주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 1992. 5. 12. 선고 90누3140 판결 등 참조).

원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 피고가 1999 사업연도부터 2001 사업연도까지의 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하면서, ○○○○이 법인세 신고시 누락한 매입부분 합계 300,509,058원 상당의 수산물에 대응하는 각 사업연도의 매출누락액에 관하여는 당해 사업연도의 매매총이익률을 적용하여 추계하고 ○○○○이 신고한 각 사업연도의 매출액에 관하여는 실지조사하여 법인세의 과세표준을 산정한 후 위 매출누락액에 따른 차액과 그에 대한 부가가치세 상당액을 ○○○○의 대표자인 원고에게 상여로 처분하여 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였다는 것인바, 위와 같은 법인세 과세표준의 산정은 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합한 것이어서 허용될 수 없으므로 그에 터잡은 이 사건 과세처분은 위법하다고 할 것이다.

피고의 부과처분이 위법하다고 본 원심의 결론은 정당하므로, 원심판결에 실지조사와 추계조사의 혼합과세에 관한 법리오해나 채증법칙 위배 등의 위법이 없다.

이와 달리 매출누락액 추계의 근거가 된 매입누락액이 총매입액에서 차지하는 비율이 작다거나 또는 단일한 과세연도의 매출누락액을 산정함에 있어 매입누락액을 포함한 총매입액에 법인이 신고한 매입액과 매출액을 기초로 산정한 매매총이익률을 적용하여 총매출액을 추계한 후 법인이 신고한 매출액을 공제하는 방법과 매입누락액에 동일한 매매총이익률을 적용하여 곧바로 매출누락액을 산정하는 방법의 산정결과가 동일하므로 그와 같은 방식의 혼합과세가 허용되어야 한다고 하는 주장은 받아들일 수 없다.

상고이유에서 원용하고 있는 대법원 판례는 이 사건과 사안을 달리하는 것이다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.