주 문

○○세무서장이 2007.5.2. 청구법인에게 한 법인세 2002사업연도분 351,274,640원, 2003사업연도분 549,951,460원, 2004사업연도분 23,554,750원 및 2005사업연도분 186,469,660원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 고객의 요구에 따라 컴퓨터시스템의 스토리지와 솔루션을 기획 및 설계하고 그에 필요한 원자재(하드웨어, 소프트웨어)를 매입하여 설치․유지 보수를 하는 기업으로 1999사업연도부터 지식기반산업인 “컴퓨터시스템 설계 및 자문업”을 영위하는 중소기업이라 하여 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)의 규정을 적용하여 법인세 신고를 하였다.

처분청은 청구법인을 ○○국 E○C사의 하위조직(Reseller)이자 총판사업자의 지위로서 도매업을 영위하는 법인으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 2007.5.2. 청구법인에게 법인세 2002사업연도분 351,274,640원, 2003사업연도분 549,951,460원, 2004사업연도분 23,554,750원, 2005사업연도분 186,469,660원, 합계 1,111,250,510원을 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.7.6. 이의신청을 거쳐 2007.10.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인의 사업내용은 기업들로부터 컴퓨터시스템 구축에 따른 주문계약을 받아 전산 Network System 분석․설계, 시스템 운영방법 등에 대한 컨설팅을 직접 하고, 컴퓨터시스템 구축에 필요한 스토리지는 ○국의 E○C사로부터 구입(국내 컴퓨터 회사들이 마이크로소프트사의 윈도우를 구입하는 것과 같음)하여 설치하는 것으로, 정보통신부로부터 “시스템분석 및 설계, 통신망구축”업무로 시스템통합사업자로 인정받았고, 중소기업진흥공단으로부터는 무선인터넷 금융거래시스템업으로 유망 중소기업으로 선정되었으며, 코스닥에는 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 등록되는 등 감독기관으로부터 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 인정받고 있고, 이에 따라 1999사업연도부터 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받아온 사실에 대하여 2003년 ○○지방국세청장의 세무조사시에도 이를 인정하였음에도 불구하고, 처분청이 감면세액 사후관리과정에서 컴퓨터시스템 설계 및 자문업에 대한 전문적인 이해도 없이 단순한 도매업으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 법인세를 과세하는 것은 부당할 뿐만 아니라 신의성실의 원칙에도 어긋난다.

나. 처분청 의견

청구법인은 ○국 E○C사의 한국총판사업자(Reseller)의 하나로, 제품의 판매에 있어서 중요하고 핵심적 역할인 국내 기업들로부터 스토리지를 주문받아 설계 및 설치하는 과정이 청구법인의 독자적인 기술이나 노하우로 하는 것이 아니라 ○국 E○C사의 제품을 납품받아 제품과 솔루션의 특성에 따라 기업환경에 맞게 배치하는 것으로 이는 주업이 ○국 E○C사의 제품(스토리지)을 주문․판매하는 도매업이고, 솔루션 설치(시스템 설계 및 설치, 자문 등)는 비용을 별도로 청구하는 것도 있고 없는 것도 있는 점 등으로 보아 판매부수업에 해당하며, 연구개발 및 기술인력에 따른 특허 및 등록한 기술도 스토리지시스템 구축과 직접 연관성이 없고, 제조원가중 재료비가 95%에 해당하는 점 등을 감안하여 볼 때, 이는 중소기업에 대한 특별세액감면 대상업종에 해당하지 아니하므로 감면한 법인세를 추징한 처분은 정당하며, 청구법인에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면 대상 업종이라는 공식적인 견해 표명도 없었고, 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 경정결정이 가능하므로 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구 법인이 영위하는 업종이 ᒥ한국표준산업분류표ᒧ 상 ᒥ컴퓨터시스템 설계 및 자문업(코드번호 : 72100)인지 또는 컴퓨터 및 패키지소프트웨어 도매업(코드번호 : 51891)인지 여부

나. 관련법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제2조 【정 의】

①․② (생 략)

③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다.

○ 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종

가. ∼ 바. (생 략)

사. 도매업

아. ∼ 타. (생 략)

파. 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터 운영관련업

하. ∼ 허. (생 략)

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업 등을 영위하는 사업장 : 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10

바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령(2005.12.31. 대통령령 제19256호로 개정되기 전의 것)

제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① ∼ ③ (생 략)

④ 법 제7조 제1항 제2호 마목에서 “대통령령이 정하는 지식기반산업”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 엔지니어링사업

2. 부가통신업

3. 연구 및 개발업

4. 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업

⑤ 법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 통계법(2007.4.27. 법률 제8387호로 개정되기 전의 것)

제17조 (통계자료의 분류 )

①통계작성기관이 통계를 작성하기 위하여 통계자료를 분류할 때에는 통계청장이 국제표준분류를 기준으로 하여 작성·고시하는 표준분류에 의하여야 한다. 통계청장이 표준분류를 작성함에 있어서는 관계기관과 미리 협의하여야 한다.

②제1항의 표준분류에 의하여 분류하기 곤란한 통계자료에 대하여는 그 통계작성기관의 장은 통계청장의 동의를 얻어 표준분류와 다른 분류를 할 수 있다.

③통계청장은 표준분류의 내용을 변경하거나 요약·발췌하여 발간함으로써 표준분류의 내용이 사실과 다르게 전달될 우려가 있다고 인정하는 경우에는 이의 시정을 명할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사업내용이 기업들로부터 컴퓨터시스템 구축에 따른 주문계약을 받아 전산 Network System 분석․설계, 시스템 운영방법 등에 대한 컨설팅을 직접 하고, 컴퓨터시스템 구축에 필요한 스토리지는 ○국의 E○C사로부터 구입하여 설치하는 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 정보통신부 등 관련 감독기관도 이를 인정하고 있고, 처분청도 이를 인정하여 1999사업연도부터 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하다가 감면세액 사후관리과정에서 컴퓨터시스템 설계 및 자문업의 사업흐름에 대한 전반적인 이해도 없이 스토리지 등 제품 판매액이 많다하여 도매업으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서, 청구법인의 업황 및 사업흐름도, 인력 및 매출액 현황, ○국 E○C사와의 계약서, 특허 및 등록 현황, 코스닥협회 등에 대한 등록현황 등을 증빙서류로 제출하고 있다.

청구법인 현황 및 사업흐름도를 살펴보면, 1989년 대○정보시스템주식회사로 설립하여 2002.12.30. 엔○스주식회사로 상호를 변경하였으며, 사업내용은 영업활동의 결과 고객의 요구(계약) 에 맞는 컴퓨터 시스템을 구축하기 위하여 고객 전산실 Network환경, System환경을 분석하여 고객에 맞는 System 제안도를 작성하고, 기타 System 운영방법이나 Workgroup 관련해서 Data Consulting을 하며, 컨설팅 결과를 바탕으로 컴퓨터시스템을 설계하는 것으로 이 과정에서 필요한 스토리지, H/W 등은 ○국 E○C사 등의 제품을 사용하고 있으며,

청구법인의 인력(2006년말 현재)은 영업 분야 10명, 연구개발 및 기술지원 분야 15명, 일반관리 분야 20명, 합계 45명으로 구성되어 있고, 2002사업연도부터 2006사업연도까지 매출액 및 매출원가 현황은 아래와 같다.

/*

< 매출액 및 매출원가 현황 >

(단위 : 백만원)

*/

* 제품매출액에는 ○국 E○C사의 제품 판매액에 컴퓨터시스템 설계 및 자문 용역비(시스템 분석 및 설계, 유지 및 관리비용 등) 포함

청구법인과 ○국 E○C사와의 계약서 주요내용을 보면, 청구법인은 ○국 E○C사의 Reseller의 위치(매월 향후 6개월의 사업계획서를 E○C사에 제출)에 있고, 제품의 특허권, 카피라이트, 트레이드 비밀상황, 상호명, 트레이드마크, 다른 권리와 제품에 관한 라이센스가 부여되어 있지 않으며, E○C사 한국지사는 최종소비자에 대한 영업활동도 하며, 최종 소비자를 확보하는 등의 경우 적정한 국내 10개 Reseller를 선정하여 최종소비자와 연결할 수 있으며, 청구법인이 설계, 기획한 시스템이 아닌 E○C사의 제품모델만 제공하여야 한다고 되어 있다.

또한, 특허 및 등록, 정보통신부 등 관련 감독기관의 인증서 등을 살펴보면, 2001.5.25. 차세대 네트웍크로 불리워지는 인터넷, 웹, 무선망을 연계하는 컴퓨터 기술인 “D×× I××× M××××”, 2003.5.2. 기존 유선 신용카드 전산화시스템 대신에 핸드폰을 사용하여 장소에 구애 없이 광범위하게 거래할 수 있는 “이동통신단말기를 이용한 금융기관의 거래 방법”을 각각 특허받은 것으로 되어 있고, 2000.8.17. 은행의 호스트시스템과 내외부 네트워크 간에 중간과정을 처리하는 시스템인 EBS20000(Electronic Banking System : 대외계시스템 프로그램)을 ○○소프트웨어진흥원에 등록한 것으로 되어 있으며,

1995년 12월 정보통신부에 “시스템분석 및 설계, 통신망구축” 업무로 “시스템 통합사업자(S.I)”로 등록되어 있고, 2000.10.20. ○○지방중소기업청으로부터 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 규정에 의한 중소벤처기업으로 지정되어 있으며, 2001년 8월에는 중소기업진흥공단으로부터 “무선인터넷 금융거래시스템업(업종코드 : 72100)”으로 유망중소기업으로 선정되었고, 2001년 11월에는 ○○증권선물거래소에 코스탁 상장시 “컴퓨터시스템설계 및 자문업( 업종코드:72100)” 으로 등록되어 있으며, 2003년 3월에는 ○○산업기술진흥협회로부터 기술개발촉진법 제16조 규정에 의거 “기업부설연구소인정서”를 교부 받았고, ○○ 소프트웨어 산업협회에 소프트웨어사업자로 신고 및 정보처리산업협회에 회원으로 가입되어 있다.

(2) 업종 분류 관련규정인 조세특례제한법 제2조, 통계법 제17조 및 한국표준산업분류표를 살펴보면, 조세특례제한법 제2조에는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있고, 통계법 제17조에는 통계자료를 분류할 때에는 통계청장이 국제표준분류를 기준으로 하여 작성·고시하는 표준분류에 의하여야 한다고 규정하고 있으며, 한국표준산업분류표상 산업분류의 적용원칙에는 생산단위는 산출물뿐만 아니라 투입물과 생산공정 등을 함께 고려하여 그들의 활동을 가장 정확하게 설명된 항목에 분류해야 하고, 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위는 자기계정과 자기책임 하에서 생산하는 단위와 동일항목에 분류되어야 한다고 되어 있으며,

도매업(51)의 유형에는 판매하는 상품에 대한 소유권을 갖고 소매업자에게 판매하는 도매업자와 산업체, 단체, 기관, 전문사용자 등에 상품을 공급해 주는 산업공급자로 도매업에 종사하는 사업체가 상품판매와 관련하여 부수적으로 그 기계 및 장비를 조립 또는 설치하는 경우는 주된 상품에 따라 도매업의 해당 항목에 분류되며, 사업 서비스업(72～75)은 다른 사업체를 위하여 기술 및 과학적 업무와 일상적 업무를 계약에 의하여 수행함으로써 업무의 전문성과 효율성을 달성하는 정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업, 연구 및 개발업, 전문․ 과학 및 기술서비스업으로 이 산업은 고도의 전문지식과 훈련을 받은 인적자본이 서비스생산의 주요 투입요소이며 장비와 원료는 핵심요소가 아니며, 이 산업중 컴퓨터시스템 설계 및 자문업(72100)은 컴퓨터 하드웨어, 소프트웨어 및 통신기술을 통합하는 컴퓨터시스템을 기획 및 설계하는 산업활동을 말하는 것으로 시스템 구성요소인 하드웨어와 소프트웨어의 판매, 시스템설치, 시스템이용자 훈련을 부수적으로 수행할 수 있다고 되어 있다.

(3) 이상과 같은 사실관계 및 관련규정을 종합해볼 때, 처분청은 청구법인의 매출원가중 재료비의 비중(95%), ○국 E○C사와의 계약내용, 솔루션 설치(시스템 설계 및 설치, 자문 등) 비용 청구내역 등을 기준으로 청구법인의 주사업을 도매업으로 보았으나, 한국표준산업분류표상 산업분류는 생산단위는 산출물 뿐만 아니라 투입물과 생산공정 등을 함께 고려하여 그들의 활동을 가장 정확하게 설명된 항목에 분류하도록 하고 있고, 이에 따라 사회 서비스업은 다른 사업체를 위하여 기술 및 과학적 업무와 일상적 업무를 계약에 의하여 수행함으로써 업무의 전문성과 효율성을 달성하는 것으로, 이는 고도의 전문지식과 훈련을 받은 인적자본이 서비스생산의 주요 투입요소이며, 장비와 원료는 핵심요소가 아니라고 규정하고 있어, 청구법인의 경우 단순히 ○국 E○C사로부터 스토리지를 구입하여 거래처에 판매하는 것이 아니라 각 기업(고객)과의 계약(주문)내용에 따라 컴퓨터시스템을 설치 및 컨설팅을 하고 있으며, 컴퓨터시스템 설계 및 자문업과 관련하여 연구개발 및 기술인력을 보유하고 있을 뿐만 아니라 특허 및 등록된 기술을 보유하고 있고, 정보통신부 등 관련기관으로부터 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 등록 또는 인정받고 있는 점 등으로 보아 청구법인의 주업종을 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 청구법인의 업종을 컴퓨터 관련 도매업으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

각 기업(고객)과의 계약(주문)내용에 따라 컴퓨터시스템을 설치 및 컨설팅을 하고 컴퓨터시스템 설계 및 자문업과 관련하여 연구개발 및 기술인력을 보유하고 있다면 주업종을 컴퓨터시스템 설계 및 자문업으로 보는 것이 타당한 것으로 판단