주 문

○○세무서장이 2006.6.9. 청구법인의 지점사업장인 ○○개발주식회사 ○○지사에게 한 2005년 제2기분 부가가치세 1,254,408,780원의 부과처분은 납부불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에 본점(사업자등록번호 ○○○-○○-○○○○○)을 두고 건물관리업을 영위하면서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○에 지점 사업자등록(사업자등록번호 ○○○-○○-○○○○○)을 하고 부동산임대업을 영위하였다.

청구법인은 2005.8.4. 김○○에게 위 지점사업장(이하 󰡒쟁점건물󰡓이라 한다)을 양도하고 본점명의로 매출세금계산서 1매(공급가액 9,910,790,712원으로서 이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 발행 ․ 교부하여 부가가치세를 신고 ․ 납부하였다가 2005.6.20. 쟁점건물의 양도대금을 매출에서 제외하는 것으로 하여 본점 관할 ○○세무서장에게 부가가치세 경정청구를 하였다.

처분청은 신고불성실가산세 99,107,907원, 매출세금계산서합계표 미제출가산세 99,107,907원 및 납부불성실가산세 65,113,895원을 가산하여 2006.6.9. 청구법인의 지점에게 2005년 제2기분 부가가치세 1,254,408,780원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 지점에서 쟁점건물을 양도하고 폐업하면서 매출세금계산서를 지점이 아닌 본점에서 발행 ․ 교부하였으나 전체정황으로 볼 때 경리실무자의 단순착오임이 명백하고, 이 건의 경우는 국세기본법 제43조 제2항의 규정을 준용하면 세금계산서 발행착오로 다른 세무서에 접수된 것으로 보아 신고의 효력을 인정해 줄 수 있다고 보이며, 부가가치세법 제22조 제3항 제2호의 󰡒거래처󰡓는 󰡒공급받는 자󰡓임에도 처분청이 확대해석하여 󰡒공급자󰡓까지 포함하였다. 따라서 공급자가 착오로 기재된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아닐 뿐 아니라 부가가치세법시행령 제70조의 3 제1항에서도 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하고 있으므로 처분청이 신고불성실가산세 및 세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하더라도 지점에서 납부할 세금을 본점에서 납부하여 결과적으로는 국가기관에 납부가 이루어 졌는 바, 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다(국심 2004전1210, 2004.10.16. 같은 뜻).

나. 처분청 의견

(1) 지점에서 쟁점건물 양도이전까지의 임대료에 대하여는 지점명의로 세금계산서를 발행 ․ 교부하고 2005년 제2기분 부가가치세 신고시 납부하였음에도 쟁점건물의 양도와 관련하여서는 본점에서 쟁점세금계산서를 발행 ․ 교부한 것은 담당자의 단순착오로 볼 수 없고, 설령, 담당실무자의 착오로 보더라도 부가가치세법 제22조 제2항 제1호의 가산세는 의무위반시 고의나 과실을 고려하지 아니하는 것이고(대법원 87누1133, 1988.12.20. 같은 뜻), 쟁점세금계산서에는 공급자의 등록번호, 상호, 사업장소재지 등 필요적 기재사항 모두가 청구법인의 본점으로 기재되어 있을 뿐 지점이 거래하였다고 볼 수 있는 기재사항은 전혀 기재되어 있지 아니하므로 부가가치세법시행령 제70조의 3 제1항에서 규정하고 있는 「필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우로서 거래사실이 확인되는 경우」에도 해당하지 아니한다. 따라서 청구법인은 총괄납부승인을 받지 아니하였는 바, 별개의 사업장인 지점의 매출액을 본점이 신고 ․ 납부한 것은 효력을 인정할 수 없고, 국세기본법 제43조 제2항은 정상적인 과세표준신고서를 관할세무서가 아닌 타세무서에 제출한 경우를 규정하고 있으므로 이 건에는 적용할 수 없다.

(2) 청구법인은 국세심판원의 결정례 국심 2004전1210(2004.10.16.)을 들어 적어도 납부불성실가산세는 취소하여야 한다고 주장하나 동심판결정례는 당해 사건에 국한하여 적용되는 것이고, 총괄납부승인을 받지 아니하고 본점에서 일괄납부한 경우에도 납부하지 아니한 사업장분에 대하여는 납부불성실가산세를 부과하는 것(부가가치세법기본통칙 22-0-7 같은 뜻)이므로 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지점매출분에 대하여 본점에서 쟁점세금계산서를 발행 ․ 교부하고 부가가치세를 신고 ․ 납부한 것에 대하여 지점에 매출누락으로 과세하면서 신고불성실가산세, 세금계산서합계표 미제출가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 국세기본법 제43조 【과세표준신고의 관할】

① 과세표준신고서는 그 신고당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 전자신고를 하는 경우에는 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출할 수 있다.

② 제1항의 세무서장 이외의 세무서장에게 제출된 경우에도 당해 신고의 효력에는 영향이 없다.

○ 부가가치세법 제4조 【신고 ․ 납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고 ․ 납부할 수 있다. 이 경우 당해 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고 ․ 납부와 관련한 이 법(제5조 ․ 제16조 ․ 제32조 ․ 제33조 및 제35조의 규정을 제외한다)의 적용에 있어서 각 사업장으로 본다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

⑦ 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 부가가치세법시행령 제70조의 3 【가산세】

① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액󰡓이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 지점에서 쟁점건물을 양도하고 본점에서 쟁점세금계산서를 발행 ․ 교부한 것은 단순착오로 의한 것인 바, 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 지점에 매출누락으로 과세하면서 신고불성실가산세 및 세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분은 부당하고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하더라도 지점에서 납부할 세금을 본점에서 납부하여 결과적으로는 국가기관에 납부가 이루어 졌는 바, 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 청구법인은 본점과 지점 2개의 법인을 관리하면서 쟁점건물 양도이전까지의 임대료에 대하여는 지점명의로 세금계산서를 발행 ․ 교부하고 2005년 제2기분 부가가치세를 신고 ․ 납부하였음에도 쟁점건물의 양도와 관련하여서는 본점에서 쟁점세금계산서를 발행 ․ 교부하고 부가가치세를 신고 ․ 납부하였다.

이 건 쟁점세금계산서 교부와 관련하여 청구법인이 지점 명의의 세금계산서를 교부하여야 할 것을 본점 명의로 교부하였다고 하여 청구법인에게 어떠한 이익이 발행하는 것은 아닌 것으로 보아 청구법인의 경리담당직원의 착오가 있었던 것으로 보이기는 하나, 청구법인이 지점의 부동산입대업에 사용되던 건물의 공급가액을 본점의 공급가액에 포함시키고 본점의 공급가액으로 계산한 부가가치세 신고를 본점 관할세무서장에게 하였다면 이러한 신고는 부가가치세의 신고 및 납부에 대하여 납세의무자의 인적사항을 고려함이 없이 각 사업장마다 하는 것을 원칙으로 하고 있고, 부동산입대업의 납세지 판정은 당해 임대용 부동산에 대한 등기부상의 소재지를 기준으로 하는 것임에 비추어 볼 때, 본점과 별개의 사업장인 지점의 신고로서는 효력이 없다 하겠다.

(3) 또한, 부가가치세법 제22조 제2항 제1호는 사업자가 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다른 때에는 법인의 경우 그 공급가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 이는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 공급자에게 필요적 기재사항을 정확히 기재한 세금계산서를 작성 ․ 교부할 의무를 부과하고 이에 위반한 때에는 고의, 과실을 고려함이 없이 가산세를 제재로서 과하는 것이고(대법원 97누20625, 1998.9.18. 같은 뜻), 한편, 같은법시행령 제70조의3 제1항은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함되지 아니한다고 규정하고 있는 바, 쟁점건물의 매각에 관한 세금계산서상 공급자의 등록번호란에는 본점의 사업자등록번호가, 상호란에는 본점 명의가, 사업장 주소란에도 본점의 소재지가 각각 기재되어 있을 뿐이고 별도로 사업자등록을 한 지점이 거래한 사실을 확인할 수 있는 다른 기재사항은 없음이 확인되는 바, 사실이 이러하다면 세금계산서의 기재사항으로 보아 거래사실을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 수는 없으므로 이 건 세금계산서는 그 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다른 경우에 해당한다 하겠다(국심 2002서3447, 2003.5.17. 같은 뜻).

(4) 따라서 청구법인이 쟁점건물의 공급에 대한 세금계산서 발행 ․ 교부 및 부가가치세 신고 ․ 납부를 지점 명의로 관할세무서장에게 하지 아니하고 본점 명의로 관할세무서장에게 이를 이행한 데 대하여 처분청이 지점에 대하여 신고불성실가산세 및 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2003중248, 2003.6.26. 같은 뜻).

(5) 한편, 부가가치세법 제22조 제5항 제2호에서 사업자가 예정신고 또는 확정신고에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 때에는 그 미달한 세액)에 납부기한의 다음 날부터 납세고지일까지의 기간에 1일 1만분의 5의 율을 적용한 이자율을 곱한 금액을 납부불성실가산세로 납부세액에 가산한다고 규정하고 있다. 이는 사업자가 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때 당해 납부하지 아니한 세액이나 미달하게 납부한 세액에 지연이자 상당액을 곱한 금액을 납부불성실가산세로 납부세액에 가산한다는 취지인 바, 청구법인이 총괄납부승인을 득하지 아니하였으나 지점에서 납부하여야 할 세액을 본점에서 납부하여 결과적으로는 납부세액을 납부하지 아니하거나 당해 납부세액이 납부하여야 할 세액에 미달하지는 아니하는 이 건의 경우, 청구법인에게 조세채권의 실현을 용이하게 하고 납세자의 성실한 납세의무의 이행을 담보하기 위한 행정벌인 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(국심 2004전1210, 2004.10.16. 같은 뜻).

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.