1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 5. 2. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

  이 법원의 판결이유는, 제1심 판결문 중 제7쪽 밑에서부터 5째 줄 이하 “이 사건 건물의 신축비용(2억 원) 상당은 원고가 이 사건 1번 임대차계약을 체결하면서 임차인 인 이○○ 등으로부터 이 사건 토지의 임대용역에 대한 대가, 즉 선수 임대료 명목으로 지급받은 것으로 봄이 상당하다.”를 “원고로부터 이 사건 토지를 임차하여 그 지상에 이 사건 건물을 신축한 이○○ 등은 임대차계약이 정상적으로 이행되어 기간만료로 종료할 때까지 이 사건 건물을 이용한 슈퍼마켓 영업을 통하여 이 사건 건물의 신축비용 등 투하자본을 회수할 수 있다고 보고 그 신축비용을 임대료 총액 중 일부의 선불금으로 간주하여 원고에게 이 사건 건물의 소유권을 귀속시킨 것으로 볼 수 있으므로 (대법원 2005.7.15. 선고 2005다19415 판결 참조), 원고가 이○○ 등에게 이 사건 토지를 임대하면서 이 사건 건물의 신축비용 상당의 임대료를 선불로 받았다고 보아야 한다.”로 고쳐 쓰고, 제8쪽 2째 줄 “임차인의”부터 같은 쪽 9째 줄까지를 “임차인의 매수청구권에 관한 민법 제643조의 규정은 강행규정이므로 이 규정에 위반하는 약정으로서 임차인에게 불리한 것은 그 효력이 없으나, 당해 계약의 조건 자체와 함께 계약체결의 경위와 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 실질적으로 임차인에게 불리하다고 볼 수 없는 특별한 사정을 인정할 수 있을 때에는 위 강행규정에 저촉되지 않는 것으로 보아야 하는바, 이 사건 1번 임대차계약에 있어 임대차기간이 6년으로서 장기간인데 비하여 임대차보증금은 없고, 임대료도 통상의 경우에 비하여 크게 저렴한 것으로 보이며, 더욱이 임대차기간의 보장 차원에서 그 기간 동안 원고가 임대차목적물을 처분할 수 없는 것으로 약정되어 있는 점 등 앞서 본 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 건물의 소유권을 원고에게 귀속시키기로 한 약정이 임차인인 이○○ 등에게 불리한 것 이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 설령 이○○ 등에게 이 사건 건물에 관한 매수청구권이 있다고 하더라도, 그 매수청구권은 형성권으로서 그 행사로 원고와 이○○ 등 사이에 이 사건 건물에 관한 매매가 성립하는 것인데, 이○○ 등이 그 매수청구권을 행사하였다고 인정할 아무런 자료도 찾아볼 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.”로 고쳐 쓰며, 원고가 주장하는 사항에 관하여 다음과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가하는 부분

 가. 원고는 자신이 이 사건 건물에 관하여 부담한 조세, 공과금 등 비용은 수입액에 서 공제되어야 한다고 주장하나, 수입금액누락분에 대하여 실지조사결정에 의하여 과세처분을 할 경우에 그 누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장ㆍ입증하여야 하는바, 구체적인 비용 지출내역에 관하여 원고의 주장ㆍ입증이 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

  나. 또한 원고는 토지임대차에서 임차인이 신축한 건물의 소유권을 임대인이 무상으로 취득한 경우 그 건물 신축비용을 임대료 수입으로 간주하여 과세한 사례가 없음에도 원고에게만 이 사건 건물의 신축비용을 임대료 수입으로 간주하여 과세한 것은 신뢰보호의 원칙과 소급과세금지의 원칙, 조세공평의 원칙을 위반한 것이라고 주장하므로 살피건대, 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당기간 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는바, 과세관청이 위와 같은 경우 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있음을 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없고, 또한 위와 같이 과세관청의 비과세 의사표시가 있었다고 볼 수 없다면, 이 사건 처분이 조세공평의 원칙에 반한다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

과세내역

○ 부가가치세

  1. 2001년 1기분 738,930원

  2. 2001년 2기분 704,430원

  3. 2002년 1기분 744,990원

  4. 2002년 2기분 706,660원

  5. 2003년 1기분 643,170원

  6. 2003년 2기분 618,150원

  7. 2004년 1기분 646,740원

  8. 2004년 2기분 619,140원

  9. 2005년 1기분 591,990원

 10. 2005년 2기분 564,390원

○ 종합소득세

  1. 2000년 4,503,630원

  2. 2001년 8,540,220원

  3. 2002년 7,399,342원

  4. 2003년 14,535,371원

  5. 2004년 9,011,125원