주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2005. 3. 2. 원고에 대하여 한 2001년도 귀속 양도소득세 652,812,170원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 ○○홀딩스(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다. 이후 상호변경, 기업인수 등을 거쳐 ○○인터넷 주식회사로 되었다)는 협회등록(즉 코스닥 등록) 상장회사인데, 그 총 발행주식 중 원고가 18.2%(2,008,940주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를, 주식회사 ○○(이하 ‘○○’라 한다)가 15.8%를, 외국계펀드회사가 19.5%를 각 소유하고 있었다.

나. 원고는 ○○의 대표이사로서 30.1%의 지분을 소유하여 최대주주로 있었으므로, 원고와 ○○는 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7066호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제101조 제1항, 제4항 및 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제98조 제1항 제4호의 규정에 의한 ‘특수관계 있는 자’에 해당하였다. 그리고 이 사건 회사에 대한 원고와 ○○의 지분을 합치면 34%로서, 원고와 ○○는 구 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제63조 제3항, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17808호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제53조, 제19조 제2항 제6호의 규정에 따라 이 사건 회사의 ‘최대주주 등’에 해당하였다.

다. 원고는 2001. 7. 31. ○○에게 이 사건 주식을 장외거래를 통하여 거래일 직전일의 협회중개시장의 종가인 9,900원(이하 ‘이 사건 양도가격’이라고 한다)에 양도하고, 이 사건 양도가격을 이 사건 주식의 1주당 양도가액으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하고 그 세액을 납부하였다.

라. 피고는 2005. 3. 2. 원고에 대하여 2001년도 귀속 양도소득세 652,812,170원을 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 그 처분사유는 다음과 같다.

『 이 사건 양도가격은 구 상속세 및 증여세법 제60조 제1항에 따른 이 사건 주식의 1주당 시가로 볼 수 없고, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에 의한 평가기준일(양도일) 전⋅후 2월간의 한국증권거래소 최종시세가액의 평균액 9,949원에, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제3항에 따라 할증률 20%의 최대주주 할증가액을 가산한 11,938원을 이 사건 주식의 1주당 시가로 보아야 한다. 따라서 원고는 이 사건 주식을 특수 관계있는 자인 ○○에게 시가인 11,938원보다 낮은 가격인 이 사건 양도가격에 양도하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정된다. 그러므로 구 소득세법 제101조 제1항의 양도소득의 부당행위계산부인 규정을 적용하여, 원고가 신고한 양도가액과의 차액 4,094,219,720원{(11,938원-9,900원)☓2,008,940주}에서 증권거래세 산출세액 20,471,098원을 차감한 4,073,748,622원을 소득금액에 가산한다.󰡕

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호는 평가기준일 현재의 같은 법 제60조 제1항에서 규정하고 있는 시가를 산정하기 어려운 경우에 적용되는 보충적 평가방법에 불과하다. 원고가 이 사건 주식을 양도함에 있어서 이 사건 양도가격은 거래일 직전일 협회중개시장의 종가이고 그 가격은 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액, 즉 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격으로서 같은 법 제60조 제1항에서 규정하고 있는 시가에 해당한다. 이와 같이 이 사건 주식에 대하여 같은 법 제60조 제1항에서 규정하고 있는 시가를 산정할 수 있으므로, 같은 법 제63조 제1항 제1호 가목에서 규정된 보충적 평가방법 및 보충적 평가 방법에 의하여 주식의 가액을 평가하는 경우에 한정하여 적용되는 같은 법 제63조 제3항의 최대주주할증 규정 역시 적용될 수 없다.

(2) 설사 이 사건 주식의 양도 당시 시가를 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 보충적 평가방법을 적용하여 산출된 가액으로 본다고 하더라도, 최대주주지분에 대하여 할증 평가하는 취지는 지배권 또는 경영권의 가치를 반영하기 위한 것인바, 이 사건 주식의 양도는 최대주주 사이의 거래로서 경영권의 변동이 없는 것이므로 위 최대주주할증 규정을 적용할 수 없다.

나. 관계법령

○ 구 소득세법 (2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제101조【양도소득의 부당행위계산】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수 관계있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의한 특수 관계있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 구 소득세법시행령 (2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제98조【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 법 제101조에서 "특수 관계있는 자"라 함은 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총 발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인

② 법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 특수 관계있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

○ 구 소득세법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제167조【양도소득의 부당행위 계산】

③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 제98조 제2항 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 6월의 기간"으로 본다.

○ 구 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것) 제60조【평가의 원칙 등】

① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류·규모·거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.

○ 구 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것) 제63조【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액 계산에 있어서 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간 중에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.

나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자 지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.

③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수 관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주 등"이라 한다)의 주식 및 출자 지분(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식 총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 또는 출자지분의 계산은 대통령령으로 정한다.

○ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17808호로 개정되기 전의 것) 제19조【금융재산 상속공제】

② 법 제22조 제2항에서 "대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자"라 함은 주주 또는 출자자(이하 "주주 등"이라 한다) 1인과 다음 각 호의 1에 해당하는 관계가 있는 자의 보유주식 등을 합하여 그 보유주식 등의 합계가 가장 많은 경우의 당해주주 등을 말한다.

1. 친족

2. 사용인과 사용인외의 자로서 당해주주 등의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자 또는 당해기업의 임원에 대한 임면권의 행사·사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

가. 기업집단소속의 다른 기업

나. 기업집단을 사실상 지배하는 자

다. 나목의 자의 친족

4. 주주 등 1인과 제1호 내지 제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

5. 제3호 본문 또는 동호 가목의 규정에 의한 기업의 임원이 이사장인 비영리법인

6. 주주 등 1인과 제1호 내지 제5호의 자가 발행주식 총수 등의 100분의 30이상을 출자하고 있는 법인

○ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17808호로 개정되기 전의 것) 제53조【협회등록법인의 주식 등의 평가 등】

③ 법 제63조 제3항에서 "대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수 관계에 있는 주주 또는 출자자"라 함은 제19조 제2항 본문의 규정에 해당하는 자 및 그와 동조 동항 각호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

다. 판단

구 소득세법 및 구 소득세법 시행령의 관련규정에 의하면, 양도소득의 부당행위계산부인 규정은 거주자가 특수 관계있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도하는 경우 등에 적용되는 것이고, 여기서 말하는 ‘시가’란 구 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조를 준용하여 평가한 가액을 의미한다.

그런데 구 상속세 및 증여세법 제60조의 규정상 같은 법 제61조 내지 제65조에 규정된 보충적 평가방법에 의하여 재산의 가액을 산정하는 것은 평가기준일 현재의 시가를 산정하기 어려운 경우에 한하고, 그 시가 산정이 어렵다는 점에 관하여는 과세관청에게 입증책임이 있다고 할 것이며, 여기에서의 시가는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 의미하는 것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두5723 판결 참조). 그리고 구 상속세 및 증여세법 제63조 제3항의 최대주주 할증규정은 같은 조 제1항 제1호에 따라 보충적 평가방법에 의하여 주식의 가액을 평가하는 경우 등에 한정되어 적용되는 것이고, 주식의 가액을 시가에 의하여 평가하는 경우에는 당해 주식이 최대주주 등이 보유하는 주식이라 하더라도 위 할증규정을 적용할 수 없는 것이며, 이는 같은 법 제60조 제1항이 같은 법 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 본다고 규정하고 있다고 하더라도 달리 볼 것이 아니다(대법원 2006. 12. 7. 선고 2005두7228판결 참조).

이 사건에 있어 이 사건 양도가격이 양도 당시의 이 사건 주식의 시가에 해당하지 않고 달리 그 시가 산정이 어렵다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로(오히려, 이 사건 양도가액 9,900원이 양도일 전⋅후 2월간의 한국증권거래소 최종시세가액의 평균액 9,949원과 불과 49의 차이밖에 없는 점에 비추어 보면, 이 사건 양도가격은 위에서 말하는 ‘시가’에 해당된다고 볼 여지가 크다), 이 사건 주식의 가액을 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에서 규정하고 있는 보충적 평가방법으로 산정할 수는 없고, 따라서 위 최대주주 할증규정도 적용될 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분은 위법하다 할 것인바, 이와 결론을 달리 한 제1심 판결은 부당하므로 원고의 항소를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.