주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2006. 10. 2.자로 원고에 대하여 한 2001년 귀속 종합소 득세 4,166,760원 및 소득할 주민세 416,670원의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 1. 2.자로 원고에 대하여 한 2001년 제2기분 부가가치세 2,873,700원(소장 기재 부가가치세액 2,994,390원은 납부기한 경과후에 부과될 가산금을 포함한 금액으로 오기로 보인다)의 부과처분 및 2006. 10. 2.자로 원고에 대하여 한 2001년 귀속 종합소득세 4,166,760원 및 소득세할 주민세 416,670원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 2. 18.부터 ◯◯ ◯◯구 ◯◯동 ◯◯◯-◯에서 ◯◯◯◯◯ 이라는 상호로 컴퓨터 주변기 판매업 등을 영위하였다.

나. 원고는 2001년 후반기에 ◯◯◯◯◯◯주식회사(이하 ‘소외회사’ 라 한다)로부 터 공급가액 합계 14,975,000원의 매입세금계산서 3장(이하 ‘이사건 각 매입 세금계산서’ 라 한다)을 수취하여 2001년 제2기분 부가가치세 신고시에 관련 매입세액 1,497,500원을 매출세액에서 공제한 부가가치세를 신고 ･ 납부하였 고, 2001년 귀속 종합소득세 신고시에도 위 공급대가 상당액을 필요경비에 산 입하여 종합소득세 및 소득세할 주민세를 신고 ･ 납부하였다.

다. 그런데 ◯◯세무서장이 2004년 9월경 소외 회사에 대한 세무조사를 실시한 결 과 위 회사가 실물 거래 없이 세금계산서만 발행하는 자료상이라는 사실을 확 인하고 그 과세자료를 2004. 10. 1. ◯◯◯◯◯의 사업장 소재지를 관할하는 피고에게 통보하였으며, 피고는 이 사건 각 매입세금계산서가 사실과 다른 세 금계산서라는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 2006. 1. 2.자로 원고에게 부가가치세 2,873,700원(가산세 포함)을 부과 ･ 고지하였다(이하 ‘ 이 사건 부 가가치세 부과처분’ 이라 한다).

라. 한편 피고는 2005. 12. 1. 당시 원고의 주소지를 관할하는 ◯◯세무서장에게 소득세 과세자료를 통보하였는데, ◯◯세무서장은 원고가 주소지를 ◯◯ ◯◯ 구 ◯◯동 ◯◯◯-◯◯로 이전하였다는 이유로 2006. 6. 9. 피고에게 다시 위 소득세 과세자료를 통보하였다.

마. 이에 피고는 원고가 2001년 귀속 종합소득세 신고시에 필요경비로 신고하였던 14,975,000원에 대하여 필요경비 인정을 부인하고, 2006. 10. 2.자로 원고에 게 2001년 귀속 종합소득세 4,166,760원(가산세 포함) 및 소득세할 주민세 416,670원을 각 부과 ･ 고지하였다(이하 각 ‘이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세 부과처분’ 이라 한다).

바. 원고가 2006. 3. 25. 이 사건 부가가치세 부과처분에 불복하여 피고에게 이의 신청을 하였으나, 2006. 4. 21. 기각결정을 받았고, 2006. 7. 20. 심사청구를 제기하였으나, 2006. 9. 25. ◯◯◯◯으로부터 기각결정을 받았다.

   [인정근거] 갑 제1호증의 1 내지 갑 제2호증의 2, 갑 제4호증, 갑 제6호증, 을 제3호증의 1 내지 을 제4호증의 9, 을 제5호증의 3, 을 제6호증의 2의 각 기 재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세의 부과처분의 각 취소를 구하는 부분에 관한 판단

가. 종합소득세 부분에 관하여

국세부과처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반적인 행정소송과는 달리 행정심판을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없는바(국세기본법 제56조 제2항), 원고가 이사건 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하지 아니하였음을 자인하고 있으므로, 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하며, 같은 쟁점을 가지고 있는 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여 전심절차를 거쳤다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조).

나. 주민세 부분에 관하여

또한 지방세법 제 177조의 4 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, 소득세할 주민세는 소득세의 납세지를 관할하는 시장･군수(특별시･광역시의 경우에는 구청장, 이하 같다)에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정･결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과･고지하더라도 이는 해당 시장･군수가 부과 ･ 고지한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 원고의 소득세 납세지를 관할하는 구청장인 ◯◯구청장이 되어야 하는 것이다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법성 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 소외 회사로부터 컴퓨터 및 주변장비 등을 매입하여 프로그램 개발 및 시스템을 제작한 다음 그 결과물을 주식회사 ◯◯◯◯에 납품한 사실이 있으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

을 제3호증의 1 내지 을 4호증의 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태 보면, ◯◯세무서장은 소외 회사의 2001년 제2기부터 2002년 제2기 동안의 모든 매출 신고액을 허위로 보아 관할 ◯◯◯◯◯에 조세범처벌법위반죄로 고발한 사실을 인정 할 수 있는바, 위 인정사실 및 원고가 이 사건 각 매입세금계산서에 기재된 거래와 관련한 매입대금을 소외 회사에 실제로 지급하였다는 아무런 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보건대, 피고가 위 각 매입세금계산서가 사실과 다른 것이라고 보고 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세 부과처 분의 각 취소를 구하는 부분을 부적법하여 이를 모두 각하하고, 원고의 나머지 청 구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

◯ 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공 급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다름 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초 과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다 르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외 한다.

◯ 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장･사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표 준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때. 끝.