주 문

○○○세무서장이 2005.4.30 청구법인에게 한 부가가치세 2003.1기분 12,000,000원, 2004.1기분 3,000,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 1999.10.1부터 소프트웨어개발 서비스업을 영위하는 법인으로서, 2003.1기 및 2004.1기 과세기간 중 주식회사 ○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 공급가액 450,000,000원 상당의 매출 및 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부 및 교부받아 부가가치세과세표준 확정신고를 하였다.

○○○처분청은 청구법인에 대한 유통과정 추적조사 결과, 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 2005.4.30 청구법인에게 부가가치세(가산세) 2003.1기분 12,000,000원, 2004.1기분 3,000,000원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.6.28 이의신청을 거쳐 2005.10.25 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인과 청구외법인간의 쟁점세금계산서 교부와 관련한 거래내용은 단지 CD화된 프로그램의 판매가 아니라 청구법인은 개발제품을 청구외법인을 통하여 일본 현지의 판매경로를 확보하고, 청구외법인은 자사의 제품에 대한 국내 독점판매권을 청구법인에게 주어 판매가 취약한 국내에서의 판로를 모색함과 동시에 양 법인은 ○○○프로그램의 응용가능성을 공동으로 연구하기로 하는 등 전략적 기술제휴에 관한 협약에 의하여 정상적인 거래를 하였다.

뿐만 아니라, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급일에 청구외법인의 대표이사의 PC에 ○○○를 직접 설치하였고, 청구외법인의 ○○○에 대한 사용권과 판매권을 부여받았으며, 상대방의 요청시 언제든지 CD와 시리얼넘버를 부여할 수 있고, 실제 CD와 시리얼넘버를 부여한 사실이 있다.

한편, 처분청은 청구법인을 조세범처벌법위반 혐의로 ○○○지방검찰청 ○○○지청에 고발하였으나, 2005.8.30 무혐의 처분을 받은 사실이 있으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 계약서만으로는 전략적 기술제휴에 따른 실질거래 여부를 확인하기 어렵고, 청구법인의 ○○○는 조선관련 특화 솔루션으로 동종업체인 청구외법인에서 사용하기에 적절한 제품이 아니다.

또한, 청구법인과 청구외법인 사이의 계약일, 물품공급일자와 프로그램 설치일 및 CD 제작일이 차이가 나고, 청구법인은 청구외법인과 동일한 날짜에 거래금액을 송금받고, 다시 이를 인출하여 지급한 사실은 실질거래로 가장하기 위한 것으로 보이는 등 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서인지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 같은 법 제21조 【결정 및 경정】 ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 같은 법 제22조 【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (단서 생략)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003.1기 및 2004.1기 과세기간 중 청구외법인과 쟁점세금계산서를 교부 및 교부받아 부가가치세과세표준 확정신고를 한 사실이 위 신고서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인에 대한 유통과정 추적조사 결과, 다음과 같은 이유로 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 과세자료에 의하여 확인된다.

(가) 청구법인의 ○○○는 조선기자재 수주산업용 특화 ○○○솔루션으로 동종업체인 청구외법인에서 사용하기에는 적합하지 않은 ○○○솔루션이고, 청구법인의 홈페이지 및 팜프렛 등에 소개된 회사 연혁에도 타회사에 ○○○ 구축내역 및 전략적 제휴내역은 모두 있으나, 거래금액이 고액인 청구외법인과의 거래내역은 전혀 나와 있지 않다.

(나) 청구법인이 공급한 ○○○를 사용하고 있는 청구외법인의 대표이사 안○○○와 인사담당 여직원의 프로그램을 윈도우탐색기로 관련 폴더 설치일을 확인해 본 결과 2004.12.17이고, 경영지원실 과장인 안○○○의 PC에는 2005.1.14 설치되어 있는 것으로 확인되어 청구외법인이 처분청의 세무조사 기간 중에 급조하여 만들어 보관중인 것으로 확인된다.

(다) 청구법인이 2003.1기에 청구외법인으로부터 매입한 모바일 솔루션 제품(○○○ 한글버전으로 CD 1개당 50,000천원) 중 4개는 CD 라벨이 붙여진 CD폴드를 만든 일자가 2004.7.23이고, 나머지 2개(한글버전)와 일본어버전은 2004.9.8로 확인되므로 정상거래일이 아닌 추후에 만들어진 것으로 보인다.

(라) 청구법인의 대표이사 신○○○는 청구외법인과 이 건 거래를 하면서 대금결제는 2003.7.10 청구외법인으로부터 청구법인의 ○○○은행 법인통장으로 100백만원을 지급받아, 같은 날 청구외법인에게 100백만원을 현금으로 지급하였고, 2003.10.17 청구외법인으로부터 230백만원을 지급받은 후, 2003.10.20 청구외법인에게 같은 금액을 현금으로 지급하였으며, 2004.8.19과 2004.8.20 청구외법인으로부터 110백만원과 55백만원을 각각 지급받은 후 2004.8.23 청구외법인에게 현금으로 165백만원을 지급한 것은 사실상 매입․매출 금액이 동일하여 금전을 주고받지 않아도 되나 세금계산서를 서로 주고받았기 때문에 회계처리상 금융계좌로 주고 받은 것처럼 하였다고 진술하고 있다.

(3) 청구법인은 청구외법인과 ○○○ 및 ○○○ 프로그램의 응용가능성을 공동으로 연구하기로 하는 등 일종의 전략적 기술제휴에 관한 협약에 의하여 정상적인 거래를 한 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인과 청구외법인 사이의 계약내용이 전략적 기술제휴에 따른 실질거래인지 여부에 대하여 본다.

청구법인과 청구외법인 사이의 계약내용 및 청구법인의 거래내용에 대한 항변자료에 의하면, 위 거래는 단지 CD화된 프로그램의 판매가 아니라 청구법인의 개발제품을 청구외법인을 통하여 일본 현지 판매경로를 확보하고, 청구외법인은 자사의 제품에 대한 국내 독점판매권을 청구법인에게 주어 판매가 취약한 국내에서의 판로를 모색함과 동시에 양사는 모발일 솔루션과 ○○○솔루션 프로그램의 응용가능성을 함께 연구하는 등 일종의 프로젝트 계약으로서 전략적 기술제휴에 따른 실질거래가 이루어진 것이라고 주장하고 있는 반면, 처분청의 조사내용만으로는 전략적 기술제휴가 아니라고 부인할 근거가 불충분하다고 보인다.

(나) 청구법인의 ○○○솔루션이 청구외법인에서 사용하기에 적합한지 여부에 대하여 본다.

처분청은 청구법인의 ○○○솔루션은 조선기자재 수주산업용 특화 ○○○솔루션으로 동종업체인 청구외법인에서 사용하기에는 적합하지 않은 ○○○솔루션이라고 보고 있으나, 청구법인의 ○○○는 전사적자원관리를 내용으로 하는 통합정보시스템으로서 이를 주식회사 ○○○(제조업으로 각종 열교환기 및 관련 장치를 개발, 공급하는 업체)와 주식회사 ○○○(화공업으로 열경화성 사출성형 전문업체)에서 사용한 사실이 청구법인과 위 법인들간의 계약서 등에 의하여 확인되고 있으므로 모든 기업, 조직 등에 응용하여 사용이 가능한 제품으로 보인다.

(다) 청구법인과 청구외법인 사이의 계약일, 물품공급일자, 프로그램설치일 및 CD 제작일의 차이에 대하여 본다.

처분청은 청구법인이 공급한 ○○○프로그램을 청구외법인이 2004.12.17 및 2005.1.14 설치한 것으로 확인되고, 청구외법인의 Troxy CD는 2004.7.23 및 2004.9.8 각 전달받은 것으로 확인되므로 2004.12.27 세무조사가 실시될 즈음에 급조하여 설치되거나 CD가 전달된 것이라고 보았으나, 청구법인과 청구외법인 사이의 계약내용이 각 당사자가 생산한 CD 혹은 프로그램의 단순한 매매가 아닌 이상 CD의 제공 혹은 프로그램의 설치는 동 계약의 중요한 내용으로 볼 수 없고, 청구법인의 ○○○솔루션은 CD화된 프로그램의 판매만으로 계약이 종료되는 것이 아니라 지속적으로 유지, 보수, 관리하여야 하며, 통상 청구법인은 계약체결 당시 CD를 전달하거나 시리얼넘버를 부여하지 않고, 거래상대방이 요청할 경우 그때 그때 이를 전달 및 부여하고 있고, ○○○제품은 하루에도 수차례 수정되므로 CD내용이 항상 최신버전이 아닌 특성이 있다고 보인다.

또한, 청구법인은 쟁점세금계산서 발행일에 청구외법인의 PC에 청구법인의 프로그램을 설치하여 주었으나, 이후 업그레이드 과정에서 수정된 것이며, 청구외법인이 소지하고 있는 청구법인의 CD는 청구외법인의 요구로 시리얼넘버를 부여하여 2004.8.10경 전달하게 된 것으로 처분청의 세무조사 이전에 전달된 것으로 보이고, 청구법인은 청구외법인의 Troxy제품의 CD를 이 건 세무조사가 실시되기 이전인 2004.7.23 및 2004.9.8 전달받은 사실이 설치일자 사진, 시리얼번호 관리대장 등에 의하여 확인된다.

(라) 대금수수에 대하여 본다.

청구법인은 청구외법인으로부터 납품확인서를 받았고, 청구외법인의 요구에 의하여 설치한 프로그램을 관리한 사실이 납품확인서 등에 의하여 확인되므로 청구법인과 청구외법인의 거래는 사실상 매입․매출금액이 동일하기 때문에 금전을 주고받지 않아도 되는 것이나, 회계처리를 위하여 금융계좌를 통해 대금을 주고 받은 사실이 나타난다.

(4) 처분청이 이 건 거래와 관련하여 청구법인과 청구법인의 대표이사를 조세범처벌법위반 혐의로 고발한 사건에 대하여 ○○지방검찰청 ○○지청장은 혐의 없음으로 불기소이유고지○○○한 사실이 확인되고, 불기소이유 내용은 다음과 같다.

(가) 국세청 공무원 백○○○은 실제 세금계산서 발급일자와 자기들이 거래 증명으로 제시한 CD제조일자와 프로그램 설치일자가 다 틀리고, 실제 ○○○는 조선관련 특화솔루션으로 청구외법인에서 사용하는데 적합하지 않는 제품이며, 다른 거래처를 상대로 청구외법인에 판매한 금액으로 판매한 사실이 없고, 청구법인에서 제시한 시리얼넘버 관리대장상 기재 내용이 정상적으로 기재되어 있지만 청구외법인과의 고액거래임에도 기재되어 있지 않는 등 여러 정황으로 보아 가공거래한 것이어서 고발하게 된 것이라 주장하나, 피의자 신○○○는 청구외법인과 전략적 제휴 형태로 상호간에 판매를 잘하기 위해서 거래한 것으로 거래 당시 프로그램이 저장된 CD를 주고받지는 않았지만 ○○○ 판매시 청구외법인과 계약서를 작성하고 프로그램을 계약기간 중에 청구외법인 컴퓨터에 설치하고, 청구외법인으로부터 ○○○를 구입하여 회사 컴퓨터에 설치하였다고 변소한다.

(나) 참고인 안○○○(청구외법인 대표이사)는 피의자인 청구법인 및 청구법인의 대표이사 신○○○와 계약하고 계약기간 내 각자의 회사 컴퓨터에 프로그램을 설치하고, 컴퓨터의 경우 1년 정도 지나면 하드웨어를 업그레이드하는데 이 때 프로그램도 새로 설치한다고 진술하는 등 피의자 변소에 일치하는 진술을 하고, ○○○솔루션 판매계약서, ○○○솔루션 판매계약서, 개별계약서, ○○○은행 거래내역 조회, 대체전표, 설치일자 사진, 시리얼번호 관리대장 등을 종합하여 본 바, 피의자 신○○○와 참고인 안○○○는 각자 회사의 컴퓨터에 프로그램을 설치하였다며 재화의 공급을 주장하고 피의자가 국세청의 조사를 받을 때에도 프로그램을 설치해 주었다고 진술한 점, 고발인은 프로그램이 계약 이후에 설치되었다며 설치일자가 나와 있는 사진을 제시하였으나 참고인 이○○○는 하드웨어를 업그레이드하면서 프로그램을 재설치한 것이라고 진술하므로 프로그램이 계약 이후에 설치된 것임을 입증할 수 없는 점, 피의자와 참고인간에 거래로 인한 입출금 거래내역이 확인되는 점 등으로 보아 피의자 변소 배척하고 달리 피의자가 재화나 용역 공급 없이 세금계산서를 교부 및 교부받았다고 입증할 증거가 불충분하여 피의자 신○○○, 같은 주식회사 ○○○ 각 범죄 혐의 없어 모두 불기소함이 옳다고 생각된다.

(5) 위의 사실관계에서 본 바와 같이, 처분청이 조사한 내용만으로는 청구법인이 청구외법인과 교부 및 교부받은 쟁점세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서라고 인정할만한 입증자료가 불충분하고, ○○○지방검찰청 ○○○지청장의 불기소이유고지 내용 및 청구법인의 대표이사 김○○○와 청구외법인의 대표이사 안○○○가 처분청의 문답서 및 ○○○지방검찰청에서 이 건 거래가 전략적 기술제휴에 따른 실질거래라고 일관되게 진술하고 있으며, ○○○솔루션 판매계약서, ○○○솔루션 판매계약서, 개별계약서, 설치일자 사진, 시리얼번호 관리대장 등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.