주 문

○○세무서장이 2006.2.6. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 10,825,700원, 2004사업연도 법인세 8,297,810원 및 2004년 제2기분 부가가치세 3,202,290원의 부과처분은 청구법인이 2003사업연도 중 ○○공업에게 지급한 6,631,400원을 수선비로 손금산입하고, 2004년 제2기 중 ○○공업사에 대한 매출액에서 19,415,200원을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 1997.7.1.부터 ○○도 ○○시 ○○동 ○○에서 산업기계부품 제조업을 영위하는 법인으로, 처분청의 청구법인에 대한 법인세 정기조사결과에 따라 청구법인이 2004년 제2기 ○○공업사(사업자등록번호 000-00-00000)에 대한 세금계산서 불부합자료 19,415천원(공급가액, 이하 “쟁점1금액”이라 한다) 상당의 매출을 누락한 것으로 보아 익금산입하고,

청구법인이 2003년 제조원가명세서상 ○○공업(사업자등록번호 000-00-00000, 대표자 김ㅇㅇ)에게 지급한 수선비 중 세금계산서를 수취하지 아니한 6,631천원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)을 가공원가로 보아 손금불산입하는 등 2006.2.6. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 10,825,700원, 2004사업연도 법인세 8,297,810원, 2004년 제2기분 부가가치세 3,202,290원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.4.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 ○○테크(000-00-00000, 대표자 오○○)에게 쟁점1금액 상당의 매출거래가 있은 것으로 하여 처분청에 신고하였으나, ○○테크와 상호 특수관계회사인 ○○공업사도 경리직원의 실수로 쟁점1금액 상당의 매입거래가 있은 것으로 중복신고하였는 바, 처분청은 ○○공업사가 폐기한 쟁점1금액에 대한 세금계산서를 근거로 하여 청구법인이 ○○공업사에게도 쟁점1금액 상당의 매출거래가 있은 것으로 추정하여 과세한 당초 처분은 취소되어야 한다.

청구법인이 ○○공업으로부터 쟁점2금액 상당의 세금계산서는 수취하지 못하였지만 전체 수선비 및 외주가공비 16,231천원이 금융기관을 통하여 ○○공업에게 지급되었으므로, 수선비로 계상한 12,331천원 중 처분청이 매입세금계산서 수취분 5,700천원을 차감한 쟁점2금액을 가공원가로 보아 과세한 당초 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

당초 청구법인에 대한 법인세 조사시 ○○공업사는 2004.8.31.자로 쟁점1금액 상당의 거래가 청구법인과 이루어졌다는 사실은 확인한 점, 같은날 청구법인이 발행한 쟁점1금액 상당의 각 세금계산서상에 ‘공급받는 자’가 ○○공업사로 기재되어 있는 점, ○○공업사가 과세 전적부심사기간 중 2005.11.29. 서둘러 매입액을 수정신고한 점, 수정 신고한 매입처별세금계산서를 보면 청구법인에 대한 매입액을 감액시키는 대신 ○○금속외 2개업체의 매입액을 증액시켰으나 이들 업체는 ○○공업사에 대해 매출액을 증액시키는 수정신고를 이행하지 아니한 점 등으로 보아 당초 처분은 정당하다.

처분청은 ○○공업이 2003사업연도 중 청구법인과 5,700천원 상당의 거래에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하였음을 확인하였고, 청구법인이 ○○공업에게 수선비로 지급하였다고 주장하는 12,331천원 중 현금지급액 1,800천원(2003.3.31)과 어음지급액 7,000천원(2003.8.28)에 대한 실제 지급사실이 불분명한 점, 청구법인의 ○○공업에 대한 수선비 12,331천원은 2003.3.24.부터 2003.8.28까지 지급된 반면, 수선비 중 세금계산서는 2003.2.20부터 2003.11.29.까지 발행된 점으로 볼 때. 청구법인의 대금지급시기와 ○○공업의 세금계산서 발행시기가 통상적인 상거래관행상 일치하지 않아 실지거래사실을 인정하기 어려우며, 청구법인이 쟁점2금액 상당의 거래사실을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점1금액을 매출누락으로 본 처분의 당부

(2) 제조원가명세서상의 수선비 계상액 중 세금계산서 미수취금액인 쟁점2금액을 가공원가로 본 처분의 당부

나. 관련법령

○ 부가가치세 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】

사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하 여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하 여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자 를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○테크의 대표자 오○○에게 쟁점1금액(19,415천원) 상당의 매출이 있은 것으로 처분청에 신고하였으나, 쟁점1금액 상당의 거래가 없었던 ○○공업사 대표자 오○○도 경리직원의 실수로 쟁점1금액 상당의 매입이 있었다고 중복신고함에 따라, 청구법인이 쟁점1금액 상당을 각각 ○○공업사 및 ○○테크에 이중으로 매출한 것으로 처분청이 추정하여 과세하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 제출한 ‘○○테크의 거래사실 확인서’에 의하면, ○○테크의 대표자 오○○이 2004.4.30.부터 2004.12.31.까지 청구법인으로부터 외상매입한 총 7건의 물품대금(공급가액) 109,797,270원 중 쟁점1금액 상당의 거래가 2004.8.31. 이루어졌음을 2006.4.5.자로 확인한 것으로 나타난다.

(나) ○○공업사 대표자 오○○은 2004.8.31. 청구법인으로부터 쟁점1금액 상당의 매입거래가 있었음을 처분청에 2005.11.22.자로 확인하여 주었음이 처분청이 제시한 오○○의 ‘거래처 조회전표 자료’ 사본에 의하여 확인된다. 또한, 그가 확인한 날로부터 3일 후인 2005.11.25. 청구법인에게 청구법인과는 쟁점1금액 상당의 매입거래가 없었음을 확인하고, 청구법인에 대하여 쟁점1금액을 차감시키는 대신 동액만큼 ○○금속외 2개업체에 대한 매입액을 증액시켜 2005.11.29.처분청에 수정신고한 사실이 ‘거래사실확인서’ 사본 및 심리자료에 의하여 확인된다.

(다) 오○○은 오○○의 아버지이며, 오○○은 2003.2.4. ○○테크의 사업장(○○도 ○○시 ○○면 ○○리 224-1)을 오○○의 사업장소재지인 ’○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지‘로 이전하였으며, 오○○과 오○○의 세무업무를 담당하고 있는 세무대리인은 ’세무사 이○○‘으로 동일인임이 호적등본 사본 및 국세청통합전산망자료 사본에 의하여 확인된다.

(라) 오○○이 쟁점1금액에 대한 거래사실을 처분청에 확인한 후 곧바로 청구법인에게 위 거래사실을 부인하고 수정신고한 점, 오○○과 오○○은 부자관계이며 사업장소재지와 세무대리인이 동일인인 점등을 감안할 때, 오○○(○○공업사)의 회계직원이 착오로 청구법인으로부터 쟁점1금액에 상당하는 매입거래가 있은 것으로 하여 신고한 것으로 보이는 바, 쟁점1금액을 청구법인이 ○○공업사에 실제로 매출한 것으로 보기 어려우므로 처분청의 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 청구법인이 ○○공업으로부터 쟁점2금액(6,631천원) 상당의 매입거래에 대하여 세금계산서를 수취하지는 못하였지만 전체 수선비 16,231천원이 금융기관을 통하여 ○○공업에게 지급되었음을 근거로 실지거래가 있었다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 지급하였다고 주장하는 전체 수선비 중 일부의 지급사실이 불분명하고, 청구법인이 수선비를 지급한 시기와 ○○공업이 세금계산서를 발행한 시기가 일치하지 않아 쟁점2금액 상당의 실지거래가 있었다고 보기 어렵다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 청구법인이 전체 수선비를 지급한 시기와 ○○공업이 쟁점2금액 상당의 세금계산서를 발행한 시기가 일치하지 아니한다는 증빙으로 제출한 자료는 다음 〈표1〉 과 같다.

〈표1〉

(단위 : 원)

(나) 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면, 2003사업연도 중 ○○공업에 지급한 수선비 및 외주가공비 거래는 총 7건으로 거래대금은 16,231천원(공급가액)이며, 그 내역은 아래 〈표 2〉에서 보는 바와 같이 수선비 5건에 12,731천원, 외주가공비 2건에 3,500천원이며, 이 중 세금계산서를 발행한 거래는 총 4건에 5,700천원인 것으로 나타난다.

청구법인은 처분청이 2003.3.24~2003.8.28. 기간 중 지급한 수선비 총액을 12,331천원(4건)으로 본 것은 사실과 다르다고 주장하고 있다.

〈표 2〉

(단위 : 천원)

* 세금계산서(4매) 발행분(5,700천원)

(다) 위 〈표 2〉에서 청구법인이 수선비 및 외주가공비로 지급하였다고 주장하는 16,231천원(공급가액) 중 송금분 7,231천원은 청구법인의 ○○은행 거래계좌(000-00-000000) 및 ○○은행 거래계좌 (000-000000-00-000)를 통하여 김○○(○○공업 대표)의 ○○은행 거래계좌(00000000000)에 입금되었음이 청구법인이 제출한 ○○은행 및 ○○은행 거래계좌 사본에 의하여 확인된다.

(라) 청구법인이 2003.8.28. 기계수리비 명목으로 지급한 7,000천원 상당의 약속어음(자가 00000000)과 2003.10.9. 외주가공비 명목으로 발행하여 지급한 2,200천원 상당의 약속어음(자가 00000000)이 김○○에게 지급되었음이 청구법인이 제출한 위 약속어음의 각 사본에 의하여 확인된다.

(마) 위 사실관계를 종합해 보면, 2003.2.22.부터 2003.11.19.까지 총7건의 ‘수선비 및 외주가공비’의 거래금액 16,231천원(공급가액)이 청구법인이 거래하는 금융기관의 거래계좌를 통하여 송금되고, 청구법인이 발행한 약속어음이 지급된 사실이 확인된 점으로 보아 쟁점2금액을 ○○공업으로부터 실제 매입하였으나 세금계산서를 교부받지 않았다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보이므로 쟁점2금액을 당해연도 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.