주문

심판청구를 기각합니다.

이유

1. 처분개요

청구법인은 2004년 1기 부가가치세 과세기간에 건물보수공사와 관련한 공사대금 중 공급가액 292,000,000원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)을 과다계상하였다가 2005.11.29 청구법인의 대표이사로부터 쟁점매입액에 부가가치세를 포함한 금액 321,200,000원(이하 “쟁점회수액”이라 한다)을 법인명의의 계좌로 입금 받아 세무조정에 의하여 익금산입하고 사내유보로 처분한 후 2005.11.30 처분청에 법인세 수정신고서를 제출하였다.

처분청은 청구법인의 수정신고를 인정하지 아니하고 쟁점회수액에 대해 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2005.12.7 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 데 이어 2006.4.13 청구법인에게 2004년 귀속 근로소득세(원천분) 103,977,340원을 결정고지하였다(수정신고 법인세액은 환급).

청구법인은 이에 불복하여 2006.6.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

법인세법시행령 제106조 제4항에서 내국법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 기업이 스스로 회수하고 익금산입하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다고 규정하고 있는 바, 처분청이 청구법인의 2003사업연도 법인세 통합조사를 2005.11.18~2005.12.1 기간동안 실시하였고, 청구법인은 2004년4월 사외유출된 쟁점금액을 2005.11.29 법인명의의 계좌로 입금 받아 회수하고 2005.11.30 법인세 수정신고를 하였는데, 2004사업연도는 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수하지 않았으므로 수정신고한 쟁점회수액은 사내유보로 소득처분함이 타탕하다.

나. 처분청 의견

청구법인에 대한 법인세 통합조사가 2005.11.18~2005.12.1사이에 실시하였고, 그에 앞선 2005.11.17 청구법인의 미결 과세 자료일체로 조사를 착수하면서 소명을 요청하였는데 2005.11.25청구법인이 쟁점매입액에 대한 소명자료를 팩스로 제출한 것으로 보아 수정신고이전에 과세처분이 있을 것을 인지하였음이 명백하므로, 이 건 수정신고는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의한 소득처분특례 제외사유에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2003사업년도 법인세 통합조사기간에 2004년 사외유출금액을 회수하고 세무조정에 의하여 수정신고한 경우 이를 사내유보로 소득처분할 수 있는지 여부

나. 관련법령

○ 법인세 제67조【소득처분 】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세시행령 제106조【소득처분】

④ 내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 조사관련서류 등에 의하면, 청구법인은 2004년 1기 부가가치세 과세기간에 건물보수공사와 관련하여 공사대금 중 쟁점매입액 상당의 세금계산서를 ◯◯건설로부터 수취하여 원가에 과다 계상한 바 있고, 처분청은 2005.11.11 청구법인에게 법인세 통합조사에 대한 세무조사사전통지서를 송부하면서 조사대상기간 및 조사기간을 2003.1.1~2003.12.31, 2005.11.18~2005.12.1로 각기 기재한 것으로 확인된다.

(2) 청구법인의 법인세 수정신고서 및 결정결의서 등에 의하면, 청구법인은 2003사업연도 법인세 통합세무조사기간중인 2005.11.29 쟁점회수액을 대표이사로부터 법인명의의 계좌(구 ◯◯은행, ◯◯-◯◯◯-◯◯◯◯)로 입금받아 2005.11.30 쟁점회수액과 회수시까지의 가지급금 인정이자를 세무조정으로 익금산입하여 법인세 수정신고서를 제출한 것으로 확인되고, 처분청은 청구법인의 수정신고를 인정하지 않고 쟁점회수액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2005.12.7 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 데 이어 2006.4.13 이 건 과세하였음이 확인된다.

(3)처분청은 이 건 세무조사착수에 앞서 청구법인의 미결과세자료(국세통합전산망조회결과 : 쟁점매입액의 세금계산서 불부합자료가 포함된 총 27건)에 대해 그 소명을 요구하였는데 세무조사기간중인 2005.11.25 청구법인과 ◯◯◯간에 체결된 쟁점매입액 상당의 공사약정서를 처분청에 팩스로 제출하였고, 청구법인은 심판청구시 공사약정서의 제출경위에 대해 ◯◯◯이 잘못된 세금계산서를 교부하고서 스스로 작성한 확인서와 함께 제출한 것이라고 밝히고 있다.

(4)살피건대, 청구법인이 2003사업연도 세무조사를 받는중에 조사대상사업연도가 아닌 2004년 1기 부가가치세 과세기간에 대한 세금계산서 불부합자료에서 허위 계상액이 확인되어 이를 회수하고 익금산입하여 법인세 수정신고를 하였다면 비록 조사대상사업연도이외의 사항에 대해 수정신고한 것이기는 하나, 이는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정을 적용함에 있어서 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우”에 해당하는 것으로 보여지므로, 처분청이 청구법인의 법인세 수정신고를 인정하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.