주 문
○○○세무서장이 2004.11.15 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 674,140,480원, 2000사업연도 법인세 721,866,700원, 2001사업연도 법인세 1,118,524,400원, 2002사업연도 법인세 1,270,920,000원의 부과처분은 이를 취소하고, 2003사업연도 법인세 1,401,471,880원의 부과처분은 공급가액 139,351,614,996원에 대한 계산서 미교부 가산세의 적용을 배제하여 그 세액을 경정한다.
이 유
1. 처분개요
청구법인은 1983.9.1 지방공기업법 제76조 및 ○○○및운영에 관한 조례에 의거 ○○○가 전액 출자하여 설립된 법인으로서, 청구법인이 1999～2003사업연도 과세기간 중 조세특례제한법 제106조 제1항에 따라 부가가치세 면제대상인 ○○○의 시설물에 대한 관리용역을 제공하고 받은 사업비 1999년 64,248,609,773원, 2000년 69,955,197,482원, 2001년 106,030,361,827원, 2002년 115,705,654,453원 및 2003년 128,987,297,070원(이하 “쟁점사업비”라 한다)과 그 정산반환금 1999년 3,165,439,060원, 2000년 2,231,472,736원, 2001년 5,822,078,370원, 2002년 11,386,345,775원 및 2003년 10,364,317,926원(이하 “정산반환금”이라 한다)에 대하여 계산서를 교부한 사실이 없다.
처분청은 청구법인이 ○○○로부터 지급받은 쟁점사업비와 그 정산반환금이 계산서 및 수정계산서 교부대상에 해당한다는 ○○○국세청장의 지적에 따라 쟁점사업비와 정산반환금의 1%에 상당한 금액을 가산세로 하여 2004.11.15 청구법인에게 법인세 1999사업연도 674,140,480원, 2000사업연도 721,866,700원, 2001사업연도 1,118,524,400원, 2002사업연도 1,270,920,000원 및 2003사업연도 1,401,471,880원 합계 5,186,923,470원을 결정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2005.2.4 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 법인세법 제1조 제2호 나목의 규정에 의한 특별법에 의하여 설립되었고 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인으로 이익배당을 할 수 없으며 잉여금이 ○○○의 일반회계에 납입되므로 비영리법인에 해당한다.
(2) 쟁점사업비는 ○○○가 수행하여야 할 업무를 단순대행하고 집행잔액은 정산․반납되므로 대행사업외의 목적으로 사용할 수 없으며, 대행사업으로부터 수익의 창출이나 기대도 할 수 없어 소요경비를 보전받는 것에 불과한 예수금 성격으로 집행에 자율성이 없는 쟁점사업비를 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로 계산서 교부대상이 아니며, 설령 용역의 공급대가에 해당한다 하더라도 마진에 상당한 간접관리비에 대하여만 가산세를 부과하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인의 사업은 자체사업(임대사업)과 대행사업○○○으로 구분되고, 자체사업은 영리를 목적으로 하는 사업이며 대행사업도 사업비용은 위탁자가 전액 부담하도록 되어 있으며 지방공기업법시행령에서 위탁수수료를 받도록 되어 있어 영리를 목적으로 하는 사업에 해당하며, 이월결손금을 공제한 잔여 잉여금은 ○○○의 세입으로 납입하는 것이나 이는 명칭만 다를 뿐 이익배당에 해당하는 것이므로, 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 없어 가산세 적용이 배제되지 아니한다.
(2) 청구법인과 ○○○간에 체결한 위․수탁계약서를 보면 위탁의 범위를 정해 놓고 수탁사무를 청구법인의 의사결정에 따라 시행토록 하여 시행 전반에 대해 청구법인이 책임을 지고, 시설물 관리 소유권을 제외한 실질적인 관리는 청구법인의 권한과 책임하에 있어 독립된 사업자로서 용역을 공급하며, ○○○로부터 위탁수수료를 직접관리비와 간접관리비로 구분하여 지급받는다면 이는 자체적인 수수료 지급기준일 뿐 과세여부를 가르는 기준이 아니므로 전액 용역제공대가로서 익금산입되고 계산서 교부대상에 해당하는 바, 쟁점사업비를 시설물관리용역 제공대가로 보아 계산서 미교부가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 있는지 여부
(2) 청구법인이 비영리법인에 해당하는 경우 ○○○관리용역의 제공에 따른 쟁점사업비 및 그 정산반환금을 수익사업과 관련되지 아니한 것으로 보아 가산세의 적용을 배제할 수 있는지 여부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.(1998.12.28 개정)
6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
같은법시행령 제106조【부가가치세 면제 등】⑥ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.
22. 지방공기업법 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단
(2) 법인세법 제1조【정 의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.
가. 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인
나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인 (대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인 을 제외한다)
다. 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보 는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)
같은법 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산 ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할 인액 및 이익
3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생 기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로 서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하 여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인 하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것
(3) 법인세법 제76조【가산세】⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.
1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일 부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우
같은법시행령 제120조【가산세의 적용】② 법 제76조 제5항 및 제9항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.
1. 국가 및 지방자치단체
2. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 과 관련된 부분은 제외한다)
같은법 제121조【계산서의 작성ㆍ교부 등】① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
먼저, 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 있는지의 여부에 대하여 본다.
(1) 청구법인은 1983.9.1 지방공기업법 제76조 및 ○○○및운영에관한조례에 의하여 ○○○가 전액을 출자해 설립된 법인으로서, ○○○이 지정하는 시설물의 관리․운영을 대행하는 사업을 주된 사업으로 영위하면서 ○○○로부터 공영주차장관리, 어린이대공원관리 등 13개 대행사업별로 사업비를 수령․집행하고 매년 12.31 기준으로 잔액을 ○○○에 반납하고 있는 점에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.
(2) 법인세법 제1조 제2호를 보면 “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 및 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인으로 규정하면서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다고 규정하고 있다.
(3) ○○○ 조례 제23조를 보면 잉여금을 ○○○ 일반회계에 납입하도록 정하고 있으나, 청구법인의 경우 지방공기업법의 지방공사 관련규정을 대부분 준용하면서도 주주권 행사, 손익금 처리, 상법 준용규정 등을 준용대상에서 제외하여 영리성을 배제하고 있음을 알 수 있고, 또한 자본금을 ○○○가 전액 출자하도록 하고 있어 잉여금을 100% 출자자인 ○○○의 일반회계에 납입(정관 제30조)하는 것과 영리법인이 경영성과를 출자비율에 따라 출자자에게 분배하는 것과를 동일시하기는 어렵다 할 것이다.
(4) 그렇다면, 청구법인의 경우 설립근거인 지방공기업법에서 주주권 행사나 손익금 처리규정 등의 준용을 배제하고 있고 잉여금 전부를 출자자인 ○○○에 반납하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인을 법인세법 제1조 제2호의 규정에 의한 비영리법인에 해당○○○하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.
다음으로, 비영리법인인 청구법인이 ○○○의 관리․운영용역 제공과 관련하여 수령한 쟁점사업비 및 그 정산반환금이 수익사업과 관련되지 않은 것으로 보아 계산서 미교부에 따른 가산세의 적용을 배제할 수 있는지의 여부에 대해 본다.
(1) 청구법인의 정관 및 결산보고서 등을 보면 청구법인은 ○○○이 지정하는 시설물을 효율적으로 관리 운영함으로써 시민의 복리증진에 기여함을 목적으로 하고, 청사의 임대 등의 수익사업(자체사업)과 ○○○로부터 위탁받은 13개의 대행사업(공영주차장 관리, ○○○ 관리, 시립장재장 및 묘지 관리, 도시고속도로유지 관리, 혼잡통행료 징수, 전용도로청소, 녹지관리, ○○○식물원 ○○○ 관리, ○○○ 관리, 공동구 관리, 지하도 관리, ○○○공원 주차장 관리 및 피견인차량보관업무)을 수행하는 것으로 되어 있고, 그 대행사업의 수행에 따른 수입(각종 수수료, 입장료 등)은 청구법인에게 귀속되는 아니라 당일 또는 익일에 ○○○의 세입으로 입금되며 소요 경비는 사업비로서 ○○○의 예산으로 편성되어 지급받는 것임을 알 수 있다.
(2) 청구법인의 결산보고서 및 결정결의서 등에 의하면, 청구법인은 ○○○와 매년 “위․수탁관리계약”을 체결하고 부가가치세 면제대상인 ○○○의 시설물에 대한 관리․운영용역을 제공하고 수령한 쟁점사업비와 그에 대한 정산반환금은 아래 표와 같고, 차이조정액은 견인보관료수입 등으로 쟁점사업비와 그 반납액 모두에 대해 계산서 작성․교부 및 제출의무 불이행에 따른 가산세 대상액에 포함된 데에 대하여는 다툼이 없다. 처분청은 영리법인에 해당하는 청구법인이 아래 표의 쟁점사업비와 그 반납액에 대한 계산서 또는 수정계산서를 작성하여 교부하지 아니하였다 하여 동 금액의 1%에 상당한 가산세를 적용하여 이 건 과세하였음이 확인된다.
○○○
(3) ○○○로부터 위탁받은 13개 대행사업비에 대한 정산내역서 등에 의하면, ○○○가 대행사업별로 전년도의 세입실적(당일 또는 익일에 전액 세입조치)과 증감추이를 반영하여 ○○○의 예산으로 편성․확정된 사업비를 월별․분기별로 수령하여 대행사업별 종사직원의 인건비와 경비에 사용하고 그 잔액(예산집행잔액 및 자금정산반납액으로 표기)을 매년 말일 ○○○의 일반회계로 반납하며, 또한 간접관리비도 청구법인의 본부(지원부서) 인건비나 경비에 사용되는 것으로 확인되고 있어 대행사업비는 청구법인의 고유목적사업인 ○○○의 위탁관리에 따른 운영경비를 보전 받는 것에 불과할 뿐 수익성이 있는 사업으로는 보기 어렵다.
(4) 살피건대, 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하는 바○○○, 청구법인의 ○○○의 관리․운영에 따른 수수료뿐만 아니라 대행사업을 위하여 수령한 쟁점사업비에 대한 집행잔액 전액이 ○○○에 반납되어 동 사업의 모든 수익이 최종적으로 ○○○에 귀속되므로, 대행사업은 청구법인의 수익사업으로 보기 보다는 비영리법인의 고유목적사업인 비수익사업을 수행하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
(5) 그렇다면, 대행사업의 수행에 따른 수입은 모두 사업의 주체인 ○○○에 귀속되고 청구법인은 ○○○를 대신하여 업무를 수행하고 단순히 그 대행사업비를 수령하여 소요경비에 충당한 것으로, 이는 거래사실을 확인하는 과세자료로 활용하여 거래의 정상화나 과세표준의 양성화를 기하기 위한 조세행정상의 협력의무에 불과한 계산서 제도의 취지에 비춰 무리라고 할 것이다. 따라서 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기 위한 조세행정상의 협력의무인 계산서의 작성․교부대상에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 법인세법상 비영리법인이 수익사업을 영위한 것으로도 보기 어려운 이 건의 경우, 처분청이 ○○○로부터 대행사업비를 수령한 금액을 시설물관리․운영용역에 대한 용역대가라 하여 계산서 교부대상으로 보아 쟁점사업비와 그 정산반환금을 가산세 과세대상으로 하여 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.