주 문

○○세무서장이 2005.7.1. 청구인에게 한 부가가치세 2001년 제2기분 1,129,710원, 2002년 제1기분 20,795,300원, 2002년 제2기분 19,413,060원, 2003년 제1기분 17,719,470원, 2003년 제2기분 23,872,080원, 2004년 제1기분 20,755,430원, 2004년 제2기분 21,061,420원 및 종합소득세 2002년 귀속분 94,928,530원, 2003년 귀속분 104,434,690원의 부과처분은,

1. 청구인이 공병매입처로부터 수취한 매입세금계산서상의 기재액중 공병보증금을 제외한 취급수수료분을 재조사하여 그 금액을 매입세액공제 및 필요경비 산입하여 부가가치세와 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 1979.8.24.부터 ‘○○상회’라는 상호로 주류 및 음료제조회사 등(이하 “주류등제조회사”라 한다)에 공병(소주, 맥주, 콜라병 등)을 납품하고 공병보증금 및 취급수수료를 받는 사업자로서, 주류등제조회사와 병당 공병보증금과 취급수수료 단가를 약정하고 그 취급수수료에 대하여 매출세금계산서를 발행하고 있으나 공병보증금에 대하여는 부가가치세법시행령 제48조제7항에 의거 매출세금계산서를 발행하지 아니하고 있다.

청구인은 주류등제조회사에 공병을 납품하고 받는 공병보증금 전액을 공병매입처인 고물상 등에게 전액 지급하여야 하나 공병보증금에서 일정액을 공제한 금액을 지급하고 있으며, 그 고물상 등이 일반과세자인 경우에 공병대금이라는 명목으로 세금계산서를 수취하여 매입세액공제 및 필요경비산입하였다.

나. 이에 대해, 처분청은 청구인이 공병매입처에 지급한 금액은 공병보증금(세금계산서상은 ‘공병대’ 또는 ‘공병대금’)이므로 청구법인이 이들로부터 교부받은 세금계산서(2002년 제1기~2004년 제2기 공급가액 867백만원)의 매입세액을 불공제하고 동 매출원가 계상분(2002년~2003년 귀속분 626백만원)은 필요경비 불산입하여 2005.7.1. 청구인에게 2002년 제1기~2004년 제2기 부가가치세 124,746,470원을 경정고지하였으며, 2002년~2004년 급여지급액 256백만원의 신고누락분 등을 추인하는 등으로 2002년~2003년 귀속 종합소득세 199,363,220원 및 갑종근로소득세 8,529,760원을 결정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2005.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)공병보증금제도는 소비자가 당초 주류 등을 구입시 예치한 보증금을 공병을 반환하면서 당해 주류 등을 구입한 소매점 및 다른 소매점으로부터 돌려받는 제도로 공병의 재사용을 촉진하여 자원을 절약하고 환경문제를 해결하기 위하여 시행하는 제도로서 세법에서도 당해 사업자가 용기 또는 포장의 회수를 보장하기 위하여 받는 보증금은 과세표준에 포함하지 않도록 지원하고 있다. 동 제도는 주류등제조회사에 예치한 공병예치금의 최종 수령자는 당해 주류 등을 구입한 소비자가 되는 경우에 한하는 것이 동 제도의 입법취지에 부합하다고 할 것인데, 이 건의 경우 소비자가 공병반환을 포기하여 당초 소비자가 예치한 공병보증금이 소비자에게 반환되지 아니하고 공병수집업자 등이 수집하여 청구인에게 공급하는 것으로 청구인이 공병수집업자들에게 지급하는 금액은 주류등제조회사로부터 청구인이 수령하여 공병수집업자들에게 주류등제조회사를 대신하여 지급하는 공병보증금이 아니라 공병수집에 따른 취급수수료의 성질이라고 보아야 한다.

또한, 청구인은 공병수집업자들(고물상)로부터 공병을 매입하여 주류제조회사에 공급하는 공병전문수집업체로서 고물상으로부터 공병 매입시 당해 사업자들이 발행하는 세금계산서상의 금액을 지급하면서 그 공급가액을 기준으로 산정된 부가가치세를 거래징수당하여 왔으며, 매입한 공병은 주류제조회사에 공급하고 공병 수집 관련 수수료와 별도로 당해 공병에 관련된 보증금을 수령하는 방식으로 운영하였는데 공병매입처로부터 수취한 세금계산서상의 부가가치세는 정상적으로 거래․징수당하였으며 그들이 관련 부가가치세를 신고납부하였으므로 그 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 청구인은 공병수집업자들로부터 매입하여 주류등제조회사에 공급한 공병과 관련하여 주류등제조회사로부터 수령한 취급수수료만을 장부상 매출로 계상하면서 당해 공병을 상품으로 매출원가를 계상하였으나, 주류제조회사로부터 수령한 취급수수료 외의 공병보증금 2,517,574,838원(2002년 귀속 1,172,562,840원, 2003년 귀속 1,345,011,998원)은 장부상 수익으로 계상하지 않았으며, 또한 공병수집업자들에게 지급한 공병보증금에 해당하는 금액에 대하여도 장부상 비용으로 계상하지 아니하였다. 이는 소득세법 제80조제3항 및 소득세법시행령 제143조제1항제1호에 해당하므로 소득금액을 추계조사결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 소비자가 공병보증금의 수령을 포기한 공병을 공병수집업자가 다량으로 수집하여 청구인에게 공급하였는 바, 그 매입세금계산서 기재액이 공병수집에 따른 취급수수료의 성질이라고 주장하나,

첫째, 주류등제조회사는 일정액의 용기(공병)대금에 해당하는 보증금을 판매금액에 합하여 공급하고 추후 용기 등을 회수시 보증금을 돌려주는 공병보증금제도를 운용하고 있는 바, 청구인이 취급하는 공병은 주류등제조회사의 자산으로서 출고시 공병회수를 보장하기 위하여 보증금을 받고 있으며, 도소매업자나 소비자 등 누구라도 공병을 주류등제조회사에 회수하여 주면 공병보증금을 반환 받을 수 있는 공병보증금제도하에서 유통되고 있으므로 이는 최종적으로 공병보증금의 수령을 목적으로 유통되고 있고 또한 주류등제조회사의 자산이므로 재화의 공급에 해당되지 않는다 할 것이다.

현재 공병의 상거래 관행상 당초 공병보증금제도의 취지와는 달리 청구인과 같이 주류등제조회사와 계약을 체결한 전문공병수집업자만이 주류등제조회사에 공병을 수집하여 납품하고 공병보증금을 수령할 수 있으므로 고물상 등 일반 공병수집업자는 주류등제조회사에 공병을 수집 ․ 납품할 수가 없어 청구인과 같은 전문공병수집상에게 납품할 수밖에 없는 실정이다.

둘째, 청구인은 확인서와 같이 주류등제조회사와 공병보증금과는 별도로 공병 종류별로 병당 취급수수료 단가를 약정하여 납품하고 있으나, 이와는 달리 공병수집업자와는 별도의 공병 종류별 취급수수료 단가를 약정하지 않았으며, 거래관행상 공병의 종류별로 공병보증금에서 일정금액을 공제하여 지급하고 있고 취급수수료라고 주장할만한 약정서나 계약서 등의 증빙을 제시하지 못하고 있으며 설사, 청구인의 주장대로 수취한 세금계산서상의 공급가액이 취급수수료의 성질로서 용역의 대가라고 인정한다면 동 관련 매입액은 결산서상 매출원가의 항목으로서 이미 필요경비에 산입되었는 바, 주류등제조회사로부터 수령한 공병보증금 전액을 청구인의 소득금액으로 경정하여야 하므로 이는 거래관행에 부합되지 않을뿐더러 실질과세원칙에도 어긋난다 할 것이다.

따라서, 청구인이 공병수집업자로부터 수취한 매입세금계산서상의 공급가액은 그들에게 공병수집에 따른 수수료로 지급된 것이 아니고 공병대금의 명목으로 청구인이 주류등제조회사를 대신하여 소비자 등이 예치한 공병보증금 중에서 일정금액을 대급하고 수취한 세금계산서상의 금액이다.

또한, 청구인은 그 매입액이 공병보증금에 해당된다 하더라도 공병수집업자들이 공병보증금을 과세표준에 포함하여 청구인에게 부가가치세를 징수하여 신고 ․ 납부하였으므로 부가가치세법 제6조제6항제2호 및 부가가치세법시행령 제17조제2항 및 제3항에서 규정하는 사업의 양도에 관한 예외규정과 유사하고 매입세액불공제대상은 제한적 ․ 열거적 규정으로 부가가치세법 제17조제2항에 열거하고 있는 것 외에는 같은 법 제17조제1항에 의거 공제대상인 바, 그 금액이 공병보증금에 해당된다고 하더라도 이는 매입세액공제대상이라고 주장한다.

그러나, 청구인의 경우가 사업양도에 관한 예외규정과 유사하다는 주장은 동 규정을 확대해석하는 것이고, 공병보증금은 부가가치세법 제13조제5항 및 부가가치세법시행령 제48조제7항에 의하여 “통상적으로 용기 또는 포장을 당해 사업자에게 반환할 것을 조건으로 그 용기대금과 포장비용을 공제한 금액으로 공급하는 경우에는 그 용기대금과 포장비용은 과세표준에 포함하지 아니한다”는 규정에 해당하며 이와 같이 과세표준에 포함하지 아니하는 용기대금(공병보증금)은 각 거래 전단계별로 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이다.

(2) 청구인은 소득금액을 추계조사결정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 비치 ․ 기장한 장부와 증빙서류 중 일부에 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 나머지 부분을 근거로 과세표준을 계산살 수 있다면 당해 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하는 것이지 추계조사결정방법에 의하여 결정하여야 할것은 아니다. 청구인은 2002년~2003년 귀속 소득금액을 복식부기에 의한 외부조정으로 종합소득세를 신고한 사업자로서 손익계산서상 매출원가로 기재된 2002년 300,026천원, 2003년 346,463천원을 살펴보면, 이는 정상적인 사업자등록을 하고 사업을 영위하는 공병수집업자로부터 공병대금이라는 명목으로 수취한 세금계산서를 근거로 작성된 것으로서 매출원가에 해당되지 아니하고 공병보증금 관련 대급금으로서 계정과목의 오류이며, 또한 청구인의 매출은 주류등제조회사와 약정한 병당 취급수수료를 근거로 작성되었고 이를 근거로 주류등제조회사에 납품한 공병의 수량이 산출되므로 이에 대응하는 수량만큼 공병수집업자로부터 공병을 수집한 것은 누구도 부인할 수 없는 사실이며, 청구인이 주류등제조회사에 납품하고 받은 공병보증금은 2002년 1,171,376천원, 2003년 1,787,455천원으로 확인되고 이에 대응하여 공병수집업자들에게 대급한 공병보증금은 그들로부터 수취한 세금계산서 상당액을 포함하여 청구인의 확인서에 의하여 산출된 금액이므로 청구인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인이 공병수집업자로부터 수취한 매입세금계산서상의 매입액이 공병보증금인지 아니면 공병을 수집한 용역대가로 지급한 수수료인지와

그 금액이 공병보증금에 해당된다고 하더라도 공병수집업자들이 공병보증금을 과세표준에 포함하여 청구인에게 부가가치세를 징수하여 신고납부하였으므로 동 공병보증금이 매입세액공제가능한지 여부

② 청구인의 소득금액을 추계조사결정 할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

(2) 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 ․ 요금 ․ 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치 있는 것을 포함한다.

⑦ 통상적으로 용기 또는 포장을 당해 사업자에게 반환할 것을 조건으로 그 용기대금과 포장비용을 공제한 금액으로 공급하는 경우에는 그 용기대금과 포장비용은 과세표준에 포함하지 아니한다.

(3) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액 ․ 사업소득금액 ․ 일시재산소득금액 ․ 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조 【결정과 경정】

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(4) 소득세법시행령 제55조【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

청구인이 공병수집업자로부터 수취한 매입세금계산서상의 매입액은 공병보증금이 아니라 공병을 수집한 용역대가로 지급한 수수료이며 설령, 그 금액이 공병보증금에 해당된다고 하더라도 공병수집업자들이 공병보증금을 과세표준에 포함하여 청구인에게 부가가치세를 징수하여 신고 ․ 납부하였으므로, 동 금액은 매입세액 공제 및 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(가) 종합소득세조사종결보고서 등 처분청의 관련 기록에 의하면, 청구인은 복식부기에 의한 외부조정에 의하여 종합소득세를 신고한 사업자로서 공병매입처로부터 수취한 매입세금계산서의 품목에 공병보증금과 수수료를 따로 구분하지 아니하고 공병대, 공병, 공병대금 등으로 기재되어 있으며 그 매입액에 대하여 부가가치세매입세액공제를 하였다.

처분청은 청구인이 공병매입처로부터 수취한 매입세금계산서 기재액 626,403천원(2002년 298,140천원, 2003년 328,263천원)을 공병보증금 관련 매입세액이라 하여 매입세액 불공제 및 필요경비 불산입하였고, 청구인은 주류등제조회사와는 공병보증금 및 취급수수료 단가를 명기한 계약을 체결하고 매출세금계산서는 공병보증금을 제외한 취급수수료만 신고하였으며, 종합소득세 수입금액도 보증금을 제외한 취급수수료만 신고하였으며 공병매입처와는 서면계약을 체결함이 없이 차량으로 공병을 수집한다고 한다.

처분청은 청구인이 주류등제조회사로부터 수령한 취급수수료 828,302천원(2002년 384,984천원, 2003년 443,318천원)을 기초로 병당 단가를 역산하여 공병납품수량을 2002년 약 26,000천병, 2003년 약 30,000천병으로 산정하여 이 건 부가가치세 및 종합소득세를 결정고지하였으며,

또한, 청구인은 주류등제조회사로부터 받은 공병보증금 중 일정금액(병당 약 2원)을 공제한 금액을 공병매입처에게 지급하였고, 처분청은 그 공병보증금에서 공제한 114,197천원(2002년 52,899천원, 2003년 61,298천원)을 수입금액에 가산함과 동시에 청구인의 사업장에서 실제 근로를 제공한 청구인의 세 아들과 며느리, 외국인 근로자에게 지급한 급여 256,800천원(2002년 128,400천원, 2003년 128,400천원)과 지급이자 34,528천원(2002년 14,855천원, 2003년 19,673천원)을 필요경비로 추인하여 이 건 종합소득세를 결정고지하였다.

(나) 살피건대, 청구인은 공병매입처로부터 수집한 공병 매입금액 모두를 공병보증금이 아닌 취급수수료로서 매입세액공제 및 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구인은 공병매입처로부터 수취한 세금계산서에 대하여는 매입세액으로 공제를 하면서도, 주류등제조회사에는 보증금을 제외한 취습수수료만 매출세금계산서를 발행함으로써 이는 일정기간 중 매출액 전체에 대하여 세율을 적용하여 계산한 세액(매출세액)에서 매입시 거래징수 당한 세액(매입세액)을 공제한 금액을 납부세액으로 하는 전단계세액공제방식을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에 부합하지 아니하고 처분청이 청구인이 주류등제조회사로부터 받은 보증금에 대하여는 과세를 하지 아니하였는 바, 청구인이 공병매입처로부터 수취한 세금계산서의 매입액에 대하여는 공병보증금과 취급수수료가 함께 있는 것으로 보이므로 청구인은 주류등제조회사에게 발행하는 것과 같이 이들에게서도 보증금을 제외한 취급수수료에 대하여만 구분하여 세금계산서를 수취하여야 하는 것이 법리에 부합하는 것이므로 동 매입세액 모두를 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없으나, 청구인이 공병매입처로부터 수취한 매입세금계산서 기재액 중 공병보증금을 제외한 취급수수료에 해당하는 금액은 매입세액공제 대상으로 보아야 하므로 청구인이 공병수집업자들로부터 수취한 매입세금계산서의 기재액 중에서 공병보증금을 제외한 취급수수료분을 재조사하여 이를 매입세액공제 및 필요경비에 산입하는 것이 합리적이라고 판단된다.

(다) 한편, 청구인은 위 매입액이 공병보증금에 해당된다 하더라도 공병수집업자들이 위 매입액에 대하여 청구인으로부터 부가가치세를 거래징수하여 신고 ․ 납부하였으므로 부가가치세법 제6조제6항제2호 및 부가가치세법시행령 제17조제2항 및 제3항에서 규정하는 사업의 양도에 관한 예외규정과 유사하고 매입세액불공제대상은 부가가치세법 제17조제2항에 열거하고 있는 것 이외에는 같은 법 제17조제1항에 의거 공제대상이므로 매입세액공제대상이라고 주장한다.

그러나, 청구인의 경우가 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 의미하는 부가가치세법 제6조제6항제2호의 사업의 양수도로 보기는 어렵고, 공병보증금은 부가가치세법 제13조제5항 및 부가가치세법시행령 제48조제7항에 의하여 “통상적으로 용기 또는 포장을 당해 사업자에게 반환할 것을 조건으로 그 용기대금과 포장비용을 공제한 금액으로 공급하는 경우에는 그 용기대금과 포장비용은 과세표준에 포함하지 아니한다”는 규정에 비추어 볼 때, 청구인의 위 주장은 이유없다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 청구인의 소득금액을 추계조사방법으로 결정하여야 한다고 주장한다.

그러나, 청구인은 복식부기에 의한 외부조정으로 신고한 사업자로서 손익계산서상 매출원가로 계상된 2002년 300,026천원, 2003년 346,463천원은 정상적인 사업자등록을 하고 사업을 영위하는 공병수집업자들로부터 공병대금이라는 명목으로 수취한 세금계산서를 근거로 작성되었고, 처분청이 그 매입분(626,403천원)을 공병보증금으로 보아 필요경비 부인하면서, 종업원 급여 256,800천원과 지급이자 34,528천원 등을 필요경비로 추인한 사실로 볼 때, 청구인은 소득세법시행령 제143조에서 규정한 “과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”로 볼 수 없어 소득금액을 추계조사결정하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.