주문

1. 피고가 2005. 8. 1. 원고에 대하여 한 종합소득세 2001년 귀속 2,054,640원, 2002년 귀속 5,665,370원, 2003년 귀속 1,788,100원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 40%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

주문 제1항과 같은 판결 및 피고가 2005. 8. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 2001년 2기분 1,103,540원, 2002년 1기분 2,040,670원, 2002년 2기분 1,684,550원, 2003년 1기분 527,480원, 2003년 2기분 599,350원의 각 부과처분을 취소한다.

이유

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1993. 2. 1.부터 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○에서 ‘○○○’라는 상호로 단란주점을 운영해 오면서 2001년 2기부터 2003년 2기까지 주식회사 ○○실업(이하 ‘ ○○실업’이라 한다)과 유한회사 ○○주류(이하 ‘○○주류’라 한다)로부터 주류를 매입하고 아래 표 기재 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받았다는 이유로 각 과세기별 부가가치세 신고시 매출세액에서 매입세액을 공제하는 한편, 각 과세연도 종합소득세 신고시 필요경비로 계상하여 부가가치세와 종합소득세를 납부하였다.

나. ○○지방국세청장은 2004. 8. 17.부터 2004. 10. 14.까자 ○○실업과 ○○주류에 대한 주류유통과정 추적조사를 한 결과, 이 사건 세금계산서가 위장가공거래로 확인되었다는 이유로 이 사건 세금계산서에 대한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 2005. 8. 1. 원고에게 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니하고 2001년 2기분 부가가치세로 1,103,540원(가산세 포함, 이하 같다), 2002년 1기분 부가가치세로 2,040,670원, 2002년 2기분 부가가치세로 1,684,550원, 2003년 1기분 부가가치세로 527,480원, 2003년 2기분 부가가치세로 599,350원을 각 경정∙고지하는 한편, 이 사건 세금계산서상 2001년 2기 공급가액인 5,991,000원, 2002년 공급가액 합계인 21,802,000원, 2003년 공급가액의 합계인 8,098,000원을 각 해당 과세연도의 필요경비로 공제하는 것을 부인하여 2001년 귀속 종합소득세로 2,054,640원, 2002년 귀속 종합소득세로 5,665,370원, 2003년 귀속 종합소득세로 1,788,100원을 각 경정∙고지하는 이 사건 과세처분을 하였다(원고는 이 사건 과세처분에 불복하여 2005. 10. 26. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2005. 12. 29. 기각되어 2006. 1. 6. 그 결정문을 송달받았다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 8, 갑 7호증의 1 내지 6. 갑 8호증의 1 내지 25, 을 1호증의 1 내지 5, 을 2호증의 1, 2, 3의 각 기재

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 권○○가 준 명함을 보고 권○○를 ○○실업의 영업부장으로 알고서 그 명함에 기재된 전화번호로 주류를 주문하여 배달받은 다음, 그 대금은 원고 명의의 주류구매전용통장에 입금하거나 예외적으로 권○○가 현금으로 수금하는 경우 권○○가 직접 원고 명의의 주류구매전용통장에 입금하였는바, 설령 원고에게 주류를 공급한 권○○가 ○○실업이나 ○○주류의 직원이 아닌 독립된 사업자에 해당하여 권○○로부터 ○○실업 또는 ○○주류 명의로 발행된 이 사건 세금계산서를 교부받고 거래한 행위가 원고와 ○○실업 또는 ○○주류와의 거래가 아닌 원고와 권○○ 간의 거래에 해당하여 결과적으로 원고가 권○○로부터 받은 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것에 해당한다 하더라도, 원고는 이러한 사실을 알지 못한 채 세금계산서를 받은 선의의 거래자이므로 이 사건 세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 함에도, 피고가 이를 가공거래라 하여 매입세액을 공제하지 아니한 채 부가가치세를 경정∙고지한 이 사건 과세처분은 위법하다.

⑵ 설사 원고가 이 사건 세금계산서상 공급자가 사실과 다르게 발행된 사실을 알고 있었다고 하더라도, 실제 원고는 권○○로부터 주류를 구입하여 단란주점에 온 손님들에게 판매하였으므로, 원고가 주류를 매입하면서 발급받은 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당은 종합소득세를 산정함에 있어서 필요경비로 공제되어야 할 것임에도 이와 다른 전제에서 필요경비로 공제하는 것을 부인한 채 원고에게 종합소득세를 경정∙고지한 이 사건 과세처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ ○○실업은 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○에 있는 회사로 대표자는 김○○이고, ○○주류는 ○○실업에 인접한 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○에 있는 회사로 대표자는 김○○이며, 대표자인 김○○과 김○○은 아버지와 아들 사이이다.

⑵ ○○지방국세청장은 앞서 본 바와 같이 ○○실업과 ○○주류에 대하여 주류유통과정 추적조사를 실시하였고, ○○실업과 ○○주류의 사무실에 있는 컴퓨터 본체에 내장된 실제 장부의 거래처별 매출액과 부가가치세 신고시 제출한 매출처별 세금계산서 합계표를 대조하여 조사한 결과, 직영으로 거래한 매출처 약 200여 군데를 제외한 나머지 거래(○○실업 : 2,242개 업체, 343억 원, ○○주류 : 2,831개 업체, 373억 원)가 세금계산서를 과다 발행하였거나 위장 발행한 것으로 확인되었는데, ○○실업과 ○○주류는 직영으로 거래한 매출처를 제외한 나머지 주류를 무면허 중간도매상과 일명 “지입차주”(주류소매점이나 음식점 등 고정거래처를 가진 전직 판매사원 등이 주류도매업자와의 음성적으로 차량을 지입하는 형태의 계약을 체결한 후 주류를 공급받아 자기의 고정거래처에 배달∙판매하는 등 모든 거래를 자기의 책임하에 행하는 무면허 주류판매업자를 말함)에게 무자료로 주류를 공급하고, 세금계산서를 무면허 주류도매상과 지입차주가 지정하는 업소에 발행하여 주는 형태로 거래하였다(○○실업과 ○○주류는 이로 인하여 종합주류 도매면허가 취소되어 2004. 12. 30.자로 폐업처리되었다).

⑶ 권○○는 원래 주류도매업을 하는 ○○상사의 영업부장으로 근무하다가 2001. 7.경 ○○주류 직원의 소개로 ○○실업과 ○○주류로부터 무자료로 주류를 공급받아 주로 ○○동지역에서 주류를 판매하는 이른바 지입차주 영업을 하였고, 원고와는 ○○상사에서 근무할 당시부터 거래를 하였는데, 그 거래형태를 보면 권○○는 원고로부터 전화로 주류주문을 받으면 ○○실업과 ○○주류로부터 주류를 구입하여 ○○실업과 ○○주류에게 자신이 소지하고 있던 원고 명의의 주류구매전용카드로 주류대금을 결제하였고, 원고는 권○○로부터 주류를 공급받은 후 직접 ○○농협 ○○지점에 개설된 원고 명의의 주류구매전용통장에 입금하거나 권○○에게 현금으로 지급하였으며, 그에 따라 원고 명의의 주류구매전용통장에는 대부분 원고 또는 그의 남편인 김○○이 무통장 입금, 폰뱅킹 계좌이체, 현금자동입출금기에 의해 현금 또는 수표를 입금한 것으로 나타나 있고, 권○○는 2002. 10. 31. 2,154,000원을 입금한 것으로 나타나 있다.

(4) 한편, 권○○는 매월 ○○실업, ○○주류로부터 이 사건 세금계산서를 발행 받아 원고에게 교부하여 주었는데, 2001년 2기분부터 2003년 2기분까지의 과세기간 동안 이 사건 세금계산서상 나타난 공급가액과 부가가치세의 합계는 39,480,100원이고, 같은 과세기간 동안 원고 명의의 주류구매전용통장에서 ○○실업, ○○주류가 주류대금으로 인출해 간 금액은 부가가치세를 포함하여 모두 42,613,000원이다.

(5) 피고는 권○○를 개인사업자로 보고 부가가치세와 종합소득세를 부과하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증의 1, 2, 3, 갑 4호증의 1, 2, 갑 6호증, 갑 7호증의 1 내지 6, 갑 8호증의 1 내지 25, 갑 9호증의 1 내지 113, 갑 11호증의 2, 갑 13호증의 1, 2, 3, 을 3호증, 을 4, 5호증의 각 1, 2의 각 기재, 증인 권○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 부가가치세 산정에 있어서 원고가 선의의 거래자로서 그 매입세액 상당을 공제할 수 있는지 여부

위 인정사실에서 나타난 바와 같이 원고가 주류를 공급받은 권○○는 ○○실업과 ○○주류의 직원이 아니라 ○○실업과 ○○주류로부터 무자료로 주류를 공급받아 자기의 고정거래처에 판매하는 등 모든 거래를 자기의 책임하에 행하는 무면허 주류 판매업자인 이른바 지입차주이므로, 이 사건 세금계산서는 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이라고 볼 수 없다.

다만, 원고의 주장과 같이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되어 사업자가 받은 세금계산서가 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이 아니라는 것이 밝혀졌다고 하더라도 거래선이 위장사업자라는 사실을 알지 못하였으며 또 그 알지 못하는 데에 잘못이 없는 선의의 거래당사자가 그 세금계산서에 의하여 부가가치세 신고를 한 경우에는 그로 인하여 실지사업자가 아닌 자가 공급자로 되었더라도 그 매입세액은 공제되어야 할 것이나(대법원 1989. 10. 24. 선고 89누2134 판결 참조), 이 경우 선의의 거래당사자라는 입증은 이를 주장하는 자가 하여야 할 것이다.

이 사건에서, 원고의 주장자실에 부합하는 듯한 증인 권○○의 일부 증언은 믿기 어렵고, 갑 5호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없고, 오히려 앞서 본 바와 같이 원고는 권○○와 오랜 기간 거래하면서 권○○의 전화로 주문을 하였고, 이를 배달하여 준 사람이 항상 권○○였다는 점, 주류를 공급하는 조건은 주류공급회사마다 달라 오랜 기간 거래해 온 공급회사를 변경하는 것은 쉽지 아니할 것인데도 권○○가 근무하는 소속회사 또는 지입회사를 변경할 때마다 권○○로부터 변경된 회사가 발행한 세금계산서를 교부받고 주류를 공급받아 온 점 등에 비추어 원고는 권○○가 ○○실업과 ○○주류의 직원이 아닌 사실을 알았으리라고 보인다. 따라서 원고가 권○○로부터 주류를 구매하면서 교부받은 이 사건 세금계산서상의 부가가치세는 매입세액으로 공제할 수 없다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 세금계산서상의 공급가액이 실제로 지출되었다고 인정하여 종합소득세 산정시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

(가) 살피건대, 국세기본법 제14조에서 정하는 실질과세의 원칙상 납세의무자가 제출한 세금계산서가 허위임이 밝혀졌다고 하더라도 허위 세금계산서 상당 금액이 실제로 지출된 경우에는 이를 종합소득세 산정시 필요경비로 공제할 수 있다 할 것이다.

(나) 이 사건에서, 앞서 본 바와 같이 ① ○○실업, ○○주류는 원고를 비롯한 소매업자들과 직접적인 거래관계 없이 세금계산서를 발행하기는 하였으나, 그 실질 거래처는 이른바 ‘지입차주’ 및 ‘중간도매상’이라고 밝혀 실제 주류 공급은 있었다고 밝히고 있는 점, ② 이른바 지입차주인 권○○도 원고에게 실질거래 없이 이 사건 세금계산서를 교부한 것이 아니라 실질거래 후 ○○실업, ○○주류로부터 세금계산서를 발급받아 교부한 것이라고 진술하고 있는 점, ③ 비록 약간의 차이가 있기는 하지만 이 사건 세금계산서상의 공급가액에다 부가가치세를 합한 금액과 원고 명의의 주류구매전용통장에서 ○○실업 또는 ○○주류가 주류대금으로 인출해 간 금액이 비슷한 점, ④ 원고 명의의 주류구매전용통장에 대부분 원고 또는 그의 남편인 김○○이 무통장 입금, 폰뱅킹 계좌이체, 현금자동입출금기를 통해 주류구매대금을 입금하였고, 원고 명의의 주류구매통장에 나타난 권○○의 입금내역은 단 1회로서 그 금액이 2,1540,000원에 불과한 점, ⑤ 피고는 이 사건 과세처분 이외에 권○○에게 개인사업자로서 원고를 비롯한 다른 소매업자들과 거래한 내역을 토대로 부가가치세와 종합소득세를 부과하였는바, 이는 권○○가 원고를 비롯한 다른 소매업자들과 주류를 실제로 거래하였다는 것을 전제로 하는 것임에도 이 사건 세금계산서 상당의 금원을 실질거래가 없었다고 부인하는 것은 서로 모순되는 점 등 이 사건 변론에 나타난 여러 사정에 비추어 보면, 원고와 권○○사이에 이 사건 세금계산서 상당의 실질거래가 있었다고 봄이 상당하다.

(다) 따라서 피고가 2001년 2기 공급가액인 5,991,000원, 2002년 공급가액 합계인 21,802,000원, 2003년 공급가액의 합계인 8,098,000원을 각 해당 과세연도의 필요경비로 공제하는 것을 부인하여 한 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 원고에 대한 각 종합소득세 부과처분은 위법하다 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.