주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 2004.6.1.부터 서비스 기타도급(컴퓨터 조립등)으로 사업자등록을 한 사업자로 2004년 귀속 종합소득세를 단순경비율(80.2%)에 의하여 추계로 신고하면서 수입금액 73,520,000원중 사업자등록 이전인 2004.1.1.부터 2004.5.31.까지 ○○○○주식회사(이하 󰡒○○○○󰡓라 한다)가 개발중인 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 개발용역에 프로그램 개발용역(이하 󰡒쟁점용역󰡓이라 한다)을 제공하고 받은 29,400,000원을 연구 및 개발용역(코드법호 730000)으로 구분하여 신고하였다.

처분청은 청구인이 2003년도에도 기준경비율 적용대상자로 개인 인적용역(컴퓨터 프로그래머)을 제공한 사실을 확인하고, 쟁점용역을 개인인적용역인 컴퓨터 프로그래머 용역(기타 자영업으로 코드번호 940909)으로 보아 소득금액을 계산하여 2006.7.4. 청구인에게 2004년 귀속 종합소득세 3,416,680원을 경정하여 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.9.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

○○○○에 제공한 쟁점용역은 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 추가개발 및 유지관리, 운영지원 용역으로 이는 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업이므로 기준경비율 코드 730000을 적용하여야 함에도 불구하고 개인 인적용역인 컴퓨터 프로그래머로 보아 기준경비율 코드 940909를 적용하여 종합소득세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점용역은 청구인이 사업자등록을 하기 전인 2004년 1월부터 5월까지 컴퓨터 프로그래머로서 ○○○○에 계속 ․ 반복적으로 인적용역을 제공하고 그에 대한 대가를 받은 것으로 용역료 지급자인 ○○○○도 쟁점용역을 컴퓨터 프로그래머 용역으로 보아 지급액의 3%를 원천징수한 사실 등이 확인되므로 쟁점용역에 기준경비율 코드 940909를 적용하여 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

프리랜서인 컴퓨터 프로그래머가 제공한 컴퓨터 프로그램 개발용역에 기준경비율 코드 940909(기타 개인용역업)를 적용하여 소득금액을 계산하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2004.12.31. 법률 제7319호로 개정되기 전의 것)

제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

2. ~ 3. (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(2) 소득세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것)

제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모 ․ 종업원수 ․ 원자재 ․ 상품 또는 제품의 시가 ․ 각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량 ․ 전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항의 규정에 의하여 산출한 소득금액에서 법 제50조 내지 제52조의 규정에 의한 인적공제와 특별공제를 하여 과세표준을 계산한다.

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 󰡒기준소득금액󰡓이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입경비(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액

1의 2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재 ․ 지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 결정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부 등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하여 과세표준확정신고전에 장부 등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법

④ 제3항 단서에서 󰡒단순경비율 적용대상자󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 당해 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정에 의하여 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각목의 금액에 미달하는 사업자

가. 농업 ․ 수렵업 및 임업(산림소득을 포함한다), 어업, 광업, 도 ․ 소매업, 부동산매매업 기타 나목 및 다목에 해당하지 아니하는 업 : 7천200만원

나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기 ․ 가스 및 수도사업, 건설업, 소비자용품수리업, 운수 ․ 창고 및 통신업, 금융 및 보험업 : 4천800만원

다. 부동산임대업, 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업 : 3천600만원

⑤ ~ ⑦ (생락)

제145조【기준경비율 및 단순경비율】

① 제143조 제3항의 규정에 의한 기준경비율 ․ 단순경비율 및 배율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율 및 배율로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 기준경비율심의회는 국세청에 두되, 그 위원장은 국세청 차장이 되고, 위원은 경상계대학 ․ 학술연구단체 ․ 경제단체 ․ 금융기관 등으로부터 추천을 받아 국세청장이 위촉하는 자 11인과 재정경제부령이 정하는 공무원으로 구성한다.

③ 국세청장은 당해 과세기간에 적용할 추계방법(2 이상의 추계방법을 정하는 경우에는 그 적용에 관한 사항을 포함한다)을 당해 과세기간에 대한 과세표준확정신고기간 개시 1월전까지 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 확정하여야 한다.

④ 기준경비율심의회의 조직 ․ 운영에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 사업자등록을 하기 전인 2004년 1월부터 5월까지 ○○○○가 개발중인 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 개발용역에 프리랜서로 참가하여 쟁점용역을 제공한 후 29,400,000원의 대가를 지급받은 사실과 ○○○○가 청구인에게 쟁점용역에 대한 대가를 지급하면서 쟁점용역을 개인 인적용역으로 보아 지급액의 3%(822,000원)를 원천징수한 사실에 대하여은 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 ○○○○에 제공한 쟁점용역은 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 추가개발 및 유지관리, 운영지원 용역으로 이는 계약등에 의하여 그 대가를 받고 제공한 연구 및 개발용역에 해당하므로 개인 인적용역인 컴퓨터 프로그래머의 기준경비율 코드 940909를 적용하여 소득금액을 계산하여 종합소득세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서, 도급계약서 및 사업자등록증 사본을 증빙서류로 제출하고 있다.

청구인과 ○○○○간에 체결한 도급계약서를 살펴보면, 2003.12.2. 작성한 도급계약서는 청구인이 2003.11.1.부터 2004.3.31까지 ○○○○가 개발중인 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 추가개발에 용역을 제공하고 28,000,000원의 용역대가를 받기로 되어 있으며, 2004.4.27. 작성한 도급계약서에는 청구인이 2004.4.1.부터 2005.3.31.까지 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 유지관리 및 운영지원에 대한 용역을 제공하고 75,600,000원을 받기로 되어 있고, 사업자등록증 사본에는 2004.6.1. 개업일자로 하고 업종은 서비스 기타도급(컴퓨터 조립등)으로 되어 있다.

(3) 청구인이 쟁점용역을 제공한 ○○○○에 쟁점용역 및 도급계약서에 대한 사실관계를 확인한 바, 청구인은 ○○○○가 개발중인 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 개발용역에 컴퓨터 프로그래머 프리랜서로 쟁점용역을 제공하였고, 용역대가는 청구인이 사업자등록(2004.6.1.)을 하기 전인 2004.1.1.부터 2004.5.31.까지는 개인 인적용역(컴퓨터 프로그래머인 프리랜서)으로 보아 지급액의 3%를 원천징수하였으며, 사업자등록 후에는 세금계산서를 교부받고 지급한 사실이 확인된다.

(4) 한편, 소득금액의 추계결정 및 경정 관련법령인 소득세법시행령 제143조의 규정에 의한 연구 및 개발업(코드730000)과 기타 자영업인 컴퓨터 프로그래머(코드 940909)의 기준경비율 코드는 다음과 같다.

                    < 기준경비율 코드 730000과 940909 비교 >

(5) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때 청구인은 사업자등록을 하기 전인 2004.1.1.부터 2004.5.31.까지는 컴퓨터 프로그래머 프리랜서로 ○○○○가 개발중인 ○○○○주식회사의 방카슈랑스 시스템 개발에 개인 인적용역을 제공한 사실이 확인되므로 처분청이 쟁점용역을 컴퓨터 프로그래머 제공용역으로 보아 기준경비율 코드 940909를 적용하여 소득금액을 계산하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.