주 문

○○○세무서장이 2006.8.14. 청구법인에게 한 법인세 2001사업연도 548,288,060원, 2002사업연도 167,037,630원, 2003사업연도 453,894,090원, 합계 1,169,219,780원의 부과처분은 ○○○를 비업무용부동산에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1983.8.18. 천연가스 제조, 공급 등을 목적으로 한국가스공사법에 의해 설립된 법인으로서, 국내 4개 ○○○와 체결한 장기 LNG전용선 운송계약에 계약기간 중 독점적·배타적으로 사용할 수 있는 권리를 보유한 천연가스 운송전용선박(이하 “LNG전용선”이라 한다)을 국내 ○○○가 일시적으로 외국 화주의 화물운송에 사용할 수 있도록 승인하고, 그 대가로 22,531,305,694원(2001년 2기 7,465,658,024원, 2002년 2기 9,105,812,952원, 2003년 2기 5,498,284,947원, 2005년 2기 461,549,771원이고, 이하 “쟁점대선수입”라 한다)을 지급받았다.

한편, 청구법인은 천연가스 공급기지를 설치할 목적으로 1994년 7월경 ○○○(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 관련공사를 진행하여 오다가 1995년 12월경 쟁점부동산 인근 주민이 집단으로 민원을 제기하자 1997.5.30. 이사회를 개최하여 쟁점부동산을 불용자산으로 매각하기로 의결하고, 2002.5.27. 이를 매각하였다.

나. 중부지방국세청장은 청구법인에 대한 정기조사를 실시하여 쟁점대선수입은 재산적 가치가 있는 권리를 대여하고 받은 것으로써 용역의 공급대가에 해당할 뿐만 아니라, 내국법인 간의 국내거래이므로 영세율 적용대상이 아니고, 쟁점부동산은 업무에 직접 사용하지 않는 비업무용부동산에 해당한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 위 통보에 따라 청구법인이 부가가치세 신고누락한 쟁점대선수입을 1.1로 나누어 산정한 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산하고, 그 밖에 조사시 발견된 사항을 반영하여 2006.8.14. 청구법인에게 부가가치세 4,136,395,390원(2001년 2기분 1,482,189,970원, 2002년 2기분 1,688,339,140원, 2003년 2기분 911,990,800원, 2005년 2기분 53,875,480원)을 경정고지하는 한편, 청구법인의 2001사업연도 쟁점부동산(비업무용부동산) 관련 지급이자 106,178,477원, 2002사업연도 쟁점부동산 관련 지급이자 41,585,662원, 2003사업연도 쟁점부동산에 대한 종합토지세 21,481,136원을 손금불산입하고, 그 밖에 조사시 발견된 사항을 반영하여 2006.8.14. 청구법인에게 법인세 1,169,219,780원(2001사업연도 548,288,060원, 2002사업연도 167,037,630원, 2003사업연도 453,894,090원)원을 결정고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2006.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 장기운송계약을 체결한 국내 ○○○로 하여금 LNG전용선을 건조하게 한 후 20년~25년의 계약기간 동안 청구법인이 요구하는 때에 운항에 필요한 선장 및 선원을 승선시킨 LNG전용선으로 천연가스를 해외로부터 국내에 운송하여 왔고,

계절적으로 변동하는 천연가스 수요에 따라 하반기에 운항회수가 적은 LNG전용선을 활용하여 추가수익을 창출할 목적으로 국내 ○○○가 하반기에 LNG전용선으로 해외 화주에게 국제간의 화물운송용역을 제공하도록 하고, 그로 인해 발생한 대가를 서로 분배하기로 하여 쟁점대선수입을 수령하여 왔는 바,비록, 국내 ○○○가 해외 화주와 국제간 화물운송계약을 체결한 표면적인 당사자이지만, 청구법인이 LNG전용선 활용 및 배선계획의 주체로서 해외 화주와 협의를 통해 그 운임과 항로 등을 결정하는 등 자기계산하에 외국항행용역(국제간의 화물운송)을 제공하고 그 대가로 쟁점대선수입을 획득하였으므로 이를 영세율 적용대상으로 보지 아니한 당초 처분은 부당하다.

(2) 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 5년이 경과하지 아니한 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하는 바, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 관련공사를 진행하여 오다가 집단 민원이 발생하여 1997.5.30. 이사회 의결을 통해 쟁점부동산에 천연가스공급기지를 설치하는 사업을 최종적으로 종료하기로 결정하였으므로, 1997.5.30.을 관련사업의 폐업 또는 이전일로 보아야 하고, 그로부터 5년이 경과하지 아니한 2002.5.27. 쟁점부동산을 매각하였으므로 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 등을 손금불산입한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 LNG전용선과 관련한 모든 권리를 갖고 있는 상황에서 국내 ○○○로 하여금 LNG전용선으로 제3자에게 운송용역을 제공할 수 있도록 승인하면서 받은 쟁점대선수입은 LNG전용선을 독점적·배타적으로 이용할 수 있는 권리를 대여하고 받은 대가이므로, 당해 거래는 부가가치세법 제7조에서 규정한 용역의 공급에 해당하고, 내국 법인간의 국내거래로써 영세율 적용대상이 아닌 것으로 본 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 1997.3.25. 연암공급부지 불용처리위원회를 개최하여 스스로 쟁점부동산을 불용자산으로 결정하고, 이를 1997.5.30. 이사회에서 의결하였으므로 이 시점부터 유예기간과 상관없이 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 판단한 당초 처분은 정당하다.

또한, 청구법인이 1996.2.15. 가스공급기지를 ○○○(이하 “진장공급기지”라 한다)로 이전할 방침을 내부적으로 확정하고, 1996.8.3. 주식회사 ○○○와 진장공급기지 임대차계약을 체결한 후 관련 공사가 진행되어 1997.5.30. 진장공급기지가 가스공급을 개시하였는 바, 유예기간을 적용한다 하더라도 가스공급기지를 사실상 진장공급기지로 이전한 1996.8.3.을 비업무용부동산 유예기간 판정 기산일로 보아야 할 것이므로 2001사업연도 이후에 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 본 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 국내 ○○○로부터 받은 쟁점대선수입이 영세율 적용대상인지 여부

② 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점①관련 법령

○ 부가가치세법 제11조 【영세율 적용】

①다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

3. 선박 또는 항공기의 외국항행용역

○ 부가가치세법 시행령 제25조 【외국항행용역의 범위】

①법 제11조 제1항 제3호에 규정하는 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국여행사업자가 자기의 사업에 부수하여 행하는 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각호에 규정하는 것을 포함한다.<이하 생략>

(2) 쟁점②관련 법령

○ 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

○ 제28조 【지급이자의 손금불산입】

①다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

○ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

①법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. <각목 생략>

②제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

③법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

○ 법인세법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】

③영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

⑤영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

17. 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 LNG전용선 확보절차를 개괄적으로 살펴보면, 청구법인은 천연가스를 국내에 안정적으로 도입하기 위해 우선 천연가스 운송물량을 확정하고, 그 운송에 필요한 LNG전용선을 건조하기 위해 국내 ○○○, ○○○ 등을 관련 사업자로 선정한 다음, 국내 ○○○와 천연가스 운송계약을 체결하여 향후 건조될 LNG전용선을 일정 계약기간 동안 사용할 것을 보증하는 적하보증서를 발급해 주며, 국내 ○○○는 선박소유주가 천연가스 운송계약서와 적하보증서를 근거로 건조한 LNG전용선을 나용선방식으로 임차하여 청구법인과 체결한 운송계약에 따라 국내에 도입되는 천연가스를 운송하는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 국내 ○○○와 체결한 천연가스 운송계약서에 의하면, LNG전용선을 운항하는 국내 ○○○는 계약기간(대부분 20년) 동안 청구법인의 서면에 의한 사전 동의 없이는 청구법인이 지시하지 아니한 화물의 운송을 위하여 LNG전용선을 사용할 수 없고, 청구법인은 화물운송시 국내 ○○○에게 운임을 지급하며, 운임은 자본비(선박건조비용 등), 선박경비(선박 유지관리 비용), 운항비(연료비, 선적항비 등), 이윤으로 구성되며, 실제 선적수량이 운임기준수량에 미달하는 경우 그 미달된 수량에 상응하는 고정비용인 자본비와 선박경비를 적하부족보상으로 국내 해운선사에게 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

(다) 이 건과 관련하여 처분청과 청구법인이 제출한 여유선박 활용관련 합의서, 대선계약 승인요청서, 대선수익 정산서 등의 증빙서류에 의하면, 청구법인은 국내에 도입하는 천연가스 운송물량이 상대적으로 작은 하반기에 LNG전용선을 활용하여 추가적인 수익을 창출할 목적으로 청구법인이 LNG전용선 이용을 원하는 해외 화주를 물색하여 서로 운임, 항로, 운송물량 등의 운송조건을 협의한 다음, 국내 ○○○로 하여금 해외 화주와 직접 화물운송계약을 체결하도록 LNG전용선 사용을 승인하고, 국내 ○○○가 화물을 국외에서 국외로 운송한 대가로 해외 화주로부터 받는 운임에서 관련 비용을 차감한 잔액의 55%(쟁점대선수입임)를 외화로 지급받아 잡수익으로 회계처리하였으나, 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하지는 아니한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인에게 쟁점대선수입을 지급한 국내 4개 ○○○ 중 주식회사 ○○○과 ○○○주식회사는 LNG전용선 운항으로 해외 화주로부터 받은 운임 전액을 자기의 수익으로 회계처리하고, 이를 모두 영세율 적용대상으로 하여 해당 과세기간에 부가가치세 과세표준을 신고하였으며, 청구법인에게 지급한 쟁점대선수입은 비용으로 회계처리한 반면,

○○○주식회사와 ○○○주식회사는 해외 화주로부터 받은 운임에서 청구법인에게 지급한 쟁점대선수입을 차감한 금액 만을 수익으로 회계처리하고, 그 차감된 금액을 영세율 적용대상으로 부가가치세를 신고한 사실이 청구법인이 제출한 국내 4개 ○○○의 회계전표 등에 의해 확인된다.

(마) 처분청은 청구법인이 국내 ○○○로부터 아래 <표>와 같이 쟁점대선수입 22,531,305,694원을 지급받은 사실을 확인하고, 쟁점대선수입을 영세율 적용대상이 아닌 것으로 보아 이를 1.1로 나누어 산정한 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산하여 이 건 부가가치세를 부과한 사실이 처분청 과세자료에 의해 확인된다.

(바) 국내 ○○○가 청구법인의 LNG전용선 사용승인을 받아 해외 화주와 체결한 운송계약서에 청구법인은 계약당사자로 표시되지 아니하고, 해외 화주의 화물운송에 관하여는 청구법인은 별다른 책임을 부담하지 않는 것으로 이 건 심리자료에 나타난다.

(사) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 부가가치세법 제11조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제25조제1항의 규정에 따라 선박에 의하여 화물을 국외에서 국외로 수송하는 외국항행용역에 대하여는 영세율을 적용하는 것인 바, 청구법인이 LNG전용선 활용 및 배선계획의 주체로서 해외 화주와 협의를 통해 자기계산하에 외국항행용역을 제공하고, 그 대가로 쟁점대선수입을 획득하였으므로 영세율 적용대상이라고 주장하나,

해외 화주의 화물을 국외에서 국외로 운송하는 화물운송계약을 체결한 당사자는 청구법인이 아닌 국내 ○○○이고, 청구법인은 당해 화물운송에 관하여는 별다른 책임을 부담하지 않는 것으로 나타나고 있는 점, 청구법인에게 쟁점대선수입을 지급한 국내 ○○○의 회계처리와 부가가치세 신고내역이 상이하게 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 해외 화주에게 외국항행용역을 제공한 주체는 청구법인이 아닌 국내 ○○○라 할 것이고, 쟁점대선수입은 청구법인이 LNG전용선을 독점적·배타적으로 이용할 수 있는 권리를 국내 ○○○에게 제공하고 받은 대가로 보는 것이 합리적이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 1983.8.18. 한국가스공사법에 의해 설립된 법인이고, 그 사업목적이 천연가스의 인수기지 및 공급망의 건설·운영 등인 사실이 정관 및 한국가스공사법 관련규정에 의해 확인된다.

(나) 청구법인이 ○○○ 내에 천연가스 공급기지를 설치할 목적으로 1994년 7월경 쟁점부동산을 취득하여 공사를 진행하여 오다가 1995년 12월경 쟁점부동산 인근 주민이 집단으로 이주대책, 보상 등을 요구하는 민원을 제기하자 1996.2.15. 가스공급기지를 ○○○으로 변경하여 설치하기로 내부방침을 마련하고, 1996.8.3. 주식회사 ○○○로부터 진장공급기지를 1년간 임차한 다음 임차기간 종료시 이를 매수하기로 계약한 후 1996.10.17. 진장공급기지 건물 신축에 착공하였으며, 1997.3.25. 불용처리위원회를 개최하여 쟁점부동산을 불용으로 확정한 다음, 진장공급기지에서 가스공급이 개시된 1997.5.30.에 이사회를 개최하여 쟁점부동산을 불용자산으로 확정하여 매각하기로 의결하였으며, 2002.5.27 쟁점부동산을 ○○○주식회사에게 매각한 사실이 이 건 심리자료에 나타나고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(다) 처분청은 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당하는 것으로 보아 2001사업연도 이후부터 쟁점부동산 관련 지급이자와 관련비용을 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 사실이 결정결의서 등 처분청 과세자료에 의해 확인된다.

(라) 처분청은 이사회에서 쟁점부동산을 불용자산으로 의결한 날인 1997.5.30.부터 유예기간과 상관없이 비업무용부동산에 해당되고, 또한 유예기간을 적용할 경우에도 사실상 진장공급기지로 이전한 날을 청구법인이 진장공급기지 임대차계약을 체결한 1996.8.3로 보아야 한다는 의견인 반면, 청구법인은 1997.5.30. 이사회 의결을 통해 쟁점부동산에 천연가스공급기지를 설치하는 사업을 최종적으로 종료하기로 결정하였으므로 이사회에서 의결한 날을 관련사업의 폐업 또는 이전일로 보아야 하고, 그로부터 유예기간 5년이 경과하지 아니한 2002.5.27. 쟁점부동산을 매각하였으므로 이를 비업무용부동산으로 보는 것은 부당하다고 주장한다.

(마) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 법인세법 시행령 제49조제1항제1호 단서 및 같은 법 시행규칙 제26조제5항제17호의 규정에 의해 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산은 비업무용부동산에서 제외하고 있는 바,

청구법인이 쟁점부동산에 가스공급기지를 설치할 목적으로 공사에 착공하였으나, 집단민원이 제기되어 부득이 그 위치를 진장공급기지로 변경하고, 진장공급기지에서 가스공급이 개시된 날에 이사회를 개최하여 최종적으로 쟁점부동산을 불용으로 확정하여 이를 매각하기로 의결한 이 건의 경우 가스공급기지 설치사업의 폐업 또는 이전행위가 외부에 명백히 드러난 이사회 의결일(1997.5.30.)을 폐업 또는 이전일로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

따라서, 처분청이 폐업 또는 이전일로부터 5년이 경과되지 아니한 2002.5.27.에 매각된 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 지급이자와 관련비용을 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.