주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지
피고가 2007.4.20. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 양도소득세 101,447,410원의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 이 사건 처분의 경위

갑1, 2, 4호증, 갑 6호증의 1, 2, 3, 을 1, 2, 3호증의 각 기재에 의하여 인정된다.

가. 원고는 2001.1.20. 진주시 ○○동 163-○ 전 182㎡, 같은 동 177-○ 전 43㎡, 같은 동 178-○ 대 145㎡, 같은 동 187-○ 답 160㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 취득하여, 2001.12.27. 이 사건 토지에 인접한 국유지의 관리청인 국방부와 사이에 아래와 같은 부동산 교환계약(이하 이 사건 교환계약이라 한다)을 체결하고, 같은 달 28. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

(1) 원고의 교환부동산 : 이 사건 토지, 평가액 371,000,000원

(2) 국유지 : 진주시 ○○도 180-○ 잡종지 636㎡(이하 이 사건 국유지라 한다) 평가액 372,060,000원

(3) 국방부는 교환 차액 1,060,000원(372,060,000원 - 371,000,00원)을 계약체결후 60일 이내에 지급한다.

나. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 양도하였다는 이유로 2007.1.12. 이 사건 토지의 양도가액을 실지거래가액에 맞춰 양도소득세 과세표준을 147,685,740원(양도가액 372,060,000원 - 취득가액 215,411,903원)으로 산정하여 2001년 귀속 양도소득세 102,180,800원을 부과할 예정이라고 고지하였다.

다. 이에 원고는 2007.2.28. 피고에게 양도소득세 과세표준을 41,128,700원(양도가액 364,690,000원 - 취득가액 215,411,903원)으로 산정하여 2001년 귀속 양도소득세 102,180,800원을 부과할 예정이라고 고지하였다.

다 이에 원고는 2007.2.28. 피고에게 양도소득세 과세표준을 41,128,700원(양도가액 364,690,000원 - 취득가액 311,710,000원)으로 산정하여 신고하였으나, 피고는 이를 인정하지 아니하고 2007.4.20. 원고에게 위 나.항의 부과예정 고지대로 양도소득세 102,180,800원을 부과하였다(이하 당초 처분이라 한다)

라. 원고는 2007.6.21. 국세심판원에 심판을 청구하였고, 국세심판원장은 2007.12. 7. 양도가액을 371,000,000원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다는 내용의 일부 인용결정을 하였다.

마. 이에 따라 피고는 2008.1.7. 위 양도소득세액 102,180,800원을 101,447,410원으로 감액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 당초 처분 중 감액하여 남은 양도소득세 부과처분을 이 사건 처분이라 한다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 토지의 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가로 산정하여 이 사건 양도소득세를 부과하여야 하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하면서 그 취소를 구한다.

(1) 이 사건 토지는 원고의 취득 이전부터 ○○교육사령부 현병파견대의 부지나진출입로로 이용되고 있었는데, 이런 문제를 해결하고자 하는 국방부의 요청에 따라 원고는 불가피하게 국유재산법에 의하여 이 사건 토지를 이 사건 국유지와 교환하게 된 것일 뿐이어서, 이는 구 소득세법(2002.12.18.법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 소득세법이라 한다) 제96조 제4항 소정의 부득이한 사유로 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우에 해당한다.

(2) 또한 위 (1)항과 같은 이 사건 토지의 교환경위, 그 공익적 필요성 등에 비추어, 원고가 이 사건 토지의 취득 후 1년 이내에 교환한 것은 단기매매차익의 목적이 아니라 국가의 이익을 위하여 어쩔 수 없이 한 정상적인 거래이므로, 이는 구 소득세법 시행령(2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것, 소득세법 시행령이라 한다) 제162조의 2 제4항 소정의 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에 해당한다.

나. 관계법령

구 소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

구 소득세법 시행령 162조의2 (양도가액)

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑2, 3, 5호증, 을 4호증의 각 기재 및 이 법원의 ○○교육사령부에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(1) ○○교육사령부 헌병파견대 건물이 1989년경 진해시 ○○동 180-○ 잡종지에 신축되면서 당시 철도청 소유인 같은 동 178-○ 대 145㎡(이하 이 사건 토지 중 일부) 중 43㎡를 침범하였고, 철도청 소유인 같은 등 181-○ 전 231㎡ 대, 181-○ 전을 매도함에 따라 위 토지들의 소유권 관계를 정리할 필요가 생겼다.

(4) 그 후 원고는 2001.1.20. ○○○○○신탁 주식회사로부터 이 사건 토지 및 그 인접 토지인 ○○시 ○○동 181-○ 대 696㎡ 같은 동 181-○ 전 5㎡, 같은 동 181-○ 전 9㎡, 같은 동 181-○ 전 231㎡, 같은 동 186-○ 잡종지 140㎡, 같은 동 187-○ 답 40㎡를 720,000,000원에 일괄 취득하였고, 같은 날 같은 동 187-○ 답 538㎡(이하 이 원고 취득의 위 토지들 중에서 이 사건 토지를 제외한 토지들을 나머지 토지라 한다)도 함께 취득하였다.

(5) 원고는 2001.1.29. ○○교육사령부에 이 사건 토지의 교환을 다시 제의하여, 2001.12.27. 이 사건 교환계약을 체결하였다.

(6) 원고는 2003.4.10. 김○연에게 이 사건 교환계약을 통하여 취득한 ○○시 ○○동 180-○ 잡종지 636㎡와 나머지 토지를 1,530,000,000원에 일괄 매도하였다.

라. 파단

(1) 위 가.(1)항 주장 부분

(가) 소득세법 제96조 제1항, 제4항, 소득세법 시행령 제162조의2 제4항에 의하면, 토지를 취득한 후 1년 이내에 양도하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도가액을 산정하되, 토지수용법ㆍ공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 기타 법률에 의한 수용(혐의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 인하여 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우로서 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있는데, 이는 부동산을 취득한 자가 자신의 의지와는 무관하게 부동산을 양도할 수 밖에 없는 부득이한 사유가 이는 경우에 한하여 그 부동산의 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하도록 예외규정을 둔 것이라고 해석함이 상당하다.

(나) 위 (가)항의 규정 내용 및 그 해석에다가 별지 관계 법령의 내용과 위 다.항 인정사실을 종합, 대비하여 판단하건대, 이 사건 토지는 원고의 취득 이전부터 인근군부대의 부지 및 진출입로로 이용되었는데, 원고는 이러한 사실을 알고 이 사건 토지를 취득한 것으로 보이는 점, 이 사건 토지의 전 소유자 김○생이 ○○교육사령부에 이 사건 토지의 교환을 제의하였다가 자기 측의 사정으로 교환계약이 성사되지 않았던 점, 이 사건 교환계약도 원고의 제의에 따라 체결되게 되었으며, 원고는 이 사건 토지를 매수하면서 장차 이 사건 교환계약을 통하여 이 사건 국유지를 취득하리라는 예상하고 그 인근의 나머지 토지도 함께 매수한 것으로 보이는 점, 국유재산법의 내용 및 성격 등에 비추어 국유재산 교환을 토지수영법ㆍ공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 소정의 수용 또는 협의매수에 준할 정도의 강제성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 비록 원고가 이 사건 토지를 이 사건 국유지와 교환하였다 하더라도 이를 두고 소득세법 제96조 제4항 소정의 부득이한 사유로 취득 후 1년 이내에 양도한 경우에 해당한다고 할 수 없다.

(2) 위 가.(2)항 주장 부분

나아가, 이 사건 토지의 거래가 단기매매차익을 목적으로 하지 않은 정상적인 거래에 해당하는지 여부에 관해서도 아울러 살피건대, 위 1항, 다 항 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 토지는 원고의 취득 이전부터 인근 군부대의 부지 및 진출입로로 이용되었으며 이로 인해 토지교환의 필요성이 제기되어 있었는데, 이러한 사정하에서 원고가 상당한 돈을 대출받으면서까지 이 사건 토지 및 상당한 규모의 이 사건 나머지 토지를 함께 취득하게 된 연유에 관하여 수긍할 만한 사정을 찾기 어려운 점, 원고가 이 사건 토지 등을 취득한 이후 11개월여만에 이 사건 교환계약이 체결되었고, 그로부터 불과 1년 5개월여만에 이 사건 교환계약으로 취득한 토지 및 나머지 토지를 함께 매도하면서 취득가액에 상당하는 800,000,000원 상당의 양도차익을 실현한 점, 원고가 이 사건 토지 등을 취득한 이후 이를 이용하였다는 구체적인 증거자료를 제출하지 못하고 이는 점 등을 종합하여 위 (1) (가) 항의 규정 내용에 대히바여 보면, 이 사건 토지거래는 그 취득 또는 양도의 경위 및 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정할 수도 없다.

(3) 이상의 사정을 종합하면 이 사건 토지의 양도가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3.결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.