주 문

○○○세무서장이 2006.1.5. 청구인에게 한 부가가치세 2001년 제1기 36,719,930원, 2001.년 제2기 3,252,040원, 2002년 제1기 50,478,720원, 2002년 제2기 5,174,590원의 부과처분은 별지 기재 매입세액 42,700,253원(2002년 제1기 9,752,604원, 2002년 제2기 10,047,400원, 2003년 제1기 12,221,589원, 2003년 제2기 10,678,660원)을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 ○○○ 소재에서 “○○○○”라는 상호로 고철도매업을 영위하는 사업자로, 2001년 제1기 내지 2002년 제2기 과세기간 중 자료상으로 고발된 ○○○○로부터 공급가액 687,226천원 상당의 매입세금계산서를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 청구인이 실제로는 ○○○○로부터 181,936천원 상당의 고철만 매입하였고, 위 세금계산서 중 공급가액 505,290천원 상당(687,226천원-181,936천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)은 별지기재 ○○○ 등으로부터 매입하였다 하여 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라고 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 2006,1.5. 청구인에게 부가가치세 2001년 제1기 36,719,930원, 2001년 제2기 3,252,040원, 2002년 제1기 50,478,720원, 2002년 제2기 5,174,590원을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.4.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2002년 제1기 내지 2002년 제2기 부가가치세 신고시 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례제도가 있는 줄 모르고 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고를 못하였으나, 위 과세기간 동안 사업성을 인정할 수 없는 자 또는 간이과세자에 불과한 ○○○ 등으로부터 545,656천원 상당의 고철을 매입하였으므로 부가가치세 일반과세자가 아닌 자로부터 고철을 매입한 경우에 대한 위 특례에 따라 매입세액을 공제받아야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 재활용폐자원 매입내역을 보면 대부분의 고철 제공자가 계속적이고 반복적으로 청구인에게 고철을 제공하였으며, 청구인 이외의 자에게도 고철을 제공하였을 가능성도 있어 청구인이 제시하고 있는 자료만으로는 청구인이 비사업자 또는 간이과세자로부터만 고철등을 공급받았다고 보기 어려우며, 당해 부가가치세 신고시 매입세액 공제신고서를 제출하지 않아 조세특례제한시행령 제110조 제5항의 요건을 갖추지도 못하였으므로 이 건에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 조세특례제한법시행령 제110조 제5항의 매입세액공제신고서를 제출하지 않을 경우에도 조세특례제한법 제108조 제1항의 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 특례를 적용할 수 있는지 여부

(2) 청구인이 비사업자 또는 간이과세자로부터 고철 등을 매입하여 매입세액 공제특례가 적용대상인지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 도는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재 사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부각가체세법 제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한단)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다(1998.12.31 개정).

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원등” 이라 한다)의 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을 말한다(2001.12.31. 개정).

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신 고를 한 자

2. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업 등록을 한 자

3. 한국자원재생공사법에 의하여 설립된 한국자원재생공사

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

1. 고 철

2. 폐 지

3. 폐유리

4. 폐합성수지

5. 폐합성고무

6. 폐금속캔

7. 폐건전지

8. 자동차관리법에 의한 자동차(중고자동차에 한한다)

9. 기타 재활용폐자원 등으로서 재정경제부령이 정하는 것

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 재정경제부령이 정하는 재활용페자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제 163조 또는 법인세 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록변호)와 명칭 및 대표자의 성명(개 인의 경우에는 그의 성명)

2. 취득가액

3. 취득연원일

부가가치세법 제25조 【간이과세】① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종·규모·지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다.

부가가치세법시행령 제74조 【간이과세의 범위】① 법 제25조 제 1항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 4천800만원을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 개인제세 통합조사 종결보고서의 보충조서 및 그에 첨부된 인명별 재활용매입내역에 의하면 처분청은 2001.1.1.부터 2002.12.31.까지 ○○○ 외 60명으로부터 총 504,549천원 상당의 고청을 매입하고 ○○○○로부터 위장 세금계산서를 수취한 사실을 확인한 후, 2001년 제1기 내지 2002년 제2기 부가가치세 과세시 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하면서 2001년 및 2002년 귀속 종합소득세 경정시는 위 매입내역을 필요경비로 인정한 사실을 확인할 수 있다.

(2) 쟁점 1에 대하여 본다.

재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 자에게 부가가치세 예정신고 또는 확정신고 기한내에 매입세액공제신고서를 제출하도록 하고 있는 조세특례제한법시행령 제110조 제5항은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례에 관한 조세특례제한법 제108조 제1항 소정의 그 요건이 충족되면 당연히 매출세액에서 동조 소정의 매입세액을 공제하여야 하는 것이지 납세자가 매입세액 공제신고를 하여야만 공제될 수 있는 것은 아니라고 할 것인 바, 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 매입세액 공제신고를 하지 아니하여 공제받지 못한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액이라도 청구인이 이 건 심판청구시 영수증을 제출하면서 매입세액공제를 구하고, 조세특례제한법 제108조 제1항 소정의 요건에 해당하면 동조 소정의 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하는 것이다(대법원 2002.1.22. 선고 2000두3115 판결, 2003.5.16. 선고 2001두3006 판결, 조세특례제한법기본통칙 108-110-4 등 참조).

(3) 쟁점 2에 대하여 본다.

청구인이 제시한 영수증, 2001.1.1.부터 2002.12.31.까지의 상품수불부, ○○○○ 또는 청구인 명의 계좌(부산은행 ○○○-○○-○○○○○○-○, 기업은행 ○○○-○○○○○○-○○-○○○, 기업은행 ○○○-○○○-○○○-○○-○○○의 거래실적표에 의하면 청구인이 ○○○ 외 60인으로부터 총 545,646,700원 상당의 고철을 매입한 사실이 인정되는 한편, 사업이력조회에 의하면, 위 기간 중 ○○○은 1999.4.20., ○○○는 201.11.22., ○○○은 2001.4.13., ○○○은 2001.4.15. 각 고철도매업을 개업한 일반과세자로 사업자등록이 되어 있었던 사실이 확인되는 바, 위 일반과세자로 사업자등록이 되어 있었던 매입처로부터 매입한 사실이 확인되는 부분에 대하여는 매입세액 고제특례를 적용할 수 없으나, 이를 제외한 나머지 매입처들은 간이과세자로 사업자등록이 되어 있거나, 처분청이 제시한 자료만으로는 직전년도의 공급가액이 48,000천원 이상임이 확인되지 않는 자이므로, 이러한 자로부터 매입한 사실이 확인되는 별지 기재의 매입세액에 대하여는 재활용폐자원 등 매입세액 공제특례에 관한 조세특례제한법 제108조 제1항의 규정을 적용하여 매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제1호 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.