주 문

1. 이 사건 소 중 종합소득세 1,120,330원의 부과처분을 초과하여 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 각자 부담한다.

청구취지

피고가 2005. 1. 15. 원고에 대하여 한 2001년 종합소득세 3,023,623원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1 내지 4호증, 을1, 3, 4, 7호증, 을8, 9호증의 각 1, 2, 을10호증의 1 내지 4, 을11호증, 을16호증의 1, 2, 을17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

가. 주식회사 ○○○○○○○○○(설립 당시 상호는 ○○○○ 주식회사이었다가 2001, 9. 11.경 주식회사 ○○○○○로 변경되었고 2002. 12. 14.경 현재의 상호로 다시 변경되었다. 이하 ‘소외 회사’라 한다)는 ○○시 ○○○구 ○○동 ○○○번지 소재 다세대주택 101호(토지 19㎡, 건물 50.24㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 2001. 2. 6. ○○○에게 양도하고, 같은 다세대주택 102호를 2001. 9. 10. ○○○에게 양도하였다.

나. ○○○세무서장은, 소외 회사가 2001 사업연도 법인세 신고를 하지 아니하자 세무조사를 실시한 결과, 소외 회사가 위와 같이 이 사건 부동산을 포함한 위 다세대주택 2동을 양도하고도 그 신고를 누락하고 장부에도 기재하지 아니한 사실을 확인한후, 장부상 평가금액인 62,568,000원을 그 양도가액으로 보아 이를 익금에 산입하고, 그 양도가액 상당이 사외유출 되었으나 그 귀속이 불분명하다고 보아 그 중 이 사건 부동산의 양도가액에 해당하는 31,294,000원을 그 양도 당시 대표이사이던 원고에게 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 이에 피고는 2005. 1. 15. 원고에게 2001년 귀속 종합소득세로 기납부세액을 공제한 6,742,820원을 추가로 결정 ‧ 고지하였다.

라. 원고가 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2005. 3. 15. 심판청구를 하자, 국세심판원은 2006. 3. 6. 이 사건 부동산을 양도하면서 근저당채무액 2,600만 원이 그대로 양수인에게 승계되었으므로 이 사건 부동산의 양도대금을 모두 상여처분한 것은 부당하고, 위 근저당채무액 중 원고의 대표이사 재직기간 해당분인 13,004,155원을 소득처분 대상에서 제외함이 타당하다는 내용의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2006. 3. 29. 경 기납부세액을 공제한 3,023,623원으로 감액경정하였다.

마. 또한, 피고는 이 사건 소송계속 중인 2006. 10.경 원고의 주장을 일부 받아들여 이 사건 부동산의 양도가액에서 양수인에게 승계된 근저당권의 실제 피담보채무액 2,000만 원을 뺀 11,294,000원을 원고에 대한 상여금액으로 삼아 1,120,330원(기납부세액 587,114원을 공제하지 않은 금액)으로 다시 감액경정(이하 이와 같이 감액경정되고 남은 2005. 1. 15,자 처분을 ‘ 이 사건 처분’이라 한다)하였다.

2. 이 사건 처분 금액을 초과하여 취소를 구하는 부분의 적법 여부

가. 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 소송계속 중 원고의 주장을 일부 받아들여 1,120,330원으로 감액경정한 바 있으므로, 이를 넘는 부분의 과세처분은 이미 존재하지 않는다.

나. 따라서 이 사건 소 중 위 처분 금액을 초과하여 취소를 구하는 부분은 그 취소를 구할 이익이 없어 부적법하다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고가 2001. 1. 1.부터 2001. 6. 29.까지 소외 회사의 대표이사로 재직하였다는 이유만으로 이 사건 부동산의 양도와 관련하여 원고에게 소득처분하여 2001년분 종합소득세를 부과하는 것은 부당하다.

(2) 이 사건 부동산 취득 당시 등록세, 인지대 등을 지급하고, 2001 사업연도 중 사무실 임료, 세무사 수수료, 인건비 등을 지급하는 등 합계 7,295,790원 상당의 비용이 들었는데도 이를 고려하지 않는 것은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 사실관계

앞서 든 각 증거에 갑7호증의 1 내지 3의 각 기재를 더하여 보면 아래 사실이 인정된다.

(1) 원고는 2000. 9. 22.부터 2001. 6. 29.까지 소외 회사의 대표이사로 재직하였다.

(2) 소외 회사는 이 사건 부동산을 2000. 11. 14.경 ○○○으로부터 취득하였는데, 위 취득 당시 그 위에 채무자 ○○○, 채권자 주식회사 ○○○○은행, 채권최고액 2,600만 원으로 된 근저당권설정등기가 경료되어 있었고, 2000. 11. 28.경 채무자를 소외 회사로 변경하는 내용의 근저당권변경등기가 마쳐졌다. 또, 조○○이 이 사건 부동산을 양수한 이후인 2001. 2. 20.경 그 채무자가 다시 ○○○로 변경되었다.

(3) 한편, 위 근저당권의 피담보채무와 관련하여 은행이 보관하는 서류상 그 채무자가 2001. 2. 23.경 ○○○에서 곧바로 ○○○로 변경된 것으로 되어 있는데, 이는 위 채무의 특성상 법인에는 대출을 해줄 수 없기 때문이었고, ○○○이 실제 승계한 채무액은 2,000만 원이다.

라. 판단

(1) 위 가.(1) 항 주장에 대한 판단

(가) 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제67조에 의하면, 과세관청이 법인이 신고한 사항에 탈루가 있어 그 법인에 대한 법인세의 과세표준을 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여‧배당‧기타 사외유출‧사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하도록 되어 있고, 같은 법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는, 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 하고, 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 대표자상여로 처분하도록 규장하고 있다.

(나) 이러한 관계 법령에 위 다‧항 및 1.항에서 살핀 사실관계를 비추어 볼 때, 이 사건 부동산의 양도가액 중 양수인에게 승계된 채무액 2,000만 원을 차감한 부분은 소외 회사의 익금에 해당함에도 같은 회사는 법인세 신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라 그것이 장부에도 기재되어 있지 아니한 이상 사외유출 된 것으로 봄이 상당하고, 피고가 그 귀속이 불분명하다고 보아 이를 당시 대표자인 원고에게 상여처분한 것은 관계 규정에 따른 조치로서 거기에 어떤 잘못이 있다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 위 주장은 이유 없다.

(2) 위 가.(2)항 주장에 대한 판단

(가) 이 사건 부동산 취득 당시 지출한 등록세 등은 장부상 부동산평가액인 31,294,000원에 포함된 것으로 볼 것이어서 이를 부동산 양도에 따른 비용으로 볼 수 없고, 사무실 임표, 인건비 등은 일반관리비로서 회사운영과 관련된 비용이므로 이 사건 부동산의 양도에 직접 관련이 있다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 주장과 같이 지출하였다고 볼 만한 증거도 없다.

(나) 따라서 위 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 종합소득세 1,120,330원의 부과처분을 초과하여 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.