주 문

1. 피고가 2005. 11. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 254,487,920원, 증권거래세 8,155,400원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 코스닥 등록기업인 인○○○ 주식회사(변경전 하○○○○○ 주식회사. 이하 ‘인○○○’라고 한다)의 최대주주로서 2001. 2. 26., 2001. 3. 7., 같은 달 12. 3회에 걸쳐 김○○에게 인○○○ 주식 250만주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 25억원(주당 1,000원)에 양도하였다.

나. 김○○는 2001. 5. 31. 다시 신○○에게 이 사건 주식을 25억원에 양도하였고, 신○○은 2001. 9. 13. 원고가 2001. 9. 13. 설립하여 지분 50%를 보유하고 있는 하○○○○○ 주식회사(이하‘하○○○○○’라고 한다)에게 이 사건 주식을 25억원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다)하였다.

다. 이에 피고는 원고와 김○○ 및 김○○와 신○○ 사이에 각 체결된 이 사건 주식의 양도계약이 모두 해지되어 무효로 된 이후에 원고가 특수관계에 있는 하○○○○○에게 이 사건 주식을 직접 양도한 것으로 판단하고, 이 사건 양도 당시의 이 사건 주식의 시가를 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에 정한 시가평가방식(평가기준일 이전 ․ 이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액의 평균액)에 의하여 산정한 39억 8,280만원{주당 1,629.6원 또는 1,538.4원(대주주에 대한 할증률 120% 적용)}으로 평가하였다.

라. 피고는 2005. 11. 1. 원고에 대하여, 이 사건 양도 가액과 위 평가액의 차액에 해당하는 부분을 부당행위계산부인하여 원고가 위 차액 상당의 양도소득을 얻게 되었음을 이유로, 양도소득세 254,487,920원을 부과하는 한편 이 사건 양도에 대한 증권거래세 8,155,400원을 부과하는 처분(이하 위 양도소득세 및 증권거래세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 5호증의 1 내지 5, 을 1호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고의 주장

원고는 인○○○의 경영권의 양도를 전제로 김○○에게 이 사건 주식을 양도하였고, 김○○ 또한 같은 이유로 신○○에게 이 사건 주식을 양도한 바 있음에도, 위 각 양도 이후로도 원고가 인○○○의 실질적인 경영권을 행사하였고, 원고는 김○○ 또는 신○○으로부터 이 사건 주식의 양도대금을 제대로 지급받은 적이 없을 뿐만 아니라 하○○○○○○는 신○○으로부터 이 사건 주식을 양도받으면서 그 양도대금조로 수취인을 원고로 기재하여 원고에게 약속어음을 발행하는 등 원고와 김○○ 및 김○○와 신○○ 사이의 이 사건 각 주식의 양도는 그 외관만 존재할 뿐 실질적인 거래가 있었다고 할 수 없으므로, 이 사건 주식은 원고가 보유하던 것으로 이를 하○○○○○에게 직접 양도한 것이다.

설사 원고와 김○○ 및 김○○와 신○○ 사이에 이 사건 주식의 양도에 관한 실질적인 거래관계가 존재한다고 하더라도, 원고와 신○○이 이 사건 양도계약을 없었던 것으로 합의하는 등 위 각 주식양도계약은 당사자들의 합의에 의하여 모두 해제됨으로써 이 사건 주식의 소유권이 원고에게 회복된 상태에서 원고가 재차 이를 하○○○○○에 직접 양도한 것이다.

(2) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(가) 원고가 이 사건 주식을 김○○에게 양도하고, 다시 김○○가 이 사건 주식을 신○○에게 양도한 것은 모두 실질적인 거래에 의한 것으로서 이 사건 양도는 신○○이 하○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것이므로, 원고가 하○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것임을 전제로 하는 부당행위계산부인에 관한 규정이 적용될 수 없다.

(나) 설사, 원고가 하○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것이라고 하더라도, 법인세법에 정한 부당행위계산규정에 의하면, 이 사건 주식의 주당 시가는 이 사건 양도일의 증권거래소 최종시세인 1,020원이 되는데 비하여 소득세법에 정한 이 사건 주식의 주당 시가는 평가기준일 전후 각 2개월의 시세평균가인 1,652원이 되는데, 이는 하○○○○○(법인)와 개인(원고)간의 주식거래에 있어 당해 주식의 양수가액과 양도가액이 달라지는 결과가 되어 실질과세원칙에 위배되므로, 하○○○○○에 대하여 주당 1,020원을 적용하여 법인세를 과세한 것과 마찬가지로 원고에 대하여도 이 사건 주식의 주당 가액을 1,020원으로 평가하여 양도소득세를 부과하여야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고와 김○○ 사이의 이 사건 주식의 양도

(가) 원고는 김○○에게 이 사건 주식을 양도하고 그 대금으로 김○○가 발행한 액면금 25억원의 약속어음을 지급받았고, 2001. 4.경 ○○세무서장에게 이 사건 주식의 양도에 대한 양도소득금액을 653,486,541원으로 하여 양도소득세 58,588,780원과 증권거래세 1,250만원을 각 신고, 납부하였다.

(나) 김○○는 K○○의 사내벤처회사인 주식회사 ○○○의 대표이사로서 원고와 사이에 이 사건 주식의 인수를 통하여 자신이 인○○○의 경영권을 행사하기로 하고 이 사건 주식을 인수한 다음 인○○○의 대표이사직에 취임하였다.

(다) 그런데, 원고는 이 사건 주식의 양도 이후로도 인○○○의 경영권을 행사하면서 김○○를 인○○○의 경영에서 배제하였을 뿐만 아니라 김○○의 의사와는 무관하게 유상증자를 실시하였다.

(라) 이에 김○○는 2001. 5.경 원고에게 자신의 인감증명 및 도장의 무단사용, 신주발행 유상증자 등에 대한 해명을 요구하면서 신주발행 취소소송을 제기하는 등 법적조치를 취할 것임을 통보하였고, 원고는 사태를 수습하기 위하여 김○○로부터 이 사건 주식을 양수할 상대방을 물색하는 과정에서 신○○을 만나게 되었으며, 김○○에게 신○○을 소개하게 되었다.

(2) 김○○와 신○○ 사이의 이 사건 주식의 양도

(가) 2001. 5. 31. 원고, 김○○ 및 신○○이 모인 자리에서 김○○가 이 사건 주식을 신○○에게 양도하였고, 그 대금은 신○○이 원고에게 수표 2억 5,000만원 및 액면금 22억 5,000만원의 약속어음을 교부함과 아울러 김○○가 원고에게 지급한 위 액면금 25억원의 약속어음을 반환받는 방식으로 정산하였다.

(나) 신○○은 생체인증휴대폰을 생산하기 위한 사업을 구상하고 있던 중 인○○○에 근무하는 대학후배로부터 인○○○의 인수를 제안받게 되자, 대학동기인 조○○, 박○○와 공동으로 이 사건 주식을 인수하게 되었다.

(다) 원고는 2001. 7. 12. 김○○와 사이에 신○○의 이 사건 주식의 인수 및 그 대금의 지급으로 김○○의 원고에 대한 이 사건 주식의 양도대금 지급채무는 모두 이행이 완료된 것이고, 인○○○의 경영과 관련하여 김○○에 대한 경제적 보상으로 5,500만원을 지급하며, 김○○가 2001. 3.부터 같은 해 6.까지 지급받은 월급은 반환하지 아니한다는 내용이 포함된 합의서를 작성하였고, 그 무렵 김○○에게 5,500만원을 지급하였다.

(라) 이 사건 주식의 인수 직후 인○○○의 대표이사로 취임한 신○○은 2001. 8.경 이 사건 주식 인수 당시 확인되지 않았던 인○○○의 보증채무 130억원을 발견하게 되자, 원고에게 이에 대한 문제를 제기하였고, 원고는 주식양수도계약이 없었던 것으로 하여 합의서를 작성할 것을 제의하였다. 이에 원고와 신○○은 2001. 9. 신○○이 김○○로부터 이 사건 주식을 매수하기로 한 약정을 해약하고, 신○○이 하○○○○○에게 이 사건 주식을 당초 매입가격으로 양도하기로 합의하였다. 그리하여 신○○은 2001. 9. 13. 하○○○○○에게 이 사건 주식을 20억원에 양도하는 계약을 체결하였다.

(마) 그 이후 원고는 대표이사로 있는 하○○○○○가 신○○으로부터 이 사건 주식을 25억원에 인수하면서 그 대금은 하○○○○○가 원고를 수취인으로 하여 액면 22억 5,000만원의 약속어음을 발행, 교부하고, 원고는 신○○에게 수표 2억 5,000만원을 지급함과 아울러 신○○으로부터 지급받은 액면 22억 5,000만원의 약속어음을 반환하는 방식으로 정산하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 5호증의 1내지 5, 갑 7, 15, 16호증, 갑 17호증의 1 내지 3, 을 3호증의 2, 3, 을 4호증의 2, 3, 증인 김○○의 증언, 증인 김○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판 단

(1) 이 사건 주식의 양도가 실질거래에 해당하는지 여부

위 인정사실에 의하면, 원고와 김○○ 및 김○○와 신○○ 사이에 실제로 이 사건 주식의 양도가 있었음을 알 수 있고, 그 거래대금의 지급여부, 김○○의 인○○○에 대한 실질적인 경영권 행사 여부가 위 각 양도가 실제 거래인지 여부를 좌우하는 것은 아니고, 원고가 김○○에 대한 이 사건 주식의 양도로 인한 양도소득세 및 증권거래세를 납부하였고, 김○○에 대한 보상조로 5,500만원을 지급하는 등 1억원 이상을 지출하면서 원고, 김○○, 신○○, 하○○○○○의 순서대로 순차적으로 이 사건 주식이 양도된 것과 같은 외관을 가장할 만한 별다른 이유도 없다.

(2) 원고가 하○○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것인지 여부

비록, 원고가 2001. 8.경 신○○으로부터 보증채무에 대한 문제제기를 받을 당시 주식양수도계약이 없었던 것으로 하여 합의서를 작성할 것을 제의하고, 같은 해 9.이를 작성한 바 있으나, 그 이후 하○○○○○○의 이 사건 주식의 양수, 그 대금의 정산방식, 김○○와 신○○ 사이의 주식대금 정산방식, 김○○, 신○○이 실질적 필요에 따라서 이 사건 주식을 양수하게 되었으나 매수대금의 지급이 제대로 이행되지 못한 경위 등에 비추어 볼 때 원고로서는 이 사건 주식을 제3자가 양수하게 함으로써 편의상 신○○에게 이 사건 주식의 양수대금을 반환하겠다는 취지에서 위와 같은 합의를 하게 된 것으로 보일 뿐만 아니라 원고로서는 이미 이 사건 주식을 김○○에게 양도한바 있고, 김○○와 신○○ 사이에 체결된 이 사건 주식 양도계약의 당사자도 아니어서 위 양도계약을 해제할 수 있는 권리를 보유한 것도 아니므로, 원고의 위 제의에 의하여 김○○와 신○○ 및 원고와 김○○ 사이에 각 체결된 이 사건 주식의 양도계약이 순차적으로 해제된 것으로 볼 수는 없다.

따라서, 신○○이 하○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것이라고 할 것이므로, 원고가 하○○○○○에 이 사건 주식을 양도한 것임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다(원고의 주위적 주장이 인정되는 이상 예비적 주장에 대하여는 판단하지 아니한다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지목록]

관계 법령

● 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것)

제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

[후문생략]

제101조 【양도소득의 부당행위계산】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

● 소득세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것)

제98조 【부당행위계산의 부인】

② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

제167조 【양도소득의 부당행위 계산】 (1999. 12. 31. 제목개정)

③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다.

④ 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 6월의 기간”으로 본다.

⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2003. 12. 30.>

부칙<제18173호, 2003. 12. 30.>

제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다.[단서 생략]

제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 발생하는 소득분부터 적용한다.

제3조 (양도소득세에 관한 일반적 적용례) 이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.

● 상속세 및 증여세법

제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

제63조 【유가증권등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.

나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.

●법인세법

제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

● 법인세법시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.