주 문

  심판청구를 기각합니다.

 이 유

 1. 처분개요

청구인은 2006.1.16. ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지 ○○아트힐 ○○동 ○○호(127.61㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1,100,000천원에 양도하고 2006.1.31. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고․납부하였다가 2007.6.21. 조세특례제한법 제99조의 3 규정에 의한 양도소득세 감면특례를 적용하여 2006년 귀속 양도소득세 63,278,990원을 환급해줄 것을 경정청구하였다.

처분청은 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2007.8.27. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.10.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

 2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 소유하고 거주해오던 아파트가 재건축사업대상이 되었고 위 재건축사업대상 아파트로 인해 재건축조합원이 되어 쟁점아파트를 취득하게 되었으며 쟁점아파트의 재건축사업시행인가일은 2001.10.26.이고 신축주택 취득기간 경과후인 2004.12.14. 사용승인을 받았다.

(2) 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호 및 동법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 해당되고, 동규정에 의하면 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상소득에서 차감한다라고 규정되어 있으므로 취득일로부터 5년이 경과하지 아니한 쟁점아파트의 양도에 대하여 양도소득세 전액 감면함이 타당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조 제2항에 의하면 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30.이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 양도소득세 감면대상이 된다고 명시하고 있는데 반해 쟁점아파트는 자가신축주택이고 사용승인일이 2004.12.14.로서 이에 해당하지 아니하며, 쟁점아파트의 양도가액이 11억원으로 조세특례제한법 제99조3 제1항 단서 규정에 명시된 감면제외 고가주택에 해당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

 3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점아파트 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부

 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정)(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법

에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포

함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은

신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

조세특례제한법시행령(2001. 8. 14. 제목개정, 2005.2.19, 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업

조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주

택(이하이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정

에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간” 이라 한다) 이내에

주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가

일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이

하 이조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현

재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주

택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만,

주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약

(매매계약이 다수인때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결

하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

(2) 소득세법시행령 제156조【고가주택의 범위】(2002. 12. 30. 제목개정) ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점아파트를 양도하고 2006.1.31. 양도소득세를 신고․납부하였다가 2007.6.21. 조세특례제한법 제99조의 3 규정에 의한 양도소득세 감면특례를 적용하여 기납부한 양도소득세를 환급해줄 것을 경정청구한데 대하여, 처분청은 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 경정청구거부통지한 사실이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호 및 동법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 해당되므로 쟁점아파트의 양도에 대하여 양도소득세를 전액 감면함이 타당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(3) 쟁점아파트 등기부등본에는 청구인이 2006.1.16. 쟁점아파트 소유권을 청구외 이○○과 성○○에게 이전한 사실이 나타나고, 쟁점아파트의 집합건축물 대장에는 2004.12.14. 사용승인을 받은 사실이 나타나며, 청구인이 쟁점아파트를 1,100,000천원에 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(4) 조합원의 취득주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이며, 청구인이 쟁점아파트를 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당된다 할 것이다(국심2006중2285, 2007.2.21. 같은 뜻임).

(5) 살피건대, 청구인은 재건축조합 조합원으로서 재건축조합으로부터 쟁점아파트를 취득하였으나 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)이내에 사용승인 등을 받지 못하고 2004.12.14.에야 사용승인을 받아 위 신축주택취득기간을 경과하였고, 양도가액이 1,100,000천원으로 고가주택에 해당되어 양도소득세 감면대상 신축주택에 해당되지 아니한다고 판단된다.

따라서, 재건축조합의 조합원인 청구인이 취득한 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세의 감면을 배제한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.