주문

1. 피고가 2007. 1. 2. 원고에 대하여 한 2001. 귀속 기타소득세 35,455,690원, 2002. 귀속 기타소득세 37,066,290원의 징수처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1997. 9. 23. ○○에 본점을 두고 있는 ‘○ ○○○ ○○○○○○(○○, 이하 ’○○‘라고 한다. 실제로는 원고가 ○○에서 아연제련업을 영위할 목적으로 100% 출자하여 1997. 6.경 설립한 회사이다)와 사이에 원고가 ○○에게 아연페라이트 공장을 설계하고 건설하여 시운전, 조업하여 아연제품을 생산할 수 있도록 하는 설계서비스와 기술지원을 제공하고, ○○는 원고에게 그 댓가로 합계 790만 미국 달러를 지급하기로 하는 내용의 기술용역계약(이하 ’이 사건 용역계약‘이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 이 사건 용역계약에 따라 원고 소속 직원들 중에 제련소의 설계 등과 관련된 전문엔지니어들을 선발하여 ○○에 파견한 다음 그 파견근로자들의 국내 소득수준을 유지시켜 주기 위하여 파견근로자가 ○○로부터 급여를 수령할 때 ○○ 정부에 납부하는 소득세 상당액을 보전해 주기로 하고 2001에는 합계 168,836,661원을, 2002에는 합계 176,506,156원을 파견근로자 각자의 국내계좌로 지급한 다음(이하 위 합계액을 ‘이 사건 소득세보전액’이라고 한다), 위 소득세보전액에 대하여 근로소득세를 원천징수하여 신고․납부함과 동시에 원고에 대한 2001 및 2002 사업연도 법인세 신고시 이를 인건비로 보고 손금산입하였다.

다. 이에 대하여 ○○지방국세청장은 원고에 대한 법인세 정기조사 후 이 사건 소득세보전액에 대하여 이는 ○○가 지급할 비용을 원고가 대신 지급한 것이므로 업무와 관련이 없는 비용으로 보아 이를 손금불산입하고 익금산입하여 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 다목 소정의 기타 사외유출로 소득처분하여야 한다는 취지로 피고에게 통보하였고, 피고는 2003. 12. 10. 원고에게 이 사건 소득세보전액을 손금불산입하고 기타 사외유출로 소득처분 등을 하여 산출한 2001 사업연도 법인세 1,277,276,330원, 2002 사업연도 법인세 1,099,896,980원을 경정고지하였다(원고는 위 법인세부과처분에 대하여는 다투지 아니한 것으로 보인다).

라. 그 후 ○○지방국세청에 대하여 감사를 실시한 감사원은 이 사건 소득세보전액에 대한 실지 귀속자는 ○○이므로 소득세보전액에 대한 소득처분을 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 라목 소정의 기타소득으로 하여 처리할 것을 요구하였고 이에 따라 ○○지방국세청장은 2006. 8. 25. 원고에게 이 사건 소득세보전액에 대하여 ‘소득의 종류 : 기타소득, 소득자 :　○○로 하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다.

마. 피고는 위 소득금액변동통지를 근거로 2007. 1. 2. 원고에게 외국법인인 ○○의 원천징수의무자로서 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법'이라고 한다) 제67조, 제93조 제11호 아목, 법인세법 시행령 제106조 제1항 라목에 의하여 산출한 2001. 귀속 기타소득세 35,455,690원｛산출세액 33,767,332원(168,836,661원 x 20%) + 가산세액 1,688,366원｝, 2002. 귀속 기타소득세 37,066,290원｛산출세액 35,301,231원(176,506,156원 x 20%) + 가산세액 1,765,061원｝을 부과하였다(이하 ’이 사건 부과처분‘이라고 한다. 구 법인세법 98조 제1항 제3호에 의하면 법인세법 시행령 제106조 제1항 라목 소정의 기타소득의 경우 25%의 비율에 의한 금액을 원천징수하도록 규정하고 있는 바, 세율적용에 착오가 있었던 것으로 보인다).

바. 원고는 2006. 11. 26. 국세심판원에 위 소득금액변동통지 처분의 취소를 구하는 국세심판청구를 제기하였고, 2007. 2. 28. 위 이 사건 부가처분의 취소를 구하는 심판청구를 추가하였으며, 국세심판원은 2007. 4. 30. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 ○○에 제련소의 설계, 건설, 시운전, 조업을 위해 필요한 엔지니어를 파견하여 기술지원을 하고 원고는 ○○로부터 이에 대한 보수를 지급받기로 약정하였으므로 원고가 ○○에 기술지원을 위하여 근로자를 파견하는 것은 원고의 업무와 관련됨이 명백하고, 파견근로자들은 위 파견이후에도 여전히 원고 회사 소속으로서 원고에 의하여 인사관리가 이루어졌으며, 만일 이 사건 소득보전액을 원고가 파견근로자에게 지급하여 주지 아니한다면 파견근로자들이 해외파견을 꺼릴 것임이 분명하므로 이 사건 용역계약에 따른 기술이전의무를 부담하는 원고로서는 이를 보전하여 줄 수 밖에 없고, 따라서 이 사건 소득세보전액은 이 사건 용역계약에 따른 기술이전의무를 이행하기 위한 업무와 관련된 지출이라고 할 것이니 손금에 산입되어야 한다. 이 사건 소득세보전액이 업무와 무관한 비용으로서 손금산입되지 아니함을 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 가사 이 사건 소득세보전액이 업무와 무관한 비용으로서 손금에 산입될 성질의 것이 아니더라도 이 사건 소득세보전액의 귀속자는 ○○가 아닌 파견근로자임이 분명하다. 따라서 이 사건 소득세보전액이 ○○에 귀속되었다고 보아 이를 법인세법 시행령 제 106조 제1항 제1호 라목 소정의 기타소득으로 소득처분하고 원고에 대하여 귀 금액에 대한 원천징수의무를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

[법인세법]

제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조 【과다경비등의 손금불산입】다음 각호의 손비중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

[구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)]

제93조 【국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

11. 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 소득외의 소득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 소득

아. 제67조의 규정에 의한 소득처분중 기타소득으로 처분된 금액 및 국제조세조정에관한법률 제9조의 규정에 의하여 조정된 금액으로서 기타소득으로 처분된 금액

제98조 【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】

① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호·제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 규정된 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자를 제외한다)는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 금액을 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조제5호의 규정에 따른 소득중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다.

3. 제93조제1호·제2호·제9호 및 제11호의 규정에 따른 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 25. 다만, 제93조제1호의 소득 중 국가·지방자치단체 및 내국법인이 발행하는 채권에서 발생하는 이자소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 14로 한다.

② 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 법인세를 원천징수한 자가 그 원천징수한 법인세를 그 납부기한이 경과하여 납부하는 경우에는 그 금액에 제76조제2항의 규정에 의한 가산세를 가산한 금액을 납부하여야 한다.

③ 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항의 규정에 의한 기한내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제76조제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

[법인세법 시행령]

제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 인정사실

앞에서 든 증거에 갑 제3호증, 을 제5, 6호증의 각 기재을 종합하여 보면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 이 사건 용역계약서에는, 원고는 ○○에게 제련소의 설계, 건설, 시운전, 조업을 위해 요구되는 전문 엔지니어를 제공하여야 하고, 제련소를 운영하고 유지할 인력을 선발하는 데 ○○를 도와야 하며, 제련소의 운영과 유지에 있어 위 인력이 그들 각각의 임무를 만족스럽게 수행하는데 필요한 모든 기술에 대한 훈련을 제공할 의무가 있고, ○○는 원고에게 위 기술지원 준비에 대한 비용, 원고의 ○○제련소에서 훈련받은 ○○인력에 대한 훈련비용 등을 지급할 의무가 있는 것으로 되어있다. 그러나 이 사건 용역계약에 따라 ○○에 파견하는 근로자의 급여를 구체적으로 누가 부담하는지 여부에 대하여는 명시적인 약정이 없다.

(2) 다만, 원고가 1997. 8. 18. 기안한 ‘○○ 주재원 임원보수 및 급여책정’ 기안문에는 ○○가 파견기간동안 파견근로자를 고용하는 것으로 하여 파견근로자에게 파견기간동안의 급여를 지급하되, 국내기준급여에서 간이세액을 공제한 실수령액과 ○○주재수당을 지급할 총 급여로 책정하고, 월 지급액은 기본 봉급(Salary), 해외주재수당(월정액), 해외주재생계비보조수당(LAFHA, 가족수에 따라 계산하여 지급), 연차(10일/년)수당으로 구성된다고 되어 있다.

그리고 위 기안문에는 원고가 ○○에서의 소득세가 국내보다 높아 파견근로자에 대한 국내에서의 실질소득을 유지시켜주기 위하여 ○○가 파견근로자에세 급여지급시 ○○정부에 납부한 소득세 상당액을 국내에서 전부 보상하여 급여로 지급하는 것으로 되어 있다.

(3) 한편, 파견근로자들은 그 파견기간 동안의 급여만 ○○가 부담할 뿐 원고 소속 근로자임은 변함이 없고 이들에 대한 승진, 발령 등의 인사관리도 모두 원고에 의하여 이루어졌으며, 파견기간이 종료한 후에는 모두 원고 회사로 복귀하였다.

라. 판단

(1) 손금 산입 여부

(가) 법인세법 제19조 제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 위 제1항에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다.

그런데 손비로 산입될 인건비에 관하여 법인세법은 제26조 제1호로 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하다거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있는데, 위 위임을 받은 법인세법 시행령은 제43조 내지 제46조에서 상여금, 퇴직금, 퇴직보험금, 복리후생비, 여비 등에 대한 손금불산입을 규정하고 있다.

따라서 위와 같이 손금 산입에 관한 법인세법 및 같은 법 시행령 등의 제반 규정들을 종합하여 보면, 법인이 소속 직원들에 대한 인건비를 지급함에 있어서도 그 인건비 등은 무조건 전부 손금에 산입될 수 있는 것이 아니라고 할 것이고, 법인이 소속 직원들에게 지급한 금원이 상여금, 퇴직금, 퇴직보험금, 복리후생비, 여비 등의 명목이라면 일응 법인세법 시행령 제43조 내지 제46조에 의하여 손금에 산입될지 여부가 결정된다고 할 것이지만 위 상여금, 퇴직금 등이 아니라고 하더라도 법인세법 제19조 제2항에 따라 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라면 손금에 산입될 수 있다고 할 것이다.

(나) 이 사건에서 보건대, 피고는 ○○가 파견근로자의 사용자로서 파견근로자는 원고와 사이에 고용관계가 없고 따라서 급여지급의무가 없음을 전제로 이 사건 처분을 하고 있는 것으로 보인다.

그러나, 앞에서 인정한 사실에 의하면 파견근로자는 ○○와 사이에 고용관계가 있다고 할 것이지만 동시에 원고와 파견근로자 사이에도 고용관계가 여전히 유지되고 있다고 할 것이고 (1인이 여러 사용자와 동시에 고용관계가 성립될 수 있는 것은 당연하다), 파견근로자는 ○○에 파견되어 제련소의 설계, 시운전, 조업 등 이 사건 용역계약의 이행이라는 원고의 업무를 수행하였다고 보아야 하며, 이 사건 소득세보전액은 ○○와 국내의 소득세율의 차이에 따른 금액만을 보전하여 주는 것으로서 파견근로자들이 국내 업무를 수행하였을 경우 받들 수 있었던 임금상당액의 범위를 벗어나지 아니하고, 원고는 파견근로자들의 국내 수익을 유지하여 줌으로써 엔지니어의 파견이 용이하여 이 사건 용역계약을 원만히 이행할 수 있었고 그 결과 ○○로부터 용역대금을 지급받았다고 할 수 있으며, 파견근로자가 ○○와 고용계약을 체결하고 ○○로부터 지급받은 급여와는 별개로 원고와의 기존의 고용계약에 따라 원고의 업무, 즉 이 사건 용역계약의 이행이라는 업무를 수행함에 따라 일정한 기준에 따른 보수를 지급받은 것은 당연하다는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 소득세보전액은 원고의 사업과 관련하여 발생한 것으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 할 것이다.

(다) 따라서 이 사건 소득세보전액은 원고 소속 직원들에 대한 인건비로서 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 법인세법 제19조 소정의 손금에 포함된다고 할 것이다.

(2) 가사 이 사건 소득세보전액이 법인세법 제19조 소정의 손금의 범위에 포함되지 아니한다고 하더라도 이 사건 소득세보전액은 당초부터 ○○가 파견근로자에게 지급할 성질의 것이 아니다. 즉, 앞에서 인정한 바와 같이 위 기안문에는 ○○는 국내기준급여에서 간이세액을 공제한 실수령액과 ○○주재수당을 총 급여로 하여 지급하는 것으로만 정하고 있고, ○○에서의 세후 소득이 국내에서의 실수령액과 동일하게 지급되어야 할 것을 보장하고 있지 아니하며, 같은 기안문에서 원고가 소득세부분을 보상하기로 한 점에 비추어 볼 때, 위 기안문에서 ○○가 파견근로자에게 지급할 총 급여라 함은 ○○에서의 소득세를 공제하지 아니한 금액을 말하는 것이라고 할 것이다. 따라서 ○○가 ○○에서 파견근로자에게 급여를 지급하는 경우 ○○에서의 소득세율에 따른 세금을 공제하고 지급하는 것은 당연하다고 할 것이고, 원고가 국내 세율과 ○○ 세율의 차이에 따라 적어진 실수령액을 지급하였다고 하여 이것이 ○○가 지급하여야 할 금액을 원고가 대신 지급하여 준 것이거나 ○○에 귀속된 것이라고 볼 수 없는 것이다. 따라서 이 사건 소득세보전액은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 라목의 ‘기타소득’으로서 구 법인세법 제93조, 제11호 아목, 제98조 제1항 제3호에 의하여 원고가 원천징수의무를 부담한다고도 볼 수 없다.

(3) 따라서 이 사건 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.