주문

○○세무서장이 2006.7.14. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 16,291,340원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유

1.처분개요

경기도 ○○시 ○○동에 소재한 ○○교○○회 ○○○○교회(이하 “청구외교회”라 한다)는 2005.8.4. 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 156㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하였는데, 법정신고기한 내에 양도소득세 예정․확정신고를 하지 아니하였다.

이에 처분청은 2006.7.14. 청구외교회 담임목사이자 청구외교회 대표자인 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 16,291,340원을 결정․고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.7.25 이의신청을 거쳐, 2006.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 청구인이 담임목사직을 맡고 있는 ○○교○○회 ○○○○교회 소유 부동산으로, 비영리법인인 ○○○○교회가 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 후, 양도한 것이므로, 이로 인한 양도소득은 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 과세대상이 아니라 할 것이고, 따라서 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지가 비영리법인인 ○○○○교회 소유이므로 소득세법이 아니라 법인세법이 적용되어야 한다는 취지로 주장하고 있으나, 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의하면, 당연히 법인으로 보는 단체 외의 법인격 없는 단체 중 일정요건을 갖추고 대표자 또는 관리인이 같은 법 시행령 제8조의 규정에 따라 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에만 이를 법인으로 보아 국세기본법 및 법인세법을 적용하는 것으로, 청구인이 제출한 증빙서류는 청구외교회가 단지 기독교 종파 소속 단체로서 대표자 및 관리인이 선임되었다는 내용에 불과하고, 청구외교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단 기타 단체로서 등기한 적도 없으며, 청구외교회는 쟁점토지의 양도후인 2006.1.4.에야 ‘법인으로 보는 단체 승인신청서’를 제출하여 2006.1.13. ○○세무서장으로부터 이에 대한 승인을 받았으므로 위 규정이 적용 될 수는 없고, 2005.8.4. 양도 당시를 기준으로 청구외교회를 소득세법상 거주자로 보아 과세함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구외교회를 소득세법상 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 소득세법 제1조【납세의무】

③법인격없는 사단·재단 기타 단체중 국세기본법 제13조제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

○ 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

②법 제3조제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

①법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

②제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

⑤법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다.

⑦법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청․승인 등】

①법 제13조제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(각호생략)

②관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

이 건 심리자료를 종합하여 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

우선, 부동산등기부등본을 살펴보면, ‘○○교○○회 ○○○○교회(청구외교회)’는 1978.12.19. 쟁점토지를 취득하고, 2002.3.12. 등기명의인에 ‘대표자 성명 ○○○(청구인)’을 추가한 후, 2005.8.4. 이를 양도한 사실이 확인된다.

청구인이 제출한 대표자증명서, 재직증명서, 소속증명서, 제직결의서, 교회사용확인서 및 ○○○구청장의 확인원 등의 내용을 종합하면, 청구인은 쟁점토지 지상 가건물에서 청구외교회를 운영하여 오다, 교회 확장을 위하여 2003.8.22. ○○도 ○○시 ○○동 ○○○○번지 토지 및 건물을 취득하고 교회를 이전하였으며, 이전 교회 소재지인 쟁점토지를 양도한 사실이 확인된다.

한편, 국세통합전산망(TIS) 자료에 의하면, 청구인은 2006.1.4. 처분청에 청구외교회에 대하여 ‘법인으로 보는 단체 승인신청’을 하였고, 처분청은 2006.1.13. 위 신청을 승인한 사실이 확인된다.

이에 대하여, 처분청은 청구외교회가 국세기본법 제13조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 ‘법인으로 보는 법인격이 없는 단체’에 해당하지 아니하므로, 청구외교회를 소득세법 제1조 제3항에 따라 하나의 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분이 타당하다는 의견인 반면,

 청구인은 청구외교회가 국세기본법 제13조 제1항 및 제2항에 규정된 ‘법인으로 보는 법인격이 없는 단체에 해당하므로 법인세법이 적용되어야 하고, 그렇다면 양도소득세가 비과세 되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 청구외교회는 ○○교○○회총회에 소속된 교회에 불과하여 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단 기타 단체’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 일반적으로 교회는 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하므로, 교회를 법인격 없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니한 점(대법원 1999.9.7. 선고 97누17261 판결 참조)을 고려하면, 청구외교회를 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 ‘공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’으로 볼 수도 없어, 결국 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로의 승인을 받은 경우에 한하여 청구외교회를 법인으로 보아 법인세법을 적용할 수 있을 것인데,

 청구외교회가 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았다고 볼만한 아무런 자료도 나타나 있지 아니한 이상, 청구외교회를 국세기본법 제13조 제2항에 따라 “법인으로 보는 법인격 없는 단체”로 볼 수는 없으며, 비록 청구외교회가 쟁점토지 양도일인 2005.8.4 이후인 2006.1.13. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체승인을 얻은 사실이 확인되나, 그렇다하여 양도일로 소급하여 이를 법인으로 보아야 하는 것은 아니므로 결론에는 차이가 없다 할 것이다[국심 2006중2318(2006.8.29.), 국심2006중368(2006.6.16.), 같은 뜻임].

 따라서, 처분청이 청구외교회를 거주자로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당한 한편, 청구외교회가 “법인으로 보는 단체”에 해당됨을 전제로 이 건 양도소득이 법인세법상 법인의 과세소득에서 제외하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

 그러나, 처분청의 의견처럼 쟁점토지의 양도소득에 대하여 청구외교회를 소득세법 제1조에 따라 독립된 ‘거주자’로 보아 양도소득세를 과세함이 타당하다 할지라도, 이 경우 납세의무자는 ‘청구외교회’ 자체이지 ‘청구인’개인이 아니라 할 것인데,

 처분청의 양도소득세 결정결의서 및 납세고지서 등을 살펴보면, 납세의무자의 성명란에 ‘○○○(청구인)’이 기재되어 있고 주민등록번호란에도 청구인의 주민등록번호가 기재되어 있어, 이 건 과세처분이 청구외교회(○○교○○회 ○○○○교회)가 아니라 청구외교회 담임목사로 재직중인 청구인 개인에게 이루어진 것이 확인되는 바, 비록 청구인이 청구외교회의 담임목사로서 쟁점토지의 부동산등기부등본상 청구외교회의 대표자로 등재되어 있더라도 이 건 양도소득세의 납세의무는 청구외교회에 있는 것이므로, 납세의무가 없는 청구인 개인에게 부과된 이 건 과세처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는, 심리결과 청구인의 주장은 이유없으나 이 건 양도소득세는 청구인이 납세의무자가 아니므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.