주 문

심판청구를 각하합니다.

이 유

1. 처분개요

가. ○○지방국세청장은 청구법인에 대한 1995년 ~ 2002사업연도에 대한 법인세조사 결과, 청구법인이 10,783,977,007원을 가공원가 및 가공급여로 계상한 사실을 확인하고 동 금액을 1995년 ~ 2001년 귀속 실직대표자 김○○에 대한 상여로 소득처분하여 2003.8.11. 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

나. 2003.12.9. 청구법인은 위 상여처분에 따른 갑종근로소득세 4,414,653,906원를 원천징수하여 자진납부하고 지급조서를 제출한 후 2005.9.2. 위 원천징수하여 자진납부한 갑종근로소득세에 대하여 상여처분의 귀속자가 잘못된 처분이라는 등의 사유로 처분청에 경정청구 하였으나 2005.10.20. 처분청이 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 사실상의 대표자를 김○○로 보고 1995년 ~ 2001년 귀속 상여처분을 김○○에게 하였으나, 김○○는 1990년도 초반경에 청구법인의 주식을 전량 처분하고 당시 미국에 체류하면서 건강상태도 좋지 않아 청구법인의 경영에 관여할 형편이 아니었고 이사회의 일원으로 활동하거나 집행 및 대표권을 행사하지도 않았으며, 청구법인의 고문자격으로 해외영업과 기술개발 및 도입관련 업무를 자문하는 역할만 하였으므로 법인의 경영을 사실상 지배하였다고 볼 수 없으며, 동 기간동안 조○○, 김○○이 각기 대주주(1996년말 현재 각 45%) 겸 대표이사로 등재되어 있었고 실제로 이사회 및 주주총회에 참석하여 경영권 및 의결권을 행사하였으며, 청구법인을 법률적으로나 실질적으로나 지배하고 있었으므로 조○○, 김○○이 사실상의 지배자이며, 단지 외견상 김○○의 형으로서 도덕적 예우만을 근거로 엄연히 대주주이자 등기부상, 사실상 대표이사인 조○○과 김○○이 존재함에도 김○○를 청구법인의 대표자로 보아 이 건 소득금액변동통지를 한 것은 법인세법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에 위반되는 처분이다.

또한, 대법원은 소득세법의 규정에 의하여 대표이사 등에 대한 원천징수 소득세를 법인으로부터 징수하려면 대표이사 등에 대한 소득의 현실적 귀속 및 소득의 종류를 주장, 입증하여야 하고, 법인으로부터 사외유출된 소득의 귀속자가 분명하게 밝혀지지 아니한 경우 그것이 대표이사에게 현실적으로 귀속되었다고 추정할 수 없다고 판시하고 있다(대법원1999.12.24.선고 98두16347).

소득세법 제1항은 “ 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자 ”에 한하여 원천징수의무를 부담시키고 있는 바, 대표자 인정상여 소득처분에 관한 법인세법 제67조는 법인의 익금을 대표자에게 귀속시키는 조항이지 대표자에게 그 금액을 지급한 것으로 보는 조항이 아니며, 소득세법시행령 제192조(소득처분에 의한 배당 ․ 상여 및 기타소득의 지급시기 의제) 역시 상여처분의 지급시시를 의제하는 조항이지 당해 법인이 그 상여를 지급한 것을 의제하는 조항은 아니다. 이 건의 경우에도 김○○에게 소득처분금액의 귀속이 입증되지 않아 청구법인은 그 처분소득에 대한 원천징수의무를 부담하지 않음에도 그 원천징수의무를 명한 것이므로 소득금액변동통지는 위법하다.

사외유출된 소득금액이 귀속자가 명백히 김○○호 확인되었다고 하더라도 김○○의 1995년 ~ 1997년 귀속 소득금액에 대한 종합소득세 납세의무와 청구법인의 원천징수의무는 부과제척기간 5년의 경과로 각 소멸하였으므로 이에 반하여 김○○의 소득에 대한 원천징수 의무를 명한 이 건 소득금액변동통지는 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 법인등기부상 대표자인 조○○, 김○○은 명의상 대표자일 뿐이고, 실질대표자는 김○○로 의사결정 참여 및 집행, 대표권을 행사하는 등 실질적인 경영권을 행사한 사실이 청구법인의 내부서류에 의하여 분명하게 확인되므로 소득의 귀속자를 청구법인의 대표이사이자 대주주인 조○○과 김○○으로 하여야 한다는 청구주장은 이유가 없다.

또한, 청구법인이 가공세금계산서를 수취하여 포탈한 부가가치세와 법인세의 부과제척기간은 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하여 동 부가가치세와 법인세의 신고기한 종료일의 다음날로부터 10년으로 적용하는 것이 타당하고, 또한, 사기 기타 부정한 행위에 의해 가공원가를 계상함으로써 법인세를 포탈하여 부과제척기간을 10년으로 적용받는 경우 동 가공원가를 상여처분하여 귀속자에게 종합소득세가 부과되는 경우 그에 대한 부과제척기간도 동 상여처분금액의 귀속연도 종합소득세의 신고기한 다음 날부터 10년으로 적용하는 것이므로 1995 ~ 1997년 귀속 소득처분금액의 귀속자에 대한 종합소득세의 부과제척기간은 그 기산일인 1996.6.1 ~ 1998.6.1.부터 10년이 경과하는 날인 2006.5.31 ~ 2008.5.31.이며, 법인세법에 의하여 처분되는 소득에 있어서는 소득금액변동통지가 있는 때에 당해 법인의 원천징수의무가 자동적으로 성립 ․ 확정되므로 동 소득금액변동통지일의 다음 달 11일부터 5년 내인 2008.9.10.이므로 ○○지방국세청장이 1995사업연도 내지 1997사업연도의 가공매입세금계산서의 수취와 관련된 소득처분금액에 대하여 2003.8.11. 청구법인에게 한 소득금액변동통지는 부과제척기간이 경과되기 전의 적법한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 1995년 내지 2001년 귀속 대표자 상여처분에 따른 소득금액변동통지를 받고 원천징수분 갑종근로소득세를 자진납부하고 지급조서를 제출한 후 동 원천징수분 갑종근로소득세에 대하여 상여처분의 귀속자가 잘못된 처분이라는 등의 사유로 경정청구한데 대하여 처분청이 이를 거부한 경우 이를 불복대상으로 보아 본안심리를 할 수 있는지 여부

나. 관련법령

국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세우서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 희하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “근로소득자 등” 이라 한다)에 대하여 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 이를 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각호외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 〃연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자 등〃 으로, 제1항 각호외의 부분중 “법정신고기한 경과후” 는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과후” 로, 제1항 제1호 중 〃과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액〃 은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액” 으로, 제1항 제2호중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액” 은 〃원천징수영수증에 기재된 환급세액〃 으로 본다. (2003. 12. 30. 신설)

1. 원천징수의무자가 소득세법 제137조 ․ 제138조 ․ 제143조의 4 ․ 144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2003. 12. 30. 신설)

2. 원천징수의무자가 소득세법 제146조의 규정에 의하여 원천징수한 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한내에 제출한 경우 (2003. 12. 30. 신설)

부 칙 (2003. 12. 30. 법률 제7008호)

제1조 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제4조 【경정등의 청구에 관한 적용례】

제45조의 2 제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.

법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결저 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호내 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것.

소득세법시행령 제192조 【소득처분에 의한 배당 ․ 상여 및 기타소득의 지급시기 의제】

① 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당 ․ 상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당 ․ 상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

소득세법 제164조 【지급조서의 제출】

① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자를 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장 ․ 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.

4. 근로소득 또는 퇴직소득

다. 사실관계 및 판단

(1) ○○지방국세청장의 청구법인에 대한 1995~2002사업연도 법인세조사에서 10,783,977,007원의 가공원가 및 가공급여를 계상한 사실을 확인하고 동 금액을 손금불산입하고 대표자에 대한 상여로 소득 처분하여 2003.8.11. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하자 청구법인은 2003.12.9. 위 소득금액변동통지에 따라 갑종근로소득세 4,414,653,906원을 원천징수하고 원천징수이행상황신고서를 제출하면서 원천징수세액을 납부한 후 2005.11.4. 청구법인은 상여처분에 따른 갑종근로소득세 자진납부분에 대하여 상여처분의 귀속자가 잘못된 처분이라는 등의 사유로 처분청에 경정청구하였다.

(2) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 원천징수하여 자진납부한 위 근로소득세는 경정청구대상이 아니라 하여 2006.2.27. 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다.

(3) 2003.12.30. 법률 제7008호로 개정된 국세기본법 제45조의 2 제4항 규정에 의하면 연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자 등이 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과후 2년 이내에 경정청구할 수 있도록 규정하면서 동법 부칙 제4조에서 위 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도인 2003년부터 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 이 건 심판청구는 2003.12.30. 신설된 국세기본법 제45조의 2 제4항 규정이 적용되기전의 법률이 적용되는 1995~2001년 귀속 과세기간분에 대한 것으로 소득금액변동통지에 따라 소득세를 원천징수하여 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한내에 제출한 자라고 하더라도 동법 제1항ㅇ 소정의 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로 볼 수 있는 근거규정이 없어 청구법인이 과세관청의 소득금액변동통지를 근거로 소득세를 납부하고 지급조서를 제출하였더라도 이는 과세표준이나 세액을 확정하는 신고로 보기 어렵다 할 것이므로 경정청구의 대상ㅇ이 아니라 할 것이며, 따라서 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 불복청구의 대상에 해당되지 아니한ㄴ다고 할 것이다(국심2005서0440, 2006.6.27. 같은 뜻).

그렇다면 이 건 심판청구는 부적법한 청구로서 본안심리대상이 아닌 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.