주 문

○○세무서장이 2007.5.2. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 41,208,940원의 부과처분은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○번지 ○○아파트 ○동 ○○○호의 양도에 대해 그 과세표준을 산정함에 있어 전체 양도차익(561,600,000원) 중 고가주택분 양도차익(165,176,470원)을 계산하여 과세할 것이 아니라, ① 유상양도분(548,000,000원)에 대해서만 양도차익(362,068,520원)을 계산한 후 ② 유상양도분 양도차익 중 고가주택분 양도차익(106,484,350원)을 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.11.20. 청구인 소유인 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○○○아파트 ○-○○○호(전용면적 152.74㎡, 기준시가 850,000천원, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 청구인의 자(子) 이○○ 소유인 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ ○○○○아파트 ○○○-○○○호(전용면적 78.99㎡, 기준시가 348,000천원, 이하 “쟁점외주택”이라 한다) 및 현금 2억원을 받고 교환하였는 바, 수증자인 이○○은 나머지 차이금액 302천원에 대하여 증여세를 신고하였으나 청구인은 쟁점주택의 기준시가 850,000천원에서 증여세 신고금액 302,000천원을 공제한 548,000천원을 쟁점주택의 양도가액으로 보고 고가주택이 아닌 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상으로 보아 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 쟁점주택의 전체가액 850,000천원(기준시가)을 양도가액으로 하여 고가주택 여부를 판정한 후, 보유 및 거주요건을 충족한 1세대 1주택 고가주택 양도로 보아 양도차익 중 고가주택(양도가액 6억원 제외)부분에 대하여 2007.5.2. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 41,208,940원을 결정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택이 1세대 1주택이지만 고가주택이기 때문에 양도소득세 과세대상으로 보더라도 세법상 양도는 등기 또는 등록에 관계없이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하고 있고, 쟁점주택은 교환, 매매, 증여가 혼합된 거래이므로 동 거래 중 양도소득세 계산의 기초가 되는 양도의 가액은 무상거래인 증여부분을 제외하고 유상거래에 해당하는 교환 및 매매부분만을 대상으로 하여야 한다.

 이 건과 같이 고가주택 일부 양도의 경우 양도차익 계산시의 양도가액은 유상으로 거래된 양도분만을 적용해야지 고가주택 전체가액을 양도가액으로 적용하여 과세하는 것은 부당하다. 즉 교환, 매매, 증여가 혼합된 실질거래내용을 무시하고 쟁점주택 전체를 대상으로 양도소득세를 계산한 것은 세법규정에 위배될 뿐만 아니라 증여부분에 대한 중복과세문제가 발생되어 부당하다.

나. 처분청 의견

 양도소득세 과세대상자산인 쟁점주택과 쟁점외주택을 상호 교환한 경우 쌍방 모두의 자산이 양도소득세 과세대상이 되는 바, 쟁점주택은 교환당시 기준시가가 850,000천원임에도 쟁점외주택(기준시가 348,000천원)과 현금 2억원, 계 548,000천원을 양도대가로 받았기에 이 건은 특수관계자와의 거래에 있어 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당하므로 기준시가를 시가로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

 또한, 청구인은 이 건 교환거래가 부동산 일부의 양도이므로 당해 부동산의 고가주택 판정시 유상양도분만이 고가주택 판정기준 금액이라고 주장하나 고가주택의 판정은 주택(그 부수토지 포함)의 전체이전, 일부이전, 부담부 증여이전 등 이전방식에 관계없이 전체가액을 기준으로 판정하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

교환거래된 주택의 고가주택 여부 판정시 쟁점주택의 전체가액을 기준으로 할 것인지, 아니면 전체가액에서 무상이전(증여)가액을 공제한 유상양도가액을 기준으로 할 것인지 여부 및 전체가액을 기준으로 고가주택을 판정하는 경우 전체가액을 기준으로 양도차익을 계산하는지 아니면 유상양도가액을 기준으로 고가주택분 양도차익을 산정하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제88조【양도의 정의】① 제4조 제3호 및 이 장에서 󰡒양도󰡓라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

(2) 소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 󰡒양도소득세󰡓라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(3) 소득세법시행령 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 󰡒가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택󰡓이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

(4) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 󰡒양도가액󰡓이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 󰡒양도차익󰡓이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(5) 소득세법시행령 제159조【부담부증여에 대한 양도차익의 계산】

법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다.

(6) 소득세법시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × (양도가액 - 6억원) / 양도가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인과 청구인의 자 이○○은 2003.11.19. 청구인 소유의 쟁점주택과 이○○ 소유의 쟁점외주택을 교환하는 교환계약서를 작성하였는 데 동 계약서 제3조의 내용에 의하면, 이○○은 청구인에게 교환으로 생긴 차액금 2억원을 소유권이전등기시 추가 지급하는 것으로 약정되어 있다.

(나) 위 교환계약서와 관련하여 2003.11.20. 쟁점주택이 교환을 원인으로 하여 청구인에서 이○○으로 소유권이전등기가 되었고, 이○○은 쟁점외주택(348,000천원), 현금 2억원, 계 548,000천원과 쟁점주택의 가액(850,000천원)과의 차액 302,000천원에 대해 증여세를 신고하였으나, 청구인은 쟁점주택의 유상 양도분 548,000천원을 양도가액으로 보고 당해 주택의 양도를 고가주택의 양도가 아니라 1세대 1주택의 양도로 보아 양도소득세 비과세 대상이라 하여 양도소득세를 무신고하였다.

(다) 처분청은 쟁점주택의 양도(교환거래)에 대해 양도가액을 기준시가(850,000천원)로 하고 1세대 1주택 고가주택의 양도로 보아 6억원을 초과하는 부분에 대해 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 교환(유상양도 및 증여 포함)거래로 양도된 쟁점주택에 대해 고가주택 판정시 전체가액(850,000천원)을 기준으로 할 것인지, 아니면 유상양도된 부분을 기준으로 할 것인지에 대하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하지만 고가주택이기 때문에 양도소득세 과세대상이 되더라도 양도소득세 계산에 있어서는 유상양도 부분(548,000천원)만을 대상으로 양도차익을 계산하여야 한다고 하면서 그럴 경우 6억원 미만에 해당되어 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장한다.

(나) 그러나, 소득세법시행령 제156조 제1항에서 고가주택이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 6억원(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)을 초과하는 것으로 규정하고 있고, 쟁점주택이 비록 교환․매매․증여로 거래되었다고 하나 전체가 양도된 것이므로 동 주택의 고가주택 여부를 판정함에 있어서는 양도된 1주택의 전체가액을 기준으로 판단하는 것이 타당하다 할 것이고(국심 2006서3670, 2007.2.16. 같은 뜻임), 쟁점주택은 전체가액이 850백만원이므로 고가주택에 해당한다 할 것이다.

(다) 다만, 처분청은 아래 <표>와 같이 쟁점주택의 전체 양도차익에 대해 1세대 1주택분과 고가주택분으로 안분하여 고가주택분 양도차익을 계산하였는 바, 동 계산방법이 적정한지를 본다.

부담부증여로 이전된 주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 소득세법시행령 제160조 제1항 제1호에서 규정한 산식에 따라 양도로 보는 채무액에 상당하는 과세대상 양도차익을 계산하는 것이며, 동 산식에서 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익은 소득세법시행령 제159조 규정에 의해 산정한 양도로 보는 양도가액 및 취득가액 등을 적용하여 계산하고 양도가액은 〔채무액 × (전체증여가액 ÷ 채무액)〕을 적용하는 것인 바(국세청 예규 서면 4팀-1526, 2004.9.24. 참조),

이 건의 경우 쟁점주택의 전체가액(850백만원) 중 302백만원을 증여로 하여 증여세를 신고하였으므로 전체가액 중 증여분을 제외한 548백만원이 양도소득세 과세대상이고 쟁점주택의 경우도 위 산식의 적용대상으로 봄이 타당하므로, 양도차익을 계산함에 있어서 아래 <표>와 같이 ① 1차로 전체가액 중 유상양도분에 대해서만 양도가액 및 취득가액을 안분계산하여 양도차익을 계산한 후, ② 2차로 동 양도차익 중 고가주택 부분에 대해서만 양도차익을 계산하여 과세함이 타당하다고 판단된다.

<표 : 처분청의 결정 내역 및 과세표준 재계산 내역>

(단위 : 원)

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.