주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 5. 1. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 250,536,570원의 경정청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 1. 19. 주택건설업 및 주택공급업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 1997년경과 1998년경 주식회사 신○○(이하 ‘신○○’이라고 한다)과 사이에 서울 ○○구 ○○동 ○○-○, ○에서 ○○동 복합변전소 건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업(이하 ‘이 사건 ○○동 사업’이라고 한다)과 서울 ○○구 ○○○동 ○○○○-○, ○, ○○에서 교대복합변전소 건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업(이하 ‘이 사건 ○○동 사업’이라고 한다)을 공동으로 시행하기로 하는 내용의 협약을 체결하였다.

나. ○○○세무서장은 2003. 6. 2. 신○○에 대하여 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물에 대한 1999 사업연도 특별부가세 711,694,230원, 2000 사업연도 특별부가세 698,146,360원, 2001 사업연도 특별부가세 77,214,800원 등 합계 1,487,055,390원의 특별부가세를 부과ㆍ고지하였다.

다. 원고 회사는 2003. 6. 4. 신○○과 사이에, ○○○세무서장이 위와 같이 신○○에 대하여 부과한 특별부가세에 관하여, 원고 회사가 그 중 본세는 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 5/9를, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 1/2을 각 부담하고, 가산세는 전액을 부담하기로 하는 내용의 합의를 한 후, 신○○에게 2003. 7. 9. 1,054,590,332원, 2003. 10. 9. 105,139,990원 등 합계 1,159,730,322원(주민세 부담분 포함, 이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라고 한다)을 지급하였다.

라. 원고 회사는 2004. 3. 31. 이 사건 쟁점금액을 잡손실로 계상한 후, 이를 손금불산입 항목으로 세무조정하여 2003 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

마. 원고 회사는 2007. 3. 2. 피고에 대하여 “이 사건 쟁점금액은 원고 회사에게 부과된 법인세가 아니라 동동사업에 대한 정산 이후 신○○에게 추가로 발생된 사업비용을 분담한 것이므로, 손금불산입 대상에 해당하지 않는다”고 주장하며 2003 사업연도 법인세 250,536,570원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 피고는 2007. 5. 1. 원고 회사에 대하여 “이 사건 쟁점금액의 실질은 법인세에 해당하므로 법인세법 제21조 제1호에 의하여 손금불산입으로 세무조정하여야 한다”는 이유로 원고 회사의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다.

사. 원고 회사는 이 사건 거부처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2008. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 5. 2. 원고 회사의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 6, 7, 을 제3호증의 각 기재

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

원고 회사는 실제 이 사건 각 사업의 시공자에 불과하고, 이 사건 쟁점금액은 원고 회사가 이 사건 각 사업의 시행자인 신○○으로부터 과다하게 지급은 공사대금 내지는 사업이익금을 신○○에게 부당이득으로 반환한 것으로서, 원고 회사에게 부과된 법인세가 아니므로, 이 사건 쟁점금액은 2003 사업연도의 익금에서 차감되어야 할 것에 해당한다. 따라서 이와 달리 이 사건 쟁점금액을 손금불산입 대상에 해당하는 원고 회사에게 부과된 법인세로 보고 한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

국세기본법 제14조 (실질과세)

국세기본법 제25조 (연대납세의무)

법인세법 제15조 (익금의 범위)

법인세법 제19조 (손금의 범위)

법인세법 제21조 (제세공과금의 손금불산입)

법인세법 제99조 (과세표준)

다. 인정사실

1) 원고 회사와 신○○은 1997년경과 1998년경 이 사건 각 사업에 관하여 협약을 체결하면서 아래와 같은 내용이 기재된 협약서를 각 작성하였다.

신○○과 원고 회사는 복합건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업을 공동 시행키로 하고 다음 사항을 협약한다.

제1조 (목적)

본 약정은 이 사건 각 사업 시행과 관련하여 상호 신뢰를 바탕으로 공동사업을 정상적으로 추진, 본 사업의 이익을 극대화 시키며 사업종료시 이익 또는 손실을 약정한 비율에 따라 배분하여 예상되는 분쟁을 최소화시키고 원활한 사업추진을 위하여 신○○과 원고 회사가 상호 합의하여 본 약정서를 작성한다.

제3조 (시행 및 시공방법)

신○○과 원고 회사의 지불을 90:10으로 시행한다(이 사건 ○○동 사업).

신○○을 시행자로 하고 원고 회사를 시공자로 한다(이 사건 ○○동 사업).

제4조 (이익의 배분율)

이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익에 대해 신○○과 원고 회사는 40:60(이 사건 ○○동 사업)과 50:50(이 사건 ○○동 사업)으로 배분한다.

제5조 (관련세금의 부담)

신○○과 원고 회사는 이 사건 각 사업과 관련된 모든 제세공과금에 대해서는 공통비용으로 계산하고 이익 배분으로 인해 발생되는 세금은 이익의 귀속자가 각각 부담한다.

2) 원고 회사와 신○○은 위 협약 체결 당시 이 사건 각 사업을 진행하는 과정에서 토지의 취득 및 자금조달과 관련된 부분은 신○○이 담당하고, 사업시행 인ㆍ허가 및 건설공사 시공과 관련된 부분은 원고 회사가 담당하기로 그 역할을 분담하였고, 이에 따라 1997. 5. 23. 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 “원고 회사가 1997. 2. 3.부터 1999. 6. 30.까지 사이에 도급금액 130억 1,200만원(부가가치세 별도, 이하 같다)에 복합건물의 신축공사를 하기로 하는 내용”의 건축공사표준계약서를, 1998. 3. 10. 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 “원고 회사가 1998. 3. 12.부터 2001. 12. 31.까지 사이에 도급금액 120억 원(이후 13,709,484,365원으로 변경)에 복합건물의 신축공사를 하기로 하는 내용”의 건축공사표준계약서를 각 작성하였다.

3) 원고 회사는 1998. 10.경 신○○과 사이에, 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 신○○의 이익금을 20억 원으로 하기로 합의하였다.

4) 신○○은 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지에 관하여 1997. 7. 1. 소유권을 취득한 후 1997. 7. 19. 원고 회사에게 그 중 1/10 지분에 관하여 소유권을 이전하였고, 이 사건 ○○동 사업으로 인하여 신축된 건물에 관하여 1999. 7. 23. 소유권보존등기를 경료하였으며, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지에 관하여 1998. 5. 15. 소유권을 취득하였고, 이 사건 ○○동 사업으로 인하여 신축된 건물에 관하여 2000. 11. 1. 소유권보존등기를 경료하였다.

5) 원고 회사는 2003. 6. 4. 신○○과 사이에, ○○○세무서장이 신○○에 대하여 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지(원고 회사 소유의 명의로 되어 있던 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지 중 1/10 지분은 제외) 및 건물의 양도차익을 과세표준으로 하여 부과한 합계 1,487,055,390원의 특별부가세에 관하여, 원고 회사가 그 중 본세는 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 5/9를, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 1/2을 각 부담하고, 가산세는 전액을 부담하기로 하는 내용의 합의를 한 후, 신○○에게 2003. 7. 9.과 2003. 10. 9. 두 차례에 걸쳐 합계 1,159,730,322원의 이 사건 쟁점금액을 지급하였다.

6) 원고 회사는 2004. 3. 31. 이 사건 쟁점금액을 잡손실로 계상한 후, 이를 손금불산입 항목으로 세무조정하여 2003 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 신○○은 2003 사업연도 소득금액을 계산하면서 ○○○세무서장이 부과한 위 특별부가세 등 총 1,635,760,937원(주민세 포함) 중 자신이 실제 부담한 479,220,977원(주민세 포함)만을 법인세추납액으로 하여 손금불산입 하였다.

[인정근거] 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 6, 7, 갑 제15호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고 회사가 이 사건 각 사업의 공동사업자에 해당하는지 여부

가) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사가 신○○과 사이에 이 사건 각 사업에 관하여 협약을 체결하면서 이 사건 각 사업을 동동으로 시행하여 이 사건 각 사업으로 인하여 발생된 이익을 일정한 비율에 따라 배분하기로 하는 내용이 기재된 협약서를 각 작성한 점, ② 원고 회사가 위 협약 체결 이후 신○○과 사이에 “원고 회사가 시공자로서 이 사건 각 사업과 관련된 복합건물의 신축공사를 한다”는 내용의 건축공사표준계약서를 각 작성한 바 있기는 하지만, 이는 원고 회사와 신○○ 사이에 위 협약 체결 당시 이루어진 “이 사건 각 사업을 진행하는 과정에서 토지의 취득 및 자금조달과 관련된 부분은 신○○이 담당하고, 사업시행 인ㆍ허가 및 건설공사 시공과 관련된 부분은 원고 회사가 담당하기로 한다”는 내용의 역할분담에 관한 합의에 따른 것으로 보이는 점, ③ 원고 회사와 신○○이 위와 같이 건축공사표준계약서를 각 작성하기 이전 또는 이후에 그전에 작성된 위 협약서의 내용을 무효화시킨 바 없고, 오히려 원고 회사와 신○○은 위 각 건축공사표준계약서가 작성된 이후인 1998. 10.경 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 신○○의 이익금을 20억 원으로 하기로 합의한 바 있는 점, ④ 원고 회사와 신○○이 이 사건 각 사업의 종료 이후 실제 이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익을 서로 배분한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고 회사는 단순한 이 사건 각 사업의 시공자가 아닌 이 사건 각 사업의 공동사업자에 해당한다 할 것이다.

나) 따라서 이와 다른 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 쟁점금액의 실질이 원고 회사가 납부할 법인세에 해당하는지 여부

가) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 공동사업자는 공동사업 또는 당해 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세를 연대하여 납부할 의무가 있으므로, 신○○과 공동사업자 관계에 있는 원고 회사는 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물의 양도차익에 대한 특별부가세를 신○○과 연대하여 납부할 의무를 부담하는 점, ② 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물의 양도차익은 원고 회사와 신○○이 이 사건 각 사업의 종료 이후 서로 배분하여야 할 이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익에 해당하는 점, ③ 원고 회사와 신○○ 사이에 위와 같이 각 작성된 협약서에는 “이익배분으로 인해 발생되는 세금은 이 익의 귀속자가 각각 부담한다”고 기재되어 있고, 원고 회사는 이에 따라 신○○과 사이에 ○○○세무서장이 신○○에 대하여 부과한 위 특별부가세를 그 이익배분 비율 등에 따라 분담하기로 합의한 후, 그에 상응하는 이 사건 쟁점금액을 신○○에게 지급한 것으로 보이는 점, ④ 원고 회사와 신○○은 위와 같이 특별부가세를 각 분담한 후, 당초에 2003 사업연도 소득금액을 계산하면서 위와 같이 자신들이 각자 부담한 부분들에 대하여 이를 손금불산입 항목으로 세무조정한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점금액은 실질적으로 원고 회사가 원고 회사의 소득 중에서 납부할 법인세에 해당한다 할 것이다.

나) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.