주 문

처분청이 2006.8.16 청구법인에게 한 부가가치세 9,634,440원(2004년 제2기 4,430,650원, 2005년 제2기 5,203,790원) 및 법인세 (2004.1.1~2004.12.31 사업연도 및 2005.1.1~2005.12.31 사업연도에 대한 결손금 감소 액 22,426,218원)의 경정처분과 대표자 상여로 소득 처분한 2004년 귀속 46,245,380원, 2005년 귀속 49,500,000원의 소득금액변동통지는 청구법인의 확인서상 매출누락 금액(2004년 제2기 중 35,000,000원, 2005년 제2기 중 45,000,000원 합계 80,000,000원)의 110분의 100에 해당하는 금액을 공급가액으로 하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액을 각 경정하고 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

○○ 세무서장이 2006.3.20부터 2006.5.31까지 청구법인(운동설비 운영 업)에 대한 법인제세 통합조사를 실시하는 과정에서 청구법인 헬스클럽(체력단련시설)회원들의 회비 수령액 중 매출신고 누락된 명세(2004년 제2기 중 35,000,000원, 2005년 제2기 중 45,000,000원 합계 80,000,000원으로 이하 󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)를 첨부하여 제출한 확인서를 징구하여 이를 처분청에 과세자료로 통보하였다.

처분청은 위 과세자료에 의하여 2006.8.16 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 4,430,650원, 2005년 제2기 부가가치세 5,203,790원을 각 경정 ․ 고지하고, 2004.1.1~2004.12.31 사업연도 및 2005.1.1~2005.12.31 사업연도 법인세를 경정(결손금 감소 액 22,426,218원)한 후, 쟁점금액에 해당 부가가치세를 더한 금액을 대표자에게 상여(2004년 귀속 46,245,380원, 2005년 귀속 49,500,000원 합계 95,745,380원)로 처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.9.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대주주와 경영인이 분리되어 있어 매출신장을 통해 능력을 평가받으려 하지 매출누락과 같은 위험한 경영을 할 이유가 없는 청구법인의 지배구조와 운영 실태로 보아 매출누락은 불가능하고 또한 처분청이 반드시 매출로 연결되지 않는 체지방 측정기록을 기초로 하여 작성된 매출누락 확인서를 근거로 과세한 이건 처분은 부당하므로 취소함이 마땅하다.

나. 처분청 의견

청구법인에 대한 세무조사 시 체지방 측정 기록지에 의해 확인되는 체지방 측정기구 이용자가 매출신고 내역에서 누락된 사유에 대하여 조사 청(○○세무서) 세무공무원이 소명을 요구하자, 청구법인이 각 인별 등록일, 등록기간, 체력단련종목, 금액이 상세하게 기재된 매출누락 명세를 첨부하고 대표이사가 이를 확인 후 법인 인감을 날인하여 제출한 확인서를 근거로 과세한 당초 처분은 정당하며 단순히 영업 흐름(Flow)만 가지고 매출누락이 있을 수 없다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점금액을 매출누락으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

①납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 ․ 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 ․ 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

○ 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

①사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할 지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호 의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정 신고를 하지 아니한 때

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정 신고에 있어서 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할 지방 국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산 ․ 장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서 ․ 장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서 ․ 장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모 ․ 종업원 수와 원자재 ․ 상품 ․ 제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서 ․ 장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량 ․ 동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

③ 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할 지방 국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 경정한다.

○ 부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 󰡒공급가액󰡓이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 법인제세 통합조사 당시 담당 세무공무원이 쟁점금액의 현금매출이 신고 누락된 사실을 확인하고 현장에서 직접 청구법인으로부터 매출누락 확인서(자유의사에 따라 작성되어 대표이사 인감이 압날 된 것)및 그 누락명세를 증거서류로 징구한 사실을 알 수 있고 동 매출 누락명세에 의하면 각 인별 등록기간, 체력단련 종목, 금액이 구체적으로 소상하게 기재된 사실이 확인되고 이 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으며 달리 매출누락 조사과정 및 절차에 부적법한 점이 있다고 불만한 아무런 자료도 나타나 있지 아니하다.

(2) 청구법인은 사실과 다르게 작성된 위 확인서만을 근거로 한 이 건 처분은 근거과세원칙에 위배된다고 주장한다. 즉 청구법인은 대주주와 경영인이 분리되어 있고 업무상 효율적인 내부통제 기능을 갖추었기 때문에 원천적으로 매출누락 등과 같은 위법행위가 이루어질 소지가 전혀 없으므로 위 확인서에 기재된 매출누락액은 사실과 다르고 따라서 이를 근거로 과세함은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 국세기본법 제16조 제1항은 󰡒납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 ․ 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 ․ 기장한 장부와 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.󰡓고 규정하고 있으므로, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있다고 할 것 인 바(대법원 1995.6.30. 선고 94누149 판결 등 다수 같은 뜻임),

청구법인의 지배구조상 경영과 소유가 분리되어 있어 매출누락과 같은 위법행위가 발생할 소지가 없다는 주장은 단지 일방적인 견해에 불과하고 실증되지도 않은 것임이 명백하다 할 것이며 처분청이 이 건 처분의 근거로 삼은 확인서는 청구법인에 대한 세무조사가 종결된 후 작성된 것으로, 청구법인 스스로 이의가 없음을 확인한 점을 고려하면 청구법인의 입장이 충분히 반영된 후 작성된 것으로 인정되며, 특히 청구법인은 위 확인서의 일부인 업무무관 경비에 관한 손금불산 입 사항 등에는 다툼이 없이 승복하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하면 사업장의 영업실태 등을 가장 정확하게 파악하고 있을 청구법인이 자유로운 의사에 따라 스스로 진술하고 작성한 확인서를 근거로 하여 과세한 이 건 처분은 국세기본법 제16조에서 규정한 근거과세원칙에 위반된다고 볼 수 없다고 판단된다.

(4) 그러므로 위와 같은 사정 아래에서 청구법인이 쟁점금액의 현금 매출 부분을 부가가치세 및 법인세 신고 시 누락한 것으로 인정되므로 처분청이 청구법인의 이 건 부가가치세 등의 과세표준과 세액을 경정고지하고 대표자에게 상여로 처분하여 청구법인에게 소득금액 변동 통지한 처분은 정당하다고 판단된다. 다만 처분청이 제출한 결정결의서 등의 처분서류 및 그 부속자료에 의하면 처분청은 쟁점금액(공급대가로서 부가가치세가 포함된 것)자체를 과세표준으로 결정하여 이 건 과세한 잘못이 인정되므로 처분청이 쟁점금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 공급가액으로 하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으나 과세표준의 적용에 일부 오류가 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.