주 문

1. 피고가 2004. 11. 1. 원고에 대하여 한 1999년 귀속 종합소득세 122,857,570원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사○○○(이하‘○○○’라 한다)는 전기제품 제조 및 판매를 목적으로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 설립된 법인인바, 원고는 2000. 1. 28.부터 같은 해 4. 17.까지 ○○○의 법인등기부상 대표이사로 등기되어 있었다.

나. ○○세무서장은 ○○○의 거래처인 ○○○교역의 세금계산서 불부합자료에 관하여 조사한 결과, ○○○가 세금계산서 매입자료를 과다 계산한 것을 발견하고○○세무서에 자료통보를 하였다.

다. ○○세무서장은 ○○○가 1999. 10. 1. - 1999. 12. 31. 기간(이하 ‘이 사건 거래기간’이라 한다)의 부가가치세 신고시 과다신고한 매입세금계산서 금액 153,402,000원(이하 ‘이 사건 매입금액’이라 한다)을 당해 사업연도 손금 부인하여 법인세를 경정하는 한편, 위 금액이 사외유출되어 귀속이 불분명한 것으로 보아 원고를 이 사건 거래기간동안 ○○○의 사실상의 대표이사로 판단하여 위 금액에 부가가치세를 포함한 168,742,200원을 원고에게 상여 처분하여 소득금액 변동통지를 하였다.

라. 피고는 2004. 11. 1. 원고에 대하여, 위 인정상여 처분금액을 원고의 1999년 귀속 근로소득 48,602,700원과 합산하여 산출한 종합소득세액 126,959,988원에서 원과 이미 납부한 세액인 4,102,410원을 공제하여 1999년 귀속 종합소득세 122,857,570원을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

마. 이에 대하여 원고가 2005. 1. 27. 피고에게 이의신청을 하였으나, 피고는 같은 해 4. 27. 위 이의신청을 기각하였고, 원고가 2005. 6. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 같은 해 9. 30. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1 내지 12, 갑2호증, 갑3호증, 을1호증, 을2호증의 1 내지 4, 을3호증, 을4호증, 을8호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 위 처분사유와 관계 법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

(1) ○○세무서장은 이 사건 거래기간 당시의 회계관련서류를 비교, 검토하지 아니한 채 단지 ○○○와 ○○○교역과의 세금계산서 불부합자료에 의하여 위 금액을 가공매입거래로 판단하여 손금 부인하였으나, ○○○가 1999. 9. 1. 이후 ○○○교역 등에 월 1,000만원 이상의 자금을 지출한 바 없고, 당시 ○○○는 ○○지방법원으로부터 화의절차개시결정을 받은 상태이어서 법원의 사전 승인 없이는 자금지출을 할 수 없는 상황이었으므로 이 사건 매입금액이 사외에 유출되었다고 단정할 수 없다.

(2) 원고는 2000. 1. 28. ○○○의 대표이사로 취임하여 같은 해 4. 17. 사임하였을뿐 이 사건 거래기간 동안에는 ○○○의 대표이사로 등기되지 않았을 뿐만 아니라 실질적으로 ○○○의 운영에 관여한 바도 없으므로 원고를 ○○○의 실질적 대표이사로 보아 상여처분한 것은 실질과세원칙에 어긋나서 위법하다.

나. 관계 법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만. 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득.

다. 판 단

(1) 이 사건 매입금액의 사외 유출 여부

(가) 일반적으로 조세소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이고, 나아가 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 가공비용 상당의 법인의 수익 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있는 것이다(대법원 2001. 4. 13. 선고 2001두434 판결, 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 1997. 10. 24. 선고 97누447 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, ○○○가 1999. 제2기 부가가치세 확정신고 당시에 ○○○교역으로부터의 이 사건 매입금액을 매출원가에 포함하여 신고한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없는바, 이 사건 매입금액이 법인 결산시 비용으로 계상되지 아니함으로써 사외로 유출되지 않았다는 점에 관한 원고 혹은 ○○○ 측의 입증이 없는 이상, 그 가공비용 상당의 ○○○의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 할 것이므로 이 사건 매입금액이 사외에 유출되지 않았음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

(2) 원고가 이 사건 거래기간 동안 ○○○의 실질적 대표이사였는지 여부

(가) 법인등기부에 대표이사로 등기된 자는 특별한 사정이 없는 한 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 할 것인바, 원고가 1999. 10. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 기간 동안 실질적으로 ○○○의 대표이사로서 법인을 대표하며 업무집행을 담당하였다는 처분사유에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 듯한 취지의 증거로는 갑1호증의 17(배○○의 진정서), 21(조○○의 확인서). 을6호증(배○○의 진정서), 을7호증의 3(조○○의 확인서), 을10호증(배○○에 대한 문답서)의 각 기재, 증인 배○○, 조○○의 각 증언이 있으나, 위 각 증거들은 모두 배○○ 또는 조○○의 진술 또는 진술에 기초한 문서인바, 배○○은 이 사건 제2차 변론기일에 증인으로 출석하여 ‘○○회계법인에서 1999. 10. 1. 이후의 ○○○의 지출결의서를 보관하고 있지 않아서 과세관청에 제출하지 않았다’고 증언하였으나, 이 사건 제6차 변론기일에 증인으로 출석하여 ‘○○○의 지출결의서에는 대표이사가 싸인한다’고 진술하였다가 ‘지출결의서는 경리부장이 싸인했다’고 번복하였고, ‘1999. 10. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 지출결의서 명의는 원고와 경리부장 앞으로 되어 있다’고 진술하였다가 ‘1999. 10. 1. 이후의 지출결의서가 없었다’고 진술을 다시 바꾸는 등 전체적으로 진술의 일관성이 없고 전후 모순되는 부분이 많은 점, 배○○은 대표이사 재직 당시 하루 평균 20건 정도의 지출결의서에 결재를 하였고 ○○회계법인이 보관 중이었던 한 박스 분량의 ○○○ 관련 서류에 지출결의서, 기안지 기타 감사보고서 등이 들어 있었다고 증언하였으므로 배○○이 ○○회계법인에서 확인한 ○○○ 관련 서류에는 경험칙상 이 사건 거래기간 동안의 ○○○의 지출결의서가 상당수 존재하였을 것으로 추정됨에도 배○○이 과세관청 또는 이 법원에 이 사건 거래기간 중의 지출결의서를 전혀 제출하지 않고 있는 점 등에 비추어 볼때 배○○의 증언, 진술서 및 문답서의 내용은 믿기 어렵고, 이와 같은 취지의 조○○의 증언 및 확인서의 내용 역시 믿기 어려우며, 갑1호증의 19, 20, 갑5호증, 을7호증의 1, 2, 을9호증의 5, 6, 을11호증의 1, 2의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하고 달리 위 처분사유를 인정할 만한 증거가 없다.

(나) 오히려 갑1호증의 2, 13 내지 16, 갑6호증, 갑7호증의 1 내지 3, 갑8호증, 을7호증의 2 각 기재, 증인 박○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 1999. 무렵 ○○○의 최대주주인 ○○○○주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)의 최대주주인 정○○은 ○○○○의 매출액이 감소하자 정상적인 운영이 어렵다고 판단하여 비용절감 및 구조조정 차원에서 1999. 9. 1. ○○○○의 ○○공장을 폐쇄한 후 ○○시 ○○구 ○○동 ○○소재 ○○○ 사업장으로 ○○○○을 이전하면서 두 회사의 조직통합이 이루어졌고, 정○○은 1999. 9. 1. ○○○ 경영의 책임을 물어 당시 ○○○의 대표이사였던 배○○을 해임하고 상임고문으로 발령하는 한편, 당시 ○○○○의 대표이사이자 ○○○의 전무이사였던 원고를 ○○○의 대표이사로 겸임발령을 하였으나, 배○○이 보증채무 및 위로금 문제의 해결을 요구하면서 위와 같은 인사발령에도 불구하고 대표이사 직인을 회사에 반납하지 아니한 채 ○○○의 자금지출과 같은 중요 사항에 관하여는 배○○이 종전과 같이 업무처리를 계속하기를 고집하면서 결재를 하였던 사실, 이에 두 회사 간의 조직통합에 따라 당시 ○○○○의 재무담당자인 박○○이 ○○○의 재무업무까지 담당하면서 자금지출에 관한 최종결재를 배○○으로부터 받은 사실, 이 사건 거래기간 중인 1999. 11. 18. 및 같은 달 30. ○○지방법원에 제출된 ‘화의인가 결정에 따른 회사 보유 토지에 대한 가압류 해지의 건’이란 문서에 ○○○ 대표이사 배○○ 명의의 직인이 날인되어 있는 사실, 원고는 당시 ○○○의 이사로도 재직하고 있었으므로 최종적인 자금 지출과 관련 없는 일부 내부 기안서나 직원들의 급여대장에 결재만 하였을 뿐 2000. 1. 28.까지 자금지출과 관련한 지출결의서에 결재를 하지 않았던 사실, 배○○이 ○○○의 회계검사를 담당한 ○○회계법인이 보관하고 있던 ○○○ 관련 회계서류를 모두 확인하여 이 사건 거래기간인 3개월 동안 원고가 대표이사로서 결재한 서류를 모두 복사하여 피고에게 제출한 서류가 ‘업무용 자동차 매각의 건에 대한 품의서(갑1호증의 19)’, ‘99. 10월분 임금(상여금) 지급대장(을7호증의 6)’ 및 ‘○○공장내 업무용 정품 소프트웨어 구매에 관한 건(갑1호증의 20)’의 합계 3건에 불과한 사실, 이 사건 거래기간 당시 ○○○가 화의절차 진행 중이었으므로 대표이사 변경과 같은 중요사항은 즉시 변경등기가 이루어져야 하고 법인등기부상 이 사건 거래기간 당시 정관 제30조 소정의 이사 정원수가 충족되고 있어서 정관 제33조의 규정에 따라 대표이사의 명의 변경을 위하여 별도로 주주총회 선임절차를 거쳐야 필요가 없었음에도 배○○ 명의로 2000. 1. 28.까지 대표이사 등기가 계속 유지되고 있었던 사실, 이 사건 거래기간 동안 배○○은 ○○○로부터 계속 급여를 받았으나, 원고는 ○○○○로부터 급여를 받았을 뿐 ○○○로부터 급여를 받지 않았으며 ○○○의 주식 또한 전혀 보유하고 있지 않았던 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 볼 때 원고는 1999. 10. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 기간 동안 ○○○○의 대표이사 및 ○○○의 이사로서 ○○○의 최종적인 자금 지출과 관련 없는 일부 내부 기안서 및 직원들의 급여대장에 결재를 하는 정도의 업무를 수행하였을 뿐 ○○○를 실질적으로 운영한 대표이사였다고 할 수 없다.

따라서 원고를 구 법인세법 시행령에서 말하는 인정상여처분의 대상자인 대표자에 해당한다고 볼 수는 없으므로 ○○○의 귀속불명 소득이 원고에게 귀속되는 것을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

  [서울고등법원2007누4881 (2007.08.28)]

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2004. 11. 1. 원고에 대하여 한 1999년 귀속 종합소득세 122,857,570원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

이 법원의 판결이유는, 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.