주 문

1. 이 사건 소 중 2006. 3. 31. 납기의 2003년 귀속 양도소득세 1,870,277,560원의 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

2. 피고가 2005. 7. 11. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세 1,747,246,000원의 부과처분 중 1,703,369,230원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지 10%는 피고가 각 부담한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 황OO과 공동명의로 2001. 12. 3. 대한주택공사와의 사이에 OO시 OO면 OO리 000-0 답 2,823㎡를 비롯한 OO리 일대의 답, 임야 10필지 합계 123,207㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 13,300,000,000원에 매수하되, 계약금 1,300,000,000원은 계약 당일 지급하고, 중도금 3,990,000,000원은 2002. 12. 3. 지급하며, 잔금 7,980,000,000원은 2003. 12. 3. 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 그 후 2003. 3. 10. 원고 및 황OO 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. 원고는 OOOO공사에게 매매대금을 지급함에 있어 중도금을 당초 약정한 날보다 2개월 정도 빠른 2002. 10. 8. 지급하고, 잔금을 당초 약정한 날보다 13개월 정도 빠른 2002. 10. 8. 지급하고, 자금을 당초 약정한 날보다 13개월 정도 빠른 2002. 11. 6. 지급하면서 매매대금 중 550,947,934원을 할인받았고, 그에 따라 OOOO공사에게 실제로는 12,749,052,066원을 매매대금으로 지급하였다.

나. 원고는 이 사건 토지에 대하여 원고 등 명의의 소유권이전등기를 경료하기 전에 주식회사 OO컨설팅과의 사이에 이 사건 토지를 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, OOOO공사로부터 소유권이전등기를 받은 당일인 2003. 3. 10. 주식회사 OO컨설팅에게 소유권이전등기를 경료하여 주었는데, 위 매매와 관련하여 주식회사 OO컨설팅이 지출한 비용(미지급금 포함, 이하 같다)은 별지 매매대금 지급내역표 기재와 같다.

다. 원고와 주식회사 OO컨설팅 사이에 작성된 매매계약서(을 제4호증)에는 이 사건 토지의 매매대금이 20,498,472,500원(평당 550,000원)으로 되어 있는데, 별지 매매대금 지급내역표 순번 1, 2, 4 내지 10, 14의 비용을 합산하면 그 금액이 20,498,472,500원으로서 위 매매계약서상의 매매대금액과 일치되지만 순번 3의 비용까지 합산하면 위 매매계약서상의 매매대금을 초과하게 된다. 한편 위 매매계약서에는 주식회사 OO컨설팅이 위 매매대금 외에도 이 사건 토지의 토지거래허가나 소유권이전등기와 관련하여 원고에게 발생하는 등록세, 취득세, 가산세, 양도소득세 등 공과금을 부담하기로 되어 있는데, 순번 11, 12, 13의 비용은 주식회사 OO컨설팅이 이 사건 토지에 관하여 원고 및 황OO 명의로 소유권이전등기를 경료 하는 데에 소요되는 취득세와 등록세를 원고 대신 납부한 것이다. 별지 매매대금 지급내역표 순번 2, 3의 김OO은 원고와 주식회사 OO컨설팅 사이의 위 매매를 중개한 사람이다.

라. 원고가 위와 같이 이 사건 토지를 양도하고서도 양도소득세를 신고 ․ 납부하지 아니하자, 피고는 2005. 7. 15. 이 사건 토지 중 1/2 지분만이 원고의 소유인 것으로, 이 사건 토지의 매도대금이 별지 매매대금 지급내역표 순번 1 내지 14의 비용 전부인 것으로 보아 그 지분의 취득가액을 6,374,526,033원(12,749,052,066원×1/2), 양도가액을 10,744,314,189원(21,488,628,380원×1/2)으로 산정하여 그에 따른 양도소득세로 1,747,246,030원을 결정 ․ 고지하였는데(이하, 위 처분을 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), 그 산정 내역은 별지 계산표 결정세액란 기재와 같다. 원고는 이 사건 제1처분에 대하여 2005. 10. 7. 국세심판을 청구하였다가 2006. 1. 10.경 심판청구가 기각되자 2006. 2. 27. 위 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

마. 한편 피고는 이 사건 토지 중 나머지 1/2 지분이 황OO의 소유인 것으로 보아 2005. 7. 1. 황OO에 대하여 그 지분의 양도에 따른 양도소득세로 1,746,149,110원을 결정 ․ 고지한 바 있었으나, 그에 대한 이의신청 절차에 황OO 명의로 등기된 1.2지분이 실제로는 원고 소유였음이 확인되자 중부지방국세청장은 이 사건 소송 계속 도중인 2006. 2. 16. 원고에게 이 사건 토지 전부에 대한 양도소득세액에 이 사건 제1처분에 의해 결정 ․ 고지된 세액을 공제한 1,870,277,560원을 납기를 2006. 3. 31.로 정하여 2003년 귀속분 양도소득세로 추가로 결정 ․고지하였다(이하 위 처분을 ‘이 사건 제2처분’이라 한다). 원고는 이 사건 제2처분에 대하여 2006. 9. 1. 국세심판을 청구하고 2006. 10. 20. 위 처분을 취소를 추가로 청구하는 내용으로 이 사건 소를 변경하였으며, 국세심판원을 2007. 2. 28. 위 국세심판청구를 각하하였다.

[인정근거] 을 제1 내지 6, 11 내지 20, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 원고가 이 사건 제2처분을 고지받은 날로부터 90일이 경과한 후에 비로소 그에 대한 행정심판을 제기하고 그 처분의 취소를 구하는 내용으로 청구를 변경하였으므로 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분의 소를 제소기간이 도과된 부적법한 소라고 주장하고, 이에 대하여 원고는 이 사건 제2처분을 고지받은 바 없고, 그러한 처분이 있었다는 사실을 2006. 8. 30.에 비로소 알게 되어 2006. 9. 1. 국세심판을 청구하고 2006. 10. 20. 앞서 본 바와 같이 소를 변경하였던 것이므로 그 부분 소는 적법하다고 주장한다.

나. 판단

국세기본법 제10조 제4항은 서류송달 방법에 관해 송달할 장소에서 서류의 송달을 받아야 할 자를 만나지 못한 때에는 그 사용인 기타 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 자에게 서류를 송달할 수 있다고 규정하고 있고, 한편 과세처분의 상대바인 납세의무자 등 서류의 송달을 받을 자가 다른 사람에게 우편물 기타 서류의 수령권을 명시적 또는 묵시적으로 위임한 경우에는 그 수임자가 해당 서류를 수령함으로써 그 송달받을 자 본인에게 해당 서류가 적법하게 송달된 것으로 보아야 하고, 그러한 수령권한을 위임받은 자는 반드시 위임인의 종업원이거나 동거인일 필요가 없다는 것이다(대법원 2000. 7. 4. 선고 2000두1164 판결 참조).

살피건대, 갑 제5호증, 을 제21 내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005. 5. 9. OO OO구 OO동 0가 00-0에 전입신고를 하여 이 사건 제2처분 당시까지 그 주민등록상 주소를 그곳으로 하여 놓고 그곳에서 회사를 운영하고 있는 동생 서OO에게 원고의 우편물이 그곳으로 배달되면 이를 수령하였다가 자신에게 전달해 달라고 요청하여 우편물을 수령해 왔던 사실, 위와 같은 경위로 이 사건 제2처분 고지서도 위 주소지로 배달되었고, 위 화사 직원인 오OO가 2006. 3. 9. 이를 수령하여 같은 날 서OO에게 우편물을 건네주었던 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 원고가 그 동생인 서OO에게 우편물 기타 서류의 수령권한을 명시적으로 위임하여 그 수임자인 서OO가 이 사건 제2처분 고지서를 2006. 3. 9. 수령한 이상 그로써 이 사건 제2처분 고지서는 원고에게 적법하게 송달되었다 할 것이고, 따라서 이 사건 제2처분 고지서가 적법하게 송달된 2006 . 3. 9. 이 국세기본법 제68조 제1항에 정해진 처분의 통지를 받은 날에 해당한다 할 것인바, 그로부터 90일이 경과된 이후인 2006. 9. 1. 제기된 이 사건 제2처분에 대한 심판청구는 부적법하고, 따라서 그 부분의 소 역시 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것으로서 부적법하다.

한편, 원고가 이 사건 제2처분 당시 이 사건 제1처분에 대하여 적법하게 전심절차를 거쳐 소를 제기한 상태였음을 앞서 본 바와 같고, 이 사건 제2처분을 이 사건 제1처분에 대한 증액경정처분으로 볼 경우 원고로서는 행정소송법 제22조에 의거하여 따로 전심절차를 거치지 않고 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 소를 변경할 수는 있다 하겠으나, 앞서 본 바와 같이 원고로부터 우편물 수령권한을 위임받아 우편물을 처리해 온 친동생인 서OO가 이 사건 제2처분 고지서를 2006. 3. 9. 수령한 이상 원고로서는 당시 이 사건 제2처분이 있었음을 알았다고 봄이 상당하고, 이에 반하는 을 제24호증의 일부 기재는 믿지 아니하며 달리 반증 없는바, 원고의 소변경은 그로부터 60일이 경과된 이후인 2006. 10. 20.에 이루어졌으므로 그 역시 부적법하다.

3. 이 사건 제1처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 이 사건 토지를 OOOO공사로부터 매수함에 있어 중도금과 자금을 약정일보다 빨리 지급함으로써 할인받은 550,947,934원은 취득가액에서 공제될 성격의 금액이 아니므로, 이 사건 토지의 취득가액은 계약금액인 13,300,000,000원으로 산정하여야 한다.

(2) 원고가 이 사건 토지를 주식회사 OO컨설팅에게 매도하면서 매매대금 897,050,000원(별지 매매대금 지급내역표 순번 14)에 상응하는 부분은 권리를 보유하고 매매한 것으로 그에 대하여 양도가 이루어지지 아니하였다. 설사 그렇지 않다하더라도 원고는 구 부분 토지를 재매수하기로 약정하고 매매대금 중 897,050,000원을 실제로는 수령하지 아니하였는바, 매매일로부터 상당한 기간이 경과한 현재에도 원고가 그 토지 부분을 다시 양수하거나 해당 권리를 확보한 일이 없으므로 이는 매매대급에서 제외되어야 한다.

(3) 주식회사 OO컨설팅이 2002.10.11. 김OO에게 지급한 430,000,000원(별지 매매대급 지급내역표 순번 2)은 주식회사 OO컨설팅과 원고 사이의 거래 중개로 대가로 지급된 것일 뿐 매매대금과는 무관하고, 주식회사 OO컨설팅이 2002. 11. 20. 김OO에게 지급한 200,000,000원(별지 매매대금 지급내역표 순번 3)역시 매매알선수수료일 뿐 매매대금이 아니므로 이를 양도가액에 가산한 것은 위법하다.

(4) 이 사건에서 주식회사 OO컨설팅이 지출한 취득세. 등록세(별지 매매대금 지급 내역표 순번 11, 12, 13) 중에는 이 사건 토지의 1/2 지분을 원고 명의로 소유권이전등기하는 데에 소요된 것뿐만 아니라 황OO 명으로 소유권이전등기하는 데에 소요된 것과 이 사건 토지에 대하여 주식회사 OO컨설팅 명의로 소유권이전등기하는 데에 소요된 것이 모두 포함되어 있으므로 부당하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 위 가.1)의 주장에 대한 판단

구 소득세법(2005. 12. 131. 법률 제7937호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제96조 제1항 제4호는 당해 양도자산이 이 사건과 같이 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우 ‘그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액’을 취득가액에 포함시키도록 규정하고 있는바, ‘그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액’이란 그 자산의 취득을 위해 실제로 지출한 거래대금을 뜻하는 것으로서 명목상의 매매대금을 뜻하는 것으로 볼 수 없는 점, 이 사건의 경우 매매당사자인 원고와 대한주택공사가 매매대금을 미리 지급하는 것에 대한 반대급부로 명목상의 매매대금에서 이자 상당액을 감하여 거래가액을 확정한 것으로 볼 수 있는데, 구 소득세법시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 정의 것) 제163조 제1항 제3호가 당사자의 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 포함하도록 규정하고 있는 것과의 균형상 이 사건의 경우에는 이자상당액을 취득원가에서 공제하는 것이 합리적이라고 보이는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 토지의 취득에 소요된 실지거래가액은 원고가 그 취득을 위해 실제로 지출한 거래금액인 12,749,052,066원으로 보아야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 위 가. (2)의 주장에 대한 판단

(가) 이 사건 토지 일부에 대하여 양도가 이루어지지 아니하였다는 주장에 대하여

원고가 주식회사 OO컨설팅과의 사이에 이 사건 토지 전부에 대한 매매계약을 체결하고 그 매매계약에 따라 소유권이전등기를 경료하여 준 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제4, 5, 6호증, 을 제8호증의 3의 각 기재만으로 위 인정사실을 뒤집기에는 부족하고 달리 반증 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 나머지 주장에 대하여

을 제4, 5, 6호증, 을 제8호증이 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 주장과 같이 원고가 주식회사 OO컨설팅에게 이 사건 토지를 매도하면서 그 중 일부를 매수인인 주식회사 OO컨설팅으로부터 별개의 계약으로 다시 매수하기로 하고{매매계약 제3조 제(4) 전단의 매수인과 매도인은 서로 뒤바꿔 기재된 것으로 보인다}, 그 일부 토지의 금액을 매매대금에서 공제하되, 그 금액을 공제함으로써 매수인인 주식회사 OO컨설팅이 그에 관하여는 대금을 모두 지급받은 매도인으로서의 책임을 지기로 약정하였던 사실, 주식회사 OO컨설팅이 원고에게 매매대금 중 897,050,000원을 지급하지는 아니한 채 이 사건 토지 전부에 대하여 소유권이전등기를 경료하였던 사실은 인정된다.

그러나 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없고, 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되면 족하다 할 것인바, 앞서 본 바와 같이 원고가 주식회사 OO컨설팅과의 사이에 이 사건 토지 전부를 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 그 매매계약에 따라 소유권이전등기를 경료하여 준 이상 그 매매대금채권은 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되었다 할 것이므로, 그 매매대금액을 양도가액으로 한 양도차익은 과세대상 소득에 해당한다 할 것이다,

다만 이 경우, 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세는 그 전제를 잃게 되고, 그와 같은 소득을 과세소득으로 하여 소득세를 부과할 수 없다고 할 것이나(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두 7176 판결 참조), 원고가 주장하는 사유가 위와 같은 예외사유에 해당한다고 보기 어려울 뿐만 아니라 갑 제1호증의 2, 을 제10호증의 각 기재만으로 위 897,050,000원이 매매대금채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하게 되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

(3) 위 가. (3)의 주장에 대한 판단

앞서 본 바와 같이 위 매매와 관련하여 주식회사 OO컨설팅이 지출한 비용 중 별지 매매대금 지급내역표 순번 1, 2, 4 내지 10, 14 기재 금액의 합계가 20,498,472,500원으로서 매매계약서상의 매매대금액과 일치되고, 거기에서 순번 2의 430,000,000원을 제외시킬 경우 매매계약서상의 매매대금액과 일치되지 아니하며, 그 외에 순번 11, 12, 13의 비용은 주식회사 OO컨설팅이 공과금을 부담하기로 한 약정을 이행하기 위해 지출할 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 별지 매매대금 지급내역표 순번 2의 430,000,000원은 매매대금 20,498,472,500원의 일부로서 지급된 것으로 봄이 상당하므로, 그 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다. 그러나, 별지 매매대금 지급내역표 순번 3의 200,000,000원의 경우, 앞서 본 바와같이 그 금액을 제외한 별지 매매대금 지급내역표 순번 1, 2, 4 내지 10, 14 기재 금액의 합계가 매매계약서상의 매매대금액과 일치되어, 이를 그 일부로 지급한 것으로 볼 경우에 주식회사 OO컨설팅이 계약상의 금액을 초과하여 매매대금을 지급한 것이 되는 점, 사정에 따라서는 주식회사 OO컨설팅이 김경식에게 이 사건 토지의 매매와 관련한 매수인측 중개수수료로 그 금액을 지급하였을 가능성도 배제할 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 을 제5, 6호증의 기재만으로 이를 매매대금의 일부로서 지급된 금액이라고 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(다만, 앞서 본 매매계약 내용 등에 비추어 보면 주식회사 OO컨설팅이 공과금을 부담하기로 한 약정 따라 원고가 김OO에게 지급할 수수료를 대신 지급한 것으로 볼 여지는 있고, 이 경우 위 금액은 매매대금에 포함되어야 할 것이나 그렇게 볼 경우 그 금액은 원고가 이 사건 토지를 양도하기 위하여 직접 지출한 비용에 해당되어 필요경비에 산입되어야 할 것이므로, 결국은 양도소득금액에서 공제되어야 할 것이다). 따라서 별지 매매대금 지급내역표 순번 3의 200,000,000원에 관한 원고의 주장은 이유 있고, 그에 따라 이 사건 부동산의 양도가액을 별지 매매대금 지급내역표 순번 1, 2, 4 내지 14의 합계액인 21,288,628,380원으로 하여 정당한 세액을 산정하면 별지 계산표 판결세액란 기재와 같이 1,703,369,230원이므로 결국 이 사건 제1처분은 위 금액 범위 내에서 적법하고 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

(4) 위 가.(4)의 주장에 대한 판단

별지 매매대금 지급내역표 순번 11, 12, 13의 비용이, 주식회사 OO컨설팅이 공과금을 부담하기로 한 약정에 따라 이 사건 토지에 관하여 원고 및 황OO 명의로 소유권이전등기를 경료하는 데에 소요되는 취득세와 등록세를 원고 대신 납부한 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 그 비용에 주시회사 OO컨설팅 명의로 소유권이전등기하는 데에 소요된 취득세와 등록세가 포함되어 있다는 원고의 주장은 이유 없다.

다만, 위 비용에 이 사건 토지의 1/2 지분을 원고 명의로 소유권이전등기하는 데에 소요된 취득세와 등록세뿐만 아니라 황OO 명의로 소유권이전등기하는 데에 소요된 것도 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같으나, 피고가 이 사건 제1처분을 할 당시 그 양도가액을 산정함에 있어 위 취득세와 등록세 총액을 양도가액에 합산한 후 그 1/2만을 원고의 지분에 대한 양도가액으로 산정한 사실 역시 앞서 본 바와 같고, 그로써 황OO 지분에 대한 소유권이전등기에 소요된 취득세, 등록세의 대납액은 그 양도가액에서 제외되었다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유 없을 뿐만 아니라, 이 사건 토지 전부가 원고의 소유임은 앞서 본 바와 같으므로 원고의 위 주장은 어느 점에서 보나 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 제1처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 1,703,369,230원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

매매대금 지급내역표