주 문

ＯＯ세무서장이 2006.1.15. 청구법인에게 한 2000년 제2기 부가가치세 20,906,400원, 2001년 제2기 부가가치세 136,100,930원, 2002년 제1기 부가가치세 114,477,390원, 2002년 제2기 부가가치세 72,751,790원, 2003년 제1기 부가가치세 24,266,870원, 2000사업연도 법인세 40,442,820원, 2001사업연도 법인세 14,646,040원, 2002사업연도 법인세 21,260,390원 및 2003사업연도 법인세 3,328,570원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 사업자로 2000년 제1기~2003년 제1기 과세기간 중에 ＯＯ지방국토관리청(이하 “발주청”이라 한다)으로부터 ＯＯＯ도 ＯＯ~ＯＯ간 국도확 ‧ 포장공사를 수주받아 시공하면서 하도급공사업체인 ＯＯ건설 주식회사(이하 “ＯＯ건설”이라 한다)로부터 수취한 공급가액 2,123,071천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2000년 제1기~2003년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 ＯＯ세무서장으로부터 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 공사용역의 공급자가 ＯＯ건설이 아닌 이ＯＯ이라는 과세자료를 통보받고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 위장세금계산서로 보아 동 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 한편, 법인세법 제76조 제5항에 의한 증빙미수취가산세를 적용하여 2006.1.15. 청구법인에게 부가가치세 2000년 제2기분 20,906,400원, 2001년 제2기분 136,100,930원, 2002년 제1기분 114,477,390원, 2002년 제2기분 72,751,790원, 2003년 제1기분 24,266,870원 및 법인세 2000사업연도 40,442,820원, 2001사업연도 14,646,040원, 2002사업연도 21,260,390원, 2003사업연도 3,328,570원을 각각 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1998년 발주청으로부터 ＯＯ-ＯＯ간 도로공사를 수주하여 시공하던중 1998.11.12. 공급가액 7,100백만원의 구조물공사에 대하여 하도급계약을 체결한 후 ＯＯ건설이 2003년 4월 공사를 포기하여 타절(공사수행자가 능력이 없거나 불법수주, 부도 등의 사유로 지속적인 공사 수행능력이 없다고 판단하여 공사를 중단시키고 정산하는 것을 말함)할 때까지 기성금의 지급에 따라 동 법인으로부터 교부받은 세금계산서에 대하여 부가가치세를 신고 ‧ 납부하였다.

건설산업기본법 제30조는 “일반건설업자는 1건 공사의 금액이 20억원 이상인 경우에는‧‧‧(중략)‧‧‧해당 업종의 전문건설업자에게 하도급하여야 한다”고 규정하고 있고, 관급공사의 경우 발주청에서 하도급공사 관련 내용을 사전승인하고 시공 및 공사대금 지급 등을 수시로 확인 ‧ 점검하는 등으로 모든 하도급공사내용을 직접 관리 ‧ 감독하고 있으며, 이와 같이 관급공사를 수주하여 하도급을 주는 경우 상대적으로 우위에 있는 입장에서 명의위장사업자라는 사실을 알고도 하도급을 주는 경우는 있을 수 없고, 또한 명의위장사업자에게 하도급을 주었을 경우 얻은 이익은 전혀 없는 반면, 그로 인한 불이익은 너무나 많아 통상 건설업계의 경우 원도급업체는 공사면허 및 실적 등의 객관적인 사업수행능력 등을 검토하여 하도급자를 선정하고 있다.

ＯＯ세무서장은 ＯＯ건설의 현장소장 이ＯＯ의 진술을 근거로 이 건 실사업자가 ＯＯ건설이 아닌 이ＯＯ으로 판단하였으나, 이는 동 법인내부의 투자자간 분쟁으로 인하여 발생한 문제로서 청구법인으로서는 전혀 알수도 없는 일일 뿐 아니라, 청구법인이 ＯＯ건설과 이 건 구조물공사의 하도급계약을 체결할 당시 발주청에 하도급관련서류(ＯＯ건설의 전문건설업면허증 ‧ 사업자등록증, 공사재해보험증권 및 하도급계약서 등)를 제출하여 사전승인을 받은 후 공사를 시행하였으며, 공사대금은 2003년 1월경 ＯＯ건설이 공사를 포기하여 타절할 때까지 29회에 걸쳐 총 2,588,262천원을 지급하였고, 그 중 70%에 해당하는 1,830,431천원은 약속어음으로, 나머지 현장경비, 노임 등은 건설업계의 관행에 따라 해당 공사현장의 운영계좌로 현금지급하여 당해 현장에서 ＯＯ건설에 직접 지급하였는 바, 이는 발주청에 ＯＯ건설과의 하도급계약 관련 서류를 제출하여 사전승인을 받은 후 공사를 시행한 사실 및 증빙자료로 제출한 공사대금 지급증빙 등에 의하여 확인된다.

따라서, 청구법인은 관련 법령에 따라 발주청의 사전승인을 받아 전문건설업면허보유 여부 및 공사실적 등이 있는 ＯＯ건설과 하도급 공사계약을 체결하고 이 건 구조물공사를 시행한 것으로 이는 관련 증빙서류 및 거래대금의 지급내용을 보아도 확인되는 바, 설혹, ＯＯ세무서의 조사내용과 같이 이 건 실사업자가 ＯＯ건설이 아닌 현장소장인 이ＯＯ이라고 하더라도 청구법인은 주의의무를 다한 선의의 거래자에 해당되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

ＯＯ세무서의 ＯＯ건설 대표 이ＯＯ에 대한 조사자료에 의하면, 이ＯＯ은 청구법인과 1998.11.13.부터 1999.6.30.까지 토공사 380,000천원 및 철근콘크리트공사 730,000천원을 공사계약하면서 현금 및 어음 결재비율을 70% 대 30%로 하기로 하였으나, 이러한 결재가 이루어지지 아니하였고, 단가도 맞지 아니하여 공사포기의사를 밝히자 청구법인의 현장소장 김ＯＯ이 차선책으로 제의한 구조물공사를 하기로 하였으나 당해 공사는 이ＯＯ이 이미 하고 있었으며 공교롭게도 공사 현장에서 문화재가 발견되어 완전히 철수하였고 이ＯＯ의 시공부분에 대한 세금계산서는 ＯＯ건설의 명의로 교부(일부는 명의도용)하였고, 이와 관련하여 이ＯＯ으로부터 부가가치세를 현금으로 받았다는 등으로 진술하고 있고,

실사업자로 확인된 이ＯＯ은 부가가치세 및 수수료로 총공사비의 10%(나중에 공사여건상 5%로 변경)를 주기로 하고 ＯＯ건설과 배수공사에 대하여만 모작계약(재하도급계약 또는 시공참여계약)을 하였고, 관련 세금과 관리비를 ＯＯ건설에 입금하였으며, 청구법인이 집행한 자금 중 어음 18.3억원, 현금 7.5억원은 2001년 상반기까지 ＯＯ건설에서 수령하여 집행하였으나, 2001년 하반기부터 이ＯＯ과 처 이ＯＯ 명의로 청구법인으로부터 직접 수령하고 이를 이ＯＯ이 집행한 것으로 진술하고 있고, 2003.4.15. 청구법인과 이ＯＯ의 합의서에 의하면, “ＯＯ-ＯＯ간 도로4차선 확 ‧ 포장공사현장에서 공사개시후 2003년 3월까지 투입한 공사비와 손실보전금 141,932,464원에 합의하며‧‧‧”로 되어 있으며, 이ＯＯ이 ＯＯ건설 대표 이ＯＯ에게 제출한 각서에는 “ＯＯ-ＯＯ간 국도2, 4호선 1공구의 ＯＯ건설(청구법인)과 배수공사를 시공한 이ＯＯ은 위 공사에 투입된 자재비 및 장비비, 인건비 전체에 대하여 ＯＯ건설은 책임이 없으므로 이ＯＯ이 책임지고 정산할 것이고 임의로 사용한 ＯＯ건설의 도장은 이 각서와 함께 반납한다” 고 되어 있는 등 쟁점세금계산서와 관련한 실제사업자는 ＯＯ건설이 아닌 이ＯＯ으로 확인되므로 이 건 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 선의의 거래자로서 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

Ｏ부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략)

Ｏ법인세법 제76조【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997.12.29. 조달청 시설공사계약관과 총공사금액을 36,663,000천원으로, 착공일을 1997.12.31.로 하여 ＯＯ-ＯＯ간 도로 4차선 확장 및 포장공사에 대한 공사도급계약을 체결하였고, 이후 8회의 변경합의를 거쳐 2004.11.22. 발주청 재무관 이ＯＯ과 총공사금액을 34,743,000천원으로, 착공 및 준공연월일을 1998.3.24. 및 2004.12.31.로 하는 최종 변경된 공사계약을 체결하였으며 1998.11.12. ＯＯ건설의 공동대표 홍ＯＯ, 이ＯＯ과 공사기간을 1998.11.12~2002.12.30., 계약금액을 7,810,000천원(부가가치세 포함)으로 하여 ＯＯ-ＯＯ간 4차선 확 ‧ 포장공사 중의 구조물공사에 대하여 하도급공사계약을 체결한 사실이 관련 시설공사도급계약서 및 하도급공사계약서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인이 ＯＯ건설로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역을 보면, 아래 <표1>과 같다.

(단위 천원)

처분청은 청구법인이 ＯＯ건설로부터 수취한 쟁점세금계산서와 관련한 실지 공사용역의 공급자를 이ＯＯ으로 보아 이 건 과세한 데 대하여 청구법인은 발주청에 ＯＯ건설과의 하도급계약서, 전문건설업면허증, 공사실적증명서 등의 관련 제반서류를 제출하여 사전승인을 받은 후 하도급공사를 시행하였고, 공사대금도 ＯＯ건설에 지급하는 등 이 건 하도급공사 시공자를 ＯＯ건설로 알고 거래한 데 있어 주의 의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당된다고 주장하면서, 발주청과 체결한 시설공사도급계약서, ＯＯ건설과 체결한 하도급공사계약서, 계약보증서, 근로자재해보상책임보험증권, 쟁점세금계산서, 약속어음 사본 24매, 입금표 23매, ＯＯ건설의 공사포기각서 ‧ 동의서 ‧ 영수증, 청구법인과 ＯＯ건설의 정산합의서, 당시 현장직원 김ＯＯ의 확인서, 청구법인의 ＯＯ-ＯＯ공사현장의 현금운영계좌 거래내역표, 2002년 6월 공사현장별 노무비, 외주비 집계표, 무통장입금증 사본 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 처분청이 과세근거로 제시한 증빙자료를 보면, 쟁점 세금계산서와 관련하여 실제 시공자로 판명된 이ＯＯ은 2005.12.20. 조사공무원과의 문답서에서 “ＯＯ건설과 모작계약(재하도급계약)으로 배수공사를 26억원 정도에 계약하여 공사시공만 책임지고 현장관리, 청구법인과의 관계, 관련 제세금 및 현장사고 등은 ＯＯ건설의 책임으로 하여 부가가치세 100%와 수수료로 총공사비의 10%(이후 5%로 변경), 관련 세금 및 관리비 전액을 ＯＯ건설에 지급하였고, 공사는 수로 ‧ 통로박스, 배수관 등 도로공사의 배수공사이며, 현장자재, 인부, 중기 등은 ＯＯ건설이 1999년까지 관리하다가 철수하고 이후 본인이 직접 관리하여 ＯＯ건설의 현장소장으로 불려지게 된 것이며, 자재, 중기 및 인건비 등의 매입자료는 ＯＯ건설의 명의로 받아 ＯＯ건설에 전달하였고, 공사대금은 ＯＯ건설이 2001년 상반기까지 청구법인으로부터 수령하여 자금을 집행하였으나, 2001년 하반기로부터 본인이 수령하여 직접 집행하였으며, 당해 공사와 관련한 모든 책임을 지겠다고 성창건설에 제출한 각서는 공사타절시 작성 ‧ 제출하였다”고 진술한 것으로 되어 있다.

ＯＯ건설 대표이사 이ＯＯ은 조사공무원과의 문답서(2005.12.20.)에서 “청구법인과 1998.11.13.부터 1999.6.30.까지 토공사 380백만원, 철근콘크리트공사 730백만원의 공사계약시 현금 및 어음결제 비율을 70:30로 하였으나, 잘 이루어지지 아니하였고 단가도 맞지 아니하여 1999년 2월경 공사포기 의사를 밝히자 당시 청구법인의 현장소장 김ＯＯ이 교량공사 대신 단가가 더 좋은 구조물공사를 할 것을 제의하여 구조물공사현장에 가보니 이ＯＯ이 관련된 공사를 이미 하고 있었고 이ＯＯ의 공사는 구조물공사에 부수되는 소액공사이므로 ＯＯ 건설의 구조물공사에 포함시켜 공사하자는 김ＯＯ의 제의에 따라 공사를 시작하였으나, 당시 공사현장에서 발굴된 문화재로 인하여 1999년 4월경 일시 철수한 후 당사가 공사를 재개한 적은 없으며, 이ＯＯ은 김ＯＯ의 소개로 처음 알았고 1999년 7월 이후 당사 명의로 발행한 세금계산서 26매 2,125백만원 중 2002년 6월까지 발행한 1,814백만원은 당사에서 직접 발행하였는데 이는 약 70억원의 구조물공사를 당사에 맡긴다는 김ＯＯ의 제의를 믿고 이ＯＯ이 시공한 공사부분도 당사가 맡게 될 공사의 일부부으로 인식하여 발행한 것이고, 이와 관련한 부가가치세는 이ＯＯ으로부터 현금으로 받았으나, 수수료 및 관리비 등을 받은적은 없고, 2002년 7월 이후 발행분 511,392천원은 이ＯＯ이 당사의 법인 인감을 도용하여 발행한 것으로 2003.1.24. 이를 인지하여 이ＯＯ으로부터 각서를 받았다”고 진술한 것으로 되어 있다.

다른 과세근거인 수령증을 보면, 2001.9.28. 청구법인으로부터 47,100천원의 현금을 ＯＯ건설 이ＯＯ이 서명하여 수령한 것으로 되어 있고, 2003.2.20. 이ＯＯ이 ＯＯ건설 대표 이ＯＯ에게 제출한 각서를 보면, “청구법인의 ＯＯ-ＯＯ간 도로공사의 배수공사는 이ＯＯ이 시공하였고, 당해 공사에 투입된 자재, 장비, 인건비 일체에 대하여 ＯＯ건설은 책임이 없으므로 이ＯＯ이 책임지고 청구법인과 정산할 것이고 이에 각서를 제출하며, 이ＯＯ이 임의로 사용한 ＯＯ건설의 도장은 이 각서와 함께 반납한다”고 되어 있으며, 청구법인과 이ＯＯ이 합의한 합의서(2003.4.15.)를 보면, “ＯＯ-ＯＯ간 공사현장에서 공사 개시후 2003년 3월까지의 공사비, 손실보전금을 141,932,464원에 합의하고, 동 공사와 관련 이ＯＯ의 미지급 노임, 장비비 등이 있을 경우 이ＯＯ이 수령한 합의금에서 지급완료토록 하며, 기타 미지급대금 등의 문제 발생시는 이ＯＯ이 모든 민형사상 문제를 책임지고 처리하는 것으로 합의한다”로 되어 있고, 이ＯＯ의 처 이ＯＯ 명의의 ＯＯ통장 사본을 보면, 2002.2.8.~2002.8.6. 기간 중 8회에 걸쳐 525,949천원을 청구법인의 명의로 위 통장에 송금한 것으로 나타나며, 무통장송금영수증 1매를 보면, 2002.9.9. 청구법인이 이ＯＯ 명의의 ＯＯ계좌로 18,000천원을 무통장송금한 것으로 되어 있다.

(나) 청구법인이 제출한 증빙자료 중 쟁점세금계산서, 약속어음 앞 ‧ 뒷면사본 24매, 입금표 23매 중 현금지급분을 보면, 아래 <표>와 같고, ＯＯ건설이 2003년 4월 청구법인에 제출한 공사포기각서, 동의서 및 영수증을 보면, “당사(ＯＯ건설)는 ＯＯ-ＯＯ간 도로공사 중 토공사, 철근콘크리트공사에 대한 하도급업체의 지위일체를 자진 탈퇴하고 시공권을 조건없이 포기하며, 잔여공사를 청구법인이 시공하는 것에 동의하고, 공사대금으로 2,642,505천원을 수령한 것”으로 되어 있다.

<표> 쟁점세금계산서, 약속어음 앞뒷면 사본, 입금표

(단위 : 천원)

청구법인과 ＯＯ건설의 정산합의서(2003.1.16.)를 보면, “공사를 타절정산함에 있어 ＯＯ건설의 기시공분을 2,642,505천원으로 하는 것으로 합의하며, 미지급 인건비, 자재비, 장비비 및 기타 비용이 있을 경우 동 정산금에서 지급하도록 하며, 민형사상 문제발생시 손해배상등의 모든 사항을 ＯＯ건설에서 책임지고 처리할 것임을 확약한다”고 되어 있고, 발주청의 청구법인에 대한 현장대리인(현자소장) 교체요구 공문 및 청구법인의 회신문을 보면, 1998.2.20. 발주청이 ＯＯ-ＯＯ간 도로공사의 현장대리인으로 선임된 김ＯＯ에 대하여 자격미달 사유로 교체를 요구한데 대하여, 1998.2.27. 청구법인이 현장대리인을 김ＯＯ으로 변경하여 김ＯＯ의 이력서, 자격증명서(토목기사 1급) 및 1998년 1월 입사한 것으로 되어 있는 재직증명서를 첨부하여 발주청에 현장대리인 선임계를 제출한 것으로 확인되며, 근로자재해보장 책임보험증권을 보면, 1998.11.11. ＯＯ건설이 ＯＯ보험주식회사에 가입한 ＯＯ보장보험으로 청구법인이 하도급계약승인 관련서류와 함께 발주청에 제출한 것으로 피보험자는 ＯＯ건설과 청구법인, 사업장은 ＯＯ-ＯＯ간 4차선도로 확장‧포장공사(철근콘크리트), 보험기간은 1998.11.11~2002.12.31.으로 되어 있고, 계약보증서를 보면, 1998.11.12. 전문건설공제조합이 발행하여 ＯＯ건설이 청구법인에 제출한 것으로 보증금액은 80,300천원으로 되어 있으며, ＯＯ건설과 체결한 하도급계약서에 첨부된 공사하도급계약조건 제7조(권리의무의 양도)를 보면, 을(ＯＯ건설)은 이 계약으로부터 발생하는 권리 또는 의무를 제3자에게 양도하거나 승계하게 할 수 없다고 규정하고 있고, 제24조(갑의 계약 해제)를 보면, 갑(청구법인)은 을이 공사이행 지체, 계약조건 위반, 금융거래 중지 등으로 계약목적을 달성할 수 없을 경우 당해 계약의 일부 또는 전부를 해제 또는 해지할 수 있다고 규정하고 있다.

2000.9.1.부터 2003.3.까지 당해 현장에 근무하였다는 청구법인의 직원 김ＯＯ의 확인서를 보면, “당시 총책임자는 이ＯＯ 공무부장(현기술이사)이고 상주 책임자는 김ＯＯ 현장소장이었으며, 하도급업체가 20여개 있었고, 그 중 배수로공사를 맡은 ＯＯ건설은 현장소장 이ＯＯ과 직원들이 근무하였으며, 당시 발주청의 감독공무원 및 감리회사 직원들이 상주하고 있었고, 낙찰율이 60%로 저가낙찰 현장인 관계로 감사원, 건설교통부에서 공사진행상황을 수시로 감사하였는데 이러한 상황에서 이ＯＯ과 같이 면허가 없는 자에 대한 불법재하도급을 묵인하거나 방치한다는 것은 있을 수 없었으며, 이 같은 사실이 적발시는 당해 공사는 물론이고 향후 모든 관급공사도 입찰제한을 받게 되므로 ＯＯ건설과 이ＯＯ이 모작계약을 한 사실을 알고도 이를 묵인할 이유는 전혀 없었고, 일부 공사대금을 이ＯＯ(이ＯＯ의 처 이ＯＯ)의 계좌로 송금한 것은 ＯＯ건설의 대표 이ＯＯ과 이ＯＯ의 요청에 따른 것이며, 특히 2002년 2월초 설연휴로 인해 인건비 등 현장자금집행에 애로가 있던 하도급업체들이 기수령한 어음을 대신 할인해 줄 것을 부탁하여 ＯＯ소재 사채업자에게 할인한 후 이들에게 지급하면서 ＯＯ건설의 이ＯＯ에게도 현금지급(2002.2.8. 225,946천원)한 것이고 2003년 3월경 ＯＯ건설이 공사포기를 하여 타절정산시에 이 같은 모작계약사실을 알게 된 것이며, 이후 당해 공사는 본사에서 직영으로 시공하여 2004년말 완료하였다”고 확인하고 있다.

청구법인의 2002년 6월분 공사현장별 노무비 ‧ 외주비 집계표를 보면, 전국 18개 공사현장에 대한 총지급액은 1,819,994천원이고, ＯＯ-ＯＯ 현장의 8개 하도급업체에 대한 지급액은 387,462천원이고, 그 중 현금은 112,711천원, 어음은 274,751천원이며, 구조물공사업체인 ＯＯ건설에는 어음 20,300천원, 현금 8,700천원, 합계 29,000천원을 지급한 것으로 되어 있고, 무통장입금증 사본을 보면, 2002.8.12. 청구법인이 ＯＯ은행 ＯＯ지점에서 112,710,930원을 ＯＯＯ도 ＯＯ군에 소재한 ＯＯ은행 ＯＯ지점에 2001.3.2. 개설된 청구법인의 명의의 예금계좌에 무통장송금한 것으로 되어 있고, 동 ＯＯ지점의 예금계좌거래내역을 보면, 2002.8.12. 112,710,930원이 입금되어 당일 112,700천원이 출금된 것으로 나타나고, 2001년 3월~2005년 4월 중 월 5~10여회에 걸쳐 청구법인 명의의 현금 2,370천원~475,652천여원이 입출금되고 있다.

(3) 위와 같은 사실관계, 이ＯＯ 및 ＯＯ건설 대표 이ＯＯ의 진술내용 등에 의하면, 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 건설공사용역을 공급한 자는 이ＯＯ으로 보여지므로 청구법인이 ＯＯ건설을 공급자로 하여 수취한 쟁점세금계사서는 그 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단된다.

(4) 그렇지만, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우 거래상대방이 명의위장한 사업자로 판명되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 인정할 수 있는 때에는 경정 등의 불이익한 처분을 받지 아니하는 것(부가가치세법 기본통칙 21-0-1 참고)인 바, 청구법인의 경우 비록, 일부 공사대금을 이ＯＯ에게 직접 지급한 사실로 미루어 볼 때 이ＯＯ을 당해 공사용역의 실제 공급자로 알고 거래한 것으로 본 처분청의 과세근거가 일응 타당한 것으로 볼 수 있으나, 청구법인이 공사대금 중 어음지급분은 본사에서 직접 발행하여 지급하였고 현급지급분은 해당 공사현장의 운영계좌로 송금하여 현장책임하에서 하도급업체들에게 지급하였던 정황으로 볼 때, 당해 공사현장의 담당직원이 ＯＯ건설 대표이사 이ＯＯ의 요청에 따라 임의로 판단하여 ＯＯ건설 현장소장인 이ＯＯ에게 일부 공사대금을 현장운영계좌에서 직접 지급한 것이라는 청구법인의 주장은 신방성이 있어 보이고,

또한, 청구법인은 발주청과 체결한 347억원 상당의 도로공사 중 78억원의 배수로구조물공사에 대하여 ＯＯ건설과 하도급계약을 체결하고 관련 법령 및 발주청과의 계약조건에 따라 하도급계약서, ＯＯ건설의 전문건설업면허증 ‧ 사업자등록증 및 피보험자가 청구법인 및 ＯＯ건설로 되어 있는 근로자재해보장책임보험증권 등의 하도급승인 서류를 제출하여 사전승인을 받은 사실이 확인되고, 1998년~2003년 중 공사대금으로 약속어음 1,830백만원 및 현금 757백만원 합계 2,588백만원을 ＯＯ건설에 지급하였으며, 2003.1.16. ＯＯ건설과 기시공분을 26억원여원으로 하여 정산합의서를 작성한 사실이 확인되고 있고, 그리고 이ＯＯ이 ＯＯ건설과 26억원 상당의 배수공사를 모작계약을 하였으며 본인이 ＯＯ건설의 현장소장으로 불리었다고 진술한 사실, ＯＯ건설의 법인인감을 임의사용한 것을 시인한 사실 등이 확인되고, 이ＯＯ이 2002년 6월까지 발행한 1,814백만원의 세금계산서는 ＯＯ건설이 직접 발행한 것으로 진술한 사실 및 현장경비를 이ＯＯ에게 직접 지급할 것을 요청한 확인서를 청구법인에 제출한 사실이 확인되며, 처분청이 과세근거로 제출한 수령증에 공사대금 수령자가 ＯＯ건설의 직원임을 나타내는 “ＯＯ건설 이ＯＯ”으로 기재되어 있는 점 등으로 보면, 청구법인이 ＯＯ건설의 현장소장으로 알고 있는 이ＯＯ에게 공사대금을 일부 현금지급한 것일 뿐이고 이 건 공사타절시까지 ＯＯ건설과 이ＯＯ의 모작계약사실을 알지 못하였다는 주장은 신빙성이 있어 보인다.

더구나, 이 건의 경우 정부발주공사로서 발주청의 감독공무원 및 감리회사 직원들이 상주하면서 관리감독하고 있었고, 이와 같은 불법 재하도급사실이 적발되는 경우 당해 공사계약의 해지요건이 됨은 물론이고 추후 다른 관급공사의 입찰참여에도 일정기간 제한을 받을 수 있게 되는 상황에서 청구법인이 이를 알면서 묵인할 이유가 없다고 보여지므로 청구법인이 동 재하도급사실을 공사타절시까지 몰랐다는 주장은 타당성이 있어 보이는 반면, 처분청의 과세근거인 이ＯＯ과 이ＯＯ의 문답서는 하도급공사내역, 계약금액, 청구법인의 현장소장이름, 모작계약에 따른 수수료, 관리비 등의 많은 부분이 사실과 다르거나 서로 달라 동 문답서만으로는 당해 공사의 실제 시공자가 이ＯＯ이라는 사실만 확인될 뿐 청구법인이 이를 알고 있었다고 단정하기 어렵다.

(5) 그렇다면, 쟁점세금계산서는 그 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하더라도 청구법인의 경우 이 건 건설공사용역을 공급받는 과정에서 이ＯＯ을 ＯＯ건설의 현장소장으로 알고 거래를 함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 인정되므로 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 증빙미수취가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.