주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 계열법인인 ◯◯◯◯금융주식회사(이하󰡒관련1법인󰡓이라 한다)가 1997.6.30. 실시한 유상증자(발행주식 200만주, 1주당 발행가액 5,000원)시 대주주인 양◯◯ 등이 실권한 주시 1,010,029주중 70만주(이하󰡒쟁점1주식󰡓이라 한다를 1주당 5,000원에 배정받아 인수하였고, 다른 계열법인인 ◯◯◯◯보험주시회사(이하󰡒관련2법인󰡓이라 한다)가 1999.12.2. 실시한 유상증자(발행주식 906,878주, 1주당 발행가액 5,000원)시 관련법인의 대주주인 ◯◯◯◯통신주식회사 등이 실권한 주식 906,878주 중 876,878주(이하 󰡒쟁점2주식󰡓이라 한다)를 1주당 5,000원에 배정받아 인수하였으며, 2003.4.4.～2004.3.31.사업연도에 쟁점1주식 2,065주, 쟁점2주식 876,878주를 각각 양도하였다.

나. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 관련1법인 및 관련2법인의 유상증자지 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 시가보다 높은 금액으로 인수하였다 하여 부당행위계산부인규정을 적용하면서, 쟁점1주식에 대하여는 상속세 및 증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액 3,094원과 인수가액 1주당 5,000원의 차액을 산출하여, 관련1법인의 유상증자시 실권주 중 청구법인이 취득한 주식수와 신주인수를 포기한 주식의 양◯◯ 지분율(70만주×1,010,029주/200만주)을 반영한 후, 산출된 673,790,060원을 부당행위 △유보)하였고, 쟁점2주식에 대하여는 상속세 및 증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액 321.75원과 인수가액 1주당 5,000원의 차액을 산출하여, 관련2법인의 유상증자시 실권주 중 청구법인이 취득한 주식수와 신주인수를 포기한 주식의 대신정보통신주식회사의 지분율(876,878주/906,878주)]을 반영한 후, 산출된 4,102,254,078원을 부당행위계산부인하여 청구법인의 1999.4.1～2000.3.31.사업연도 소득금액을 조정(익금산입 투자유가증권<고가인수> 4,102,254,078원 기타사외유출, 손금산입 투자유가증권 4,1012,254,078원 △유보)하였다.

다. 청구법인은 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 양도한 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도 법인세 신고시 시가초과액 4,104,242,036원(쟁점1주식 1,987,958원, 쟁점2주식 4,102,254,078원)을 손금불산입(유보)으로 세무조정하여 신고하였다가, 2004.7.20. 처분청에 시가초과액을 양도에 대응하는 취득가액으로 하여 손금산입(기타)하는 경정청구(법인세 1,108,145천원 감액)를 하였으며, 처분청은 2004.10.1. 청구법인의 위 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2004.10.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점1주식과 쟁점2주식은 특수관계자로부터 직접 매입한 것이 아니라 관련법인의 증자에 있어 신주를 높은 가액으로 인수한 자본거래로서, 상기 자본거래와 관련한 부당행위계산부인에 대하여 시가초과액을 취득가액에서 제외하도록 하는 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호의 규정이 2002.12.30. 개정되어 2003.11.이후 취득한 분부터 적용하도록 하였으므로, 1997년에 취득한 쟁점1주식와 1999년에 취득한 쟁점2주식에 대하여는 취득가액을 부인할 수 없으므로 쟁점주식을 양도한 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도에 양도에 대응하는 취득원가로서 손금으로 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

법인의 자본거래로 인하여 시가보다 높은 가액으로 자산을 취득하는 경우 부당행위계산부인한 금액에 대하여 법인세법 기본통칙과 대법원판례 및 국세심판결정례 등에 의하여 취득가액에서 제외하였다가, 1998.12.31. 법인세법시행령 제72조제3항제3호를 신설하였고, 자본거래에 의한 신주의 고가인수에 대하여는 2002.12.30.법인세법시행령 제72조제3항제3호를 개정하여 일반자산과 같은 방법으로 취득가액에서 제외하도록 명문화하였는 바, 재정경제부가 발간한 1997년 간추린 개정세법에 의하면 1998.12.31. 신설된 법인세법 시행령 제72조제3항제3호는 종전의 해석으로 취득가액에서 제외하던 것을 명확히 하기 위한 것이라고 해설하고 있는 점을 볼 때, 2002.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제72조제3항제3호의 개정규정은 창설적 규정이 아니라 종래의 기본통칙 및 판례등에 의거 관행적으로 운용하던 사항을 법령으로 명확히 확인한 규정으로 보아야 하므로, 부당행위계산부인한 쟁점주식에 대하여 시가초과액을 자산의 취득가액에서 제외한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2002.12.30. 법인세법 시행령이 개정되기 전에 청구법인이 관련법인의 유상증자에 따른 실권주를 취득한 것에 대하여 시가를 초과하여 매입하였다 하여 부당행위계산부인하는 경우 그 부인금액(시가초과액)은 취득가액에서 제외되는 것이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

- 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세‧등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 방범으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액 (1998.12.31. 개정)

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 (2002.12.31.개정)

* 부칙제8조【손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례】

③제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 l시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

- 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제52조 제1항에서 󰡒조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1주식과 관련하여 1997.6.30. 관련1법인의 유상증자시 양◯◯와 그 친족(양◯◯, 양◯◯)은 관련법인의 최대주주(50.5% 지분)로서 양◯◯등이 청구법인과 관련법인의 특수관계자에 해당되고, 쟁점2주식과 관련하여 1999.12.2. 관련2법인의 유상증자시 ◯◯◯◯통신주식회사 등이 관련법인의 최대주주로서 청구법인과 관련법인의 특수관계자에 해당되며, 청구법인 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 1주당 5,000원에 각각 취득하여 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도에 양도한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 취득한 것이 법인세법 시행령 제88조제1항제8호 나목에 규정된 󰡒관련법인의 증자에 있어서 신주(쟁점주식)를 시가 보다 높은 가액으로 인수하여 다른 주주들에게 이익을 분여한 경우󰡓에 해당되고, 2002.12.31. 대통령령 15970호로 개정되기 전 법인세법 시행령 제72조제3항제3호에서 취득가액에 제외되는 경우를 󰡒법인세법시행령 제88조 제1항제1호의 규정에 의한 시가초과액󰡓으로 규정하고 있으므로, 이 건 자본거래로 인하여 관련법인의 주식을 취득한 것은 1997년 및 1999년으로서 2002.12.31. 개정전의 관련규정에 의하면 취득가액 부인대상이 아니므로 동 시가초과액을 취득가액에 포함하여야 한다는 주장이다.

(3) 위 사실관계와 관련법령을 종합해 보면, 자산을 시가보다 초과하여 취득하는 경우 시가초과액을 부당행위계산부인하는 때에는 취득시점에서 취득가액에서 시가초과액을 차감하였다가 당해 자산을 처분하는 시점에서 과세하는 것이 부당행위계산부인의 논리라 할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 1997.6.30. 및 1999.12.2. 실권주인 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 1주당 5,000원에 각각 관련법인들로부터 유상증자받은 것은 법인세법시행령 제88조제1항제8호 나목에 규정된 신주의 고가인수를 통한 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우에 해당된다고 할 것이고, 2002.12.31. 법인세법시행령 제72조제3항제3호를 개정한 것은 창설적 효력을 지닌 규정이 아니라 종래에 부당행위계산부인에 관한 기본적 논리를 법령으로 명확하게 확인한 규정으로 해석하는 것이 합리적이라고 보여지므로, 청구법인이 시가보다 높은 가액으로 취득한 쟁점1주식 및 점점2주식의 시가초과액은 손금불산입(취득가액에서 제외)대상이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.