주 문

1. 이 사건 소 중 각 종합소득세 부과처분의 취소청구 부분을 각하한다.

2. 피고가 2006. 8. 14. 원고에게 한 2004년 1기분 부가가치세 1,816,620원 및 2005년 1기분 부가가치세 7,551,830원 중 4,051,520원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 80%는 원고가, 20%는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 8.14. 원고에게 한 부가가치세 2003년 1기분 10,966,350원, 2003년 2기분 3,657,780원, 2004년 1기분 1,816,620원, 2004 2기분 1,062,580원, 2005년 1기분 7,551,830원 및 종합소득세 2003년 귀속분 2,821,200원, 2004년 귀속분 1,517,330원, 2005년 귀속분 734,980원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○가 ○○에서 ○○○○라는 상호로 제조업(이하 ‘이 사건 사업’ 이라 한다)을 영위하다가 2005. 2. 28. 이○○와 공동사업자로 등록을 하고 2005. 3. 3. 공동사업자에서 탈퇴함으로써 이 사건 사업을 이○○에게 양도하였다.

나. 원고는 이 사건 사업과 관련하여 2003년 1기 ~ 2004년 2기 과세기간 중 아래와 같이 거래처로부터 매입세금계산서(이하 그 순번에 따라 ‘1-1 세금계산서’와 같은 방식으로 표시한다)를 교부받아 각 부가가치세 신고시 이를 매입세액에서 공제하여 신고하였다.

다. 또한 원고는 이 사건 사업과 관련하여 2005. 4. 25. 매출액을 65,994,600원, 매입액을 61,723,530원, 납부할 세액을 427,107원으로 하여 피고에게 2005년 1기 부가가치세 예정신고(이하 ‘쟁점 예정신고’라 한다)를 하고, 427,107원을 납부하였는데 당시

신고된 매출 및 매입 세금계산서의 명세 중 일부분은 아래와 같다.

라. 그런데 쟁점 예정신고는 피고의 전산망에 입력되지 아니하였고, 그에 따라 피고는 2005. 6. 9. 쟁점 예정신고에 따라 납부된 세액 427,100원에 대하여 이 사건 사업의 양수인인 이○○에게 과오납 환급통지를 하고, 이○○는 2005. 9. 1. 위 세액을 수령하였다.

마. 피고는 2006. 8. 14. 원고에 대하여, 1-1 내지 1-4 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이고, 2-1 내지 2-4 거래의 매출신고가 누락되었다는 이유로, 아래 순번 1내지 5 기재와 같이 각 부가가치세를 부과하였고(이하 ‘ 이 사건 각 처분’ 이라 하고, 처분별로 특정할 때에는 순번에 따라 ‘1번 처분’과 같은 방식으로 표시한다), 한편 ○○세무서장은 2006. 10. 10. 원고에 대하여 아래 순번 6내지 8 기재와 같이 각 종합소득세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 종합소득세 부과처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 2006. 10. 18. 이의신청을 거쳐 2007. 2. 16. 피고를 상대로 국세심판을 청구하였고, 국세심판원은 2007. 7. 24. 기각결정을 하였다.

〔인정 근거〕다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 7, 12호증, 을 제1-1 내지 5-3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

피고는 이 사건 소 중 쟁점 종합소득세 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 위 인정사실에 의하면 쟁점 종합소득세 부과처분은 피고가 아닌 ○○세무서장이 원고에 대하여 한 것이고, 원고가 이에 대하여 전심절차를 거쳤음을 인정할 자료도 전혀 없으므로, 처분을 한 행정청이 아닌 피고를 상대로 전심절차를 거치지도 아니한 원고의 위 청구 부분은 부적법하다고 할 것이고, 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1)원고의 주장

① 원고는 2005. 3. 3. 이 사건 사업에서 탈퇴하였고, 그때까지 원고는 세금을 체납한 바 없으므로, 그 이후에 원고에 대하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

② 원고는 2003년 1기 ~ 2005년 1기 부가가치세 신고(예정신고 포함) 당시 실제 거래내역에 따라 신고하였으므로, 피고가 1-1 내지 1-4 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이고 2-1 내지 2-4 거래의 매출신고가 누락되었다는 이유로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

① 이 사건 각 처분은 원고가 이 사건 사업에서 탈퇴하기 이전의 사실관계에 관한 것이므로 적법하다.

② 1-1 내지 1-4 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 1번 내지 4번 처분은 적법하고, 2-1 내지 2-4 거래는 매출신고가 누락되었으므로 5번 처분도 적법하다. 또한 가사 2-1 내지 2-4 거래의 매출신고가 누락되지 않았다고 하더라도, 쟁점 예정신고서 신고된 3-1 내지 3-3 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이므로 그 매입세액을 불공제하면 원고에게 부과될 2005년 1기 부가가치세액은 어차피 5번 처분에 따른 세액을 초과하게 되므로, 5번 처분은 적법하다.

나. 판단

1) 원고의 첫째 주장에 대하여

부가가치세의 납세의무는 각 과세기간이 종료하는 때 (국세기본법 제21조 제1항 제7호) 또는 예정신고기간이 종료하는 때(국세기본법 제21조 제2항 제3호) 성립하는 것이고, 구체적인 납세의무는 세법에 의한 절차에 따라 세액이 확정되는 것이므로(국세기본법 제 22조 제1항), 이 사건 각 처분이 원고가 이 사건 사업에서 탈퇴하고 난 후에 이루어졌다고 하더라도, 원고가 이 사건 사업에서 탈퇴하기 이전의 사실관계에 의하여 이미 성립한 원고의 납세의무가 없어진다고 볼 수는 없으므로, 원고의 첫째 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 원고의 둘째 주장에 관하여

가) 판단의 기준

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 피고에게 있다 할 것이고(대법원 1987. 3. 24. 선고 85누 515 판결 등 참조), 다만, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것이다( 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

나) 1번 처분에 관하여

위 인정증거들과 을 제6-1 내지 6-4, 12-1, 12-2호증의 각 기재에 의하여 △△△△의 운영자인 김○○는 2004. 10. 7 □□□세무서에서 자료상으로 조사를 받으면서 ‘식품을 판매할 목적으로 사업자등록증을 교부받아 약 1천만 원 정도 팔다가 교통사고로 사업을 중단하였고, 원고에 대한 1-1 세금계산서를 비롯한 대부분의 세금계산서는 실제 거래 없이 경리직원이 발행한 것이다’는 취지로 진술하였고, 2004. 10. 27. ○○○○경찰서에 자료상으로 고발된 사실을 인정할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 1-1 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명된 것으로 보이고, 갑 제6호증의 기재만으로는 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이라고 보기에 부족하다. 따라서 1번 처분은 적법하다.

다) 2번 처분에 관하여

위 인정증거들과 을 제7-1 내지 7-13호증의 각 기재에 의하여, ○○○상사의 운영자인 이□□는 2004. 10. 6. ○○세무서장의 자료상혐의자 조사결과 원고에 대한 1-2 세금계산서를 비롯한 가공 세금계산서 교부 혐으로 △△△△경찰서에 고발된 사실, 이 □□는 ○○○상사 뿐 아니라 ○○기획, 주식회사 ○○○○, 주식회사 △△△△△△△의 각 대표자로서 각각 가공 세금계산서 교부 험으로 조사를 받고 2004. 11. 26. △△△△경찰서에, 2003. 12. 1 □□□□경찰서에, 2005. 6. 30. ○○○○경찰서에 각 고발된 사실을 인정 할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 1-2 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명된 것으로 보이고, 갑 제9-1 내지 9-3호증의 기재만으로는 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이라고 보기에 부족하다. 따라서, 2번 처분은 적법하다.

라) 3번 처분에 관하여

위 인정증거들과 을 제8-1, 8-2호증의 각 기재에 의하면, 주식회사 ○○○○○이 2004년 1기 부가가치세 신고를 하면서 1-3 세금계산서와 일치하는 매출 세금계산서를 신고하지 아니한 사실은 인정 할 수 있다. 그러나 위와 같이 매출세금계산서를 신고하지 아니하였다는 사실만으로 1-3 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없고, 달리 1-3 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 관한 피고의 입증이 없다. 따라서 결국 3번 처분은 그 적법성에 관한 피고의 입증이 부족하여 위법하다.

마) 4번 처분에 관하여

위 인정증거들과 을 제9-1, 9-2호증의 각 기재에 의하면, 원고가 매입세금계산서로서 신고한 1-4 세금계산서는 부가가치세법상 세금계산서를 발행 할 수 없는 간이과세자인 △△상사가 발행한 것인 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면, 매입세액으로 공제할 수 없는 1-4 세금계산서에 관하여 매입세액을 불공제한 4번 처분은 적법하다.

바) 5번 처분에 관하여

앞서 인정한 바와 같이, 피고는 원고가 2-1 내지 2-4 매출에 관하여 신고를 누락하였다는 이유로 5번 처분을 하였으나, 원고는 쟁점 예정신고를 하면서 2-1 내지 2-4 매출을 신고하였고, 다만 피고가 쟁점 예정신고의 내용을 전산에 입력하지 아니하였을 뿐이므로, 매출누락은 5번 처분의 적법한 사유가 될 수 없다.

그러나, 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 법위 내에서 그 사유를 교환 ․ 변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료 만에 의하여 처분의 적법 여유를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라고 할 것인데(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657판결 등 참조), 피고는 이 사건 변론에 이르러 3-1 내지 3-3 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 주장을 하고, 이는 모두 쟁점 예정신고와 관련한 것으로서 5번 처분의 동일성의 범위 내에 있는 것으로 봄이 상당하므로, 이하에서는 3-1 내지 3-3 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 관하여 살피기로 한다.

먼저 3-2 세금계산서에 관하여 살피건대, 을 제10-1 내지 10-4, 11-4호증의 각 기재에 의하여 □□유통의 운영자인 이△△은 2005년 1기 부가가치세와 관련하여 3-2 세금계산서와 관련한 매출을 전혀 한 적이 없었다고 확인하고 부가가치세 신고도 본인이 신고한 것이 아니라고 주장하면서 경정청구를 한 사실을 인정할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 3-2 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명된 것으로 보이는 반면, 위 3-2 세금계산서가 실물거래에 부합하는 점에 관한 원고의 증명은 전혀 없으므로, 3-2 세금계산서는 매입세액에서 불공제되어야 함이 마땅하다.

다음으로 3-1, 3-3 세금계산서에 관하여 살피건대, ① 3-1 세금계산서는 거래상대방이 앞서 본 1-3 세금계산서와 같이 주식회사 ○○○○○이라는 점 외에 그것이 사실과 다른 세금계산서임을 인정할 증거가 전혀 없고(피고는 3-1 세금계산서의 발행자가 1-3 세금계산서와 같은 주식회사 ○○○○○이라는 주장만 하고 있을 뿐인데, 일부 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 밝혀졌다고 하여 해당 거래당사자들 사이에 있었던 계속적인 거래관계에서 교부된 여러 장의 세금계산서에 관하여 까지 모두 입증책임이 전환된다고 보기는 어려울 뿐 아니라, 앞서 본 바와 같이 1-3 세금계산서조차도 사실과 다른 세금계산서라고 단정하기 어려우며, 을 제11-4호증의 기재에 의하면 3-1 세금계산서는 거래상대방이 매출세금계산서로 신고가 되어 있는 사실까지도 인정된다),②을 제11-4호증의 기재에 의하면 3-3 세금계산서의 거래상대방인 □□□□□□가 3-3 세금계산서와 대비되는 매출세금계산서를 신고하지 아니한 사실은 인정되나, 위와 같이 매출세금계산서를 신고하지 아니하였다는 사실만으로 3-3 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없고, 달리 3-3 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 관한 피고의 입증이 없다. 따라서, 3-1, 3-3 세금계산서는 매입세액을 불공제 할 수 없다고 할 것이다.

결국, 원고에게 부과되어야 할 정당한 2005년 제1기 부가가치세액은 다음과 같다.

(단위 : 원)

<증가된 가산세 내역>

따라서, 5번 처분 중 4,051,528원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 쟁점 종합소득세 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.