주 문

○○세무서장이 2007.7.9. 청구법인에게 한 2002년 제1기 부가가치세 52,045,540원 및 2002사업년도 법인세 95,708,950원과 그 대표자에게 상여처분한 소득금액변동 통지금액은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 4층에서 (주) ○○○이라는 상 호로 컴퓨터 및 주변기기를 조립하여 판매하는 사업자로 2002년 1기중에 (주) ○○ ○(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 236,463천원의 세금계산서 2매(이 하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련매입세액을 공제받 았으며, 법인세 신고시 이를 손금에 산입하여 법인세를 신고 ․ 납부하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 관련 매입세액을 불 공제하고, 손금불산입하여 2007.7.9 청구법인에게 2002년 1기 부가가치세 52,045,540원, 2002사업년도분 법인세 95,708,950원을 경정 ․ 결정하고, 그 대표자 에게 상여처분한 후 소득금액변동통지서를 발송하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 청구법인과 쟁점거래처와의 거래는 2001년부터 2005년까지 5년간 계속하여 거래하 였으며, 쟁점세금계산서상의 거래품목은 청구법인 매출품목의 필수부품이고 이 매입 물품은 ○○○○○(주)에 매출로 연결되었음이 계약서 및 세금계산서에 의거 확인 되고 있으며, 그 거래대금도 수수되었음이 금융자료에 의하여 확인됨에도 처분청은 단지 자료상으로 고발된 자와의 거래라는 이유만으로 쟁점세금계산서를 실물거래 없 는 가공자료로 보아 과세한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

 가. 청구법인이 제시한 매입관련 거래명세표, 입금표는 사인간에 임의작성이 가능한 것이어서 이에 의하여 실제거래 하였다고 인정할 만한 구체적이고 객관적인 증빙으 로 보기 어려우며, 또한 청구법인은 자료 소명시 법인으로서 갖추어야 할 제장부 및 거래증빙서류인 매입매출장, 상품수불부, 금전거래장부, 주문서 등 거래사실을 입증 할 서류를 제시하지 못하고 있다.

나. 비록, ○○세무서장에 의해 자료상으로 고발되었던 청구외법인이 서울서부지방 검찰청에 의해 증거불충분으로 불기소처분되었으나, 이는 청구법인의 쟁점세금계산 서와 관련한 내용이 아니므로 이를 근거로 실지거래를 인정할 수 없는 것이므로 쟁 점세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

  ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경 우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기 재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거 나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세 액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 제21조 【경 정】

  ① 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다 음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준 과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

   2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의 한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과 세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득 세 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

   1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(4) 법인세법 제67조【소득처분】

  제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하 거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함 에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사 내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 청구외법인과의 거래는 2001년부터 2005년까지 5년간 계속하여 거 래하였으며, 징점세금계산서상의 거래품목은 청구법인 매출품목의 필수부품이고 이 매입물품은 ○○○○○(주)에 매출로 연결되었음이 금융자료에 의하여 확인됨에도 처분청은 단지 자료상으로 고발된 자와의 거래라는 이유만으로 쟁점세금계산서를 실 물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살 펴본다.

  (가) 청구법인은 2002년 1기 과세기간 중에 청구외법인으로부터 공급가액 236,463 천원의 매입세금계산서를 수취하여 같은 과세기간 부가가치세확정신고시 이에 대한 매입세액을 공제받았고, 2002사업연도 법인세 신고시 손금으로 산입하였음이 확인 된다.

  (나) 청구외법인을 자료상 혐의자로 조사한 ○○세무서장은 쟁점세금계산서를 자료 상 확정자료로 파생한 것이 아니라 자료상 혐의자료로 처분청에 통보한 사실이 과세 자료 및 부가가치세 경정조사 종결복명서 등에 의하여 확인된다.

  (다) 청구법인이 쟁점세금계산서를 포함하여 청구외법인으로부터 2001.4.7~2005.3.23 기간 중에 컴퓨터 주변기 등을 매입하고 그 매입세금계산서 총 46매, 공급가액 624,677천원(2001년 16건 공급가액 154,095천원, 2002년 16건 공급가액 252,327천원, 2003년 12건 공급가액 80,251천원 2005년 2건 138,000천 원)을 교부받아 부가가치세 등을 신고 ․ 납부한 사실이 부가가치세 신고서 및 매입 ․ 매출처별세금계산서합계표에 의하여 확인된다.

  (라) ○○세무서장이 청구외법인을 자료상 혐의자로 고발한 사건에 대하여 서울서 부지방검찰청장이 청구외법인과 그 대표이사인 ○○○을 실물거래 없이 허위로 세금 계산서를 발행하였다고 볼 만한 증거가 없어 불기소(혐의없음)한 사실이 불기소 결 정서(2006 형제 33933호)에 의하여 확인된다.

  (마) 청구법인이 2002.1.23. 청구법인의 국민은행예금계좌에서 수표로 출금하여 청 구외법인에게 컴퓨터 주변기의 매입대금으로 지급하였다고 주장하여 금융조회하여 국민은행 신촌 지점장이 회신한 공문에 의하면 2002.1.24 ○○○ (670813-0000000)가 이서한 후 현금으로 인출한 사실이 확인되어 동 금액이 청구 외법인에게 지급되었는지는 확인되지 않으나, 2001년부터 2005년까지 총 31차례에 걸쳐 359,804천원을 청구법인 예금계좌에서 청구외법인의 예금계좌로 계좌이체된 사실이 청구법인의 예금통장 사본과 요구불거래내역 의뢰 조회표에 의하여 확인된 다.

 (2) 위 사실을 종합하여 살피건대, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점계산서를 청구외법 인으로부터 교부받고 대부분의 거래대금을 현금으로 지급하였으나, 처분청은 청구외 법인이 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부한 가공자료로 확 정한 시실은 없으며, 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인을 자료상 혐의자로 고발한 사건에 대하여 서울서부지방검찰장이 청구외법인과 그 대표이사인 ○○○을 실물거래 없이 허위로 세금계산서를 발행하였다고 볼 만한 증거가 없어 불 기소 처분한 점, 2001년부터 2005년까지 31건 359,804천원을 청구법인의 예금계좌 에서 청구외법인의 예금계좌로 계좌이체된 사실이 청구법인의 예금통장 사본 등에 의하여 확인되어 청구외법인은 청궁법인의 고정거래처로 볼 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 청구외법인으로부터 컴퓨터 주변기기 등을 실지로 매입하고 쟁점 세금계산서를 교부받았다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있다.

 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공자료로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입하여 법인세 및 부가가 치세를 과세하고 그 대표자에게 상여로 소득처분한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.