주 문

1. 피고가 2007. 3. 22. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 43,111,993원 부과처분 중 2,648,375원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 3. 22. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 43,111,995원의 부과처분 및 2007. 5. 4. 원고에게 한 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’라고 한다)는 2002. 8. 23. 원고 및 소외 ○○○(○○○의 동생이다)에게 ○○ ○○ ○○○ 대 1,318㎡ 중 327.89㎡ 및 남포동6가 60대 280㎡ 중 71.94㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)를 23억원에 매도하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다).

 나. ○○○세무서장은 ○○가 특수관계에 있는 원고와 ○○○(매매계약 당시 ○○의 주주인 ○○○의 조카들이다, 이하 ‘원고 형제’라고 한다)에게 이 사건 각 토지를 저가로 양도하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시켰다고 판단하고, ○○가 이 사건 각 토지의 취득원가로 계상한 장부가액 4,635,428,596원을 시가로 보아 매매대금 23억 원과의 차액 2,335,428,596원을 ○○의 각 사업연도 소득금액에 익금산입 하고 익금에 산입한 금액 (각 1,167,714,298원 : 2,235,428,596원의 1/2이다)을 원고형제에게 각 2003년 귀속 기타소득으로 처분하여 2006. 8. 21. 소득금액 변동통지를 하였다.

 다. 원고는 2006. 9. 28. 피고에게 위 소득금액 변동통지된 1,167,714,298원에 대하여 종합소득세 과세표준을 신고하고, 납부할 세액 420,377,148원 중 210,188,570원을 같은 날 납부하였으나, 나머지 210,188,570원은 2006. 11. 13. 에 납부하였다.

 라. 이에 피고는 2007. 3. 22. 원고가 지연납부한 위 210,188,570원에 대한 신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세 합계 43,111,993원을 부과하였다.(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

 마. 한편 원고는 2007. 4. 19. ‘위 소득금액 변동통지에 따라 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 2006. 9. 28. 추가로 신고 ․ 납부한 것은 소득금액 변동통지를 받은 시점에 납세의무가 확정되지 않은 상태임에도 착오로 신고 ․ 납부한 것이므로 이를 취소해 달라’는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 5. 4. ‘종합소득세는 납세자가 과세표준과 세액을 과세관청에 신고하면 별도의 처분 없이 신고대로 납세의무가 확정되는 것’이라는 이유로 납세의무가 부존재함을 전제로 한 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 내렸다(이하, ‘이 사건 거부처분’이라고 한다).

 바. 원고는 2006. 11. 6. 국세심판원에 ○○○세무서장의 소득금액 변동통지에 대하여 심판청구를 제기한 후 2007. 5. 14. 청구취지를 이 사건 부과처분 및 거부처분의 취소를 구하는 내용으로 변경하였으나, 같은 해 6. 21. 기각결정을 받고, 같은 해 7. 11. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 2. 3호증, 을 1 내지 5호증의 각 기재

2. 주장 및 판단

 가. 원고의 주장

 ① 원고의 외삼촌인 ○○○은 ○○의 법인등기부상 감사로 등재되어 있으나 형식상의 감사에 불과하고, ○○의 주주명부상 주식 1%를 소유한 것으로 되어 있으나 실제 주주가 아니며, 더구나 이 사건 부동산 양도시점인 2002. 8. 23. 무렵에는 더 이상 주주가 아니었다. 따라서 ○○○의 친족인 원고가 법인세법 및 같은 법 시행령 소정의 특수관계자임을 전제로 한 이 사건 거부처분 및 부과처분은 위법하다.

 ② 원고가 ○○로부터 매수한 이 사건 각 토지는 공유지분 매매의 특성상 독립된 토지를 매매하는 경우에 비하여 가치가 떨어질 수 밖에 없어서 저가 취득에 해당하지 않고, 당시 ○○의 자금사정 악화로 위 토지의 조속한 매각이 필요한 상황이었으므로 이 사건 매매계약은 법인세법상 부당행위 계산부인 대상이 아니다.

 ③ 이 사건 가산세는 그 실질이 신고불성실 가산세인데, 원고는 소득금액 변동통지를 받은 날로부터 소득세법 시행령 제134조가 정한 기한 내에 적법하게 종합소득세 과세표준을 추가 신고하였고, 다만 착오로 인하여 일부 세액을 지연납부한 것이므로, 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

 다. 판단

1) 위 ① 주장에 관한 판단

  가) 갑 6, 10호증, 을 7, 8, 9, 11, 13호증의 각 기재, 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

 - ○○는 ○○○쇼핑몰의 신축분양을 목적으로 2002. 7. 11. 설립신고 후 2005. 12. 31. 직권폐업된 법인으로, 이 사건 매매계약일 현재 ○○ 발행주식 보유현황은 아래와 같다.

 - ○○는 2002. 7. 23. 주식회사 ○○○○으로부터 ○○ ○○ ○○○ 대 1,318㎡ 및 그 지상건물을 16,088,000,000원에 매수하되, 계약금 1,088,000,000원은 계약 당일 지급하고, 중도금 9,130,000,000원은 매도인의 근저당권부 채무 86억 원 및 임차보증금 반환채무 530,000,000원을 인수하는 방법으로 지급하며, 잔금 5,870,000,000원은 2003. 6. 20. 매도인에게 ○○○쇼핑몰 신축공사의 시공사인 주식회사 ○○건설(이하 ‘○○건설’이라고 한다)발행의 약속어음을 교부하는 방법으로 지급하기로 약정하였다.

 - ○○는 2002. 7. 23. ○○○, ○○○로부터 ○○ ○○ ○○○ 대 280㎡을 810,000,000원에 매수하였고, 같은 날 2002. 7. 23. ○○건설과 사이에 ○○○쇼핑몰 신축공사계약 및 금전대차계약을 체결하였는바, 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

   ․ 공사내용 : ○○ ○○ ○○○ ○○번지상 쇼핑몰 신축공사(대지면적 1,156.33㎡, 건축연면적 8,606.68㎡, 시공사 : ○○건설)

   ․ 공사대금 132억원

   ․ 토지비용 및 제반비용 대여금 : ○○건설이 ○○에게 현금 50억원, 부동산 매입잔금 5,870,000,000원, 금융비용 등 기타 필요경비를 대여함

   ․ ○○가 분양을 개시한 이후 분양금액을 기준으로 분양률이 30일 이내에 40% 또는 90일 이내에 70%에 미달한 경우 ○○건설은 계약을 해제할 수 있고, 이 경우 ○○건설이 부동산의 처분 및 분양권을 회수하여 임의분양할 수 있음

  - 주식회사 ○○○쇼핑몰은 ○○건설로부터 차용한 돈으로 ○○의 자본금 5억원을 납입하였고, 2002. 7. 23. ○○건설에 대한 공사대금 채무, 대여금 채무를 담보하기 위하여 ○○ 주식 전부에 대해 질권을 설정해 주었다.

  - ○○가 2002사업연도 법인세 신고시 첨부한 주식 등 변동상황명세서에 의하면 ○○○은 2002. 12. 30. ○○의 주식 500주를 양도한 것으로 기재되어 있다.

  - ○○○은 ○○건설 대표이사인 ○○○의 처남으로서 2002. 7. 무렵 ○○건설에서 근무하고 있었는데, ○○의 대표이사 ○○○의 부탁에 따라 ○○ 설립시 발기인 및 주주로 참여하게 되었고, ○○의 법인등기부상 2004. 6. 25.까지 감사로 등재되어 있었다.

 (나) 위 인정사실에 의하면, ○○건설은 ○○○쇼핑몰 신축공사의 시공사임과 동시에 시행사 ○○에게 거액의 사업자금을 대여한 자로서, 사실상 ○○의 출자와 경영에 참여한 것으로 봄이 상당하고, ○○건설 대표이사 ○○○의 처남이자 위 회사의 소속직원인 ○○○은 이 사건 매매계약 당시 ○○의 감사 및 주주로서 ○○의 경영에 영향력을 행사하고 있었다고 봄이 상당하다. 그렇다면, ○○○은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 소정의 ‘당해법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자’ 또는 제2호 소정의 ‘주주’에 해당한다고 할 것이고, 결국 ○○○의 친족인 원고 역시 ○○와 ‘특수관계에 있는자’이다.

 따라서, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 위 ② 주장에 관한 판단

살피건데, 이 사건 매매계약은 원고 형제가 이 사건 각 토지 중 특정부분을 매수한 것으로서(을 5호증) 원고가 주장하는 것과 같이 지분 매매로 인한 가격하락의 문제는 발생하지 않는 것으로 보이는 점, 원고가 주장하는 사정을 감안한다고 하더라도 사업의 존립기반이 되는 토지를 매입한 지 한 달만에 매수대금의 약 50%만 받고 재차 매도한다는 것은 거래사회의 통념상 납득하기 어려운 점, ○○의 이사회회의록에는 이 사건 매매계약을 의결함에 있어 참석자들에게 비밀을 유지할 것을 당부하고 있어 그 배경이 의심스러운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매매계약으로 인하여 피프의 소득에 대한 조세부담을 부당히 감소시켰다고 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 위 ③ 주장에 관한 판단

  원고가 ○○○세무서장으로부터 소득금액 변동통지를 받은 2006. 8. 21.로부터 소득세법 시행령 제134조에서 정한 신고기한 이전인 같은 해 9. 28. 위 소득금액 변동통지에 따른 과세표준과 납부할 세액을 신고하였으므로, 소득세 과소신고에 대한 제재로서의 성격을 갖는 신고불성실 가산세 납부의무는 발생하지 않는다, 그러나 소득세법 제76조, 시행령 제134조 제1항에 의하면 납부할 세액의 납부기한 역시 위 신고기한과 동일함에도 불구하고, 원고는 일부 세액에 관해서는 그 납부기한을 도과하였다. 결국 이 사건 부과처분 중 납부불성실 가산세액을 초과하는 부분만이 위법하다. 따라서 원고의 위 주장은 일부 이유 있다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정법위 내에서 이유 있으므로 일부 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다,