주 문

○○세무서장이 2005.11.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 항만하역업을 주요 사업목적으로 하여 ◇◇◇◇ 법인 ○○○의 100% 자회사로 2002.1.31. 설립되었고, 2002.2.27. ○○상선 주식회사로부터 항만사업부(○○항 ○○○부두 컨테이너터미널 4, 5선석, ○○항 □□부두 컨테이너터미널 1선석, ΔΔ항 부두 컨테이너터미널 1선석)를 인수하여 사업을 개시하였으며, 항만시설의 현대화를 통해 신규 물동량과 선사 유치에 유리한 고지를 선점하고 제한적이었던 대규모 컨테이너선에 대한 하역작업을 원활히 수행하기 위하여 항만운영시스템에 대한 개선 및 정보화, 기존시설에 대한 추가적인 투자가 필요하여 2003년 말 ○○중공업 주식회사에 아래 <표1>과 같이 사업용 고정자산(이하 “쟁점자산” 이라 한다)을 발주 하고 그 대금을 지급하였다.

(처분청이 당초 경정 청구한 사업용 고정자산 25,651,048,786원 중 지게차 143,473,206원, 리치스텍커 107,118,176원 합계 250,591,382원은 임시투자세액공제대상으로 하여 경정하였으므로 동 금액은 제외된 금액임)

<표1> 쟁점자산

          (단위 : 원)

청구법인은 2005.3.31. 2004사업연도(1.1.~ 12.31.) 법인세 신고시 <표1>의 쟁점자산 투자와 관련하여 조세특례제한법 (이하 “조특법” 이라 한다) 제26조에 규정된 임시투자세액공제(투자금액의 15%)를 신청함에 있어 2004.10.16. 이후부터 2004.12.31.까지 투자(지출)한 금액 15,684,863,460원에 대하여만 임시투자세액공제 2,352,729,519원을 신청하였다.

청구법인은 <표1>의 하역장비 등 쟁점자산은 조특법 시행규칙 별표5의 개정과 관계없이 법인세법 시행규칙 별표6의 업종별 자산의 내용연수를 적용받는 사업용 자산이므로 당초부터 임시투자세액공제 대상자산에 해당되고 투자완료시점인 2004사업연도에 투자액 전액에 대하여 임시투자세액공제를 받는 것이 타당하다고 보아 <표2>와 같이 2005.9.14. 2004사업연도 법인세 경정청구를 하였다.

<표2> 경정 청구한 임시투자세액공제액

                                                               (단위 : 원)

처분청은 청구법인이 임시투자세액공제대상으로 추가 신청한 쟁점자산 9,715,593,944원(2004.10.16. 개정전 이전 투자분 4,953,711,575원과 2005.1.1. 이후 투자분 4,761,882,369원)은 2004.10.16. 조특법 부칙 제5조 제1항 별표 5 제13호의 개정전 투자분으로 동 개정규칙은 규칙시행 후 투자하는 분부터 적용하는 것이므로 쟁점자산은 이에 해당하지 아니한다 하여 2005.11.4. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.2.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 영위하는 업종은 항만하역업으로 조특법 시행령 제5조 제8항의 화물 터미널 운영업으로 물류산업에 해당하며, 청구법인이 취득한 <표1>의 쟁점자산은 조특법 시행규칙 제3조 및 제14조, 법인세법시행규칙 제15조 및 별표 6에 따라 사업용 자산의 요건을 만족하고 있으므로 임시투자세액공제 대상에 해당하는 것인 바, 조특법 시행규칙 제14조의 ‘사업용 자산과 각호에 열거된 자산’을 해석함에 있어 청구법인이 물류업을 영위한다는 이유로 공제대상의 사업용 자산의 범위를 조특법 시행규칙 별표 5에 해당하는 자산에만 한정하는 것은 임시투자세액공제제도의 취지를 잘못 해석한 것이며, 조특법 시행규칙 별표 5의 자산을 임시투자세액공제 대상자산에 포함시킨 것은 조특법 시행규칙 제3조가 법인세법의 ‘사업용 자산’ 개념을 차용함에 따라 공제범위에서 제외될 수 있는 자산 중 당해 사업목적상 필수적이고 직접적인 관련이 있는 자산을 보완하여 포함시키고자 함에 있다고 보아야 할 것임에도 쟁점자산이 사업용 자산에 해당하는지 여부에 관계없이 조특법 시행규칙 별표 5에 추가로 나열되었으므로 최초로 동 별표 5에 포함된 시점 이후의 투자분만 공제대상이라는 처분청의 처분근거는 부당하므로 경정청구를 거부한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

임시투자세액공제 대상자산의 범위에 대하여 조특법 시행규칙 제14조에서 ‘시행규칙 제3조에 의한 사업용자산과 별표 5의 자산을 말한다’라고 규정하고 있고, 조특법 시행규칙 제3조 제1항 제1호는 ‘법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)’이라고 규정하고 있는 바, 쟁점자산은 법인세법시행규칙 별표 6의 사업용 자산에 해당하지 아니하고, 조특법 시행규칙 제14조 제2호의 별표 5는 동 시행규칙 제3조에 의한 사업용 자산에서 제외되는 건물과 구축물, 차량과 운반구 등에 대해 추가로 세액공제를 해주기 위한 항목의 신설로 해석되며, 더구나 쟁점자산 중 2004.10.15. 이전에 취득한 <표1>의 자산은 임시투자세액공제대상 사업용 자산이 아니므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 2004.10.15. 이전에 취득한 쟁점자산(트랜스퍼크레인, 컨테이너크레인, 야드트랙터)이 조특법 제26조의 임시투자세액공제대상 자산에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. (2004.7.26. 단서개정)

<단서 종전 규정>

다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 6월 30일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. (2003.12.30. 개정)

조세특례제한법시행령 제23조 【임시투자세액공제】 ① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, ｢관광진흥법｣ 에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터 학원에 한한다), ｢의료법｣ 에 의한 의료기관을 운영하는 사업, ｢노인 복지법｣ 에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2005년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다. (2005.2.19. 개정)

<종전 규정>

① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액” 이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의 기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다), 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2004년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다. (2004.10.5. 개정)

② 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다. (2000.12.29. 개정)

③ 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 과세연도” 라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다. (1998.12.31. 개정)

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다. (1998.12.31. 개정)

⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998.12.31. 개정)

조세특례제한법시행규칙 제14조【임시투자세액공제 대상 사업용 자산의 범위】 영 제23조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 사업용 자산” 이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용 자산과 다음 각호의 자산을 말한다. (1999.4.26. 개정)

2. 도매업 ‧ 소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 자산으로서 별표 5의 유통산업합리화시설 (1999.4.26. 개정)

<별지1> 조세특례제한법 시행규칙 별표 5

조세특례제한법시행규칙 부칙 (2004.10.16. 재정경제부령 제396호) 제5조 【유통산업합리화시설의 범위에 관한 적용례】① 별표 5 제13호의 개정규정은 이 규칙 시행후 투자하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법시행규칙 제3조 【사업용자산의 범위】① 영 제3조 제2항에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (2001.3.28. 개정)

1. ｢법인세법시행규칙｣ 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다) (2005.3.11.개정)

<종전 규정>

1. 법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다) (2003.3.11.개정)

<별지2> 법인세법시행규칙 별표 6

(2) 법인세법시행령 제28조【내용연수와 상각률】

① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 재정경제부령이 정하는 시험연구용 자산과 제24조 제1항 제2호 가목 내지 라목의 규정에 의한 무형고정자산

재정경제부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 재정경제부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 “상각률”이라 한다)

2. 제1호외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목 내지 아목의 규정에 의한 무형고정자산을 제외한다)

구조 또는 자산별 ‧ 업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수(이하 “기준내용연수”라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령이 정하는 내용연수범위(이하 “내용연수범위”라 한다)안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 “신고내용연수” 라 한다)와 그에 따른 상각률.(단서 생략)

법인세법시행규칙 제15조【내용연수와 상각률】③ 영 제28조 제1항 제2호에서 “재정경제부령이 정하는 기준내용연수” 및 “재정경제부령이 정하는 내용연수범위”라 함은 각각 별표 5 및 별표 6에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다.

<별지3> 법인세법시행규칙 별표 5

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 영위하는 업종은 항만하역업으로 <표1>의 사업용 자산을 취득하고 그 대금을 지급한 후, 2004사업연도 법인세 신고시 <표1>의 쟁점자산 취득에 대한 임시투자세액공제를 신청함에 있어 2004.10.16. 이후부터 2004.12.31.까지 지급한 15,684,863,460원에 대하여만 임시투자세액공제액 2,352,729,519원을 신청하였다가 <표1>의 하역장비 등 쟁점자산은 조특법 시행규칙 별표 5의 개정과 관계없이 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별자산의 내용연수를 적용받는 사업용 자산이라 하여 2004.10.15. 이전에 지급한 4,953,711,575원과 2005.1.1. 이후 지급하였다 하여 2005사업연도 법인세 신고시 10%의 임시투자세액공제를 신청한 4,761,882,369원도 2004사업연도에 15%의 임시투자세액공제를 하여야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으며, 처분청은 청구법인이 임시투자세액공제대상으로 추가 신청한 쟁점자산 중 9,715,593,944원(2004.10.16. 개정전 이전 투자분 4,953,711,575원과 2005.1.1. 이후 투자분 4,761,882,369원)은 2004.10.16. 조특법 부칙 제5조 제1항 별표 5 제13호의 개정전 투자분으로 동 개정규칙은 규칙시행 후 투자하는 분부터 적용한다는 것을 이유로 하여 경정청구를 거부한 사실이 경정청구서, 거부통지서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) <표1>의 쟁점자산중 트랜스퍼크레인은 2004.10.18. 설치가 완료된 사실이 청구법인이 ○○지방해양수산청장에게 제출한 시설장비 설치신고서(2004.10.18.), ○○시 ○○청장에 제출한 취득신고 겸 자진납부 세액계산서(2004.11.3.), 취득세 납부영수증(2004.11.17.), 회계전표 등에 의하여 확인되고, 컨테이너크레인은 2004.11.18. 설치되고 최종 2004.11.24. 준공된 사실이 청구법인이 ○○지방해양수산청장에게 제출한 항만공사 준공보고서(2004.11.24.), 지방해양수산청장 검사 대행기관의장 ◯◯엔지니어링 정○○가 발급한 시설장비 검사합격증(2004.11.18.), ○○시 ○○청장에 제출한 취득신고 겸 자진납부 세액계산서(2004.12.15.), 취득세 납부영수증(2004.12.20.), 회계전표 등에 의하여 확인되며, 쟁점자산에 대한 투자금액은 <표1>에 기재된 바와 같이 지급되었으며 이에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 업종이 항만하역업으로 물류산업에 해당하며, <표1>의 쟁점자산은 조특법 시행규칙 제3조 및 제14조, 법인세법 시행규칙 제15조 및 별표 6에 따라 사업용 자산의 요건을 만족하고 있으므로 임시투자세액공제 대상에 해당한다고 주장하는 반면, 처분청은 임시투자세액공제 대상자산의 범위에 대하여 조특법 시행규칙 제14조에서 ‘시행규칙 제3조에 의한 사업용 자산과 별표 5의 자산을 말한다.’라고 규정하고 있고, 조특법 시행규칙 제3조 제1항 제1호는 ‘법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외 한다.)’이라고 규정하고 있는 바, 쟁점자산은 법인세법시행규칙 별표 6의 사업용 자산에 해당하지 아니하고, 쟁점자산 중 2004.10.15. 이전에 취득한 <표1>의 자산은 임시투자세액공제대상 사업용 자산이 아니라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 영위하는 업종은 항만하역업으로 한국표준산업 분류표에 의하면, Ⅰ운수업, 63 여행알선, 창고 및 운송관련 서비스업, 63102 수상화물 취급업에 해당하는 것으로 나타나고, 법인세 신고서 및 그 부속서류에 의하면 청구법인은 쟁점자산을 업종별자산의 기준 내용연수 및 내용연수 범위표에 근거하여 기준내용연수 8년을 기준하여 감가상각비를 계상한 것으로 나타난다.

(나) 위 관련법령에 의하면, 임시투자세액공제대상이 되는 사업용 자산의 범위에 대하여 조특법 제26조, 조특법 시행령 제23조 및 조특법 시행규칙 제14조에서 ‘시행규칙 제3조에 의한 사업용 자산과 건설업, 도 ‧ 소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 직접 사용하는 사업용 자산으로 지방세법시행규칙 제40조의 2의 규정에 의한 자산, 별표 5의 유통산업합리화시설의 자산을 말한다.’라고 규정하면서, 조특법 시행규칙 제3조 제1항 제1호는 ‘법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)’이라고 규정하고 있는 바, 법인세법시행규칙 별표 5에 규정된 차량운반구, 건물 등은 임시투자세액 공제대상이 되는 자산에 해당하지 아니하나, 건설업, 도 ‧ 소매업 또는 물류산업을 운영하는 자가 직접 사용하는 사업용 자산에 대하여는 추가로 임시투자세액공제를 해주기 위하여 열거하여 규정한 것으로 보인다.

한편, 청구법인이 영위하는 업종은 항만하역업(수상화물 취급업)이며, 쟁점자산은 차량운반구가 아닌 법인세법시행규칙 별표 6의 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표에 해당하는 자산으로 판단되고(국심 1996서2797, 1997.5.9. 참조), 청구법인은 쟁점자산을 법인세 법시행규칙 별표 6의 업종별자산으로 보아 감가상각하고 있고, 쟁점자산은 조특법 시행규칙 별표 5의 유통산업합리화시설에 기재된 사업용자산일 뿐만 아니라 법인세법시행규칙 별표 6의 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표에 기재된 사업용 자산에도 해당하므로 조특법 시행규칙 제14조 제2호를 적용하기에 앞서 조특법 시행규칙 제14조 본문을 먼저 적용하여 쟁점자산을 임시투자세액공제대상이 되는 자산으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점자산이 조특법 시행규칙 별표 5에 2004.10.16. 추가로 규정되어 이때부터 임시투자세액공제대상이 된다고 보아 2004.10.15. 이전 투자분인 4,953,711,575원에 대하여 임시투자 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

(다) 또한, 임시투자세액공제가 가능한 과세연도에 대하여 조특법 제26조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조 제3항에서 ‘투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다.’고 규정하고 있는 바, 투자가 이루어지는 시기나 투자가 완료된 시기의 과세연도에 임시투자세액공제가 가능하다고 해석되고, 위 (2)에서 본 바와 같이 쟁점자산은 2004사업연도에 투자가 완료된 사실이 확인되므로 <표1>의 4,761,882,369원은 2005.1.1. 이후에 지급이 되었다 하더라도 2004사업연도에 임시투자세액공제가 가능하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.