주 문

○○세무서장이 2007.7.4. 청구인에게 한 2005년 제2기 부가가치세 79,952,340원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 2002.8.1.부터 항공기부품 제조업을 영위하면서 2005.12.19. ○○종합건설주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)와 도급계약을 체결하여 ○○남도 ○○시 ○○리 74-1번지에 항공조립동 공장을 신축(이하 "쟁점건축공사"라 한다)하면서 2006년 2기 과세기간 중에 청구외법인으로부터 공급가액 655,454천원상당(이하 "쟁점금액"이라 한다)의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2006년 2기 부가가치세를 신고를 하였다.

처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지 확인 조사결과 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 해당 매입세액을 불공제하여 2007.7.4. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 79,952,340원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.10.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 ○○○○우주산업주식회사로부터 항공기 기체부품 등을 수주받아 가공하여 납품하는 업체로서 신규사업의 수주 등과 임대공장의 조립장소가 협소하여 ○○농공단지내 부지를 매입하여 2006.1월부터 쟁점건축공사에 착수하여 대고객과의 약속을 우선시할 수밖에 없는 항공사업의 애로사항 등으로 불가피하게 쟁점건축공사의 준공검사는 형식상 2006.6.28.로 받았지만 2006.9월경에 사실상 완공하였으므로 쟁점건축공사의 건설용역의 제공이 완료된 때는 2006.9.8.이고 쟁점세금계산서는 그 공급시기에 맞추어 발행․교부받은 정당한 세금계산서이므로 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 이 건 처분은 부당하다.

또한, 청구인이 확인한 사항이 아닌데도 조사담당 공무원이 준공검사일보다 늦게 세금계산서를 교부받은 사유가 공사대금을 전액 지급하지 못하였다고 확인서 여백에 임의로 기재하였으므로 이는 세무공무원의 재량의 한계를 위반한 것이다.

나. 처분청 의견

청구인은 건설용역의 완료일을 준공일 이후 하자보수가 종료된 시점으로 주장하나 2007.2.13. 2006년 2기 부가가치세 환급 현지 확인시 청구인이 자필 확인한 내용에 의하면 청구인이 세금계산서를 준공검사일보다 늦게 교부받은 사유는 공사대금을 전액 지급하지 못한 때문이며 다른 사유는 없다고 청구인이 진술하였음이 확인서 내용에 입증되고 청구인이 제시한 계약서 등에 대한 진정성이 미흡하는 등 쟁점건축공사는 기계장치시설과 달리 사용허가 및 준공검사가 완료된 시점이 주요 건설 용역이 완료된 것이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2005.12.19. 청구외법인과 도급계약을 체결하여 쟁점건축공사를 하면서 2006년 2기 과세기간 중에 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2006년 제2기 부가가치세를 신고한 데 대하여 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지 확인 조사결과 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 해당 매입세액 불공제하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 항공기 기체부품 등을 수주받아 가공하여 납품하는 업체로서 신규사업의 수주 등과 임대공장의 조립장소가 협소하여 ○○농공단지내 부지를 매입하여 2006.1월부터 쟁점건축공사에 착수하여 항공사업의 애로사항 등으로 불가피하게 쟁점건축공사의 준공검사는 형식상 2006.6.28.로 받았지만 하자보수로 사실상 2006.9월경에 완공하였으므로 처분청이 이를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다고 주당하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건 관련 최종 변경 계약서상(공사명:○○항공 공장 신축공사)에는 공사기간이 2005.12.26.부터 2006.6.30.까지로 되어 있고, 공사금액 1,469,000천원(부가세 포함)으로 되어 있으며, 이 건 일반건축물대장에는 사용승인일자가 2006.6.28.로 되어 있고 세금계산서 발행내역은 아래와 같다.

(나) 청구인은 항공기 기체 조립시 최대 허용 공차를 0.076㎜로 적용하는 데 비해 바닥 기초 연결 부위에 부분적인 지반 침하가 발생(5～10㎜)하여 항공기 정밀 조립치공구가 변형이 예상되었고, 공장건설 중 지반침하에 의한 균열발생으로 항공기 기체조립의 특성상 정밀조립 장비의 이전 및 생산이 어렵다고 하여 불가피하게 보수공사를 하게 되었다고 주장하고 있고, 청구인이 제시한 사진에서도 바닥 균열을 보수한 흔적이 나타나고 있다.

(다) 청구인의 건물하자보수 공문(○○공문 제6-015호, 2006.6.9) 사본에는 청구인이 운영하는 ○○항공이 공장동 1층의 침하발생, 공장동 2층의 지붕누수 발생, 사무동 오폐수 시설의 하자발생으로 거래처인 청구외법인에게 하자이행 확약서, 하자보수시공계획서 등을 요청한 내용이 나타나고 있고,

청구외법인의 하자이행확약서 및 시공계획서 제출공문(2006.6.13)에는 공장동 1층 침하는 2006.6.12.부터 2006.9.15.가지, 공장동 2층 지붕누수는 2006.7.15.부터 2006.7.20.까지, 사무동 오폐수시설 배수불량은 2006.7.15.부터 2006.8.28.까지 조속히 보수할 것을 보고한 내용이 나타나고 있으며, 감리자인 ○○건축사사무소 이○○이 공장동 1층은 우기에 영향을 받아 지반의 침하가 발생하여 보강공사 및 마감공사가 요구되고, 공장동 2층은 공사시공과정 중 발생한 것으로 조임 및 틈새작업이 요구되며, 사무동 배수불량은 추가 작업이 요구된다는 소견을 나타내고 있는 내용이 감리자소견서(2006.6.13)에 나타나고 있다.

(라) 청구인이 제시한 2006.7.1.부터 8.28.까지 작업일보 및 작업현황보고서 사본에는 일자, 요일, 날씨 및 작업시간과 작업내용이 기재되어 있고 현장대리인인 신○○의 도장 날인되어 있으며, 대표이사의 결재가 되어 있는 내용이 나타나고 있고, 우기 등 자연조건 등으로 공사기간이 당초예상보다 늦어졌다고 하면서 제시하고 있는 기상청의 일기예보 자료에는 2006년 1월에는 4일, 2006년 2월에는 10일, 2006년 3월에는 5일, 2006년 4월에는 12일, 2006년 5월에는 14일, 2006년 6월에는 11일, 2007년 7월에는 25일이 눈 또는 비가 내렸다는 내용이 나타나고 있다.

(마) 청구외법인 대표이사 최○○의 사실확인원(2007.10.2)에는 쟁점건축공사의 수주를 받아 공사를 진행하던 중 예상하지 못했던 공장침하 및 누수 등으로 인한 건축물에 대한 하자로 인하여 업체의 공장가동 및 생산에 차질을 제공하여 2007.6.30.자로 형식상 건축법상 준공검사를 받았으나, 공장침하 등의 하자에 대하여 추후 재시공하여 양사 기술진과 대표이사의 입회하에 철저한 준공검사를 거쳐 신축 공장건물의 준공을 사실상 확정하기로 합의하였으며, 공장건물 준공일인 2006.6.30.자에 세금계산서를 발행하지 못하고 사실상 공장건물이 완공된 2006.9.8자에 최종 기성부분에 대한 세금계산서를 발행하고 2006.2기 부가가치세 예정신고․납부한 사실이 있음을 확인하고 있고,

청구외법인의 하자보수완료확인원(2006.8.31)에는 청구외법인이 쟁점건축공사의 하자보수가 완료되었는지 여부를 감리자인 이○○에게 확인 요청하여 감리자인 이○○이 확인하고 있는 내용이 나타나고 있다.

(3) 살피건대, 통상적으로 건물의 사용승인일이 당해 건물 신축공사용역의 공급시기가 될 것이나, 건물에 대하여 사용승인을 받은 후에도 마무리공사 및 보완공사를 진행한 것이 확인되는 경우에는 실제 공사완료일을 용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다 할 것(국심2004중1994, 2004.10.92)인 바, 우기 등 자연조건 등으로 공사기간이 연장되었고 지반침하로 인해 항공기 기체조립의 특성상 정밀조립 장비의 이전 및 생산이 어렵다고 하여 불가피하게 보수공사를 하게 된 점, 청구외법인이 위 보수공사를 확인하고 부가가치세를 신고한 점, 청구인이 제시한 작업일보 및 사진 등에서 쟁점건축공사의 마무리가 확인되고 있는 점을 감안하면, 2006.9.8.에 실질적인 공사가 마무리되었다는 청구주장이 신빙성이 있으므로 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.