주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2006. 2. 1. 원고에게 한 2003년 귀속 양도소득세 65,498,670원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 한국토지공사는 2001. 12. 14. 건설교통부 고시 제2001-326호로 개발계획승인된 ‘○○○○지구 택지개발사업’(이하, ‘이 사건 사업’이라고 한다)의 시행자이다.

나. 원고는 ○○○씨 17세손 ○○공 ○○○을 공동선조로 하는 후손들에 의하여 선조의 분묘수호 및 봉제사와 후손 상호간의 친목을 목적으로 형성된 종중으로서, 별지목록 기재 각 부동산(이하, ‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)을 소유하여 왔는데, 이 사건 각 부동산이 이 사건 사업 구역 내로 편입됨에 따라, 한국토지공사는 이 사건 각 부동산을 수용한 후, 이 사건 각 부동산의 소유자를 알 수 없다는 이유로 2003. 6. 24. 이 사건 각 부동산에 대한 수용보상금을 공탁하고(위와 같이 공탁할 때, ○○토지공사는 피공탁자를 ‘○○○ 외 33인’, ‘불명’ 또는 ‘○○○ 외 3인’으로 하였으나, 당시 ○○○은 이미 사망하였고, 한국토지공사로서는 ○○○의 상속인의 범위, 지분, 주소 등을 전혀 알지 못하였으므로, 위 공탁 전체가 실질적으로 불확지공탁에 해당하였다), 같은 해 7. 7. 이 사건 각 부동산에 대한 소유권보존등기를 경료하였다.

다. 원고는 2004. 3.11. 한국토지공사 등을 상대로 하여 수원지방법원 2004가합 3362호로 공탁금출급청구권 확인의 소를 제기하여 2005. 6. 14. 원고 승소 판결(이하, ‘이 사건 민사판결’이라고 한다)을 받았고, 위 판결은 2005. 7. 7. 확정되었다.

라. 그 후, 원고는 2005. 9. 30. 피고에게 이 사건 각 부동산을 한국토지공사에 수용당하고, 그에 대한 보상금을 지급받은 것에 관하여 양도소득세 예정신고 ․ 납부(이하, ‘이 사건 예정신고’라고 한다)를 하면서, 예정신고납부세액공제를 적용하여, 양도소득세액의 1/10을 공제한 나머지를 납부하였다.

마. 피고는, 이 사건 예정신고가 양도소득세예정신고기한이 도과한 후에 이루어졌으므로, 예정신고납부세액공제가 적용되지 아니한다는 전제 아래, 2006. 2. 1. 원고에게 청구취지 기재 양도소득세 부과처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

바. 원고는 2006. 5. 4. 이 사건 처분에 대하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 12. 18.경 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 7호증(가지번호 포함), 을1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 아래와 같은 점에 비추어 볼 때, 이 사건 각 부동산의 양도일은 이 사건 민사판결이 확정된 시점인 2005. 7. 7.로 보아야 하고, 위와 같이 보는 이상 원고는 양도소득세 예정신고기한(위 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월)내인 2005. 9. 30. 이 사건 예정신고을 한 것이 되므로, 소득세법 제108조에 의하여 원고에게는 예정신고납부세액공제가 적용되어야 한다.

- 양도소득세의 과세요건은 양도차익의 실현이라고 할 것이고, 이러한 점에서 소득세법 시행령 제162조 제1항은 원칙적으로 ‘당해 자산의 대금을 청산할 날’을 양도일로 규정하였는바, 이 사건의 경우 한국토지공사가 이 사건 각 부동산에 대한 보상금을 공탁한 시적은 2003. 6. 24.이나, 위 공탁이 절대적 불확지공탁이었기 때문에 원고로서는 이 사건 민사판결이 확정된 2005. 7. 7.에 이르러서야 비로소 위 보상금에 대한 권리를 행사할 수 있게 되었으므로, 이 사건 각 부동산의 양도대금을 청산한 날은 이 사건 민사판결 확정일인 2005. 7. 7.로 보아야 한다.

- 또한, 소득세법 시행령 제162조 제2항에 의하면, 확정되지 아니한 자산을 양도한 경우로서 대금을 청산한 날까지 당해 자산이 확정되지 아니한 경우에는 당해 자산이 확정된 날을 양도일로 보게 되어 있는바, 이 사건 각 부동산의 양도인, 즉 소유자가 누구인지는 원고와 이 사건 각 부동산의 명의수탁자들인 종중원들 사이에 다툼이 있었으므로, 이 사건 각 부동산은 권리의 귀속이 확정되지 아니한 상태에서 한국토지공사에게 양도되었다고 할 것이고, 이 사건 민사판결이 확정됨으로써 비로소 이 사건 각 부동산의 권리 귀속관계가 확정되었으므로, 이 사건 각 부동산의 양도일은 이 사건 민사판결 확정일인 2005. 7. 7.로 보아야 한다.

(2) 이와 달리, 이 사건 각 부동산에 관하여 한국토지공사 앞으로 소유권등기가 경료된 시점인 2003. 7. 7.을 이 사건 각 부동산의 양도일로 보아, 이 사건 예정신고가 양도소득세 예정신고기한을 도과한 후에 이루어졌다는 이유로 원고가 이 사건 각 부동산을 양도한 것에 관하여는 예정신고납부세액공제를 적용할 수 없다는 전제 아래 행하여진 피고의 이 사건 처분은 예정신고납부세액공제 제도의 취지(성실한 신고 및 납부를 한 납세자에게 그에 상응한 보상을 하는 한편, 확정신고납부기한에 앞서 납부한 것에 관한 금융손실을 보전하여 주기 위함)에 반할 뿐만 아니라, 귀책사유 없이 예정신고 납부를 한 납세자를 합리적인 근거 없이 차별하는 결과가 되어 조세평등주의의 원칙에도 위배되는 처분이라고 할 것이다.

(3) 따라서, 원고가 이 사건 각 부동산의 양도에 관하여 원고가 양도소득세 예정신고기한이 도과한 후에 이 사건 예정신고를 하였다는 전제 아래 행하여진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판다

(1) 이 사건 각 부동산의 양도일에 관한 원고의 주장에 대한 판단

소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산을 양도한 경우에 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나, 대금을 청산하기 전에 당해 자산에 대한 소유권이전등기를 한 경우에는 그 등기접수일을 양도일로 보게 되어 있는바, 이 사건 각 부동산의 양도의 경우, 원고의 주장과 같이 대금청산일을 이 사건 민사판결 확정일인 2005. 7. 7.로 보더라도, 위에서 본 바와 같이 이 사건 각 토지에 관하여 2003. 7. 7.에 한국토지공사 앞으로 소유권보존등기가 경료되었으므로, 이 사건 각 부동산의 양도일은 위 등기일인 2003. 7. 7.로 보아야 할 것이다(이와 달리 이 사건 각 부동산의 양도대금 청산일인 2005. 7. 7.을 양도일로 보아야 한다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다. 한편, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호는 대금 청산 전에 ‘소유권이전등기’를 경료한 경우만 규정하고 있으나, 위 규정의 취지는 대금이 청산되기 전이라도 법률상 소유권이 이전된 경우에는 소유권 이전일을 양도일로 보겠다는 것이므로, 한국토지공사가 원고 소유이던 이 사건 각 부동산을 수용하면서 소유권이전등기 대신 소유권보존등기를 하였다고 하더라도, 위 규정에 따라 소유권보존등기일을 양도일로 보아야 할 것이다)

한편, 이 사건 각 부동산의 소유자가 누구인지에 대하여 법률적 분쟁이 있었으므로, 이 사건 각 부동산은 확정되지 아니한 자산이었고, 이 사건 각 부동산이 한국토지공사에 양도된 후에 이 사건 각 부동산의 귀속관계에 관한 이 사건 민사판결이 확정됨으로써 비로소 이 사건 각 부동산은 확정된 자산이 되었으므로, 위 확정일을 이 사건 각 부동산의 양도일로 보아야 한다는 원고의 주장에 관하여 보건대,소득세법 시행령 제162조 제2항의 ‘확정되지 아니한 자산’이라 함은 권리의 귀속 또은 범위가 법률적으로 확정되지 아니한 자산을 의미하는 것이고, 권리의 귀속 또는 범위가 법률적으로는 확정되어 있으나 단지 관련자들 사이에 분쟁이 있을 뿐인 경우의 당해 자산까지 위 ‘확정되지 아니한 자산’의 범위에 포함되는 것은 아니라고 할 것인바, 위에서 본 바와 같이 이 사건 각 부동산은 한국토지공사가 수용하기 전에는 확정적으로 원고의 소유였고, 단지 이 사건 각 부동산이 원고의 소유라는 점에 관하여 다툼이 있다가 이 사건 민사판결이 확정됨으로써 그 사실이 명백하게 드러났을 뿐이므로, 이 사건 각 부동산이 위 시행령 조항이 규정한 ‘확정되지 아니한 자산’에 해당한다고 할 수는 없고, 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

따라서, 소득세법 제105조 제1항 제1호 본문에 따라, 이 사건 각 부동산의 양도에 관한 양도소득세과세표준 예정신고기한은 2003. 9. 30.(이 사건 각 부동산의 양도일인 2003. 7. 7.이 속하는 7월 말일부터 2월)까지라고 할 것인바, 위에서 본 바와 같이 이 사건 예정신고는 위 기한이 도과한 후인 2005. 9. 30.에 행하여졌으므로, 이 사건 각 부동산의 양도에 관하여는 소득세법 제108조의 예정신고납부세액공제가 적용될 수는 없다(한편, 이 사건 각 부동산에 대한 보상금을 공탁한 시점을 대금을 청산한 날로 볼 경우에는 공탁일인 2003. 6. 24.이 양도일이 되어, 양도소득세과세표준 예정신고기한은 203. 8. 30.이 된다고 할 것인바, 이와 같이 보더라도, 이 사건 예정신고가 예정신고기한이 도과한 후에 이루어진 것이라는 결론에 있어서는 동일하다).

(2) 이 사건 처분이 예정신고납부세액공제제도의 취지 및 조세평등주의에 위배된다는 원고의 주장에 대한 판단

소득세법 제105조 내지 제108조가 규정한 예정신고납부세액공제제도의 취지는 원고의 주장과 같이 성실한 신고 및 납부를 한 납세자에게 그에 상응한 보상을 하는 한편, 확정신고납부기한에 앞서 납부한 것에 관한 금융손실을 보전하여 주기 위한 것이라고 할 수 있으나, 한편 소득세법 제105조 제1항은 예정신고기간을 정하여 그 기간내에만 예정신고를 할 수 있도록 하면서, 예정신고기간 내에 예정신고를 하지 못한 것에 정당한 사유가 있는 경우에는 기간 내에 예정신고를 한 것으로 보아 예정신고납부세액공제를 적용할 수 있도록 하는 취지의 규정은 두지 아니하였는바, 예정신고납부공제제도가 조세제재가 아닌 혜택의 성질을 가지는 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정들의 문언에 따라 정당한 사유의 유무를 불문하고, 예정신고기한이 도과한 후에 예정신고를 한 경우에는 예정신고납부공제를 받을 수 없다고 해석하는 것이 예정신고납부공제제도의 취지에 반하는 것이라고 할 수는 없으므로, 이 사건 처분이 예정신고납부세액공제제도의 취지에 반한다는 관한 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

한편, 이 사건 처분이 조세평등주의에 위배된다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 예정신고납부세액공제는 조세 혜택에 해당하는 것인바, 소득세법 제105조 내지 108조가 예정신고납부세액공제제도를 규정하면서, 기한 내에 예정신고를 하지 못한 것에 정당한 사유가 있는 경우에 관하여 따로 규정을 두지 아니한 이상, 그러한 경우에 예정신고납부세액공제를 적용하지 아니한다고 하여 합리적인 근거 없이 납세자를 차별하는 것이라고 할 수는 없다고 할 것이고, 따라서, 이 사건 처분이 조세평등주의에 위배된다는 원고의 위 주장 또한 받아들이지 아니한다.

(3)소결

따라서, 이 사건 예정신고가 예정신고기한이 도과한 후에 이루어졌으므로 원고가 이 사건 각 부동산을 양도한 것에 관하여는 예정신고납부세액공제가 적용되지 아니한다는 이유로 행하여진 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.