주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 1. 24 원고에 대하여 한 2004 사업연도분 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 ○○구 ○○동 ○○번지 지상의 ○○연립주택을 재건축하기 위하여 구 주택건설촉진법 제44조에 의하여 2003. 6. 17. ○○시 ○○구청장으로부터 조합설립인가를 받은 재건축주택조합으로서 2003. 7. 30. 법인설립등기를 마친 후, 재건축사업을 시행하여 2004. 5. 20. 사용승인을 받았다.

나. 원고는 2005. 3. 31. 피고에 대하여 2004 사업연도분 법인세 과세표준 및 세액신고를 함에 있어 수입금액을 1,965,150,240원, 매출원가를 1,572,254,926원(=건설용지비845,718,285원+공사비2,943,742,862원-기말미완성비2,217,206,221원)으로 하되, 매출원가 중 건설용지비는 조합원이 원고에 대하여 현물출자한 토지 약 690평(이하 ′이 사건 토지′라 한다)의 감정평가액 6,001,660,000원에서 기말재고액을 5,155,941,715원을 차감한 845,718,285원으로 계산하여 과세표준을 392,895,324원, 산출세액을 94,081,737원으로 신고한 후, 위 법인세를 납부하였다.

다. 그런데 원고는 2005. 12. 1. 경 피고에 대하여 원고가 위와 같이 법인세 신고를 함에 있어 조합원이 조합에 현물출자한 토지의 가액을 시가 또는 실제거래가액에 의하여야 함에도 이 사건 토지에 대한 취득원가를 감정평가액을 기초로 하여 계산하였는바, 시가에 의하여 계산할 경우 실제 토지의 취득원가는 8,946,000,000원에 해당하고, 이를 기초로 한 2004 사업연도의 법인세는 0원이 되므로 이미 납부하였던 법인세액을 반환하여 달라는 취지로 법인세 과세표준 및 세액 경정청구를 하였다. 이에 대하여 피고는 2006. 1. 24. 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

【인정 근거】 다툼없는 사실, 갑1호증의 1, 2, 갑2호증

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 시공사인 ○○산업개발주식회사와 사이에 재건축공사계약을 체결함에 있어 소위 ̍지분제 ̍ 방식에 의한 공사계약을 체결함으로써 조합은 사업시행자로서의 명의만을 제공하고 실질적인 사업시행은 시공사가 담당하게 되어 일반분양수입 등 수입금액은 사업비로서 시공사에게 전액 귀속되게 되었는바, 조합원이 조합에 현물출자한 이 사건 토지의 가액을 시가 또는 실지거래가액이 아닌 공시지가 또는 감정평가액 등의 추계가액으로 산정하는 경우 실질소득과 아무런 관련이 없는 가공의 이익이 발생하게 되므로, 일반분양가격에서 추가분담금을 뺀 나머지 금액을 이 사건 토지의 시가 내지 실지거래가액으로 보아 계산하여야 하고, 위와 같이 계산하게 되면 원고에게는 법인세를 납부할 의무가 없다.

나. 관계법령

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입 ․ 제작 ․ 교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조 ․ 생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ˝특수관계자˝ 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ˝부당행위계산˝이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 ․ 이자율 ․ 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하여, 이하 이 조에서 ˝시가˝라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

3. 현물출자 ․ 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

다. 판단

법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호에서는 법인세법 제41조에 의한 자산의 취득가액은 현물출자에 의하여 취득한 자산의 경우 장부에 계상한 출자가액으로 하되 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다고 규정하고 있으므로, 현물출자에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액을 의미한다고 할 것이다. 그리고 여기에서 ′시가′ 라 함은 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가(법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 다. 목)로서 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하는데(법인세법 제52조 제2항), 법인세법 시행령 제89조 제1항 제1호에서는 위 시가가 불분명한 경우에는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을 시가로 보도록 규정하고 있다. 이 사건에서 보건대, 갑7호증의 1, 2, 갑8, 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지에 관하여 ○○감정원에 감정의뢰한 감정평가액은 5,933,200,000원, 주식회사 ○○감정평가법인에 감정의뢰한 감정평가액은 6,070,120,000원인 사실, 원고는 위 2개 감정평가법인의 감정평가액의 평균액인 6,001,660,000원을 원고 조합의 대차대조표, 공사원가명세서, 합계잔액시산표 등 장부에 이 사건 토지의 취득가액으로 계상한 사실을 인정할 수 있다. 위 관계법령과 인정사실에 비추어 보면 원고가 이 사건 토지의 취득가액으로서 장부에 계상한 6,001,660,000원은 2개의 감정평가법인의 감정평가액의 평균액으로서 법인세법상 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액이라고 할 것이므로 이를 근거로 하여 법인세를 계산한 데에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없고, 달리 원고 주장과 같이 이 사건 토지의 취득가액을 일반분양가액을 기준으로 하여 추가분담금을 공제한 금액이라고 볼 아무런 근거가 없으므로 원고의 법인세 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.