주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2005. 11. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 157,723,340원의 부과처분 중 57,723,340원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 을 제1내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고의 아버지 이○○는 1966. 3. 25. ○○○소재 답 2,699㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 보유하다가 1983. 11. 15. 사망하였고, 원고는 위 토지를 상속받아 2004. 5. 27. 양도한 후, 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 농지인 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다는 이유로 그 양도차익에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 이에 대하여 피고는, 이 사건 토지가 양도 당시 농지가 아니라는 이유로 감면신청을 배제한 후, 2005. 11. 10. 원고에게 2004년도 귀속 양도소득세 157,723,340원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 아버지 이○○는 1966. 3.경부터 원고는 1983. 11.경부터 이 사건 토지에서 각 농사를 지어 8년 이상 자경하였고, 이○○와 원고는 이 사건 토지의 취득 전부터 이 사건 농지를 양도할 때까지 내내 ○○시 ○구 ○○동 ○○번지에서 거주하였으며, 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사건 토지를 임차한 화훼업자들이 이 사건 토지의 일부에 화훼작물인 조경수와 생화를 심어 경작하면서 판매하여 이 사건 토지는 양도 당시 농지였으므로, 이 사건 토지의 양도로 인한 소득에 대하여는 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 일부개정되기 전의 것. 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조, 제133조의 규정에 따라 양도소득세 1억원은 면제되어야 함에도 이를 면제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관계 법령에 의하면, 양도소득세가 면제되는 자경농지가 되기 위하여는 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지이어야 하고, 양도당시 농지일 것을 요하며, 이 경우 당해 토지가 농지에 해당하는지 여부는 등기부상의 지목에 관계없이 사실상 경작에 사용되었는지 여부에 따라 판단하여야만 할 것이다.

(2) 살피건대, 갑 제3호증, 을 제2호증, 을 제3호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 피상속인인 이○○와 원고가 이 사건 토지의 소재지와 같은 구 또는 연접구역에서 8년 이상 계속하여 거주하여 온 사실은 인정할 수 있다.

나아가 이 사건 토지가 양도 당시 농지였는지 여부에 관하여 살피건대, 을 제2호증, 을 제3호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지의 등기부상 지목은 답이고, 원고가 1998.경부터 양도 당시까지 화훼업자인 배○○, 권○○, 이○○에게 이 사건 토지를 임대한 사실은 인정할 수 있으나, 갑 제2호증의 기재만으로는 원고 또는 배○○ 등이 이 사건 토지에서 농업소득을 얻을 것을 목적으로 하여 화훼작물을 재배하는 등 실제로 경작에 사용하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없고, 다만 을 제2 내지 4호증, 을 제9내지 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 배○○ 등이 이 사건 토지를 화훼 및 문제의 전시판매장으로 사용한 사실이 인정될 뿐이다.

따라서 이 사건 토지는 위 양도 당시 농지였다고 인정할 수 없으므로, 이 사건 토지가 양도 당시 농지였음을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다(한편, 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 줌으로써 영세한 농민을 보호함과 아울러 농업을 육성 ․ 장려하려는 육농정책의 일환으로 구 조세특례제한법에서 자경농지에 대하여 양도소득세를 감면하여 주고 있는바, 위와 같은 취지에다 앞서 인정한 바와 같이 원고가 1998.경부터 양도 당시까지 장기간 화훼업자들에게 이 사건 토지를 임대하여 이를 농경지로 사용하지 않은 사정에 비추어, 위와 같이 양도일 현재 원고가 실제로 경작하고 있지 않은 이 사건 토지의 양도를 일시적 휴경상태하에서 양도된 것이라고도 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

관계 법령

구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 일부개정되기 전의 것)

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상〔농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지기금관리법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상〕계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 ․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.〈개정 2002.12.11, 2003.12.30〉

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제133조【양도소득세 감면의 종합한도】

① 개인이 제43조, 제69조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하며, 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다. 〈개정 2001.12.29.〉

구 조세특례제한법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 일부개정되기 전의 것)

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면〈개정 2001.12.31〉】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.〈신설 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30〉

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.〈개정 2002.12.30, 2003.12.30〉

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도․농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업 지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. 〈개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30〉

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.〈개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2002.12.30〉

조세특례제한법 시행규칙(2005.3.11. 부령 제421호로 일부개정되기 전의 것)

제27조【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제3항의 규정에 의한 농지는 전․답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등을 포함하는 것으로 한다.〈개정 2002.3.30, 2003.3.24〉

② 영 제66조 제3항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.〈개정 2002.3.30, 2003.3.24〉

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업․농어촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시․구․읍․면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업․농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

③ 영 제66조 제3항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.〈개정 2002.3.30, 2003.2.24, 2003.12.15〉

끝.