주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2005. 4. 1.(2006. 10. 11.자 소변경신청서에 기재된 2005. 4. 7.은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 양도소득세 83,289,757원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 과세처분의 경우

가. 원고는 1986. 4. 9. 서울 ○○○ ○○○ 000-00 대 168.4㎡(이하 ‘이 사건 부수토지’라 한다)를 매매로 취득한 다음, 1986. 8. 19.경 위 토지 위에 지하 1층, 지상 4층 규모의 근린생활시설 및 주택 건물(지층 대중음식점 123.04㎡, 1층 소매점 83.92㎡, 2층 사무실 83.92㎡, 4층 주택 83.92㎡, 옥탑 10.2㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 부수토지를 포함하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 4층 주택 부분에서 거주해 오고 있었다.

나. 그 후 2004. 6. 9. 이 사건 대지에 관하여 주식회사 ○○○○○○(이하 ‘○○○○○○’이라 한다) 앞으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐지고, 2004. 6. 10. 이 사건 건물이 철거되었다.

다. 원고는 2004. 8. 31.경 피고에게 2004. 6. 8.자로 이 사건 부동산이 양도되었음을 이유로 한 양도소득세 예정신고를 하면서, 먼저 1세대 1주택으로서 비과세 대상에 해당하는 위 4층 주택 부분은 그 부수토지를 포함하여 세액산정 대상에서 제외하고 나머지 부분에 대해서만 양도소득세를 신고하였는데, 이 사건 건물의 소재지가 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 제6호의2 소정의 부동산가격 급등지역에 해당하여 그 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 신고하여야 함에도 불구하고, 건물 부분의 가액은 기준시가에 의하여, 부수토지의 가액은 실지거래가액에 의하여 계산하여 양도가액을 합계 584.498.515원으로, 취득가액을 합계 272,605,716원으로 각 산정한 후 2004년 귀속 양도소득세로 58,367,120원을 신고·납부하였다(실제로 10원이 미납되었으나 이는 무시하기로 한다).

라. 이에 대하여 피고는 2005. 4. 1. 위 과세대상 건물 부분 및 부수토지 모두의 양도가액을 실지거래가액인 764,434,762원으로, 취득가액을 실지거래가액인 379,377,665원으로 각 산정한 다음 그에 기초하여 원고에 대한 2004년 귀속 양도소득세를 76,804,520원으로 경정한 후 원고가 이미 납부한 세액 58,367,120원을 공제한 양도소득세 18,437,400원을 추가 고지하였다(이하 위 경정처분을 이 사건 과세처분이라 한다).

[인정근거] 갑 제1, 3, 7, 12호증, 을 제1, 3, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

양도소득세는 납세의무자의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 조세로서, 피고는 2005. 4. 1. 이 사건 양도에 따른 총결정세액 76,804,522원에서 원고의 신고에 의하여 확정된 기납부세액을 제외한 나머지 18,437,400원만을 경정·부과하였을 뿐이고, 또 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 신설된 국세기본법 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있으므로, 이 사건 소 중 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 부과한 18,437,400원을 초과하여 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 판단

종래 법원은 증액경정처분이 있는 경우에 당초처분과 경정처분 사이의 관계에 관하여 흡수설의 입장에서, 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 과세표준과 세액을 그 대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부분을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 납세의무자가 당초에 한 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃고 그 효력이 소멸되어 납세의무자는 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼아 당초 신고하거나 결정된 과세표준과 세액에 대하여도 함께 취소를 청구할 수 있는 것으로 해석하여 왔다(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결, 대법원 2005. 6. 10. 선고 2003두12721 판결 등 참조).

그런데 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 신설된 국세기본법 제22조의2 제1항은, “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”라고 규정하고 있으므로, 당초 확정된 세액에 관한 세법상의 권리·의무관계가 증액경정처분에 의하여 영향을 받지 않게 되었다고 보아야 할 것이지만, 그렇다고 하더라도 ① 증액경정 처분은 하나의 과세단위에 대하여 당초의 과세처분을 포함한 전체의 과세표준을 기준으로 세액을 확정하는 것이므로 당초처분을 포함하는 것이라고 할 것이어서 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 소멸한다고 보는 것이 자연스럽고, ② 위 신설 규정을 포함하여 국세기본법은 여전히 조세소송의 심판범위에 관하여 특별히 규정하고 있지 아니하고 종전 대법원 판례가 이에 관하여 총액주의 입장에 서 있음을 감안할 때, 증액경정처분이 있는 경우 이를 당초처분과 불가분의 일체로서 하나의 처분으로 보아 정당한 세액을 다시 심리하여야 하며, ③ 이렇게 하는 것이 당초처분과 경정처분에 대한 분쟁의 통일적, 일체적 심리와 아울러 소송경제의 합리성을 도모할 수 있다는 점을 고려해 보면, 증액경정처분이 있는 경우 종래와 마찬가지로 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 소멸하고, 소송의 대상은 증액경정처분만이 될 수 있다고 해석하는 것이 타당하다.

따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 소 중 원고의 당초 신고에 의하여 확정된 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다는 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

다만, 위에서 본 사실에 의하면 피고의 이 사건 과세처분에 의하여 결정된 2004년 귀속 양도소득세는 76,804,520원이므로, 원고의 이 사건 소 중 이를 초과하여 취소를 구하는 부분은 존재하지 아니하는 처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하다.

3. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 2004. 6. 9. 재건축을 위해 이 사건 부수토지에 관하여 ○○○○은행에게 신탁등기를 경료해 준 일이 있을 뿐 2004년도에 이 사건 부동산을 양도한 일이 없으므로, 양도가 있었음을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법하다.

(2) 구 소득세법 제89조 제3호, 같은 법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제3항은, 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있거나 주택에 부수되는 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 넓을 때에는 그 전부를 주택으로 보도록 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 건물 중 건물대장에 소매점으로 되어 있는 1층 83.92㎡ 부분을 2000. 7. 15.경 이후 ○○○에게 주택으로 임대하였고, 건축물대장에 사무실로 되어 있는 2층 83.92㎡부분을 ○○○에게 임대하여 ○○○이 1999. 6. 2.경부터 2003. 6.11.경까지 주택으로 사용하다가 이사하여 그 후로는 비어 있었으며, 건축물대장에 사무실로 되어 있는 3층 83.92㎡ 부분 역시 1986. 8. 14. 이후 주택으로 임대하여 임차인인 ○○○가 1999. 9. 12.경부터 2003. 6. 9.경까지 이를 일시 사업장으로 사용하기는 하였으나 2003. 6. 9.경 폐업하고 2004년경까지 이를 주택으로 사용하였으므로, 이 사건 건물 중 1층 내지 3층 부분은 그 공부상 용도에도 불구하고 실제 용도가 주택이었고, 원고가 거주한 4층 부분의 면적까지 포함하면 그 면적이 합계 335.68㎡여서 이 사건 건물은 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 넓어 1가구 1주택에 해당할 뿐만 아니라, 이 사건 건물은 구 소득세법 시행령 제15조 제15항에 의하여 1세대 1주택의 특례가 적용되는 다가구주택에 해당한다. 따라서 설령 이 사건 부동산이 양도되었다 하더라고, 이는 구 소득세법상 비과세대상이므로, 이 사건 과세처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다

다. 판단

(1) 이 사건 부동산이 양도되었는지 여부

양도소득세의 과세대상이 되는 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는데, 갑 제7, 8, 12호증, 을 제4, 16 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2003. 4. 5. 주식회사 ○○○○○○(이하 ‘○○○○○○’이라 한다)과의 사이에 이 사건 부동산을 918,000,000원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였던 사실, 그후 원고에게 2003. 6. 2. ○○○○ 주식회사 명의로 91,800,000원, 2003. 7. 3.과 2003. 10. 7. ○○○○○○ 명의로 45,900,000원과 100,000,000원, 2004. 3. 5. ○○○○○○의 자회사인 주식회사 ○○○○○○)이하 ‘○○○○○○’이라 한다) 명의로 367,200,000원이 각 송금되는 등의 방법으로 2004. 6. 8.경까지 위 매매대금 918,000,000원 전액이 원고에게 지급된 사실, 원고, ○○○○○○, ○○○○은행은 2004. 6. 9. 위탁자를 원고로, 수익자를 ○○○○○○으로, 수탁자를 ○○○○○○으로 하여, 원고는 이 사건 부수토지를 ○○○○○○에게 신탁하되, 신탁에 따는 수익은 ○○○○○○에게 귀속되고, ○○○○○○은 신탁등기와 동시에 ○○○○○○에게 여신채무에 대한 담보로 수익권에 대한 근질권을 설정해 주며, ○○○○은행과 ○○○○○○은 상호 합의가 있으며 이 사건 부수토지를 처분할 수 있고 그에 대하여 원고는 민, 형사상 아무런 이의를 제기하지 아니한다는 내용의 신탁계약이 체결되었고, 같은 날 원인으로 하여 이 사건 부수토지에 관하여 ○○○○은행 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌으며, ○○○○○○이 ○○○○은행과의 협의하에 그 다음날인 2004. 6. 10. 이 사건 건물을 철거한 사실을 인정할 수 있다.

위와 같이 원고가 당초 매매계약에 따는 매매대금을 모두 지급받은 점, 원고가 매매대금 수령 직후 ○○○○○○, ○○○○은행과의 사이에 그 수익자를 ○○○○○징으로 한 신탁계약을 체결하고 이를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었으며, 신탁계약에서 ○○○○은행과 ○○○○○○의 상호 합의가 있으면 원고의 의사와 무관하게 이 사건 부수토지을 처분할 수 있도록 약정하였고, 위 산탁계약이 체결된 다음날 이 사건 건물이 철거된 점, 원고는 우 매매대금을 전액 수령하였음을 인정하면서도 이를 매매대금이 아닌 신탁등기에 대한 대가로 지급받았다는 취지로 주장하고 있으나, 원고가 수령한 돈의 액수와 앞서 본 신탁등기 및 이 사건 건물의 철거경위 등에 비추어 보면, 원고가 수령한 위 918,000,000원을 단순한 신탁등기의 대가로 보기는 어렵고 오히려 이 사건 부동산의 처분 대가로 보는 것이 타당하다고 보이는 점, 원고가 당초 잔금 수령일인 2004. 6. 8. 이 사건 부동산이 양도되었음을 이유로 2004. 8. 31.경 피고에게 양도소득세 예정신고를 하였던 점 등에 비추어 보면, 위 매매대금이 완불될 무렵에 원고가 ○○○○○○에게 이 사건 부동산을 사실상 유상으로 이전하였다고 볼 수밖에 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이 사건 양도가 1가주 1주택의 양도에 해당하여 비과세대상인지 여부

(가) 이 사건 건물 1, 2, 3층의 경우 건축물대장에 용도가 소매점 또는 사무실로 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 이 사건 양도 당시 위 1, 2, 3층을 공부상 용도와 달리 주택으로 임대하고 있었다는 점에 부합하는 듯한 증거로는 갑 제4, 13, 14호증, 갑 제5호증의 2, 3, 갑 제6호증의 2, 갑 제18호증의 1내지 3의 각 기재와 제1심 증인 ○○○의 증언 및 당심 증인 ○○○의 증언이 있다.

그러나 갑 제4호증, 갑 제5, 6호증의 각 1, 을 제5호증의 1내지 10, 을 제6호증의 1내지 6, 을 제7호증의 1내지 9, 을 제10 내지 13, 22호증, 을 제23호증의 1내지 3의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, 원고가 최종 임차인이라고 주장하는 ○○○, ○○○, ○○○의 경우 모두 임차기간의 전부 또는 일부 기간 동안 ○○○○, ○○○○○○, ○○○○○○, ○○○○, ○○○○○○○ 등의 상호로 사업자등록을 하여 제조업 등을 영위하였고, 이 사건 건물의 일부에 관하여 각각 임대차예약을 체결하면서 건물의 용도를 근린생활시설 및 주택(○○○의 경우), 사무실(○○○의 경우)로 표시하거나 용도를 표시하지 아니하였던(○○○의 경우) 점, ○○○, ○○○의 경우에는 이 사건 부동산에 전입신고를 한 바 없고, ○○○의 경우 1999. 6. 2.부터 2003. 6. 11.까지 전입신고를 하기는 하였으나 위 2층을 사업장으로 한 사업자등록을 한 후 이를 사업장으로 사용하였으며, 이 사건 부동산의 양도가 있기 훨씬 이전인 2003. 6. 11.경 퇴거하였던 점, ○○○ 역시 이 사건 건물을 사업장으로 한 사업자등록을 한 후 3층을 사업장으로 사용하다가 2003. 6. 9.경 폐업하였던 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 증거들만으로 이 사건 부동산의 양도 당시 이 사건 건물 1, 2, 3층이 실제 주거용으로 사용되고 있었다로 인정하기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(나) 한편, 구 소득세법 시행령 제155조 제15항, 소득세법 시행규칙2005. 3. 19. 재정경제부령 제424호로 개정되기 전의 것) 제74조는 건축법 시행령 [별표 1] 제1호 다목에 해당하는 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 보고 양도소득세가 비과세되는 1가주 1주택에 해당하는지 여부를 판단하도록 규정하고 있으나, 앞서 본 이 사건 건물에 대한 건축물관리대장상의 기재와 사용현황 등에 비추어 보면, 이 사건 건물이 건축법 시행령 [별표 1] 제1호 다목의 다가구주택에 해당한다고 볼 수도 없다.

(다) 따라서 이 사건 양도가 1가구 1주택의 양도에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 부과한 2004년 귀속 양도소득세 73,804,520원을 초과하여 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기가하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하나, 원고만이 항소한 이 사건에서 제1심 판결을 원고에게 불이익하게 변경할 수는 없으므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

[국세기본법]

제22조의2(경정 등의 효력)

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.[본조신설 2002.12.18]

[구 소득세법](2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것]

제89조 (비과세양도소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배률을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6의2, 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가역상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부 장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가, 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

[구 소득세법 시행령](2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

제154조 (1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 1995.12.30. 1998.4.1. 1999.12.31. 2002.10.1. 2002.12.30. 2003.11.20. 2003.12.30>

③ 법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수된는 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 끝.

제155조 (1세대1주택의 특례)

⑮ 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 다가구주택(이하 “다가구주택”이라 한다)을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다.<신설 1995.12.30, 1998.4.1>

[소득세법 시행규칙(2005. 3. 19. 재정경제부령 제424호로 개정되기 전의 것)]

제74조(다가구주택)

영 제155조 제15하에서 “재정경제부령이 정하는 다가구주택”이라 함은 건축법시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.

[건축법 시행령(2005. 3. 18. 대통령령 제18740호로 개정되기 전의 것)]

제3조의4 (용도별 건축물의 종류)

법 제2조 제2항의 각호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다.

[별표1] 용도별 건축물의 종류(제3조의4관련)

1. 단독주택

가. 단독주택(가정보육시설을 포함한다)

다. 다가구주택 : 다음의 요건 모두를 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

(1) 주택으로 쓰이는 층수(지하층을 제외한다)가 3개층 이하일 것.

다만, 1층 전부를 피로티구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티 부분을 층수에서 제외한다.

(2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(지하주차장 면적을 제외한다)의 합계가 660제곱미터이하일 것

(3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것. 끝.