주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 1. 1. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 188,306,460원의 부과처분을 취소한다(소장 기재 처분일자 2006. 2.15.은 오기로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 2, 5호증, 을1, 3, 4, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 주식회사 ○○○○상사(이하󰡐○○○○󰡑이라고 한다)는 2002.11.28. 주식회사 ○○○○(이하 󰡐○○○○󰡑이라고 한다)에게 ○○시 ○○면 ○○리 000 소재 토지에서 ○○○○이 운영하고 있는 ○○류 판매업자에 대한 영업권, 구축물, 차량운반구 등(이하 위 영업권, 구축물, 차량운반구를 통틀어 󰡐이 사건 영업자산󰡑이라고 한다)을 대금 603,650,000원(=영업권 524,150,000원 + 구축물 68,000,000원 + 차량운반구 11,500,000원, 부가가치세별도)에 매도하고, ○○○○으로부터 2002.12.26.까지 부가가치세 60,365,000원을 제외한 위 대금을 모두 지급받았고, 2002.12.17.경 ○○○○에게 ○○○○의 재고상품을 156,083,000원(부가가치세 포함)에 매도하고 같은 날 ○○○○으로부터 위 대금을 모두 지급받았음에도, 2003년경 ○○세무서장에게 2002 사업연도 법인세 과세표준금액 및 세액을 신고함에 있어서 위 양도로 인한 소득에 대하여는 신고하지 아니하였고, 소모품비, 복리후생비로 비용을 지출한 사실이 없음에도 소모품비로 3,000,000원, 복리후생비로 5,000,000원 합계 8,000,000원을 비용으로 신고하였다.

나. ○○세무서장은 ○○○○과 ○○○○ 사이의 위와 같은 거래내역을 조사한 후, 위 양도로 인한 ○○○○의 소득 합계 759,733,000원(= 603,650,000원 + 156,083,000원)을 익금으로 산입하고, 비용으로 신고한 소모품비 5,000,000원, 복리후생비 3,000,000원 합계 8,000,000원은 실제 지출 없는 가공비용으로 손금불산입하여 2005. 3.15. ○○○○에 대하여 2002 사업연도 법인세를 부과하는 한편, 2005. 9. 8. 위 양도소득과 손금불산입한 금액 합계 767,733,000원(=759,733,000원 + 8,000,000원)의 1/2씩을 ○○○○의 대표이사인 원고 및 ○○○의 상여로 보아 소득금액변동통지를 하였다.

다. 피고는 ○○세무서장의 위 통지내용에 따라 2006. 1. 1. 원고에게 당초 2002년 귀속 소득에 위 인정상여 소득금액 383,866,500원(=767,733,000원 × 1/2)을 더하여 이를 기초로 하여 계산한 188,360,460원을 2002년 귀속 종합소득세로 부과․고지하는 처분(이하 󰡐이 사건 처분󰡑이라고 한다)을 하였다.

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

이 사건 영업자산에 대한 ○○○○과 ○○○○ 사이의 매매계약은 해제되어 소급적으로 그 효력이 상실되었고, 따라서 ○○○○에게 이 사건 영업자산의 양도로 인한 소득이 발생하였다고 볼 수 없으므로, ○○○○에게 이 사건 영업자산의 양도로 인한 소득이 발생하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 조69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것, 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행 주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

○ 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 갑종

다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액

○ 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】

② 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고․결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 경과 후에 발생한 때

○ 국세기본법시행령 제25조의2 【후발적 사유】

법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 후에 발생한 때”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때

3. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑2 내지 11호증, 을8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

(1) ○○○○과 ○○○○의 대표이사로 있는 원고 및 ○○○은 2002.11.28. ○○○○과 사이에 다음과 같은 내용의 매매계약(이하 󰡐이 사건 매매계약󰡑이라고 한다)을 체결하였다.

(가) 매매목적물 : 이 사건 영업자산 및 원고와 ○○○이 각 1/2 지분씩 소유하고 있는 ○○시 ○○면 ○○리 360 토지 외 5필지 및 위 지상 건물 2동(이하 󰡐이 사건 부동산󰡑이라고 한다)

(나) 매매대금 : 매매대금은 670,000,000원(부가가치세 별도)으로 하며 그 내역은 다음과 같다.

① 영업권 : 524,150,000원(부가가치세 52,415,000원 별도)

② 이 사건 부동산 : 66,350,000원

③ 구축물 : 68,000,000원(부가가치세 6,800,000원 별도)

④ 차량운반구 : 11,500,000원(부가가치세 1,150,000원 별도)

(2) ○○○○ 및 원고, ○○○은 ○○○○으로부터, 이 사건 매매계약 당일인 2002.11.28. 계약금으로 300,000,000원을, 2002.12.26. 잔금으로 370,000,000원을 각 지급받음으로써 부가가치세 60,365,000원을 제외한 매매대금을 모두 지급받았다.

(3) 이 사건 매매계약 이후, ○○○○은 ○○○○에게, 이 사건 부동산 및 위 부동산 내에 있는 사무실 비품을 인도하였고, ○○○○의 차량에 관하여 소유권이전등록절차를 이행하고 위 자동차를 인도하였으나, 원고 및 ○○○은 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하여 주지는 않았다.

(4) 이에 ○○○○은 원고 및 ○○○을 상대로 ○○지방법원 ○○지원 0000가단00000호로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 청구의 소를 제기하였고, 위 사건에서, 2004. 4. 2.경 ○○○○과 원고 사이에 ‘○○○○이 이 사건 부동산에 관하여 농지 취득자격증명 등 소유권이전에 필요한 요건을 취득하는 것을 조건으로, 원고는 ○○○○에게 이 사건 부동산에 관하여 2002.11.28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다’는 내용으로 조정이 성립되었고, 2004. 5.20. ‘○○○○과 ○○○사이에 ○○○은 ○○○○에게 이 사건 부동산 중 각 1/2지분에 관하여 2002.11.28.매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다. 다만, ○○○○이 2005. 5.15.까지 소유권이전등기절차이행에 필요한 요건(농지취득 자격증명, 토지거래허가 등)을 갖추지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하면 이 사건 매매계약은 해제된 것으로 보고, ○○○○과 ○○○은 해제에 따른 원상회복절차를 이행하기로 한다’는 내용으로 조정이 성립되었다.

(5) 그런데, ○○○○은 2005. 5.15.까지 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기절차의 이행에 필요한 농지취득자격증명을 갖추지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하게 되자 ○○○○ 및 원고, ○○○을 상대로 이 사건 매매계약이 해제되었다고 주장하면서 ○○지방법원 ○○지원 0000가합0000호로 매매대금 반환을 구하는 소송을 제기하였고, 이에 ○○○○ 및 원고, ○○○도 사건 매매계약이 해제되었음을 이유로 이 사건 영업자산의 반환을 구하는 반소를 제기하였다.

(6) ○○지방법원 ○○지원은 2007. 1.18. 위 매매대금반환 소송에서 ‘이 사건 매매계약은 ○○○○과 원고, ○○○ 사이의 이 사건 부동산에 대한 매매계약과 ○○○○과 ○○○○ 사이의 이 사건 영업자산에 대한 매매계약이 병존적으로 체결되었다가, 그 후 ○○○○의 ○○류 판매업에 있어서 가장 중요한 시설인 ○○류 저장소에 해당하는 이 사건 부동산에 대한 매매계약이 조건의 성취로 해제됨으로써 그와 불가분의 관계에 있는 나머지 매매계약도 모두 적법하게 해제되었다’는 이유로 상호 간에 매매 목적물과 매매대금을 반환할 의무가 있다고 판단하였다(위 판결에 관하여 원고, ○○○이 항소하여 그 사건이 ○○고등법원 0000나0000호로 계속 중이다).

라. 판단

(1) 이 사건 매매계약의 해제의 성격

(가) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 매매계약은 ○○○○과 원고, ○○○ 사이의 이 사건 부동산에 관한 매매계약과 ○○○○과 ○○○○ 사이의 이 사건 영업자산 등에 대한 매매계약이 병존적으로 체결되었다가, 그 후 ○○○○의 ○○류 판매업에 있어서 가장 중요한 시설인 ○○류 저장소에 해당하는 이 사건 부동산에 대한 매매계약이 위 ○○지방법원 ○○지원 0000가단00000호 사건에서 조정 성립한 내용에 따라 소유권이전등기절차이행에 필요한 요건(농지취득 자격증명, 토지거래허가 등)을 갖추지 못하게 됨으로써 해제되고 또한 그와 불가분의 관계에 있는 나머지 매매계약도 모두 적법하게 해제되었다 할 것이다.

(나) 이 사건 매매계약에 대한 해제는 ○○○○과 원고 및 ○○○ 사이의 ○○지방법원 ○○지원 0000가단00000호 소유권이전등기청구 사건에서 일정한 조건이 성취되면 해제된 것으로 보기로 하는 당사자 사이의 합의를 전제로 한 담당 법원의 조정의 내용에 따라 이루어진 것으로서, 이 사건 매매계약 당사자의 채무불이행을 이유로 한 법정해제권이나 이 사건 매매계약 당시 당사자 사이에 해제권을 유보한 약정해제권의 행사에 의한 해제가 아니고, 이 사건 매매계약 이후에 당사자 사이의 합의해제라고 봄이 상당하다고 할 것이다.

(2) 위 합의해제로 인한 소급효 인정 여부

(가) 조세채권관계는 그 성립요건, 실현절차 등에 관하여 모두 법률에 의하여 정하여지므로 각 세법이 정한 과세요건이 충족되면 조세채무는 성립하고, 일단 성립한 조세채무는 원칙적으로 변경할 수 없는 것이며, 조세채무 성립 후의 사정변경은 원칙 적으로 조세채권․채무관계에 소급적 작용을 끼치지 않으므로, 사인(私人)간의 계약에 의하여 조세채권관계를 변경시키는 일은 원칙적으로 인정되지 않는다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 매매계약에 대한 해제의 합의는 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기절차이행에 필요한 요건(농지취득 자격증명, 토지거래허가등)을 갖추지 못하게 되는 것을 조건으로 ○○○○과 ○○○○, 원고, ○○○ 사이의 법률관계를 청산하기로 하는 내용의 새로운 약정으로 보아야 하므로, 당사자 사이에 장래에 향하여 그 효력이 발생함은 별론으로 하고 이 사건 매매계약체결 당시로 소급하는 것은 아니라고 할 것이다.

(다) 따라서 원고가 국세기본법 제45조의 제2항, 같은 법 시행령 제25조의2에 근거하여 후발적 사유에 기인한 경정청구를 하는 것은 별론으로 하고, 이 사건 매매계약이 해제에 의하여 소급적으로 소멸하였음을 전제로 하여 이 사건 처분 자체의 위법성을 다툴 수는 없다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다고 할 것이다.

(3) 가정적 판단

가사 이 사건 매매계약의 해제에 소급효를 인정한다 하더라도, 원고에 대하여 이 사건 상여처분이 행하여진 이후 현재에 이르기까지 당해 소득금액이 ○○○○에 회수되었음을 인정할 만한 자료가 전혀 없으므로, 단순히 이 사건 매매계약이 소급적으로 해제되었음을 이유로 원고에 대한 이 사건 처분의 취소를 구할 수는 없는 것이다.

따라서 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.