주 문

1. 피고가 2007. 5. 9. 원고에 대하여 한 2001년 1기분 부가가치세 1,771,220원, 2003년 2기분 부가가치세 2,301,140원, 2001년 귀속 종합소득세 4,882,280원, 2003년 귀속 종합소득세 7,901,630원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문 기재와 같다.

이 유

1. 부과처분의 경위

가. 원고는 1990.11.1.부터 2004. 5. 31.까지 서울 ○○구 ○○동 XXX-XX에서 ‘○○○’라는 상호로 금은세공 등의 제조업을 영위하는 사업자로, 소외 주식회사 □□□□(이하 ‘소외 회사’라 한다.)로부터 2001년 1기 과세기간 중 공급가액 8,000,000원의 세금계산서와 2003년 2기 과세기간 중 공급가액 14,999,000원의 세금계산서(이하 위 각 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 각 수취하여 각 과세기간의 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하고, 종합소득세 신고시 필요경비로 산입하였다.

나. 피고는 ○○세무서장으로부터 소회 회사가 실물거래 없이 세금계산서를 발행하는 자료상이라는 통보를 받고, 이에 근거하여 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 발행한 허위의 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고, 매입금액을 필요경비 불산입하여 2007. 5. 9. 원고에게 주문 제1항 기재와 같이 각 부가가치세 및 종합소득세를 증액경정․고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2007. 8. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 10. 23. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 갑 제1, 2호증, 을3 내지 6호증의 각 기재

2. 부과처분의 적법 여부

가. 관계법령

별지 기재와 같다.

나. 판단

1)세금계산서가사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대해 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 을 제1호증의 기재에 의하면, ○○세무서장은 2004. 12. 29. 소외 회사와 소회 회사의 대표이사 김○○에 대하여 가공세금계산서를 발행하는 자료상으로 조사하여 고발한 사실은 인정된다. 그러나 한편 갑 제5.6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ①원고는 2003. 7. 29. 소외 회사에 이 사건 세금계산서 중 2003년 2기분 세금계산서의 거래대금에 해당하는 16,600,000원을 송금한 사실, ②○○세무서장이 위와 같이 소외 회사와 김○○을 조세범처벌법위반 혐의로 고발한 사건에 대하여 서울중앙지방검찰청은 2005. 12. 23. 소회 회사와 김○○에 대하여 각 혐의없음 처분을 한 사실에 각 비추어 보면, 위와 같이 소회 회사가 자료상으로 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물 거래를 동반하지 아니한 허위의 세금계산서라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 자료가 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.