원), 2002년 1기 공급가액 4,805,496원 (공급대가 5,286,045원)인 것으로 각 확인된다.

(5) 주식회사 ○○○의 매출처별세금계산서합계표에 의하면, 주식회사 ○○○에 대한 2000년 2기 부가가가치세 과세기간 중 매출액은 공급가액 397,600원(공급대가 437,360원)인 것으로 확인된다.

(6) 처분청은 이○○○의 수기(원시) 장부 기재내용에 의하면, 청구법인이 무자료로 매출한 사실이 확인된다는 의견이다. 그러나, 위 수기장부는 제약사명, 날짜, 약품명, 수량 등이 비교적 상세하게 기재되어 있어 진실한 것으로 판단되나, 이○○○가 청구법인으로부터 직접 매입하였는지, 청구법인이 제조한 약품을 다른 도매상으로부터 구입하였는지는 명확히 확인되지는 아니한다.

(7) ○○○국세청장이 수기장부에 기재된 내용을 근거로 하여 무자료매입액을 산정(공급대가 기준)한 결과는 2000년 2기 437천원, 2001년 1기 2,666천원, 2001년 2기 7,057천원, 2002년 1기 5,286천원으로 각 확인되는 바, 주식회사 정약품 등이 위 부가가치세 과세기간 중 이○○○에 대한 공급대가와 비교하면 아래 (표)와 같다.

○○○

위 확인결과에 의하면, 이○○○가 무자료매입한 것으로 조사된 금액은 청구법인이 거래하는 도매상인 주식회사 ○○○과 주식회사 ○○○가 이○○○에게 매출하였다고 신고한 금액과 일치(다만, 2001년 1기의 금액이 다소 차이가 있으나, 그 이유는 찾을 수 없다)한 것으로 확인되고, 2001.5월 청구법인의 영업사원의 업무수행 범위를 주문수령, 배달, 수금에 한정하기로 약품도매업체와 약정한 사실 등을 종합하면, 위 부가가치세 과세기간 중 청구법인이 이○○○에게 직접 매출하였다고 보기 어렵다.

(9) 따라서, 처분청이 청구법인이 2000년 2기부터 2002년 1기 부가가치세 과세기간 중 이○○○에게 세금계산서를 교부하지 아니하고 공급대가 합계 16,227,000원을 직접 매출하였다고 보아 2005.10.21 청구법인에 부가가치세 합계 2,670,980원을 부과한 이 건 처분은 사실관계를 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.