주문

심판청구를 기각합니다.

이유

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.5.11. ◯◯시 ◯◯구 ◯◯◯동 389-5 대지 9㎡*/(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ◯◯공사에 공익사업용 부동산으로 협의 양도하고 이에 대하여 양도소득세를 신고․납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 양도소득금액을 조세특례제한법 제85조에 의거 기준시가로 산정한 8,187,336원에, 청구인이 같은 해 양도한 ◯◯도 ◯◯군 ◯◯읍 ◯◯리 000-0번지 토지의 양도소득금액 74,239,256원을 합산하여 당해연도 양도소득 금액을 82,426,592원으로 조정하여 산출세액을 산정한 다음 기납부세액을 차감하여 2007.11.1. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 2,513,200원을 결정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.2. 이의신청을 거쳐 2008.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

◯◯뉴타운 조성과 관련하여 ◯◯공사에 협의 양도된 쟁점토지는 양도소득세 비과세대상에 해당될 뿐만 아니라 쟁점토지와 같은 해에 양도된 다른 부동산의 양도소득금액을 합산하여 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 소득세법 제88조 제1항에 의거 협의양도에 의한 소유권이전이므로 양도의 범위에 해당되고 조세특례제한법 제85조의 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 받을 수 있는 토지이므로 무신고한 쟁점토지에 대해 기준시가로 양도차익 및 소득금액 8,187,336원을 산정하여 동일연도에 청구인이 양도한 다른 부동산의 양도소득금액 74,239,256원을 소득세법 제102조에 따라 합산한 뒤, 양도소득기본공제 2,500,000원을 차감한 과세표준 72,926,592원에 대하여 누진세율을 적용한 결정세액에서 기납부세액 13,382,640원을 차감하여 양도소득세를 결정고지한 것은 정당하고 이를 이중과세라고 볼 수도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 공익사업용 부동산으로 협의 양도된 쟁점토지가 양도소득세 비과세대상인지

② 동일 과세기간에 쟁점토지의 양도소득금액을 다른 토지의 양도소득금액과 합산하여 양도소득세를 과세한 것이 이중과세에 해당되는지

나. 관련 법령

○ 소득세법 제88조【양도의 정의】

① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여 (「상속세 및 증여세법」 제47조제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

○ 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정)

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 12. 29. 개정)

나. 지상권 (2000. 12. 29. 개정)

다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2000. 12. 29. 개정)

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정)

가.「증권거래법」에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2006. 12. 30. 개정)

나.「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 “코스닥상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2005. 12. 31. 개정)

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등 (2005. 12. 31. 개정)

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2003. 12. 30. 개정)

가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다) (2003. 12. 30. 개정)

나. 이용권ㆍ회원권 그 밖에 그 명칭에 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식 등을 포함한다) (2003. 12. 30. 개정)

다. 주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 (2003. 12. 30. 개정)

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다. (2000. 12. 29. 개정)

○ 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액 (이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

○제102조【양도소득금액의 구분계산 등】 (1999. 12. 28. 제목개정)

① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각호별로 당해 자산외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설)

○ 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정 신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

○ 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

거주자가 소득세법 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2제1항 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조제2항 제6호 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

㈎ 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2006.5.11. ◯◯공사에 공익사업용 부동산으로 협의 양도하고 양도소득세를 무신고하였다.

처분청은, 쟁점토지의 양도를 조세특례제한법 제85조의 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 기준시가로 산정한 양도소득금액 8,187,336원에, 같은 해 청구인이 양도한 ◯◯도 ◯◯군 ◯◯읍 ◯◯리 000-0번지 토지 887㎡의 양도소득금액 74,239,256원을 합산한 82,426,592원을 당해 연도 양도소득금액으로 조정한 다음, 양도소득기본공제 2,500,000원을 공제한 양도소득과세표준 79,926,562원에 대하여 소득세법 제103조 제1항 제1호의 세율을 적용한 납부할 세액에서 기납부된 세액 13,382,640원을 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

㈏ 소득세법 제4조 제1항 제3호에서 자산의 양도로 인하여 발생한 소득은 거주자의 소득 중 하나로 규정하고 있고, 소득세법 제88조에서 양도소득에 대한 납세의무에 있어 양도의 정의는 “자산이 유상으로 사실상 이전되는 것”으로 규정하고 있다. 또한, 현행 소득세법 또는 조세특례제한법에는 공익사업용으로 부동산을 양도하였다 하여 그 발생한 양도소득에 대하여 비과세하거나 감면하는 규정은 찾아 볼 수 없다.

㈐ 따라서, 청구인은 쟁점토지를 공익사업시행자에게 유상으로 양도하였으므로 소득세법 제4조 제1항 제3호 및 소득세법 제88조에 따라 그 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

㈎ 청구인은 쟁점토지와 다른 토지의 양도소득을 합산하여 양도소득세를 과세하는 것은 이중과세라고 주장한다.

㈏ 소득세법 제5조에 의하면, 소득세는 1월 1일부터 12월 31일까지의 1년분을 과세기간으로 하여 그 소득금액에 대하여 과세하도록 규정하고 있고, 동법 제95조 제1항은 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정되어 있다. 한편, 소득세법 제102조 제1항에서는 양도소득세 과세대상 중 부동산, 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득은 그 소득별로 구분하여 양도소득금액을 계산하도록 규정하고 있으며, 반면 동조 제2항은 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 당해 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 규정하고 있다.

㈐ 소득세법의 관련 법리를 적용하여 살피건대, 청구인은 2006년에 2건의 부동산의 양도소득이 발생하였으므로 동일한 과세기간에 발생한 부동산 양도소득에 대하여 그 양도소득금액을 합산하여 양도소득금액을 조정한 다음 양도소득세기본공제를 한 과세표준에서 세율을 적용하여 산출세액 및 결정세액을 계산한 총결정세액에서 기납부세액을 차감하여 이 건 양도소득세를 결정고지한 것은 적법하고, 이것을 이중과세라고 하는 청구주장은 이유 없다.

따라서, 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.