주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2003. 11. 13. 원고에 대하여 한 1999년 귀속 종합소득세 1,457,786,540원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 등의 주식양도

(1) 원고는 건설업체인 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)의 총 발행 주식 600,000주 중 564,630주를 보유한 대주주이자 대표이사로서 1999. 6. 4.경 ○○○○의 주주들(원고 외에 원고의 아들인 황○○가 10,920주, 원고의 처인 박○○이 24,450주를 보유하고 있었다, 이하 총칭하여 ‘원고 등’이라 한다)을 대표하여 나○○과 사이에 ○○○○의 주식 전부를 양도하기로 하는 내용의 주식양도계약을 체결하고 주식양도와 관련한 합의서(이하‘합의서’라 한다)를 작성하였다(다만 계약서상 매수인 명의는 나○○의 형인 나○○로 하였다).

(2) 합의서에 의하면, 주식양도대금은 1999. 6. 1. 현대 부금(잔여공사 기대수입금액)평가액 20억 원, ○○○○ 소유의 면허 및 실적 보유 프리미엄 5억 원, 공제조합의 출자 좌수 잔여금액 5억 원 합계 30억 원으로 하여 1999. 6.말까지 지급하는 한편, ○○○○이 보유하고 있는 현금자산은 원고에게 인출하여 주고, ○○○○이 보유하는 부동산은 원고에게 무상 양도하되 부동산 양도로 인한 특별부가세와 주민세는 원고가 부담하는 것으로 되어 있다.

(3) 원고는 1999. 8. 16. 까지 주식양도대금 30억 원을 지급받은 후 같은 달 18. 원고 등이 보유한 ○○○○의 주식 전부를 나○○이 지정한 김○○ 외 13인에게 양도하였고, 같은 날 원고는 ○○○○의 대표이사직에서 사임하고 김○○가 ○○○○의 대표이사로 취임하여 그와 같은 내용의 법인등기가 이루어졌다.

(4) 그런데 원고 등은 위 주식양도내역을 국세청에 신고함에 있어 총 양도가액을 24억 원으로 신고하였고, 한편 원고 등은 2000. 10. 30. 나○○과 사이에 주식양도가액을 26억 원으로 감액하여 4억 원을 반환하기로 약정하였다.

나. ○○○○의 현금인출 및 부동산 양도

(1) ○○○○은 ① 1999. 8. 19. 출금한 ○○투자신탁의 정기예금 1,045,660,645원과 수입이자 22,010,266원에서 선급법인세 등 41,883,312원을 공제한 나머지 금액인 1,025,787,599원(이하‘쟁점 1금액’이라 한다), ② 같은 해 8. 23. 출금한 ○○○○의 보통예금 1,952,000,000원에서 가수금 160,865,093원을 공제한 1,791,134,907원(이하 ‘쟁점 3금액’이라 한다)을 원고에게 지급하면서, 그 회계처리는 당시 대표이사인 김○○에 대한 가지급금으로 계상하였다.

(2) ○○○○은 자기 소유의 ○○시 ○○면 ○○리 332-1 외 8필지 잡종지 11,455㎡ 및 건물 420㎡(기준시가 829,963,480원 이하‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신○○(원고의 매제로 원고에게 명의만 빌려준 것으로 보인다)에게 4억 원에 매도하는 형식을 취하여 1999. 8. 23. 매매대금 4억 원을 입금 받고(위 쟁점 3금액이 그 매매대금으로 입금된 금액이다, 이하 ‘이 사건 부동산 거래’라 한다), 같은 달 31. 소유권을 이전하였다(다만 등기원인서류에 첨부된 매매계약서의 계약일자는 1999. 8. 1.로 작성되었다).

다. 이 사건 처분

(1) ○○○세무서장은 2003. 7. ○○○○에 대한 1999년 귀속 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점 1 내지 3금액은 미회수한 가지급금 상당액으로 앞으로도 회수할 가능성이 없다는 이유로 귀속자인 원고에게 상여처분하고, 이 사건 부동산 거래는 특수 관계자간의 저가양도에 해당한다는 이유로 기준시가와 양도가액의 차액인 429,963,480원을 부당행위계산 부인하고 이를 익금 산입하되 원고를 그 실질적 귀속자로 보아 원고에게 상여처분하고, ○○○○에게 소득금액 변동통지를 하였다. (2) ○○○세무서장으로부터 위 과세자료를 통보받은 피고는 2003. 11. 13. 원고에 대하여 1999년 귀속 종합소득세 1,457,786,540원을 부과ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 3, 6, 7, 9, 10, 15, 21호 증, 을 제1 내지 12호 증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고(2007. 10. 4.자 준비서면 참조)

① 원고는 쟁점 1 내지 3금액의 귀속 당시 법인등기부상 대표이사는 아니지만 ○○○○의 실질적인 대표자로 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하‘시행령’이라 한다) 제106조 제1항 제1호 나목의 ‘임원’에 해당하므로, 원고에 대하여 쟁점 1 내지 3금액을 상여처분 한 것은 적법하다.

② 신○○의 소득수준과 경제활동 규모로 보아 신○○은 이 사건 부동산을 취득할 능력이 없으므로, 이 사건 부동산의 실제 양수인은 원고이다. 한편, 원고는 이 사건 부동산 양수 당시 ○○○○의 대주주였으므로 시행령 제87조 제1항 제2호의 ‘주주’로서 ○○○○의 특수 관계자에 해당되어 이 사건 부동산 거래는 부당행위계산부인의 대상이 되고, 부인된 금액에 대해서는 위 ①항과 같이 실질적인 귀속자인 원고에게 상여 처분되어야 한다.

(2)원고

① 원고는 쟁점 1 내지 3금액 귀속 당시 ○○○○의 대표이사직을 사임하여 ○○○○의 ‘임원’의 지위에 있지 않았으므로, 원고에 대한 상여처분을 위법하다.

②원고는 이 사건 부동산 거래 당시 ○○○○의 주식을 모두 양도하여 ○○○○과 사이에 ‘주주’인 특수 관계자의 지위에 있지 않았으므로, 이 사건 부동산 거래는 부당행위계산부인의 대상이 되지 않는다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실

을 제6, 7, 12호 증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 8. 18. ○○○○의 주식을 모두 양도하고 대표이사직을 사임한 후, 합의서 내용에 따라 지산의 경리과장인 김○○를 통해 쟁점 1 내지 3금액을 인출하고(관련 회계전표에 원고가 결재하였다), 신○○을 형식상의 매수인으로 내세워 이 사건 부동산을 양수한 사실이 (이 사건 부동산 매매대금 4억 원은 다시 쟁점 3금액으로 원고에게 귀속되었으므로 원고는 사실상 무상으로 이 사건 부동산을 양수한 것이다), 이에 대하여 나○○은 그 과정 및 내용에는 관여하지 아니한 채 자신의 경리책임자 이○○를 통하여 쟁점 1내지 3금액을 대료이사 김○○에 대한 가지급금으로 회계 처리하는 등 이에 조력한 사실, 합의서에 따른 원고의 현금인출 및 부동산 양도는 1999. 8. 30.경 종료된 사실을 인정할 수 있다.

(2) 상여처분의 적법 여부

쟁점 1 내지 3금액의 귀속 당시 원고가 시행령 제106조 제1항 제1호 나목의 ‘임원’에 해당하는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 원고는 위 금액 귀속 당시 ○○○○의 대표이사직에서 사임하였고 달리 ‘임원’에 관하여 규정하고 있는 시행령 제43조 제6항 각호에 해당하지 않으므로, 쟁점 1 내지 3금액 귀속 당시 원고를 ○○○○의 임원으로 보고 한 이사건 상여처분은 위법하다고 할 것이다.

이에 대하여 피고는, 원고가 1999. 8. 30.까지는 ○○○○의 사실상 대표자였다고 주장하나, ○○○○의 새로운 대표이사인 김○○가 원고의 지휘를 받는 형식적인 대표이사가 아닌 이상 법인등기부상의 대표이사가 아닌 원고를 ○○○○의 사실상 대표자로 볼 수는 없다고 할 것인바, 김○○가 원고의 지휘를 받는 형식적인 대표이사라고 인정할 아무런 증거가 없고(오히려 위에서 든 증거에 의하면, 김○○는 ○○○○을 양수한 나○○이 선임한 전문경영인으로 실질적인 대표이사로 보인다), 단지 원고가 합의서에서 정한 현금자산 인출을 위해 ○○○○의 회계에 관여하였다는 이유만으로 원고를 ○○○○의 사실상의 대표자로 볼 수는 없으므로, 피고의 주장은 받아들이지 않는다(다만, 피고로서는 시행령 제106조 제1항 제1호 라 목을 적용하여 원고에 대한 기타소득으로 처분할 수는 있을 것이다).

(3) 부당행위계산부인의 적법 여부

이 사건 부동산 거래 당시 원고가 ○○○○ 사이에 특수 관계자의 지위에 있었는지에 관하여 보건대, 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 부동산 거래는 원고가 ○○○○의 주식을 모두 양도한 후 합의서에서 정한 바대로 이 사건 부동산을 ○○○○으로부터 취득하는 과정에서 ○○○○과 신○○ 사이의 매매라는 형식으로 이루어진 것이므로, 이 사건 부동산 거래는 그 등기원인 일자(1999. 8. 1.)에 불구하고 원고가 ○○○○의 주식을 모두 양도한 후로서 이 사건 부동산 매매대금이 입금된 1999. 8. 23.경 이루어졌다고 할 것인바(주식양도계약이 이행되기 전에는 원고가 여전히 ○○○○의 대주주의 위에 있어 따로 이 사건 부동산을 양도받을 이유가 없으므로, 이 사건 부동산 거래는 주식이 양도된 후에 이루어졌다고 보아야 한다), 그렇다면 이 사건 부동산 거래 당시 원고는 ○○○○의 주주가 아니어서 ○○○○과 사이에 특수 관계자의 지위에 있지 않았다고 할 것이다.

따라서 이 사건 부동산 거래 당시 원고를 ○○○○의 주주로 보고 한 이 사건 부당행위계산부인은 위법하고, 나아가 그 부당행위계산 부인 액을 원고에게 상여 처분한 역시 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "불당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업 년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제67조【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업 년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 【제 43조 (상여금 등의 손금불산입)】

⑥ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 임원(이하 "임원"이라 한다)은 다음 각 호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다.

1. 법인의 회장·사장·부사장·이사장·대표이사·전무이사·상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인

2. 합명회사·합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사

3. 감사

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자

○ 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

○ 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물 출자한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수 관계자간의 거래(특수 관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.

○ 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수 관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행 주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다 목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득