주문

1.원고의 청구를 기각한다

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006.8.1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 136,137,530원의 부과처분 중 18,691,744원을 초과하는 부분을 취소한다.

이유

1.처분의 경위

가. 원고는 2005. 7.29. 최○○에게 별지목록 기재 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 양도한 후(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다) 2006. 5.30. 실지거래가액에 의하여 양도서득세과세표준 확정신고를 하였으나, 그 신고를 함에 있어 이 사건 부동산 취득에 관한 매매계약서 등 필요경비 계산에 필요한 증빙서류와 양도소득금액계산명세서를 제출하지 아니하고 세액도 임의로 계산하였다(원고는 같은 날 위 확정신고에 따른 양도소득세 7,250,000원을 자진납부하였다).

나. 피고는 2006. 6. 7. 원고에게 세액계산 오류로 인하여 위 양도소득세 확정신고서를 전산수록할 수 없으므로 2006. 6. 13.까지 보정하여 줄 것을 요구하였으나 원고가 이에 응하지 않자, 2006. 8. 1. 양도소득을 기준시가로 계산하여 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 136,137,530원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이사건 처분’이라고 한다).

다. 원고는 2007. 1. 31. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에 대하여 심사청구를 하였고, 국세청장은 2007. 5. 30. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.

 【인정근거】: 갑제1, 3, 16호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑제5호증의 1 내지 6, 갑제8호증의 1, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

  원고는 이 사건 부동산을 641,550,000원에 취득하였고, 그 후 이 사건 양도 이전에 이 사건 부동산에 관하여 토지성토 및 구조물 조성비 74,000,000원, 주유시설 설치비 196,000,000원, 기타 부대시설 설치비 98,000,000원 등 합계 1,009,550,000원의 자본적 지출을 하였으며, 1,237,651,884원에 이 사건 부동산을 양도하였는바, 피고는 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 필요경비를 계산하여 이 사건 양도로 인한 양도소득세를 산정하여야 함에도 불구하고 기준시가에 의하여 이를 산정하였으므로, 이 사건 처분 중 실지거래가액에 따른 정당한 세액인 18,691,744원을 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관련법령

  별지관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항 제6호에 의하면, 양도소득세 산정을 위한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되, 양도자가 양도소득세과세표준 확정신고 기한까지 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의할 수 있는 것으로 규정하고 있다

(2) 한편, 자산의 양도자가 양도차익의 예정신고나 과세표준 확정신고를 함에 있어서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 때에는 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정할 것이나, 이러한 신고가 없거나 신고가 있더라도 증빙서류의 제출이 없을 때 또는 그 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나만의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여야 하고, 과세표준 확정신고 기간이 지난 후에는 실지거래 가액이 확인 되더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수 없고(대법원 1998. 2.10. 선고 97누2771판결 참조), 또 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에는 취득 당시의 기준시가에 소득세법 시행령 제163조 제6항 각 호의 1의 금액을 가산한 금액을 필요경비로 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있으므로, 납세의무자가 그 이외의 실지로 소요된 필요경비를 입증한다 하더라도 이를 필요경비로서 양도가액에서 공제할 수 없다(대법원 2002. 4.12. 선고2000두5944 판결 참조).

(3) 이 사건에서 보건대, 원고가 양도소득세과세표준 확정신고 기한인 2006. 5. 31.까지 이 사건 양도에 관한 증빙서류를 갖추어 적법하게 양도소득세과세표준 확정신고를 하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 양도에 관한 양도소득세의 산정은 기준시가에 의하여야 할 것이고, 한편 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하는 경우에는 원고가 법령이 정한 필요경비 공제 이외에 실지로 소요된 필요경비를 입증한다고 하더라도 이를 필요경비로서 양도가액에서 공제할 수 없으므로 실제의 양도가액에서 실제로 지출된 필요경비를 공제하여 양도차익을 산정하여야 한다는 취지의 원고의 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없고, 반면 기준시가에 의하여 이 사건 양도에 관한 양도소득세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 법령에 따른 것으로서 정당하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

  목 록

1. ○○시 ○○동 000-0 대 2,293㎡

2. ○○시 ○○동 000-0 대 343㎡

3. ○○시 ○○동 000-0 잡종지 1,126㎡

4. ○○시 ○○동 000-0 전 385㎡

5. ○○시 ○○동 000-0 지상

  철근콘크리트조 및 세멘트벽돌조 슬래브지붕 2층

  주유소사무실 및 근린생활시설

  1층 220.5㎡

  (철근콘크리트조 주유소 사무실 86.8㎡, 근린생활시설 98㎡, 변소 35.7㎡)

  2층 207.3㎡

  (철근콘크리트조 근린생활시설 98㎡, 주유소사무실 73.6㎡, 세멘트벽돌조 직원숙 소 35.7㎡)

6. ○○시 ○○동 000-0 지상

  철근콘크리트조 스라브지붕2층 근린생할시설

  1층 161.9㎡

  2층 177.58㎡

  부속건물 경량철골조 샌드위치판넬지붕 자동차관련시설 44.2㎡. 끝.

관련법령

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제92조 (양도소득과세표준의 계산)

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제102조와 제118조의 규정에 의하여 계산한 양 도소득금액에서 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 금액으로 한다.

제93조 (양도소득세액계산의 순서)

양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 양도소득산출세액을 계산한다.

제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한 다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생 하는 소득

제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이 라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차 익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양 도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우 에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호 에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취 득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경 우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한 다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필 요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하 는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산 한 금액

2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의 한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실 지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환 산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액 도 기준시가에 의한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제110조 (양도소득과세표준 확정신고)

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다 음 년도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하 는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서 장에게 제출하여야 한다.

⑥ 납세지 관할세무서장은 제5항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 그 보정을 요구할 수 있다

제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고 를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항내지 제3항의 규정에 의하여 양 도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정 에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6 호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신 고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무 서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도 가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하 는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래 가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액 을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다)또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

소득세법 시행령

제163조 (양도자산의 필요경비)

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 다음 각호의 금 액을 말한다.

1. 토지

 취득당시의 법 제99조제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

2. 건물

가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

나. 가목외의 건물

   취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

3. 법 제94조 제1항 제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다)

  취득당시의 기준시가×7／100

4. 제1호 내지 제3호외의 자산

  취득당시의 기준시가×1／100