○○○세무서장이 2007.10.5. 청구인에게 한 2006.1.1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 257,913,530원의 부과처분은 처분청이 작성한 운송현황표가 청구인의 매출 ․ 매입을 기재한 것인지 아니면 차주의 매출 ․ 매입을 기재한 것인지 여부, 외주차주의 매출임에도 청구인의 매입으로 인정되지 아니하는 부분과 관련된 청구인의 매출이 있는지 여부를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 화물운송 및 운송알선업을 영위하는 내국법인으로, 2006.1.1 ~ 12.31. 사업연도 법인세 신고시 운송수입을 4,303,450,684원, 매출원가 중 외주운송비를 4,066,096,324원으로 하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하였던바, 2006.1.1. ~ 12.31. 사업연도 중 청구인의 운행일보 및 관련 전산자료상 매입가액과 세금계산서상 공급가액의 차액인 1,201,197,000원을 손금불산입하고, 실제 거래 없이 세금계산서를 교부하였다고 본 가공매출분 281,043,500원을 익금불산입하여, 2007.10.5. 청구인에게 2006.1.1 ~ 12.31. 사업연도 법인세 257,913,530원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.27. 이의신청을 거쳐 2008.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

외부차량을 이용하여 화물을 운송하는 경우에는 세금계산서 수취에 상당한 시간이 소요되는 문제 등으로 지입차량으로부터 매입한 것으로 위장세금계산서를 수취하였을 뿐인데, 처분청은 이 건 세무조사 당시 청구인이 보관하고 있던 운행일보를 근거로 ‘운송현황표’를 작성하여 운송현황표상 매출 부분을 청구인의 수입으로 인정하였음에도, 매입 부분을 청구인의 비용으로 인정하지 아니하면서 청구인이 지입차주로부터 수취한 세금계산서의 공급가액과 ‘운송현황표’의 매입금액이 일치하지 아니하는 부분을 손금불산입함은 부당하다 할 것이므로, 처분청이 작성한 ‘운송현황표’상 매입금액인 3,867,557,687원(이하 “쟁점운송비”라 한다)을 청구인의 전체 운송비로 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 주장하는 쟁점운송비는 2006.1.1. ~ 12.31. 사업연도 중 차주의 가공매출조사서에 첨부된 운송현황표의 매입을 집계한 금액으로, 운송현황표의 매출에는 지입차주만이 아니라 외주차주의 매출도 포함되어 있고, 외주차주의 운송과 관련하여 청구인은 알선수수료 상당의 매출만 발생한다 할 것이므로 차량운송현황표상 전체 매출금액을 청구인의 매입으로 보기는 어렵다.

2. 심리 및 판단

가. 쟁 점

운송현황표상 매입금액을 청구인의 2006.1.1. ~ 12.31. 사업연도 운송비용으로 보아 손금으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 화물운송 및 운송알선업을 영위하는 내국법인으로, 2006.1.1. ~ 12.31. 사업연도 법인세 신고시 운송수입을 4,303,450,684원, 외주운송비를 4,066,096,324원으로 하였다. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구인의 운행일보 및 관련 전산자료상 매입가액과 세금계산서상 공급가액의 차액인 1,201,197,000원을 손금불산입하고, 실제 거래 없이 세금계산서를 교부하였다고 본 가공매출분 281,043,500원을 익금불산입하여, 2007.10.5. 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 이에 청구인은 외부차량을 이용하여 화물을 운송하는 경우에는 세금계산서 수취에 상당한 시간이 소요되는 문제 등으로 지입차량으로 매입한 것으로 위장세금계산서를 수취하였을 뿐이데, 처분청은 이 건 세무조사 당시 청구인이 보관하고 있던 운행일보를 근거로 ‘운송현황표’를 작성하여 운송현황표상 매출 부분을 청구인의 수입으로 인정하였음에도, 매입 부분을 청구인의 비용으로 인정하지 아니하면서 청구인이 지입차주로부터 수취한 세금계산서의 공급가액과 ‘운송현황표’의 매입금액이 일치하지 아니하는 부분을 손금불산입함은 부당하다 할 것이므로, 처분청이 작성한 ‘운송현황표’상 매입금액인 쟁점운송비를 운송비용으로 인정하여야 한다고 주장한다.

(3) 살피건대, 이 건 과세처분에 대한 이의신청 결정서, 답변서, 처분청이 제출한 운송현황표, ○○물류 지입차주 가공매출조사서에 의하면 처분청이 청구인에 대한 세무조사 과정에서 차량운행 관련 원시기록인 운행일보와 화물운송 전용 컴퓨터 프로그램(차두리)에 수록된 운행내역을 종합하여 운송현황표를 작성한 사실, 운송현황표 매출액 상단 부분에 ○○ 入(입), 차주 出(출)이라고 기재된 사실, 처분청은 운송현황표상 차주의 매출과 청구인의 매입을 비교하여 차이가 나는 부분을 부인하여 과세한 사실이 확인되는바, 운송현황표의 매출 ․ 매입을 차주들의 매출 ․ 매입으로 볼 여지도 있으나, 운송현황표상 매입처에 차주의 이름 및 차량번호가 기재되고, 매출처로는 화주의 상호가 기재되어 있는 점, 운송현황표상 매입액과 매출액이 300,000원, 500,000원 등으로 일치하는 경우가 빈번한 점, 청구인이 유류비, 수선시 등 외주차주의 매입내역까지 운행일보나 전산으로 관리함은 이례적이라고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보았을 때, 동 운송현황표상 매입이 청구인의 매입인지 아니면 차주의 매입인지 여부에 대하여 추가적인 조사가 필요하다고 보인다.

(4) 또한, 처분청은 세무조사 당시 외주차량을 이용한 가공매입 부분만을 조사하였을 뿐 외주차량을 이용한 가공매출부분에 대하여는 조사를 하지 아니하였고, 이 건 과세내역에 의하면 청구인의 운송수입은 4,228,617천원, 운송비용은 3,136,723천원으로 소득률이 34.8%에 달하는 바, 외주차주의 매출을 청구인의 매출로 가공계상한 부분이 있는지 여부에 대한 추가 조사도 필요하다고 보인다.

(5) 따라서, 이 과세처분은 처분청이 작성한 운송현황표상 매출 ․ 매입이 청구인의 매출 ․ 매입인지 아니면 차주의 매출 ․ 매입인지 여부, 외주차주의 매출을 청구인의 매출로 가공계상한 부분이 있는지 여부를 재조사함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.