주 문

○○세무서장이 2006.3.17. 청구법인에게 한 법인세 3건 1,572,844,020원(2002사업연도 544,214,130원, 2003사업연도 472,328,110원, 2004사업연도 556,301,780원)의 부과처분과 2006.12.11. 청구법인에게 한 경정청구 일부 거부처분은 지급이자 2,530,403,156원(2002사업연도 696,551,060원, 2003사업연도 562,327,122원, 2004사업연도 628,834,284원, 2005사업연도 642,690,690원)을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

   청구법인은 주식회사 ○○○으로부터 2001.11.12. 인적분할을 통하여 의약원료제조부분을 영업목적으로 설립된 법인이다.

   처분청은 청구법인이 특수관계자인 주식회사 ○○약품(이하 ○○약품”이라 한다)의 차입금 담보로 제공한 정기예금 220억원(이하 “쟁점예금”이라 함)을 동 법인에게 자금을 대여한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 가지급금 등 인정이자 상당액을 익금산입하고 동 금액과 관련한 지급이자 상당액을 손금불산입하여, 2006.3.17. 청구법인에게 법인세 3건 1,572,844,020원(2002사업연도 544,214,130원, 2003사업연도 472,328,110원, 2004사업연도 556,301,780원)을 경정고지하였다(이하 “<처분1>”이라 한다).

<표1>

 (단위 : 원)

   청구법인은 ① 2005사업연도에 <처분1>의 쟁점예금과 관련하여 인정이자 상당액 474,258,493원을 익금산입하고 동 금액과 관련한 지급이자 상당액 528,619,967원을 손금불산입하여 법인세신고를 하였고, ② 2002～2005사업연도에 청구법인이 100% 출자한 ○○○국에 소재하는 해외투자법인 ○○○(이하 ○○○라 함)에 자금을 대여하고 아래 <표2>와 같이 인정이자 상당액을 익금산입하고 동 금액과 관련한 지급이자 상당액을 손금불산입하여 법인세신고를 하였다.

<표2>

(단위 : 원)

   청구법인은 2006.9.8. 처분청에 위 ①의 2005사업연도 지급이자 손금불산입액 528,619,967원과 위 ②의 2003～2005사업연도 지급이자 손금불산입액 267,977,926원은 손금불산입할 사항이 아니며, 위 ②의 2003～2005사업연도 인정이자 익금산입액 588,947,550원은 인정이자율을 리보금리로 계산한 금액만을 익금산입하여야 한다는 사유로 경정청구를 하였다.

   처분청은 위 2006.12.11. 청구법인의 경정청구 내용중 위 ②의 2003～2005사업연도 인정이자 익금산입액 588,947,550원에 대하여는 청구주장을 받아들여 인정이자율을 리보금리로 하여 인정이자 상당액을 재계산(2003사업연도 31,643,826원, 2004사업연도 63,829,644원, 2005사업연도 85,767,840원)하고 그 차액을 익금에서 제외하여 경정하고, 나머지는 거부통지를 하였다(이하 “<처분2>”라 한다).

   [2002사업연도에 대하여는 청구법인이 2007.3.8. 처분청에 고충민원(법인세 직권경정 의뢰)을 제기하였고, 처분청은 이를 받아들여 2007.6.15. 당초 인정이자 익금산입액 264,746,916에 대해 인정이자율을 리보금리로 하여 인정이자 상당액을 33,827,471원으로 재계산하고 그 차액 230,919,445원에 대하여 법인세 82,641,240원을 환급하였다]

   청구법인은 이에 불복하여 <처분1>에 대하여는 2006.6.14. 이의신청을 거치고, <처분2>에 대하여는 직접 2006.12.6. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

   가. 청구법인 주장

   (1) 청구법인은 2001년 12월 해외자본(BW)을 유치하고 이 자금을 원천으로 한 쟁점예금 220억원을 금융기관에 담보로 제공하여 특수관계자인 경보약품이 동 예금을 담보로 자금을 조달하여 ○○○국 소재 ○○○(이하 ○○○라 한다)에 투자하게 되었고, 청구법인은 직접투자시 예상되는 자금부담을 감소시키고, 재무구조 개선효과 및 ○○○를 통해 해외시장의 확보, 선진기술 등의 확보 등의 효과가 기대되는 등 업무관련성이 있음에도 쟁점예금을 경보약품에 자금을 대여한 것으로 보아 동 금액에 대한 지급이자 상당액을 손금불산입한 처분은 취소하여야 한다.

   (2) 내국법인이 해외현지법인의 시설 및 운영자금을 대여한 경우에 그 자금의 대여가 사실상 당해 내국법인의 영업활동과 관련된 것일 때에는 구 법인세법시행령(1998.3.31. 개정되기 전) 제43조의 2 제2항 제2호(현행 법인세법시행령 제53조 제1항)에 규정하는 ‘업무와 관련이 없는 가지급금 등’으로 보지 아니하는 것인 바, 청구법인이 100% 출자한 해외투자법인인 ○○○의 부족한 운영자금을 지원한 것이므로 이는 업무관련 자금거래로 보아야 하므로 손금불산입하여 신고한 지급이자는 손금인정되어야 한다.

   나. 처분청 의견

   (1) 쟁점예금의 최초거래일과 담보설정일이 동일한 것으로 보아 특수관계자인 ○○약품의 차입금 담보로 제공하기 위해 정기예금을 가입한 것으로 보이고, 쟁점예금은 ○○약품이 채무를 상환하기 전이나 담보가 해제되기 전에는 예금을 인출할 수 없으며, 경보약품이 채무를 상환하지 못하는 경우 동 예금은 ○○약품의 채무에 충당되는 점을 감안하면 외형상 담보형식을 취하고 있더라도 실제로는 자금을 대여한 것으로 보아야 하며, 청구법인은 신설법인으로 장․단기차입금이 과다하고 유동성이 미미한 상태이고, 쟁점예금 담보제공 당시 차입금 이자율은 5.0%～11.27%이나 정기예금의 이자율은 3.0%～4.5%에 불과하여 동 이자율의 차액에 상당하는 경제적 손실이 발생하였고, 동 경제적 손실액은 청구법인이 ○○약품에 이익을 분여한 것이므로 쟁점예금의 예치는 경제적 합리성이 있다고 보기도 어려우므로 자금을 지원한 것으로 보아 쟁점예금과 관련한 지급이자 상당액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

   (2) 청구법인이 해외투자법인인 ○○의 시설 및 운영자금을 대여한 행위는 업무와 관련없는 것이므로 동 금액과 관련된 지급이자 상당액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

   가. 쟁점

   (1) 청구법인이 특수관계자인 ○○약품에 예금을 차입금 담보로 제공하여 동 예금 상당액을 대출받도록 한 쟁점예금(220억원)을 ○○약품에 대여한 것으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부

   (2) 청구법인이 해외투자법인 ○○○에 지원한 자금을 업무무관 가지급금 등으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부

   나. 관련법령

   (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

  법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서 생략)

   (2) 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

  법인세법시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】 ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. (단서 생략)

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

          제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액

                            (총차입금을 한도로 한다)

지급이자 × ──────────────────────────

                                     총차입금

   다. 사실관계 및 판단

   (1) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 ○○○약품의 차입금 담보로 제공한 쟁점예금을 대여한 것으로 보아 <표1>의 가지급금 등 인정이자 상당액 2,446,535,982원을 익금산입하고 동 금액과 관련한 지급이자 상당액 1,733,805,263원을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 청구법인이 2005사업연도에 <처분1>의 쟁점예금과 관련한 지급이자 손금불산입액 528,619,967원과 ○○○에 자금을 대여한 것과 관련하여 2003～2005사업연도 <표2>의 지급이자 손금불산입액 267,977,926원은 사업과 관련이 있으므로 동 지급이자는 손금불산입할 사항이 아니며, 2003～2005사업연도 <표2>의 인정이자 상당액으로 익금산입한 588,947,550원은 인정이자율을 리보금리로 인정이자 상당액을 다시 계산하여 익금산입하여야 한다고 경정청구를 한데 대하여, 처분청은 2003～2005사업연도 <표2>의 인정이자 익금산입액 588,947,550원에 대하여는 인정이자율을 리보금리로 하여 인정이자 상당액을 재계산(2003사업연도 31,643,826원, 2004사업연도 63,829,644원, 2005사업연도 85,767,840원)하고 그 차액을 익금에서 제외하여 경정하였으나, 손금불산입한 지급이자를 손금산입하여야 한다는 경정청구에 대하여는 거부통지를 한 사실이 복명서, 경정결의서, 거부통지서 등 심리자료에 의하여 나타난다.

   (2) 쟁점(1)과 관련하여

   (가) 조사복명서, 이의신청결정서 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 주식회사 ○○○으로부터 2001.11.12. 인적분할을 통하여 의약원료제조부분을 영업목적으로 설립된 법인으로 2002.12.31. 현재 특수관계자인 ○○약품의 주식을 36.82% 소유하고 있어 ○○약품과는 특수관계자에 해당하고, ○○약품은 2002.2.26. 이탈리아국 소재 ○○○(의약품 제조업체임)의 주식을 360억원에 매입(소유지분 100%)하였으며 동 매입자금의 조성내역을 보면 아래 표와 같이 나타난다.

(단위 : 억원)

   또한, 청구법인이 ○○약품에 담보로 제공한 쟁점예금의 내역 및 담보설정일은 아래 표와 같이 나타나고, 쟁점예금은 매년 일부분이 담보설정에서 해지(2002년말 220억원, 2003년말 142억원, 2004년말 91억원)되다가 2005.11.29. ○○은행 47억원, 2005.12.15. ○○은행 40억원을 끝으로 담보설정은 모두 해지된 것으로 나타난다.

(단위 : 억원)

   (나) 청구법인이 사업의 연관성 및 쟁점예금의 담보제공 경위에 대하여 주장하는 내용을 보면,

   1) 사업의 연관성에 대하여는, 청구법인은 주식회사 ○○○의 ‘의약원료제조부문’과 ‘완제품제조부문’으로의 회사분할에 따라 2001.11.12. ‘의약원료제조부문’을 영업목적으로 인적분할된 회사로, 분할의 목적은 사업부문의 전문화, 집중화 및 책임경영체제의 확립을 통한 경쟁력 있는 사업구조의 구축, 생명공학산업의 적극적 진출, 원료부문의 국제경쟁력 제고와 경영위험에 대한 분산이었으며, 주식회사 ○○○은 완제의약품과 R&D부문을, 청구법인은 원료사업과 생명공학부문으로 전문화 및 집중화하는 등 책임경영체제가 확립되었고, 청구법인의 제품은 발효를 기초로 한 제품으로 제약회사의 의약품을 생산하는데 직접 투입되는 원료가 아닌 전단계의 기초원료로 동 기초원료는 합성과정 등을 거쳐서 제약회사의 원료로 사용되어 청구법인은 국내의 합성회사인○○약품과 해외의 합성회사인 ○○○를 통하여 원료제품을 합성하는 과정을 거쳐 국내 또는 해외 여러 나라에 원료를 판매하게 되어 발효원료제품은 더욱 부가가치를 높일 수 있었고 해외 및 국내시장에 공격적으로 진입할 수가 있었으며, 또한 ○○약품은 ○○○와의 긴밀한 유대관계로 상호기술을 교환하는 등 많은 실익을 시현하는 효과를 가져왔다고 주장하고 있다.

   2) 쟁점예금의 담보제공 경위에 대하여는, 청구법인은 세계시장의 개척 및 투자를 위해 해외자본(BW, 15백만USD, 원화 192억원 상당)을 유치하였으며, 청구법인의 제품(원료의약품)은 국내에서는 ○○약품을, 해외에서는 ○○○를 통해서 국내 및 세계시장을 개척하고자 하였으며, 당시 유럽(이탈리아 소재)의 ○○○라는 회사를 알게 되었고, 기 확보된 자금으로 해외법인에 투자하려고 하였으나, ① 분할 후 즉시 해외법인 투자에 대한 부담, ② 상장법인으로서 주주이익을 고려해야 하는 점, ③ 해외법인이 합성공장(청구법인은 발효공장임)인 점을 고려하여 청구법인이 투자하는 것 보다는 관계회사인 ○○약품(○○약품은 합성공장임)을 통하여 투자하는 것이 사업성이 있다고 판단하여 ○○약품이 ○○○에 투자하게 되었으나, 당시 ○○약품이 자금을 조달하기가 어려워 청구법인이 조달한 해외자본(BW)을 예금담보로 금융기관에 제공하고 ○○약품은 이를 담보로 자금을 조달하여 해외법인(○○○)에 투자하게 되었으며, ○○약품은 해외법인과의 긴밀한 유대관계로 상호 기술을 교환하는 등 실질적으로 많은 실익을 시현하게 되었으며, 청구법인은 직접투자로 인한 자금부담이 줄어들었으며, 해외에서 조달한 자금은 회사운영에 유용하게 사용되었으며, 또한 해외자본의 자본전입으로 재무구조를 상당히 개선하는 효과를 보았다고 주장하는 바, 이러한 사실은 해외신주인수권부사채 발행계획서, 이사회 의사록(2001.11.19. 및 2002.2.25.), 재무제표 등에 의하여 나타난다.

   (다) 청구법인의 재무제표 등에 의하면 청구법인이 ○○약품과 ○○○와의 거래내역은 아래 표와 같이 나타난다.

<청구법인이 매입한 내역>

                              [단위 : 백만원, ( )안은 비율(%)]

<청구법인이 매출한 내역>

                              [단위 : 백만원, ( )안은 비율(%)]

*/

   (라) 해외신주인수권부사채 발행계획서, 재무제표, 장부 등에 의하면, 청구법인의 해외자본(BW) 조달 비용, 예금이자 및 상환 등 현황을 보면, 원본은 15백만US$(당시 원화금액 19,219백만원)이고, 해외자본 이자지급액은 2002.6월～2004.12월간 1,378백만원(이자율 0.84～1.76%, 만기보장수익율 5.40%)이며, 쟁점예금의 이자수익은 2002.1월～2004.12월간 1,679백만원(이자율 : 3.00～4.50%)이며, 상환 등 현황은 아래 표와 같이 나타난다.

(단위 : 백만)

   (마) ○○약품의 차입금 담보로 제공된 쟁점예금에 대하여 처분청은 쟁점예금의 최초거래일과 담보설정일이 동일하고, 쟁점예금은 경보약품이 채무를 상환하기 전이나 담보가 해제되기 전에는 인출할 수 없으며, ○○약품이 채무를 상환하지 못하는 경우 동 예금은 경보약품의 채무에 충당되는 점 등을 감안하면 외형상 담보형식을 취하고 있으나 실제로는 자금을 대여한 것이고, 당시 차입금 이자율과 정기예금 이자율과의 차이에 상당하는 경제적 손실액은 청구법인이 경보약품에 이익을 분여한 것이므로 쟁점예금 예치는 경제적 합리성이 있다고 보기도 어려우므로 쟁점예금과 관련한 지급이자 상당액을 손금불산입하는 것은 당연하다는 주장인 반면, 청구법인은 해외자본(BW)을 유치하고 동 자금을 원천으로 한 쟁점예금을 금융기관에 담보로 제공하여 ○○약품이 자금을 조달하여 ○○○에 투자하게 되었는 바, 이와 같이 직접투자로 인한 위험부담을 피함은 물론 자금부담을 감소시키고, 이를 통해 재무구조 개선효과, ○○○를 통한 해외시장의 확보, 선진기술 등의 확보 등 실질적인 이익을 실현한 것이어서 업무관련성이 있고, 쟁점예금의 원천은 해외자본으로 수입이자가 해외자본에 대한 지급이자보다 많아 조세를 감소시키거나 쟁점예금으로 인하여 발생한 손실도 없으므로 쟁점예금 관련 지급이자 상당액을 손금불산입하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

   (바) 위의 내용을 종합하여 보면, 법인세법상 지급이자 손금불산입 관련규정은 법인의 차입금이 특수관계자에 대한 업무무관 자금대여에 사용되지 않도록 함으로써 그 자금이 기업고유의 운영자금으로 운용되도록 하는데 그 취지가 있으며, 법인이 형식적으로는 자금을 금융기관에 예치하고 당해 금융기관이 그 예치금을 담보로 특수관계자에게 대출한 경우에, 법인이 직접 자금을 대여한 형태는 아니라 하더라도 그 실질적인 내용이 금융기관을 매개로 한 우회적인 자금대여에 해당되는 경우에는 업무무관가지급금으로 관련차입금의 지급이자를 손금부인하는 것이나, 법인이 보유중인 예금을 단순히 특수관계자의 금융기관 대출담보로 제공(담보제공으로 손실이 발생한 경우 제외)하였다 하여 그 담보제공 사유만으로 업무무관 가지급금으로 보는 것은 아니므로, 법인의 담보제공행위가 업무무관 가지급금에 해당되는지의 여부는 담보제공경위나 사업과의 관련성 등을 감안하여 종합적으로 판단하여야 할 것이다.

   이 건의 경우, 청구법인과 ○○약품은 특수관계에 있으면서 서로간에 원료 및 제품을 판매하고 있는 것으로 나타나고, 쟁점예금의 원천이 된 해외자본(BW)에 대한 이자수익, 주식전환 및 환차익의 합계액이 조달비용(이자)을 초과하는 것으로 나타나며, 쟁점예금을 담보로 한 차입금에 대한 이자를 경보약품이 지급하는 등 청구법인은 쟁점예금을 담보로 제공함으로써 입은 경제적 손실은 없는 것으로 나타나며, 청구법인은 주식회사 ○○○으로부터 의약원료제조부문을 영업목적으로 인적분할되었고 생산제품은 제약회사의 의약품을 생산하는데 투입되는 기초원료로 동 기초원료는 국내의 합성회사인 ○○약품과 해외의 합성회사인 ○○○를 통하여 판매함은 물론 이들로부터 관련 제품을 매입하게 되어있고 실제로도 이들과 상당액의 거래가 이루어진 사실을 감안하면 이들과 거래관계를 원활하게 하고 상호보완적인 관계를 유지하여야 하는 점 등을 볼 때 청구법인이 업무와 전혀 관련없이 쟁점예금을 담보로 제공한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되므로 쟁점예금을 지급이자가 손금불산입되는 업무무관가지급금으로 보기는 어렵다고 할 것이다(국심2002서3449, 2003.5.28. ;국심2004중3621, 2005.6.22. :국심2006서2660, 2007.7.31. 외 참조).

   따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점예금을 특수관계자인 ○○약품이 대출받을 때 담보로 제공하였다 하여 동 예금을 업무와 관련이 없는 것으로 보아 관련 지급이자(2002년 696,551,060원, 2003년 497,269,466원, 2004년 539,984,737원)를 손금불산입하여 과세한 처분과 관련 지급이자(2005년 528,619,967원)에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

   (3) 쟁점(2)와 관련하여

   (가) 당시 주식회사 ○○○의 해외직접투자신고서, 사업계획서, 청구법인의 재무제표 등에 의하면, 주식회사 ○○○은 1996.10.10. ○○○에 대한 해외직접투자신고(인증)수리를 받고(수리번호 /0000-해투00-0000) 654백만원(1,000천SFR 상당액)을 출자(소유지분 100%)하여 스위스국에서 무역업을 영위하고 있는 법인인 ○○○를 설립하였으며, 투자목적은 자원개발, 수출촉진, 보호무역 타개, 선진기술도입 등으로 되어 있고, 청구법인의 ○○○에 대한 대여금 잔액은 2002년말 2,203백만원, 2003년말 2,151백만원, 2004년말 1,822백만원, 2005년말 1,748백만원, 2006년말 1,050백만원으로 나타난다.

   (나) 청구법인 및 ○○○의 재무제표 등에 의하면, ○○○의 정관상 목적사업은 ① 화학, 제약 제품 분야 R&D의 국제적 협조, ② 화학, 제약 제품에 대한 국제 판매의 관리와 협조, ③ 국제 시장 연구․개발의 성과와 협조, ④ 허가․상표․특허․공정공학과 같은 권리의 획득과 관리 등으로 되어 있고, ○○○는 회계법인 ○○○로부터 스위스의 외부감사기준(Auditing standards promulgated by the Swiss profession)에 의해 매년 외부감사를 받고 있으며, ○○○의 재무상태 등 변동내역은 아래 표와 같고, 청구법인은 ○○○에 2002년도 1,630백만원, 2003년도 3,705백만원, 2004년도 2,205백만원, 2005년도 3,333백만원을 매출한 것으로 나타난다.

(단위 : 백만원)

   다) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 ○○○에 지원한 자금은 부당행위계산부인의 대상이 되므로 동 금액과 관련된 지급이자 상당액도 손금불산입하여야 한다는 의견인 반면, 청구법인은 내국법인이 해외현지법인의 시설 및 운영자금을 대여한 경우에 그 대여가 사실상 당해 내국법인의 영업활동과 관련된 것인 때에는 구 법인세법시행령 제43조의 2 제2항 제2호(현행 법인세법시행령 제53조 제1항)에 규정하는 업무와 관련이 없는 가지급금 등으로 보지 아니하는 것인 바, 청구법인이 100% 출자한 해외투자법인인 ○○○의 부족한 운영자금을 지원한 것이므로 이는 회계의 일부분이고 업무관련 자금거래이므로 지급이자는 손금불산입대상이 아니라고 주장하고 있다.

   라) 살피건대, 내국법인이 해외현지법인의 시설 및 운영자금을 대여한 경우에 그 자금의 대여가 사실상 당해 내국법인의 영업활동과 관련된 것인 때에는 이를 법인세법시행령 제53조 제1항에 규정하는 ‘당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등’으로 보지 아니하는 것인 바(국세청 법인46012-1282, 2000.5.31. 외 다수 참조), 이 건의 경우 청구법인이 자사 제품의 유럽지역에의 수출증대 등을 위하여 현지법인인 ○○○를 설립하고 그에 필요한 시설자금이나 초기 운영자금을 지원한 것이므로 이 건 쟁점이 된 대여금은 사실상 청구법인의 영업활동과 관련된 것으로서 업무무관 가지급금으로 보기는 어려운 것으로 판단된다(국심 2001구2341, 2002.5.24. 외 참조).

   따라서 이 건 대여금에 대하여 국제금리(Libor)를 적용하여 수입이자 상당액을 익금산입하는 것은 가능하다고 하더라도 처분청이 동 대여금을 업무와 관련없이 대여한 업무무관가지급금에 해당하는 것으로 보아 관련 지급이자(2003년도 65,057,656원, 2004년 88,849,547원, 2005년 114,070,723원)에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다